一是创立了“理气心性”统一论。黄宗羲在宇宙本原和理气关系问题上，接受并发挥了张载的“太虚即气”说和刘宗周的“理气是一”论，如他在《太极图讲义》中说：“通天地，亘古今，无非一气而已。”在《易学象数论》中说：“夫太虚，烟蕴相感，止有一气。”在《甘泉学案》、《河东学案》中说“理不能离气以为理”、“理为气之理，无气则无理”……显然，他所讲的“气”，是客观的物质之气；而所谓的“理”，则是物质运动的客观规律，这无疑是唯物主义的理气统一论。
在《孟子师说》一书中，黄宗羲进一步论述了气、理。心。性的复杂关系。他认为，气是最根本的，万物皆由气变化而生；理是气的运动变化规律的体现，它不能离开气而独立存在；人的形体也是由气变化而来的，人的生命本体是一种特殊的、包含着知觉的气，而在这心内流行着的“理”就是性。性包含着自然秉性和道德修养两个方面，它不能离开生命本体而独立存在，但又对生命本体的流行方向起着规定作用。由此可见，在黄宗羲讨论心性与理气的关系问题时，他是心性理气统一论者。
黄宗羲在《明儒学案》中也阐明了上述见解。他认为“在天为气者在人为心，在天为理者在人为性，理气如是则心性亦如是，决无异也”（黄宗羲《诸儒学案中》）。在这里，他试图克服前人在自然观与社会伦理观方面存在的理论矛盾，而提出了“理气心性”统一论，力图用唯物主义的理气统一论去解释社会历史问题，这可以说是人类理论思维的一个进步。
二是建立了以“一本万殊”的理论为指导，以“会众合一”为原则去把握和整理学术发展史的方法论。这个“一本万殊”论是黄宗羲编撰《明儒学案》的指导思想。虽然他的“本”和“殊”的具体含义，只是“儒者之学”和在儒学范围内的百家之学，是不包括佛老之学的，但这一理论本身具有普遍的意义，它说明真理是在各种“一偏之见，相反之论”的讨论和争鸣中求得的，各种“一偏之见，相反之论”都可能包含着真理的颗粒，由此形成人类认识发展的大树。因此，作为哲学史、学术史的整理者和研究者，要善于从各家各派的“不同处”撷取真理性知识，善于把握各家宗旨，透露其人“一生之精神”，这才有益于学术的发展。
黄宗羲的“一本万殊”论既是一种反映学术发展史的学术史观，也是观察和把握学术史的方法论。但作为方法论，它主要是分析的方法，不是归纳的方法。而这种归纳的方法，就是他在《万充宗墓志铭》中所概括的“会众以合一”加方法。历史文献浩如烟海，一个历史学家或哲学史家，如果没有正确的观点和科学方法的指导，没有“会众合一”的学术归纳能力，那么他写出的学术著作，就只能是材料的堆积，犹如一团乱麻理不出头绪。当然，所谓“会众合一”并非要使众家之言去合一先生的立言标准，而应当取众家精华剔除糟粕，使之融会到反映时代精神的历史潮流中去。
康熙十五年（1676年）二月即在完成《明儒学案》后，已经六十六岁的黄宗羲再渡钱塘江，北抵海宁，应知县许三礼的邀请，公开讲学。无数学者云集海宁，倾听黄宗羲的讲学。此后，黄宗羲一直往返于余姚、海宁间，主持海宁讲席共达5年之久。
四持节尽瘁众望所归
“人生七十古来稀。”到康熙十八年（167年），黄宗羲已年满70岁了。但是他并没有因年高体衰而颐养天年，而是更加勤奋、刻苦地著述和讲学，不仅给当时的知识界培养了万斯同、万斯大等一批著名经史学家，而且还为后世写下了五十余种、近千卷的著述。
清初，几十年的战乱使广大人民饱受涂炭之苦，迫切要求安定和统一。清朝第三任帝康熙亲政之后，励精图治，力谋使清王朝的统治得到进一步的巩固。康熙皇帝很清楚，抗清武装斗争虽已过去，但许多汉族知识分子还是以明朝为正统，对清朝仍心存敌意。像黄宗羲这样的大学者，品德清高，学识渊博，是学术界和人民心目中极有声望的人物，如果能争取他们为清政府所用，对于安定社会，振兴文教，将起到极为重要的作用。于是，清政府及其官员曾先后四次聘请黄宗亲出什做官。
早在康熙十六年（1677年）年初，黄宗羲的弟子董允瑫由北京南返。在临出发前，当时的清朝侍读学士叶方蔼专门赋五古诗一首，交董允瑫转赠给黄宗羲。这首五古诗的结句说：“勿著羊裘去，苍茫烟水滨。”这首诗显然是在试图规劝黄宗羲结束隐逸生涯，出来为清廷效力。但是，黄宗差却丝毫没有动摇隐居著述的念头和信心。多年的曲折艰难的经历和广博精深的学识，使他对封建君主专制制度的危害及其罪恶本质有了透彻的认识。他已不再留恋覆亡的明王朝，因为那已如昨日尘烟般远远逝去；也不再跟抗清斗争失败时一样仇恨和敌视清王朝，但也不会向之屈膝投靠。他曾经深有感触地说：“我年轻时，拜刘蕺山为师，但在那时，我喜欢同气节刚劲的人交往，井且好高骛远，总想成就一番大的事业，而同时又免不了受科举恶习的沾染，因此，所学的知识太浮躁了！天移地转，经过多少年的艰难曲折和困苦经历，使我深受再造和启迪。如今，将所有的藏书都一一翻阅细读，心中许多凝塞问题才找到了答案。所以，我真为过去所掌握的东西太浅薄而深感悔恨！”（黄炳豆《黄宗羲年谱》第五十九岁条）因此，当接到叶方蔼的赠诗后，黄宗羲当即次其韵仍作五古诗一首奉答。诗的结句，一反叶氏原意，写道：“勿今吾乡校，窃议东海滨”（陈祖武《清代人物传稿》上编，第二卷）明确表明不付清廷的志向。
康熙十七年（1678年），清廷议修《明史人特开博学鸿儒科，以“诏征博学鸿儒”的名义，命令地方三品以上的官员推荐“学行兼优，文词卓越之人”，并由康熙皇帝“亲试录用”。这时，侍读学士叶方蔼又利用为经筵讲官之便，将黄宗羲推荐给康熙皇帝。黄宗蕉在京任职的弟子陈锡暇闻讯后大吃一惊，因为他深知老师根本不愿做清朝的官，如果强迫征召的话，定会导致极为恶劣的后果，所以就从中代为力辞，这第二次征召才就此作罢。
叶方蔼见黄宗羲执意不出，便在康熙十八年（1679年），与徐元文一道以《明史》馆总裁的身份，聘请黄宗象的弟子万斯同。万言参加撰修《明史》。《明史》的撰修是有关祖国历史和文献整理的一件大事，黄宗羲对此寄予了颇大的关注。因此，在送万斯同等北上时，特意赋诗相赠，以“太平有策莫轻题”相告诫。（黄宗羲《南雷诗历·送万季野贞一北上》）
康熙十九年（1680年），徐元文又向康熙皇帝推荐了杰出的史学家黄宗羲。康熙帝对黄宗羲这个名字早已听过多次，于是立即命两江总督和浙江巡抚以礼相聘，但黄宗羲“以老病坚辞不行”（全祖望《鲒埼亭集·梨洲先生神道碑文》）。最后，在徐元文的一再要求下，才让儿子黄百家北上修史，并曾就此致书除元文，不无牢骚地写道：“今吾遣子从公，可以置我矣。”（全祖望《梨洲先生神道碑文》）康熙帝知道不能勉强要求黄宗羲正式参加官修《明史》之事，就下了一道特旨：凡黄宗益所有论著和他搜集的明代史料，皆由地方官抄录进京，交给史馆。所以，黄宗羲虽然没有直接参编《明史》，却为此作出了很大的贡献。因为他史学造诣极深，对明代史事十分熟悉，所以每逢修史时遇到重大疑难问题时，史官们总是通过书信请他指教，有时派人千里送槁，求他审正修改，才算定论。对此，黄宗素每次都不辞劳苦地予以答复。
康熙帝再一次听到臣下力荐黄宗象是在康熙二十九年（1690年），这时黄宗裁已81岁高龄。据《黄宗益年谱》八十一岁条记，当康熙帝问朝廷大臣徐乾学：“海内有博学治问，文章尔雅，可备顾问者？”徐乾学回答：“以臣所知，止有浙江黄宗羲，学问渊博，行年八十，犹手不释卷，曾经臣弟元文奏焉。”康熙帝于是说：“可召至京，朕不任以事，如欲回，即遣官送之。”由此足见黄宗羲在当时的影响和地位。此事终因黄宗羲“老病”而作罢，空惹得康熙帝“叹人才之难如此”。
此时，虽然黄宗羲岁高年迈，体弱多病，但是他却丝毫没有放松读书与著述，反而因为自知时间已不太多，更加刻苦，正所谓“老牛自知夕阳短，无须扬鞭自奋蹄”。黄宗羲一生最爱藏书，虽已年逾古稀，但他仍嗜书如命，访书若渴。他家中的“续抄堂”是浙东闻名的藏书楼，藏书颇为丰富，但黄宗羲犹嫌不足。为了掌握更多的文献资料，他四处走访，或借阅抄录，或设法购回。东南地区特别是浙东、浙西地区的私人藏书处几乎让他走了一个遍，如钮氏世学楼，黄氏千顷斋，钱氏绛云楼，祁氏淡生堂等。康熙十二年（1673年），他曾到宁波范氏天一阁阅书，后来还写了一篇《天一阁藏书记》。直到康熙二十二年（168年），他以七十四岁高龄，还在江苏昆山徐乾学家的“传是楼”查阅了多达三百余种的文集。他曾告诫一时学者：“当以书明心，不可玩物丧志。”（全祖望《鲒埼亭集外编·二老阁藏书记》）把书搜集到之后，黄宗羲便现定每天必须读完的卷数，不完成决不休息。在他的诗中，对此进行了描述：“一生将计数千载，百里还看九十行。”这些诗句道出了他对待著述的乐观态度，也反映出他在晚年为完成著述而只争朝夕的精神。
康熙十九年（1680年），黄宗素将旧有文稿加以整理，选取其中一部分付刻，名为《南雷文集》，后于康熙二十七年（1688年）再次将该书旧刻文集加以删削改定，命名为《南雷文定》重行刊刻。此外，为了保存明代的重要文献，早在康熙七年（1668年），黄宗泰就开始搜集整理，名为《明文集》。为了编选这部书，他四出访求古籍，夜以继日辛勤工作，历时8年之久，直到康熙十四年（1675年）才完成。在晚年，黄宗蒙因为原来的编定有不少的遗漏和缺憾，于是员新进行编整，并把该书扩为482卷，直到他逝世前夕才脱稿，并正式定名为《明文海》。此书参考了明朝各家文集2000余种，黄宗羲为该书前后费时26年，并指出“非此不足存一代之书”（黄宗素《明文海》卷首）。当时，他已是79岁高龄，被当时学者誉为其时之“斗杓”。
但是，黄宗素自知年岁高迈，恐将不久于人世，回首一生，漂泊无定，饱尝流离。“乱离人，不如太平犬”，他痛定思痛，更有无限悲凉和感慨！于是在这一年预筑生扩，“内设石床”以年谱》七十九岁条），准备以之为归宿。
康熙三十年（1701年），黄宗台以82岁高龄，邀游黄山，显示出他虽老但不服老的昂扬斗志，但毕竟年岁不饶人，不堪长途跋涉，次年七月他便患重病卧床不起。病中从北京传来《明儒学案》将在北方刊行的喜讯，他便抱病向儿子黄百家口授《明儒学案序》。康熙三十四年（1695年）七月，黄宗羲以86岁高龄寿终正寝。在此之前，他曾告诫家人两件事：第一，要求他死后一切从简，“即于次日界至扩中，敛以时服，一被一褥，安放石床，不用棺槨，不作佛事，不做七七，凡鼓吹巫现铭健纸施纸钱一概不用；第二，要求家人在墓前架“石条两根”，刻上：
不事王侯，持子陵之风节；
诏钞著述，同虞喜之博文。
（《年谱八十六岁条）
黄宗羲的这种做法，是极其难能可贵的。因为在那传统的礼教严重束缚着人们思想的时代，作为一个名震朝野的人物，居然在丧葬时不用棺槨，标榜风节，“不做佛事，不做七七”，这不能不说是对盛行于当时的佛教和礼学礼仪的一种严重挑战。这正反映了黄宗素唯物的人生观。后来，他的门人这样解释此事：“公自以身道国家之变，期于速朽，而不欲显言其故。”（全祖望《梨洲先生神道碑文》）这是有失于黄宗羲的原意的，是为转移清政府视线的一种有意曲解而已。
纵观黄宗羲一生的重要著作及其在史学、哲学、文学、美学乃至数学、天文、地理自然学科多种学科的广阔领域中，都获得了相当的造诣。他不仅在当时对于清代学术的发展和学风的演变产生了很大影响，而且对于后世也起到了极其重要的启蒙作用，被资产阶级改良派梁启超、谭嗣同等人推崇，将其著作《明夷待访录》节抄、复印、秘密散发，鼓动了民主思想，推动了改良思潮。梁启超称其著作“实为刺激青年最有力之兴奋剂”（梁启超《中国近三百年学术史》）。以孙中山为代表的资产阶级革命派，也一再介绍黄宗羲等人的进步思想，动员人民进行民族。民主革命，为中国的旧民主主义革命提供了思想武器。
黄宗羲在明末清初“天崩地解”的时代，始终坚持了崇高的气节和高尚的品德。他是我国一位伟大的思想家，为本民族的学术文化发展作出了重要的贡献。黄宗差勇敢地抨击反动的封建君主专制制度，这正是作为启蒙思想家所具有的特色。他的著作是中华民族最优秀的文化遗产。