吴大澂进一步称，天子应获权赋予自己的生身父母更高的荣誉，这符合孟子所订立的“圣伦人伦之至”的原则。他模仿前人，引用历史上的有名先例，增强说服力。他举了这样一个例子：乾隆皇帝在编纂朱熹著名的历史作品时，曾经提到过，宋朝时期（西元1050年），就是否给皇帝的父亲尊号一事，朝廷内部产生分歧，分为两党。乾隆皇帝作为评论者，其观点与史学家不同。他认为孝道为上，皇帝应该给自己的父亲授予特殊尊号。乾隆皇帝又举了一例支撑自己的观点，此例发生在明代（1525年），当时的皇帝生父也仅为亲王，因此皇帝强烈希望将自己的父亲升级。乾隆皇帝非常看重父子间的血缘关系，认为朝臣关于君臣关系的理论与惯例只能退居其次。吴大澂就此总结道，光绪帝应该赐予醇亲王“帝父”头衔，慈禧太后在归政前，应将此事昭告天下，彰显皇帝的拳拳孝心。
对此，慈禧首先赞扬了醇亲王的谦卑谨慎、忠诚之心、殚竭心力、恪恭尽职，接着她又说道：
（醇亲王）每遇优加异数，皆再四涕泣恳辞。前赏杏黄轿？，至今不敢乘坐。其秉心忠赤，严畏殊常，非徒深宫知之最深，实天下臣民所共谅。
自光绪元年正月初八日，醇亲王即有豫杜妄论一奏。内称历代继统之君，推崇本生父母者，以宋孝宗不改子偁秀王之封为至当。虑皇帝亲政后，佥壬幸进，援引治平嘉靖之说，肆其奸邪，豫具封章，请俟亲政时，宣示天下，俾千秋万载，勿再更张。其披沥之诚，自古纯臣居心，何以过此！
注释：① 杏黄色是皇族的专用色。此深宫不能不嘉许感叹，勉从所请者也。兹当归政伊始，吴大澂果有此奏，若不将醇亲王原奏及时宣示，则后此邪说竞进，妄希议礼梯荣，其患何堪设想？特明白晓谕，并将醇亲王原奏发钞，俾中外臣民，咸知我朝隆轨，超越古今。即贤王心事，亦从此可以共白，嗣后阚名希宠之徒，更何所容其觊觎乎？
醇亲王曾于1875年向慈禧太后呈了一封密折，密折本身并没有什么重要意义，却能显示出醇亲王的远见卓识。他早预见到皇位继承一事若不理清，将会带来危机，于是在密折中表达了对未来形势的担忧。他拒绝接受更多的尊号和头衔，希望以此避免谄媚者与居心不良者趁机以他的名义在紫禁城中结党营私，为非作歹，而这些后来确实应验了。他担心皇帝亲政，那些官员会通过狡猾奸计迷惑皇帝，通过挑拨离间扶摇直上。
最终，醇亲王依然只是保留了世袭罔替的亲王头衔。但不容置疑的是，这件事远远没有得到解决，且还有可能因为近期发生的类似事件再次被人提起。
慈禧将政权归于光绪帝不久，醇亲王便病倒了，病情与日加重。1891年1月1日，醇亲王去世。此前醇亲王重病时，监察院为表现其对关于孝道的法律及礼节的严格实施一事的关注，趁机呈上一封奏折，谴责慈禧太后和光绪皇帝，并提醒他们履行看望重病的醇亲王的责任，却遭到慈禧的严厉斥责。慈禧太后直截了当地呵斥他们管好自身事务。她的处事之风再一次让我们联想到英国伊丽莎白女王类似的处事方式。她虽表面上对这建议严加斥责，却从中得到了启示。1890年的整个夏天，她经常到醇亲王的病榻前探望。
众亲王中，醇亲王一直以来都是慈禧的亲信。和几个兄弟比起来，他最受慈禧青睐。他的智慧和谏言经常帮助慈禧找到正确的政策方针，他的逝世意味着她失去了一个明智又无畏的顾问，为此她内心深表遗憾。
醇亲王又是一个极其坚定的满族人，排汉思想根深蒂固，非常看重当时满族宗族拥有的特权。中法战争期间的一次军机会议上，他曾经说道“宁愿把江山拱手送给洋鬼子，也不能让这群汉匪得之。”这样一句话，让他的名字永远铭刻在了中国历史上，也正是这句话激化了广东地区民众对满族政府及其统治的不满。
慈禧颁布了一道圣旨，记载了醇亲王之死，并盛赞他作为内务府大臣、海军总领？以及满军步军总领期间的卓越贡献。这道圣旨内容详细，包含了指导哀悼与葬礼各个环节的细节。慈禧还以自己的名义赏赐了已故醇亲王一条陀罗尼经被，并赐予他“帝父”？的尊号。一方面，她认为葬礼的规模应该显示出皇帝对父亲的尊崇和孝顺，有必要隆重些，但另一方面，又必须顾及到已故者生前令人敬佩的节俭谦逊之品德，不可过于奢华隆重。这符合慈禧一贯的中庸之道，她希望以此平息众人有关醇亲王“意欲僭越”的担忧，表明醇亲王并没有什么不可告人的野心。最后，依照前朝乾隆皇帝先例，慈禧下令将已故醇亲王的王府一分为二，一部分作为祖先祭祀大厅，另一部分奉为神祗。神祗原是光绪皇帝的出生地，又被称作“潜龙邸”。
1894年，恰值慈禧太后60大寿，按照中国传统，这是极为特殊的大事，需要隆重的感恩典礼和庆祝。此时，慈禧权力已然巩固，且深得人心，声誉和影响也已根深蒂固，她便期望将自己在颐和园的闲暇时间拿来为这次的六十大寿做准备，举行一场无与伦比、规模旷世的庆典。1889年，光绪皇帝下令重修颐和园？，如今已重修完毕。
为了重修颐和园，朝廷从海军经费和其他政府部门抽取了大量的经费，且地方高官皆应诏进京朝贺（同时也是为了捐款），参加此次盛典。其中包括当年被撤了职的荣禄，借此机会，他再次回到慈禧身边，担任了京城的步军统领。过去三年间，他一直待在西安，担任大将军的散职。
大清朝所有高官均“受邀”将自己俸禄的四分之一捐出，作为庆生礼物注释：① 醇亲王卓越的海军及步军治理能力在三年后的中日战争中显现，但却是差强人意。
② 这个尊号在中国人看来，是非凡的荣誉。③“颐和”两字出自《礼记》，意为颐养天和。送予慈禧太后，加起来一定超过几百万金。寿宴的所有准备皆极其隆重，慈禧又命人在西华门至颐和园的几十里大道旁，沿途搭建牌楼。不料，正当庆典筹备工作紧锣密鼓之时，日本挑起甲午战争，而后日军大败中国海军。战争搅乱了慈禧的庆生计划，她不得不取消颐和园内准备的庆典工程，以光绪帝的名义下发了以下这道悲怆的诏书：
本年十月，予六旬庆辰，率士胪欢，同深抃祝。届时皇帝率中外臣工，诣万寿山行庆贺礼，自大内至颐和园，沿途跸路所经，臣民报效，点缀景物，建设经坛。予因康熙乾隆年间，历届盛典崇隆，垂为成宪，又值民康物阜，海宇乂安，不欲过为矫情，特允皇帝之请，在颐和园受贺。讵意自六月后，倭人肇衅，变乱藩封，寻复毁我舟船，不得已兴师致讨，刻下干戈未戢，征调频烦，两国生灵，均罹锋镝，每一思及，悯悼何究。前因念士卒战阵之苦，特颁内币三百万金，俾资腾饱。
兹者庆辰将届，予亦何心侈耳目之观，受台莱之祝，耶所有庆辰典礼，著仍在宫中举行，其颐和园受贺事宜，即行停办，钦此。
圣旨最后，光绪皇帝为表孝心，写道：
朕仰承懿旨，孺怀实有未安，惟再三吁请，未荷慈允，敬维盛德所关，不敢不仰遵宣示，各该衙门即遵谕行。
中国在甲午战争中被日本军队彻底打败，颜面尽失，大清王朝名誉扫地。这次的失败也直接导致南方各省强烈要求改革，导致了后来的戊戌政变和义和拳运动。有人认为如若当初避免了战争，就不用付出如此大的牺牲，受到如此的奇耻大辱，然而是否真的如此，无人知晓。
慈禧太后表现出一贯精明，不对此事发表任何评论，也不承担任何与此次战争有关的责任，而是将责任完全丢给了光绪皇帝。她心知肚明，正是由于当年大太监李莲英的建议和操纵，将海军经费挪来用于重修颐和园的工程，才导致海军资金短缺，发展举步维艰。然而，当时的许多杰出官员及政府顾问并不知情，仍被蒙在鼓里。
李鸿章担任直隶总督，建议使用武力维护大清王朝对高句丽的宗主权，成为众矢之的。但就此事而言，他和其他官员一样，面对如此困境，也犹豫过、迟疑过，直到最后一刻，才下定决心，放手一搏。他明白，此时不论中国战与不战，都无法避免一场巨大的挑战和危机。
记录这段历史的文件和史料当时全部存在天津总督衙门和北京海关总署，这些珍贵的史料不幸在1900年的灾难中被毁之一炬。如此一来，到底是什么原因直接导致了那样一场灾难性的战争，我们将永远无法得知真相。李鸿章意识到，日本曾两次侵略中国，并从中得到了好处。第一次是在1874年，清政府付了大量赔款。第二次是1885年，清政府承认了日本对高句丽的部分控制权。一次又一次的妥协让步，直接导致了如今这场危机。他深知，即使清政府将中国对高句丽的宗主权让给日本（这对中国政府没有丝毫的好处），也仅能够换来一时的平静和安宁。
不久之后，日本进犯东北三省，挑起新的事端。1905年，中国政府承认了日俄两国在中国签署的《朴茨茅斯条约》条款，东北三省的命运便已注定。
日本侵略中国，其挑起事端的手段和方式既不合情也不合理。李鸿章清楚，几年来，日本为这场战争做了充足的准备，相比之下，自己手下的海军实力欠缺整合，根本无法与日本军队匹敌。但是，周围的官员昧于形势，还自认为大清朝乃天朝上国，无可匹敌。同时，以帮办朝鲜军务身份进驻高句丽的袁世凯也信誓旦旦地保证，如若日本挑衅，英国定会及时提供援助。
中国历史学家公开指责李鸿章鼓动朝廷和皇帝卷入战争，外国人也普遍如此。事实上，李鸿章一开始确实全力支持，派遣一支中国军事力量到高句丽帮助打压叛乱。然而，他意识到挑起战争才是日本的目的后，立即停止一切行动，禁止采取任何可能与日本发生冲突的举措。但在最后一刻，他的德国军事顾问极力劝说，军事热情再次战胜理智，与京中大臣商讨后，他派遣了“高升号”到高句丽，明白这一举动意味着向日本宣战。当“高升号”被击沉、中国海军战败的消息传来时，自然而然，李鸿章极力想要推卸掉自己的责任。
外国人指责李鸿章向日本宣战，国人则指责他向日本求和，称他的求和之举是卖国求荣，正如后来指责他将满洲卖给俄国一样。尽管慈禧非常欣赏他卓越的智慧和娴熟的处事能力，但此时她不喜欢这位总督大人。战争过后，李鸿章受到多位御史大臣的抨击弹劾，慈禧发现自己竟和他一起遭到责难，便开始极力为他辩护。
1895年，一位名叫安维峻的御史大臣大胆地指责慈禧太后和总督给中国造成了这样一场巨大的灾难，其奏折内容如下：
李鸿章平日挟外洋以自重，今当倭贼犯顺，自恐寄顿倭国之私财付之东流，其不欲战，固系隐情。及诏旨严切，一意主战，大拂李鸿章之心，于是倒行逆施，接济倭贼煤米军火，日夜望倭贼之来，以实其言。而对于我军前敌粮饷火器，则有意勒扣之。有言战者，动遭呵斥，闻败则喜，闻胜则怒。淮军将领，望风希旨，未见贼，先退避，偶遇贼，即惊溃。李鸿章之丧心病狂，九卿科道亦屡言之，臣不复赘陈。
惟叶志超、卫汝贵，均系革职拿问之人，藏匿天津，以督署为逋逃薮，人言啧啧，恐非无因。而于拿问之丁汝昌，竟敢代为乞恩，并谓美国人有能作雾气者，必须丁汝昌驾驭。此等怪诞不经之说，竟敢陈于君父之前，是以朝廷为儿戏也。而枢臣中竟无人敢为争论者，良由枢臣暮气已深，过劳则神昏，如在云雾之中，雾气之说，入而俱化，故不觉其非耳。
张荫桓、邵友濂，为全权大臣，未明奉谕旨，在枢臣亦明知和议之举，不可对人言，既不能以死生争，复不能以去就争，只得为掩耳盗铃之事。而不知通国之人，早已皆知也。倭贼与邵友濂有隙，竟敢令索派李鸿章之子李经方？为全权大臣，当复成何国体？李经方为倭贼之婿，以张邦昌自命，臣前劾之，若令此等悖逆之人前往，适中倭贼之计。倭贼之议和，诱我也，我既不能激励将士，决计一战，而乃俯首听命于倭贼，然则此举非议和也，直纳款耳。不但误国，而且卖国，中外臣民，无不切齿痛恨，欲食李鸿章之肉。
而又谓和议出自皇太后意旨，太监李莲英实左右之。此等市井之谈，臣未敢深信。何者？皇太后既归政皇上矣，若犹遇事牵制，将何以上对祖宗，下对天下臣民？至李莲英是何人斯，敢干预政事乎？如果属实，律以祖宗法制，李莲英岂复可容？
惟是朝廷被李鸿章恫喝，未及详审利害，而枢臣中或系李鸿章私党，甘心左袒，或恐李鸿章反叛，姑事调停。初不知李鸿章有不臣之心，非不敢反，实不能反。彼之淮军将领，皆贪利小人，无大伎俩。其士卒横被克扣，则皆离心离德。曹克忠天津新募之卒，制服李鸿章有余，此其不能反之实在情形，若能反则早反耳。既不能反，而犹事事挟制朝廷，抗违谕旨，彼其心目中，不复知有我皇上，并不知有我皇太后，而乃敢以雾气之说戏侮之也。
臣实耻之，臣实痛之。惟冀皇上赫然震怒，明正李鸿章跋扈之罪，布告天下。如是而将士有不奋兴，倭贼有不破灭者，即请斩臣以正妄言之罪。祖宗监临，臣实不惧，用是披肝胆，冒斧钺，痛哭直陈，不胜迫切待命之至。
对这样一封直言的谏书，皇帝颁布一道圣谕，从其内容来看，明显是由慈禧一手操控。从其内容也可以看出，当时慈禧密切关注光绪皇帝的一举一动，还经常审阅他批阅过的奏章。这封圣谕的内容如下：
注释：①任中国出使英国大臣。
近因时事多艰，凡遇言官论奏，无不虚衷容纳，即或措词失当。亦不加以谴责。其有军国紧要事件，必仰承皇太后懿训遵行，此皆朕恪恭求治之诚心，天下臣民，早应共谅。乃本日御史安维峻呈遁封奏，托诸传闻，竟有皇太后遇事牵制，何以对祖宗天下之语。
肆口妄言，毫无忌惮，若不严行惩办，恐开离间之端。安维峻著即革职，发往军台，效力赎罪，以示儆戒，原折着掷远。
对大清朝被日军击败一事，慈禧太后深感耻辱。中国历史学家经常提到，日本这一民族的文明和艺术皆是承袭自中国。慈禧愿意不惜一切代价避免日本侵略中国直隶，再加上李鸿章信誓旦旦保证俄国与欧洲盟国不会允许日本吞并满洲省的领土，于是同意与日本签订停战协定。
如前所述，她不愿意李鸿章成为此事的代罪羔羊，受到满族官员及南方各省激进人士的指责和批评，她明白他的艰难处境，理解甲午战争中国战败并非全然李鸿章之责任。但是，正是甲午战争毁掉了她为自己六十大寿准备的庆典，作为一个女人，她对此无法释怀，心中恼怒不已，一定要找一个人来指责，她将矛头指向光绪皇帝并不令人吃惊。她不断怒斥，称光绪不将此事禀报，且不经自己同意贸然卷入这样一场灾难性的战争，实在可恶。