石亨本是一个犯罪军官，于谦起用了他，在北京保卫战中立有军功。当他私自推荐于谦的儿子于冕时，不仅没有讨得于谦的欢心，反而被于谦所批评，他一直怀恨在心；又因于谦平素约束太严，自己不能肆意横行；石亨的侄子石彪，由游击将军升迁都督金事，仗石亨的势力，常纵家人夺占民产，又招纳流亡民户，擅自垦田置庄，石彪的贪婪横暴，受到于谦的弹劾，石亨更加怨恨，必予置之于死地而后快。
徐有贞，就是当年主张迁都南京的翰林院侍讲徐理。因为南迁都城的建议遭到于谦的谴责，被众人所耻笑，所以才改名为徐有贞。后来，他又请求于谦在景帝面前推荐他任国子监祭酒，但是没有得以实现，前后两事，都使他对于谦十分怨恨。
太监曹吉祥，原是王振的党羽，很想效法王振能在朝中擅权，而像于谦这样秉公办事，执法严格的大臣，便视为自己实现私欲、达到增权的绊脚石，必欲设法踢开才甘心。
还有一伙如同石、徐、曹之流的小人，他们对于谦又是惧怕，又是怨恨。他们伙同一起，时刻想搬倒于谦，终于他们利用景帝与英宗之间的矛盾，置于谦于死地。
当也先看到利用英宗向明朝索要财物的阴谋不能得逞时，为了自身的利益，就只好将英宗送还。明朝大臣准备迎奉英宗，可景帝却感到不快，说：“朕本欲不登大位，当时见推，实出卿等。”于谦知道景帝有顾虑，为了顾全大局，从容地对景帝讲：“天位已定，宁复有他，顾理当速迎奉耳。万一彼果怀诈，我有辞矣。”景帝听于谦说自己的帝位不会动摇，便高兴地说：“从汝，从汝！”于景泰元年（1450年）九月将英宗接回。名义上奉为太上皇，实际是幽禁在南宫。
景帝自己从亲王登上皇帝宝座，但继承人太子朱见深却是英宗的儿子。为了把帝位传给自己的儿子，景泰三年（1452年），景帝废掉太子朱见深，另封为沂王，立自己的独子朱见济为太子。想不到，一年多之后，太子朱见济竟夭折，一时后继无人。本来，有些官员为了维护封建的统序，不同意废掉朱见深，至此，御史钟同、礼部郎中章纶又请求复立未见深为太子。景帝恼怒，将钟、章二人逮捕入狱。于谦数次上疏进谏，却不为景帝采纳。于谦又上疏要求解除兵权，告归故里，又不被允准。当时景帝只有二十几岁，年纪尚轻，也许他认为将来不久还会有新继承人的。
不料，在景泰八年（1457年），景帝却病倒了。此时，徐有贞、石亨、曹吉祥等一般人，认为机会到了。他们一起策划于密室，要趁景帝生病之机，迎立英宗复辟，事成之后，他们皆有迎复之功，到时晋官加爵，便可为所欲为了。正月十六日半夜之后，他们假造边关报警，要加强警备，以防万一为名，带兵千余人进入皇宫，直奔软禁英宗的南宫，撞开宫门，接出英宗，蜂拥至奉天殿升座。当时文武百官正在朝堂等候景帝视朝，徐有贞对众官员大声呼道：“上皇复辟了”，并胁迫众官员进殿贺喜。事出仓促，大臣们一时不知所从，十分恐慌，又见大殿上端坐的果真是太上皇，大家只好列班朝贺。这一场宫廷政变，就这样被他们轻易地获得成功。历史上把这次事变称之为“夺门之变”，也称之为“南宫复辟”。
英宗复辟之时，景帝因病住在南郊斋宫。复辟成功后，景帝被废，又恢复础工之位。景泰八年改为天顺元年。病中的景帝被迁到西宫，不久就死了，年仅30岁，以亲王的礼仪葬于西山，其妃嫔也被赐死殉葬。景帝的死因，也是明史中的一个疑案。
南宫复辟，遭到最大不幸的是于谦。徐有贞、石亨、曹吉祥等得志的奸佞，不失时机地诬蔑于谦阴谋迎立襄王（英宗的叔父）之子为太子，犯有“谋逆”大罪，下锦衣卫狱。同时被捕下狱的还有大学士王文。经有司的审理，找不出任何证据，于是百般拷掠，王文不胜其忿，反复力辩，于谦早已识透奸佞们的阴谋，所以他说：“（石）亨等罗织锻炼，辩之何益？”果然，石亨等人见查无实据，便以“意欲”谋逆的罪名，判于谦为死罪。英宗对判于谦死刑，尚有犹豫，他认为：“于谦实有功！”然而，徐有贞却说：“不杀于谦，此举无名。”至此，英宗杀于谦的决心已定。
正月二十二日，年已60，白发苍苍的于谦被押赴刑场。临刑时，于谦神色自若，口占辞世诗一首，从容就义。于谦死后，家产被籍没，抄家时，家无多余的财产，四壁萧然，只有书籍而已。家属被发配到边地充军。
于谦惨遭杀害，京城百姓无不失声痛哭，认为这是天下第一大冤狱。就连曹吉祥手下的指挥朵儿，不怕危险，携酒前往祭奠，回来后，遭到曹吉祥的毒打，可第二天仍去尸前祭奠如故。都督同知陈逢，感念于谦的刚正与功绩，不畏徐、石等权奸的淫威，收殓了他的尸体。第二年，于谦的女婿将其遗体运往故乡杭州，葬于西湖边上的三台山麓。于是在美丽的西子湖畔，先有南宋抗金英雄岳飞的坟墓，如今又增加一座抗击瓦刺侵犯的英雄于谦的坟墓。两位英雄的光辉业绩，为西湖大为增色，所以有诗写道：“赖有岳、于双少保，人间始觉重西湖。”明末清初抗清英雄张煌言也曾作诗写道：
国破家亡欲何之，
西子湖头有我师；
日月双悬于氏墓，
乾坤半壁岳家词。
从诗中可以看到于谦和岳飞一样，给予后世以巨大深远的影响。
徐有贞、石亨、曹吉祥等人，在杀害于谦的同时，又大搜所谓于谦党人，镂板张榜以示天下。把于谦平素推荐。重用的官员。将领或加以杀害，或滴戍、罢官。一时间，凡欲图取宠往上爬的卑鄙小人，无不以攻击于谦为晋身之阶。还不仅如此，他们又大改于谦所创立的一些制度，连团营也被废罢，又恢复了原来的三大营。
于谦死后，朝廷中的腐败习气骤增。石亨的党羽陈汝言代替于谦为兵部尚书，贪赃累积巨万，不到一年即败露。英宗召大臣入视，不无伤感地说：“于谦被遇景泰朝，死无余赀，汝言抑何多也！”石亨俯首，无言以对。不久，边防有警报传来，英宗十分担忧。恭顺侯吴瑾在一旁进言说：“使于谦在，当不令寇至此。”英宗只有点头默然。
英宗复辟，仍像以前那样昏庸。他还念念不忘害他被俘的王振，下诏恢复王振的官衔，为他招魂安葬，祀其牌位于智化寺，并赐其词名为“精忠”。对“夺门之变”中的为首者，大加封赏。徐有贞封为武功伯，官至兵部尚书兼华盖殿大学士，掌文渊阁事，即内阁首辅。石亨进封为忠国公，其侄子石彪封为定远侯。太监曹吉祥升为司礼监，总督三大营。其他一些在复辟中出过力的官员，都分别晋官加俸。这一些人都是好利之徒，在这一场权力的再分配中，争权夺利，尔虞我诈，矛盾重重，斗争激烈。
徐有贞得志之后，总想能在石亨，曹吉祥之上，独为皇帝所宠信。于是在英亲面前讲曹吉祥、石亨的坏话，英宗也为之所动。御史杨渲上疏弹劾曹、石侵占民田，英宗追问，徐有贞所对如杨渲的奏疏相同，于是英宗嘉奖了杨宣，使曹、石对徐有贞怀恨在心。他们同样在英宗面前挑拨与徐的关系，并令人以投匿名信的方式，说徐有贞对朝廷怨望，还有其他不轨行为。在曹，石联合攻击下，徐有贞最先被搬倒，被逮捕投进了监狱。不久，判罢官谪戍金齿。
石亨势大，其家人冒功受封的50多人，亲朋故旧窜名“夺门”而得官的4000余人，石亨与石彪叔侄两家养有官员、猛士数万人，中外将帅半出其门，京师之人侧目而砚。他又仗着功高得宠，便胡作非为，横行朝中。弹劾他侵占民田的御史杨宣被滴戍；他屡兴大狱，构陷纠劾、检举他的不法行为的言官，朝中官员皆畏其权势。英宗对石亨的不法与专横有所察觉后，就逐渐疏远了他。石亨见自己的地位有所下降，便心怀怨望，阴谋造反。他对手下将上说：“陈桥兵变，史不称其篡。”用高官厚禄拉拢他们助自己篡位。无顺三年（1459年），石彪阴谋镇守大同，令其部下千户杨斌等向朝廷保奏，英宗察觉其中阴谋，将其逮捕下狱。至此，石亨更急于举事，由于家人告发，被逮捕入狱，死于狱中。石彪亦被处以死刑。
曹吉祥在朝廷中的权势，与石亨相当，故朝野并称“曹、石”。曹吉祥的侄于曹钦、曹铉、曹锋、曹睿都被任命为都督，掌兵权。曹钦还被封为昭武伯。这是明朝宦官子侄封爵的开始。曹吉祥的门下厮养的无赖。冒功封官者，多至千人。他平日与石亨狼狈为奸，石亨倒台后，担心自己也会是好景不长，便和诸侄儿搜罗亡命、无赖，蓄谋造反。一天，曹钦问其部下：“自古有宦官的子弟为天子的吗？”一个善吹捧的人说：“君家魏武帝曹操便是。”曹钦一听大喜过望，以为自己将会成为曹操第二。不料，曹吉祥叔侄不轨的行为有所泄漏，英家有所察觉，派锦衣卫指挥暗中监视他们的行动。曹钦等人心中有些惊慌，密谋要有行动。其时，天顺五年（1461）七月，恰有甘州（今甘肃张掖）、凉州（今甘肃武威）告警。英宗命怀宁侯孙镗率京军出征。曹吉祥与曹钦密谋趁其出师的时机，由曹钦领人袭杀孙镗，然后夺宫门而人，皇宫内则由曹吉祥接应。计议已定，却被内部人马亮所告发。孙镗、英宗接到消息后，立即逮捕了曹吉祥，并下令紧闭皇城各门及京城的九门。曹钦发现消息走漏，即带人马攻向朝房，孙镗集合征西军与其格斗，曹铉、曹锋、曹渲均被杀死，曹钦逃回住宅，投井而死。曹吉祥被处以磔刑，其同党皆被杀死。至此构陷于谦的主谋，皆落得可耻的下场。
随着陷害于谦的主谋的死去，于谦的冤情也就大白于天下了。大顺八年（1464年）正月，38岁的英宗死了，他的儿子朱见深登上皇位，是为宪宗，改元成化。不久，于谦的儿子于冕从滴戍地龙门赦归。于冕上疏为父亲辩冤。朝廷特旨昭雪并予赐祭，其诰书曰：
当国家之多难，保社稷以无虞，惟公道之独持，为权奸所并嫉。
在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠。
天下传诵。明孝宗弘治二年（1489年），用给事中孙需的建议，特赠于谦为光禄大夫、柱国、太傅、谥号肃憨（在万历年间改谥号忠肃），并为于谦建词、修墓，派有司每年祭祀。