阿里巴巴创业历程中，对于马云来说，最难以迈过去的坎儿肯定非支付宝事件莫属。而在支付宝事件的前前后后，我刚好有机会深度卷入其中。事件最高潮的那天，马云给我频频发短信的时候，我刚好在杭州赶往宁波的车上。作为事件的见证者，我充分理解马云果断的行为。中国网上支付业务出现在20世纪90年代末。多家银行纷纷推出了网上银行业务。“网上支付”简化了银行支付的手续，极大地推动了电子商务的业务发展，从而也兴起了支付宝、财付通等一批非银行的第三方支付机构。据艾瑞数据显示，2011年第一季度，支付宝的市场份额占比达到49.56%，注册用户数超过5.5亿，支付宝已经超越美国的PayPal，成为全球最大的在线支付平台。
2011年5月11日，雅虎递交给SEC（美国证券交易委员会）的文件披露，马云擅自将阿里巴巴集团旗下子公司支付宝的所有权转移到了自己所有的浙江阿里巴巴。
自此，支付宝的控制权之争浮出水面，“支付宝事件”由此引发关注。被爆将支付宝股权转移至自己名下的公司后，公众焦点全部聚焦在了马云身上，而另外两位董事会成员孙正义、蔡崇信则都打起了沉默战术。事件的负面效应迅速波及华尔街，很多外媒报道直接用“偷（steal）”来形容马云的小动作。
此前在国内人民币风险投资不发达，通过VIE结构（协议控制），能够使国内互联网企业完成融资和海外上市。VIE架构将中国互联网与世界接轨，因此其作用功不可没。VIE结构是为规避中国法律和政府对于国内资本项目外流而设立的监管。
央行不允许涉及国家金融安全的产品为外资控制，马云表示，他曾多次与央行沟通，询问外资是否可以参与支付企业，但回复是不宜进入，如果要进入，就要由国务院另行规定。如果VIE下的内资企业，不具备按内资企业申请牌照的资格，影响将巨大。一旦坐实违反中国法律，则意味着VIE协议无效。而这次支付宝转移，是马云“基于对牌照审批形势的判断”。
5月26日，中国人民银行下发首批27张第三方支付牌照《支付业务许可证》，支付宝获首张牌照，“悬”了多年的第三方支付终于获得了政策支撑。
第三方支付牌照的出台经过了多年的酝酿期。2005年10月，央行发布《电子支付业务指引》，第一次提出规范电子支付业务的规则。同月，央行发布《支付清算组织管理办法（意见征求稿）》并向各界征求意见。2010年6月22日，央行正式发布《非金融机构支付服务管理办法》，标志着非金融机构地位获认可。2009年4月，中国支付清算协会筹备会召开，经过2年筹备，协会在2011年6月2日获得民政部正式批准成立，标志着支付行业已经被国家作为一个正式的行业进行监管。2009年4月，央行对支付企业登记报备，第三方支付牌照发放程序正式启动，在全国300多家第三方支付企业中，此次向央行报备的共约130家；2010年12月，央行遴选首批第三方支付牌照，17家企业入围；2011年5月18日牌照正式发放。
5月13日，雅虎发布声明，称马云此举尚未知会阿里巴巴董事会或股东，也没有得到批准（并表示“各方投资者通过继续谈判，将有机会达成符合所有股东利益最大化的协议”）。
消息一出，引发业界哗然，马云遭遇舆论“违背契约精神”的质疑。时隔一年后马云接受采访时说：“我们在做事，别人在说事。说的人最容易，而且前面先定论你就是这样的时候，你说不清。”
6月14日，马云在杭州召开新闻发布会，解释其中止支付宝的协议控制关系，是为了帮助支付宝获得第三方支付牌照，但此举也将“协议控制潜规则”公之于众。
我在6月14日发微博表示：做好支付宝政策文章，是马云能够改变阿里控制权的为数不多的机会之一。这个机会不用好，变局的天赐良机就很难了。这是问题的根本，也是支付宝漫天风雨的根本原因。所以腾讯和百度的支付牌照肯定也是协议控制，却一直风平浪静。不过，我可以理解马云的私心。
7月，马云接受采访时说：“这事很艰难。央行从提出牌照到发牌花了5年时间，去年说要发也没发。它在干吗？央行经过慎重考虑也非常痛苦，我也理解今天央行不能站出来说什么。国家有国家的原则，我觉得央行也很智慧，也很聪明。但结果就是我被支在这儿，这头是央行，那头是两个‘混蛋’，两边把我给挤出来了，变成我是坏人。”“我今天最最重要的是我终于可以做自己，而不是装给别人看我是谁。我承认这决定不是最完美的，但是这是唯一正确的答案。我不说我就是对的，我只是觉得我做了我认为是对的事情。你批评我可以，但是别给我加色彩，什么违背契约精神。如果你大致了解真相，请问如你是我你怎么做？三条路，一、公司关了；二、作假；三、先依法律说的做，先把支付宝转出来，然后再开始进行谈判。第一条路是死的，肯定不能走；第二条路是大风险，央行可以今天不管你，明天把你管得死去活来；第三条路，你没有董事会协议，你要承担更多责任。请问你选择哪条路？”
7月29日，阿里巴巴集团、雅虎和软银正式签署关于支付宝问题的协议。根据协议要求，支付宝的控股公司承诺在上市时予以阿里巴巴集团一次性的现金回报。回报额为支付宝在上市时总市值的37.5%（以IPO价为准），回报额将不低于20亿美元且不超过60亿美元。马云在之前的三方沟通会上表示，“杨致远现在很清楚，支付宝拿牌照必须合法，只是人家想增加谈判筹码而已，后来捅成这么大，变成媒体的大事件，听起来像国际事端一样了，这是谈判的筹码。”
9月7日，雅虎CEO巴茨被辞退。
巴茨于2009年1月上台。3月，巴茨指责马云没做好雅虎中国（2009年3月，马云和巴茨第一次碰面。据当时在场人士透露，巴茨当着阿里巴巴整个高管团队的面，指责马云，“我想直截了当地说，因为这关系到我的声誉，我希望你能从中国雅虎网站上把雅虎的名字去掉。”此时的中国雅虎已经比较衰落）。同月，马云在一次采访中表示，雅虎去留无所谓，只是一个股东。2011年6月2日，华尔街日报D9数字大会上，专栏作家斯韦什尔采访马云：“你和雅虎CEO卡罗尔·巴茨之间到底怎么了？”马云回答：“巴茨是我的投资者和合作伙伴，我们之前的关系确实很紧张，但是我们在努力解决这个问题。”斯韦什尔问：“你们之间存在什么问题？”马云回答：“我们对中国市场的看法不同。”
这次支付宝事件，雅虎披露延迟（央行在2010年12月21日公布的《支付业务许可证》中，支付宝股权结构一栏标明“浙江阿里巴巴电子商务有限公司为我公司单一出资人”。这表明最晚在2010年12月，支付宝的所有权就已经完成了向国内公司的转让。但令人费解的是，雅虎没有在当时公布这一消息），放跑支付宝肯定是巴茨的重大责任。打交道的这些年，马云并不喜欢巴茨，但是显然巴茨帮了马云大忙。没有巴茨，马云很难得到支付宝。有了支付宝，马云从过去的B2B为中心，到现在的淘宝为中心，就可以从容部署未来以支付宝为中心的全新格局。可以说，巴茨是雅虎的噩梦，但是巴茨是马云的贵人。
在马云将“协议控制潜规则”公之于众不久，阿里巴巴集团宣布，决定从2011年6月16日起把淘宝分拆为三家公司：一淘网、淘宝网、淘宝商城。这次拆分，被马云称为“淘宝网成立后最大规模的自发式变革”。
无论后来如何争论和抨击，站在今天，再回首支付宝事件，我们不得不承认马云的阳光和魄力。这一事件，更多的质疑来自外界，尤其是不明真相的媒体。而真正的当事人——孙正义、雅虎和马云，不可能为这个事件彼此再起争端。因为，事实证明，这是一个完全共赢的决定和举措，甚至可以说是一个天才般的伟大决策。
正是因为支付宝脱离海外架构，真正获得了内资的身份，今天的阿里金融才获得了大发展的空间。没有当年勇猛的壮举，2013年搅动中国整个金融界的余额宝就不可能如此顺风顺水，毕竟一个外资身份就可以将余额宝轻松地消灭在襁褓之中。而今天，阿里金融可以放开手脚，大胆创新，支付宝失去的是“锁链”，得到的是整个互联网金融的新天地。而相对而言，当今的腾讯，以及诸多外资投资背景的支付公司，都得小心翼翼为上，极大制约了互联网金融领域的扩张和进取。