战争终于开始了，说不定得持续几十年，着急也没有用。更令人忧虑的是，国民盲目乐观，终日吵吵嚷嚷，议论纷纷，像是怎么的了似的……有人还在议论击沉的那几艘外国军舰，我看实在大可不必。
珊瑚海海战中，美军鱼雷攻击机正向日舰队发起攻击。1942年新年，山本五十六收到了他的老友绪方竹虎的贺信，他在1月9日的回信中这样写道：
元旦来函敬悉。函中所及，实为过奖，本人万不敢当。袭击珍珠港是不宣之战，乘敌熟睡之机，割人首级，不足为取，乃东洋武士之精神所不能容。在此提及，更觉羞愧。对我切齿愤恨之敌，不久必将发动反击，或在海上进行决战，或对日本本土乃至舰队主力实施空袭。到那时再来论说短长，并不为迟。吾之目的，只有一点，即在开战之初，力求缩小敌我兵力之悬殊差距，至少要在表面上维持敌我双方兵力势均力敌的格局。
1月2日，山本还给时任日驻中国上海舰队司令的古贺峰一写了一封信，他说：
12月15日的尊函收悉（在吴港堆积足有10万封信，无暇处理），对于你的祝贺，不胜感激。香港的攻克远比预料的要早，可喜可庆。继香港占领后，若进而再敲手丁一下缅甸的话，蒋介石的处境会更加困难，不知你的看法如何？
英美过于低估了日本。在他们看来，这件事，就像被豢养的家犬狠狠地咬了一下自己的手一样。美国不会甘心，不久就会进兵日本。国内民众吵吵嚷嚷，盲目乐观，实为轻佻。倘传到国外，并非好事。在这种情况下，如果东京遭到轰炸，国民的士气会立刻低落下来。如此局面，不能不令人担心。当初在夏威夷，如能干掉3艘航空母舰，那就好了。现今想来，实觉遗憾。
你在靠近陆地的上海，是体会小到的，我们从12月14 日以来，时刻都面临着潜艇的威胁。在海上，彼此也虎视眈眈，气氛相当紧张。
我和进击夏威夷的中央机动舰队一样，也有难言的苦衷：胜了，也并没有什么了不起，小过是一次胜利之战；倘真的失败了，各种议论、指责、埋怨会同时扑面而来。所以，我当时的心情并不愉快。而现在，上层（海军省）的那些人却非常得意。每提起这件事，他们就沾沾自喜，就像胜败已定，大功告成了似的。老实说，海军上层首脑的水平和见识，远比社会上民众的喧嚣使我更加担心。
1942年2月12日，山本五十六的联合舰队司令部从“长门”舰迁到了“大和”舰上。从此，“大和”号便成了山本五十六的旗舰。联合舰队司令部迁至“大和”号的第三天，日军攻克新加坡。此后，日军在南太平洋的作战所向无敌，从马来亚到苏腊巴亚、巴达维亚等一系列海战中，不断传来的都是联合舰队胜利的消息。
面对日军的战略进攻，新上任的美太平洋舰队司令尼米兹上将开始采取“攻势防御”战略，以避日军锐气，寻求“战略平衡”，同时积极实施局部主动出击。
美军强大的潜在实力像骨鲠一样卡在山本五十六的喉咙里，在他的心头始终笼罩着一片难以驱散的阴影——美国人对日本的报复。这种想法像一把利刃，自偷袭珍珠港以来便一直悬在山本五十六的头顶之上。
山本在想，这把利刃究竟何时落下？
空袭东京
自珍珠港事件后，东京的安全问题已经成为山本五十六的一块心病。山本这位浑身上下熏染着日本武士道精神的联合舰队司令更是对天皇的安全问题而忧心忡忡。哪怕在遥远的西南太平洋指挥作战，整天被繁重的军机大事搅得晕头转向，他每天都问一下东京的气象情况。若被告知天气晴朗时，他就暗暗地为东京的安全捏一把汗。1942年3月11日，山本在给曾与他过从甚密的新桥艺妓丹羽美智的回信中写道：
……正如你所说的那样，很多人也是这样想的。这也正是我深感不安之所在：开战已三个月了，并没有遭到敌人的空袭，为此，人们感到心满意足，更增加了安全感。甚至还有人感谢我，认为这是我的功劳。这是完全错误的。敌人没有前来空袭，与其说是我的功劳，还不如说是敌人本身的错误，应该去感谢美国。可以想像，如果敌人前来轰炸的话，像东京这样的城市是无法防护的……到敌人前来轰炸的那一天，国民们不把责任完全归咎于海军，我也就足矣了。总之，依我看，还是多加小心为好，最好是把人员和财产都疏散到郊区一半去。
山本的参谋长宇垣缠在他的日记《战藻录》中也反映了当时山本的焦虑心情：
“长官经常提到：几乎可以肯定，美国经过整顿肯定会对我们进行报复，应当保护东京免遭空袭，这是必须记住的头等大事。”
从1942年2月1日开始，美海军舰载机对马绍尔群岛、吉尔伯特群岛和威克岛等实施了一连串空袭，进一步加深了山本的忧虑。为防止空袭本土与东京事件的发生，山本设立了一条舰艇瞭望线，其范围离日本本土东岸600到700海里，每天还辅以海军飞机进行远程巡逻。当马绍尔群岛遭到空袭后，山本又迅速从西南太平洋调回南云忠一海军中将指挥的“瑞鹤”号和“翔鹤”号两艘航空母舰，以加强对本土东面的空中防御力量，同时加派航空战队日以继夜地警戒，以防东京遭到美舰载机的袭击。
1942年4月18日清晨，硕大的太阳像透亮的红色圆盘从海平面上升起，日本海军第5舰队征用的“日东丸”号渔船正在东京以东720海里的警戒线上值勤。突然，这条武装渔船的船员们吃惊地发现，有一支舰队正向日本本土急驶，船长急忙用望远镜观察，认清是美国的航空母舰。兴奋异常的“日东丸”号船长还没来得及在清晨的薄雾中数清面前这支舰队的数目，便用明码向东京发报：“发现3艘美国航空母舰！”
“他们来了！”
凌晨6时30分，在东京郊外日本联合舰队司令部，自“日东丸23”，号发来的情报摆在了联合舰队司令长官山本五十六大将的办公桌上。看到这份情报，几个月来一直忧心忡忡的山本马上意识到：“他们来了！目标一定是东京！”
1942年5月8日，美军“列克星顿”号航母被日晕鱼雷击中，舰上官兵弃舰而逃。“告诉‘日东丸’，报告敌舰具体数字！”
“无线电中断，联系不上，”值班参谋报告，“‘日东丸’可能已被……”
山本沉默不语，少顷，他把攥紧的拳头猛地砸向桌面……他的担心看来马上就要成为现实了。
在此同时，美舰“维森斯”号雷达手和膝望哨也同时发现了日船，舰长立即向舰队指挥官哈尔西将军报告了日船位置。
最令美国人担心的事终于发生了。负责指挥此次空袭日本东京的哈尔西闻讯后十分恼火，但他此时仍抱着一线希望，但愿舰队尚未被日船发现。他命令：在证实未被发现前，舰队继续向预定起飞海域行驶。在哈尔西看来：这次对日本东京的空袭，是带有一种悲壮色彩的自杀性攻击行动。他把飞行员们运载到离日本海岸越近的地点，他们完成空袭后穿过日本海、黄海、东海，到达中国的机会就会越大，生还的希望也就越大。
然而，几分钟后，哈尔西的希望破灭了：“大黄蜂”号无线电报务员截获了日船发往大本营的电报。电文是：“6：30（东京时间），我们在犬吠以东650海里处发现3艘敌人的航空母舰。”
美舰上的气氛蓦地紧张了起来。
日本联合舰队司令部立即采取紧急措施，布下天罗地网，决心要乘此机会，消灭这支美海军在太平洋上的航母舰队。
山本五十六首先下令采取“对美舰队作战第3号战术方法”，即：
（一）先遣部队（指潜艇部队）、机动部队、南方部队和北方部队投入对美特混舰队的作战；
（二）主力部队根据需要进行支援：
（三）第11航空舰队（指岸基航空部队）派一部分兵力到本土东部。
日本航空母舰“赤城”号。随后，山本五十六又命令刚刚从南线回到本土的第2舰队司令长官近藤海军中将立即率领横须贺地区的所有水面部队出击，同时又命高须海军中将的第1战列舰战队也从广岛湾火速起航，支援近藤作战。尚且位于台湾南端巴士海峡的南云海军中将的机动部队也被分派了战斗任务。与此同时，山县正乡海军少将指挥的第26航空战队的32架中型轰炸机，在12架“零”式战斗机的掩护下，迅速从东京的木更津空军基地起飞，向东掠过太平洋波涛汹涌的海面，扑向美舰队。
至此，哈尔西将军指挥的这只特混编队已面临着巨大的挑战。最令哈尔西吃惊的是：日本海军最强大的第l航空舰队（即南云忠一指挥的拥有5艘大型航母的舰队），就在日本海域附近，而且，在截获的电令中表明：这些航母及其他日本海军舰只已向他的舰队围拢过来。
事已至此，若仍死抱住原定计划不变，显然凶多吉少。倘若继续拖延，一旦遭受日军围攻，后果必将是舰覆人亡。哈尔西没有别的选择，即使距预定起飞地点尚有150海里之遥，他也得立即命令担负空袭任务的杜立特尔中校和他的轰炸机群起飞。
哈尔西心里明白：提前起飞意味着飞行员生还的可能性进一步减小，纵使轰炸机能抵达日本上空，袭击也只能在白天进行了。由于敌人已得到预警，杜立特尔一行很可能在到达目标之前就被敌人战斗机击落。既失去了突然性，又得延长飞行距离，他们安全到达中国机场的机会几乎不存在。
但是，他的舰队几乎占了美国海军在太平洋50％的航母作战力量，一旦损失，那么美国将付出更大的代价，他没有权利拿特混舰队和几千名官兵的宝贵生命去下赌注。
上午8时，哈尔西签署了命令：
“放飞轰炸机，致杜立特尔中校及英勇的飞行员，祝好运。愿上帝保佑你们。”
雨摧樱花
“这是一片美丽而幽静的土地，到处盛开着鲜花……”
太平洋战争初期，东京的广播经常这样自嘘着。
不料，正当日本人得意非凡之际，杜立特尔率领的16架B-25轰炸机，突然出现在东京上空，几十枚炸弹凌空而下，顿时使“盛开着鲜花的圣土”笼罩在一片火光和硝烟之中。
日本本土遭到了历史上第一次空袭。日本人目瞪口呆，他们心目中的神圣帝国随着巨大的声响和强烈的气浪，开始被冲击了。
这些飞机从何而来？又怎么会飞临戒备森严的东京上空呢？日本军阀的心头不禁打上了问号，全世界为之欢欣的人民心里也同样打上了问号。
美国总统罗斯福当时在回答记者的提问时，幽默地向日本人声称：“那是来自‘香格里拉’的空袭。”
“香格里拉”源于美国作家希尔顿的小说《消失的地平线》，意为“仙境”，指虚构的世外桃源。自从罗斯福做出这个回答之后，它竟成为美国家喻户晓的一个名词。
为了安抚民心，日军大本营急忙发表公告，声称此次空袭只造成轻微的损失，大部分敌机都被击落击伤。日本人最后得知此次空袭的指挥官便是杜立特尔中校。由于“杜立特尔”的名字“Doolittle”与英文的“dolittle”（成效甚微）发音相同，因而日本大本营发言人就把这次空袭讽刺为“成就甚微”，并进一步称之为“一无所成”，以掩盖其心虚。
日本人在这种时候还在开杜立特尔中校的玩笑！
其实，空袭东京对日本人带来的心理打击是巨大的。
日本海军军令部总长永野修身在空袭后一个小时，还满脸汗水地在办公室里不知所措地来回踱步，嘴里不停地叫着：“这怎么能行，这怎么能行！”
4月29日，山本五十六在给丹羽美智的信中也极力地掩饰心中的忧虑，他说：
“东京也遭到了一定程度的空袭，实属遗憾。不过，这也算不上什么真正的空袭，对东京人来说，不过是一次有利于提高警惕的防空演习而已。”
而实际上，4月18日的空袭对山本的刺激是相当大的。他在5月2日写给古贺峰一的信中是这样说的：
“上月18日的空袭一事，给人一种感觉是，好像一个自鸣得意、飘飘然的人，突然上了别人的当那样的尴尬。虽说损失并不大，但帝国首都毕竟蒙受了耻辱。而更令人感到遗憾的是，竟连一架敌机也没有击落，实在是有失国体。这也无异于给‘一次拙劣的攻击胜过巧妙的防御’作了恰如其分的说明。”
杜立特尔空袭东京，无疑是太平洋战场上一个十分出色的海空突袭战例。它是贯彻美国在战争初期确立的“攻势防御”战略思想的重要典范，虽然造成的物质损失并不大，但它对日本军国主义者的心理震动和打击是不可低估的。在此之后，日本人很多天都惶恐不安。4月20日，东京再度风声鹤唳，发布空袭警报。21日，日本内阁举行会议，将负责本土防空的有关人员按军法惩办，陆军省和海军省人员也有变动。山本五十六惶惶不可终日，再三向天皇请罪。
这次空袭直接迫使日本把4个陆军战斗机大队留在了国内，以保卫东京等城市，也迫使海军将“瑞鹤”号和“翔鹤”号两艘大型航母及大批舰只留在日本海附近，大大牵制了日军在太平洋战场上的兵力。
但是，东京在遭到空袭后，日本军阀恼羞成怒，侵华日军在美国轰炸机降落的江浙地区采取了报复行动，在后来的几个星期中，10万日本兵在乡村烧杀掳掠，约25万中国人在日军的报复行动中惨遭杀害，日军的野蛮和凶残同时也激起了中国人民更加猛烈的抗争。
这次富有传奇色彩的空袭为现代战争史写下了扣人心弦的一笔。战后每年4月18日，杜立特尔都和他在这次行动中患难与共的战友们聚会一次。1967年，他们在加州的艾拉迈德海港庆祝“杜立特尔空袭”25周年，当时还健在的55名战友都参加了。他们在美国航空母舰“奥林斯堪尼”号上团聚，美国当局还特意运来1架已退役的B-25轰炸机，停放在航母甲板上，飞行员们在机前摄影留念，仿佛又回到了25年前硝烟弥漫的战场。
这次对东京的空袭还有另一个重要的后果它直接影响了正在争吵不休的山本五十六提出的关于中途岛作战方案。日本人意识到：美国人一旦开了头，就会再来，而动用的飞机会更多更大，正如轰炸本身所引起的震撼一样，它会使整个日本颤抖。山本五十六再次力陈，必须毫不迟延地把防御圈向东推进到中途岛和阿留申群岛西部，并主张尽早实施中途岛作战计划。军令部也深感事态严重，他们认为来自东面的威胁才是当务之急。那些主张向南扩张的军界要人，此时也偃声息语，反对意见顿时烟消云散。
一个月之后山本五十六发动了著名的中途岛大海战，并在这次海战中遭到了彻底的失败。