从1232年起，罗马教会授权多明我会的教士主持对异教徒“卑劣行径”的讨伐、审判和迫害。凡是被认为不尊重天主教教皇权威、公开回避教会教义的人，都要被判为异端，受到异端裁判所的审讯迫害。异端裁判所的最高裁判官多为多明我传道会成员，他们对付“邪教”的方法是秘密审讯、严刑拷打并处以火刑。1233年，教皇格列高利九世在他关于惩处异端的谕书中，首次将异端与巫术等同划一。1326年，多明我会：天主教托钵修会之一，1215年由西班牙人多明我获教皇洪诺留三世批准创立。会规类似于方济各会，但注重布道，多在中上层传教，故又称布道兄弟会。重视学术研究，传播经院哲学。该会许多会士都在大学任教，产生过许多着名学者。该会亦为女修道者设有第二会，为在俗教徒设有第三会。
教皇若望二十二世下旨将巫师正式列入异端分子行列；1484年，教皇英诺森八世签署诏令，宣布在欧洲全境大肆捕杀“恶魔从业者”，标志着历史上第一次猎巫运动正式拉开序幕。
第一位执行这个教皇谕书的德国人是玛勃格，他是当时全德国地区异端裁判所的总裁判官。按照规定，裁判官可以得到“异端”所有家产的一半，因此，他专门逮捕贵族和富人，对他们进行逼供审讯，将他们判为异端处死。恐怕正是由于他作恶多端，造成民愤极大，很快遭人杀害。接下来在美因茨德国教会会议上，教会一致通过了清除传道士、整顿异端裁判所的决议。
1486年，教皇英诺森八世任命多明我会的教士雅各布·斯普伦格和亨利·克雷默为德国及莱茵河地区的异端裁判官。
英斯提多里斯曾在许多地区追捕过异教徒和巫师，司本格是一位大学者，担任过科隆神学院教授，这两人都是心狠手辣的极端教士。1484年，他们南下罗马，拜见英格森八世，向教皇讲述德国地区撒旦王国存在的确实性、危害性及对其应坚决镇压的必要性，说服教皇下达了祸国殃民的惩巫谕书。3年后，这两位神学家还专门写了一本臭名昭着的手册——《锤击女巫》。《锤击女巫》一书主要有三大部分内容。第一部分详细阐述了天主国中妖魔王国的真实存在。书在一开始就明确指出：“否认妖魔巫术存在的人就是异端。”书中还将巫术占有者多为女性解释为因为女性无止境的快感要求，她们贪婪的肉体欲望，决定了她们要与魔鬼淫乱以达到满足。此外，女性的意志薄弱也极易受魔鬼诱惑。重要的还有，他们引用《圣经》，说明由于女人是上帝用亚当胸部最下方的一根肋骨制成，女性本身便不可能是完善的，是注定要低劣于男人的。加上人间罪孽是在有了夏娃之后才得以出现，女人便必定是万恶之源。在这个理论指导下，受到有巫术指控的人近90%都是女性。书的第二部分系统描绘了巫妖的行为特征：她们会在空中飞行，会与魔怪淫乱，会制造饥荒、瘟疫……书的第三部分便是对女巫具体的审讯程序，保证审讯成功的有效方法。
这里没有起诉程序，没有辩护人，除了严刑拷打作为逼供手段外，还有女巫测试法。这本书的作者尤其强调说，由于魔鬼对女巫施了魔法，女巫会对疼痛不再敏感，应以此作为残酷施刑判别的根据。
在随后的30年内，此书再版超过20次，同时，大量描写巫师与魔鬼的文学与绘画作品也相继在民间广为流传。
人们坚信巫术是带来传染病和天灾的大敌，是基督精神在人世间的最大破坏者，或是出于恐慌，或是出于个人恩怨，他们争相前往宗教法庭检举“女巫”，而被逮捕的受害者，也同样出于对宗教裁判所严刑逼供的恐惧和对告密者的复仇心理捏造更多他人与魔鬼交易的“事实”。
荒唐的是，当时的宗教法庭竟然都参照书中的这些条例进行审判。除了施以体刑，他们使用的女巫甄别法更让人瞠目结舌。比如：烧铁法：将烧红的铁块去烫被告的手，如果手有烫伤，则有罪。针刺法：让被告脱去全身衣物，用一根针遍刺全身，如果身体某一部位感觉到疼痛，就会被判为女巫。
水浸法：将被告捆住手脚，扔进湖里。如果她漂浮在水面上，则表示她受到了魔鬼的保佑，必须要送上火刑柱。这些荒诞审判的结果，无论被审判者是否“有罪”，她们都得死：要么在水中溺死，要么被火烧死。
1335年，法国图卢兹宗教审判员彼得·居伊率先审判了几个女巫，用严刑拷问，直到迫使她们承认和撒旦缔约，参加崇拜冥王的狂欢晚会，与冥王淫乱，吃幼儿的肉等等。她们被迫承认之后就被活活烧死。
从1480年起，第一次猎巫运动的高潮一直持续至1520年才大体偃旗息鼓，然而短暂的冷静期内却暗中酝酿着更激烈的风暴：16世纪中期，宗教改革运动的深入使教会百年来的绝对权威受到质疑，罗马教廷决心在欧洲各国发起一场旨在“纯化基督精神”的战斗，教规之严明、刑讯之残忍愈发变本加厉，几乎一切与异教和魔术有所关联的事物都必须接受“永恒之火”的考验，意即任何在教会眼中犯有“越轨”
行为的罪人，都将于公共场所被活活烧死在火刑柱上。于是，第二次猎巫运动于1560年重新登上历史舞台，巫术与巫师也被冠上了更多的罪名：社会动荡、经济萧条、颗粒无收、禽畜死亡……所有的社会病征似乎都找到了唯一的解释，就是魔鬼撒旦的诅咒，而巫师，尤其是女巫，则被称为撒旦的情人，将人类的幸福出卖给了魔鬼，牟取神秘的巫术。与第一场运动截然不同的是，由于罪行概念的外延已不再停留于宗教层面，而是扩张至社会问题与经济问题范围，宗教裁判所此次并非暴行的主角，反而是世俗的司法机关承担了这一角色。无论是在罗马教会统治区，还是与罗马教会决裂的英国、新教加尔文派控制的瑞士等地，都掀起一场捕捉女巫的狂潮。
这一次暴力镇压在1580-1630年间达到巅峰，审判所里平均每一场刑讯逼供都有十数名被告遭殃，而每一场审讯的结果则是平均一名被告至少牵连五人以上。据记载，在德国泰维举行的一次巫师公开审判会上，被告人数达到306人，而会后获得的从犯或嫌犯名单竟增于是历史上最血腥的一幕出现了，欧洲人展开了长达数百年的“猎巫运动”，图为对“女巫”的审讯至1500人，猎巫已演变为一种无法控制的传染病！“犯罪人数”
与日俱增，司法机关更是不堪重负，当局无奈之下，只能“根据情节轻重”释放一部分“嫌疑人”。直至1650年，第二次猎巫运动才逐渐在欧洲各国销声匿迹，但在天主教占据统治地位的法国，搜捕行动竟延续到了17世纪末，此时所针对的目标也早已发生变质，从“巫师”扩展到社会各阶层，即使是贵族人家的女儿，只因为在梦呓中说了一个“不圣洁”的名词，也可能被送上法庭；守身如玉的修女，即使是修道院的高墙也不能保护她免受宗教法官的凌虐，可能只因为她曾经严词拒绝了主教的调戏；更为荒诞的，还有未婚少女指控自己的忏悔神甫使用巫术将其奸污，结果把对方送上了火刑柱。
这场从1480年延续到1780年的迫害“女巫”恶潮，席卷欧洲300年。良家妇女一旦被诬为“女巫”，立刻被斩首示众，然后焚烧尸体，结果，在欧洲就诞生了不计其数的冤案，堪称人类文明史上最血腥的一幕。
在对“女巫”们进行审讯和处决时，当时的欧洲法庭也十分残酷。最常用的就是火刑，因为在中世纪，火刑一直都是宗教裁判所惩治异端的标志性处罚手段。火刑场地几乎都设于市中心和广场中央，受刑人无论男女，皆须半裸，在前往刑场的路上要受尽路人和行刑士兵所施加的肢体摧残。如果犯人在点火之前向随行的神父忏悔，并且态度诚恳，则有可能获得“宽恕”——在火焰遍及全身之前被杀死。但是据记载，“女巫”克劳黛尔·居约姆在临刑前曾声泪俱下地祈求神父不要再继续折磨她的身体与精神，但却得不到对方的半点怜悯，几近崩溃的她居然挣脱了绳索，向神父扑去，在被刽子手重新缚上火刑柱之后，疯狂的她竟然连续三次摆脱了捆绑，最后，筋疲力尽的克劳黛尔终于倒在柴堆上不省人事，在昏迷状态中被执行了火刑。在瑞士，人们还发明了“木梯火刑”：在熊熊烈火燃起之后，将女巫绑在一架木梯的末端，然后将其竖起，直接推入火中。不过经常因缺少足够的木材，审判机关又不得不寻求其他同样具有威慑力的死刑方法。西班牙曾制造了一种巨大的封闭式“烤箱”，底部加热，在达到一定的温度后，将犯人活生生地通过特制入口推进“烤箱”，力求其死亡之前所遭受的肉体折磨程度达到最大化！
在英格兰，大名鼎鼎的女巫搜捕将军马太·霍普金斯也曾制造了1645-1647年间的恐怖。霍普金斯本是一名失败的律师，没有真正的合法营业资格，后来他突发奇想，决心把消灭英格兰的女巫作为自己毕生的使命。值得一提的是，早在1542年，英王亨利八世就已通过了打击巫术的法令，而英国也已展开了大规模的女巫搜捕行动。在以后的200年里，约有1000人以使用巫术的罪名被处以绞刑，其中大部分是妇女。在苏格兰，女巫搜捕行动更加疯狂，总共有4000名女巫被判有罪。
1645年，霍普金斯开始在自己所在的埃塞克斯郡蔓宁垂村动手了，他指控7名女巫施法变出野熊模样的魔鬼企图来谋杀他。霍普金斯说，他还无意中听到她们同小鬼的谈话。
这位自封的女巫搜捕将军在这个地区又发现了30多名女巫后，他在整个东部英格兰展开了大规模的审讯。当时，一天的平均工资是两便士，而霍普金斯每发现并证实一名女巫能得到20先令。另一方面，当局也默许了霍普金斯的这种暴行。由亨利八世：1491-1547年，英国都铎王朝第二代国王（1509-1547年在位）。他聪明过人，勤奋好学；但性情乖戾，狡诈多疑。因无嗣，从1527年起不断提出与卡瑟琳离婚，但教皇不同意离婚，亨利八世请英国国教会裁决，也未得到受理。英国国会于1534年通过“至尊法案”，确定国王代替教皇成为英国圣公会的首脑，提高了王室在教会中的权威。至此，亨利八世达到离婚的目的，另与安妮结婚。后又与卡瑟琳·帕尔结婚，但因疾病缠身，不久死去。
于严刑拷打在当时是非法的，于是霍普金斯和他的同伴用其他办法来逼迫怀疑对象认罪。
嫌疑人被强迫坐在凳子上长达24小时以上并且不许睡觉，同时让看守时刻观察，以防“小鬼”出现。在睡眠严重不足的情况下，许多妇女被迫承认曾陪魔鬼睡觉。他们最喜欢采用的另一个考验女巫的方法是往她们嘴里灌东西。如果她被淹死，则证明无罪，如果活下来则说明有罪，然后要被绞死。
在随后的两年里，霍普金斯处决了200名被认定使用巫术的妇女。其中许多“女巫”
是寡妇或未婚妇女，她们的邻居指控她们的行为像魔鬼一样。到1647年，人们厌倦了霍普金斯的搜捕，一些村庄拒绝让他入内。据说霍普金斯本人于是被迫回到家乡，最后在1647年死于肺结核。
“猎巫运动”的高潮主要在15-17世纪。进入18世纪以后，由于广大人民的强烈抗议，欧洲各国都开始限制对“女巫”的迫害。即便如此，仍不时出现许多冤案。直至1780年，随着“最后一名女巫”安娜·葛尔迪的殉难，漫长的“猎巫运动”总算谢幕了。
葛尔迪本是瑞士格拉鲁斯地区的一名贫穷女子，后来到当地一名富有而颇有影响的着名政客和法官家做女佣。42岁的葛尔很珍惜这份工作，但女佣的工作使她了解到政客妻子与他人通奸的实情。为了掩盖自己的丑行，女主人不但解雇了葛尔迪，又倒打一耙指控她是“女巫”，宣称其施行魔法，将毒针置于政客女儿的奶瓶中，企图毒杀她的女儿。
教会随即对葛尔迪施以酷刑，逼她认罪。葛尔忍受不住折磨，按教会的意图招供以求保命，但1782年，她还是惨遭斩首。后来，当时目睹整个事件的一位教会工作人员将真相和一些原始文件披露给了德国一家报纸，立即引起了巨大轰动并由此产生了对教会酷刑以及新闻检查制度的置疑。此后，“女巫”被杀事件明显减少，葛尔迪因而被称为欧洲“最后一位女巫”。
总之，这场从1480年前后开始延续到1780年的迫害恶潮，席卷欧洲差不多300年，致使无数妇女成为无辜的殉葬品。仅在德国巴伐利亚州小城班贝克，当时这里只有6000人，但5年内就有600人被判为女巫葬身火海；而在同样有6000人的维尔茨堡，则有近900人冤死，相当于每两天里就有一个“女巫”被处死。即使在瑞士偏远的山区沃州，被处死的“女巫”也达4000人。在英国埃塞克斯郡，1560年至1680年间处死了291名“行巫术”者，其中268人是女性，只有23人是男性，这23人中还有11人是因为“与女巫关系密切”而获罪的。在卡尔文教地区，迫害“女巫”达到疯狂的地步。瑞士的沃州一地，1591年至1680年间处死“女巫”3371人。德国的一个小城市威森斯泰格，仅1562年一年就烧死了63个“女巫”。另一个小城市奥贝尔马赫特尔，在两年内处死“女巫”54人，占全城人口7%。奥培努一地在九个月内处死50个“女巫”，占总人口的近8%……据不完全的统计，从14世纪到15世纪，全欧洲被指控为“女巫”而被烧死的女子在5万人以上。
所有的愚昧、残暴和狂热都有终结的一刻。17世纪初，欧洲各国反对迫害女巫的呼声越来越强烈。1614年，西班牙异端裁判所根据一位北部地区裁判官详尽的事实报告做出结论：关于巫师存在的说法完全是些凭空臆造、没有根由的想象，绝大多数的定罪缺乏真实性，从此教会司法部门需加强整顿管理，不许再接受有关女巫的指控。到1650年，在西班牙审判女巫的事情基本上得到了禁止。在法国，路易十四于1682年下令全国全法境内明令禁止所有关于巫师罪行的审判，“施行巫术”的概念也与诈骗罪、亵渎宗教罪和毒杀罪加以区别。此外，随着文艺复兴运动、启蒙运动的兴起，唯物主义哲学思想得到越来越广泛的传播和推广，认知过程中个人见解的理智性、合法性越来越得到承认。在启蒙运动的强大压力下，欧洲各国纷纷对审判女巫下达禁令。1714年，普鲁士国王腓特烈·威廉一世专门下达诏书，禁止滥用司法迫害女巫：所有用刑及审判结果须经皇帝审批。另一方面，自然与国家的地位也从上帝的神权中单独划出，科学家、哲学家对自然世界不断完善的认识与释解，使对魔法、巫术的迷信不攻自破，文明终于战胜了野蛮。
在这场规模空前的“猎巫运动”的背后，实际上有许多不可告人的内幕。