在这种背景之下，秦桧又被起用。同年二月，秦桧再次担任资政殿学士，此后又出任绍兴(今浙江绍兴)知府、醴泉观使兼侍读。绍兴七年(公元1137年)正月，秦桧出任枢密院使。秦桧复出后，故意主张多多制造强弓硬弩以防备金人来犯，从而收买人心。
然而在绍兴八年(公元1138年)三月，高宗又任命秦桧为右仆射、同中书门下平章事兼枢密院使。
秦桧再次出任宰相后，吸取了上一次的教训，事事先摸准高宗的心思，再按皇帝的旨意去办。因此，高宗对他十分信任。在与金国的议和问题上，高宗经过再三考虑，决定还是让秦桧主持这件事。
秦桧首先是打击主战派，免了刘大中的职。而左相赵鼎迫于压力，被迫辞职，改任绍兴知府。到此，秦桧就一个人把持了朝政。
同年十月，金国使者携带金熙宗的诏书南下。一进入宋境，他们不仅要求沿途州县守臣迎奉金帝诏书，而且要求宋高宗跪拜接受诏书。这等于是将南宋视为金国的附属国。此事激起了南宋军民的极大愤慨，许多人上书要求高宗杀掉秦桧以谢天下。
对于跪拜接受金熙宗的册封诏书，高宗感到有失自己的颜面。秦桧无奈之下，便向给事中楼炤问计。楼炤便想了一个点子：向金国使者说明，高宗正在为徽宗守丧，可以由宰相来代行跪拜之礼。金国使者也怕发生变故，于是就同意了。这样，秦桧就自导自演，代高宗在金国使者面前行跪拜之礼，接受金熙宗的册封诏书。
绍兴九年(公元1139年)正月，金、宋达成了和议：金国将原来伪齐统治的陕西、河南地区归还给南宋，并送还韦太后及宋徽宗的梓宫；南宋向金称臣，每年进项白银25万两、绢25万匹。同年春，金军撤出了汴京，河南地区又重新回到了南宋的手中。
宋金和议的成功，使高宗越发宠信秦桧。他们便下令禁止诋斥金朝，对刚刚收复的陕西、河南地区既不设防，也不建立战备设施。
同年秋天，金国发生了政变，主张对南宋开战的兀术一派当权，挞懒等人则被金熙宗以谋反罪处死。绍兴十年(公元1140年)五月，金朝以兀术为统帅，再次南侵，而不到一个月，陕西、河南地区再次沦陷。
在金军的进攻面前，宋高宗只得下令宋军分路抵抗。到绍兴十一年(公元1141年)，各路宋军捷报频传。兀术几次进攻失利之后，便认识到以武力征服南宋是难以取胜的，便表示愿与南宋议和。秦桧便急忙派人前往汴京打探消息，使者回来说，金人愿意归还韦太后，但南宋必须割让淮河以北及陕西等地，并且每年进贡银25万两、绢25万匹。而此时高宗蓬窗睡起南宋宋高宗急于达成和议，便全部答应了金国的条件。同年，两国订立和约，从此宋、金以淮水一大散关一线为界南北分治。
和约达成后，秦桧急忙派人前往各地办理割让土地事宜。陕西商州知州邵隆，因对割地不满，又率兵袭击了金军，结果被秦桧派人毒死。在短短三个月时间里，宋朝的半壁江山就被划入了金国的版图。绍兴十二年(公元1142年)七月，金国将韦太后送还。秦桧也因和议成功，被高宗加封为太师，晋封魏国公。
四、谋害岳飞
岳飞，字鹏举，相州汤阴(今河南汤阴)人，北宋末年投军，曾多次上书高宗，要求北伐。绍兴十年(公元1140年)，金军大举南下，南宋军队分头抵抗，他率领“岳家军”北进河南。在郾城一战中，岳飞大破金军的精锐部队——“拐子马”。岳家军的前锋直抵朱仙镇，随时准备渡河北上。宋军在其他战场上也是节节取胜。这时，宋高宗和秦桧认为自己的政权已经保住了，可以与金朝议和了，再加上又担心岳飞等大将在外面功高震主，不得已便决定与金朝议和，并命令张俊、韩世忠、杨沂中等宋军先行南撤，使岳飞不能孤军深入。秦桧又上奏高宗道：“岳飞孤军深入，不可久留，请陛下令其班师。”高宗同意了他的建议，一天之内连下了十二道金牌，迫令岳飞班师。岳飞慨叹道，十年的功绩毁于一旦，不得已只得撤回。此时，北伐收复的大片领土又被秦桧一伙拱手送给了金人。
班师后，为了剥夺众大将们的兵权，秦桧把张俊、韩世忠、岳飞召至临安，让高宗任命张、韩二人为枢密使，岳飞为枢密副使，一举收回了三大帅在外的兵权，并加紧步伐向金人议和。但韩世忠、岳飞却始终主张抗战，并与秦桧对抗到底；而张俊则附和着秦桧，见风使舵，后来成为谋杀岳飞的帮凶。不仅秦桧想除掉岳飞，就连高宗也认为他是一大隐患。首先，他们之间的政策思想不同，高宗一心主和，而岳飞一意抗战，两人始终是对立的；其次，岳飞曾多次催促高宗早立太子，但高宗当时并没有立太子的想法，高宗认为岳飞在干涉他的家务事，对此一直耿耿于怀；另外更重要的是，岳飞抗金时打着一个旗号：“直捣黄龙，迎回二圣。”二圣中一个是高宗的父亲，一个是高宗的哥哥，二圣回来之后，他自己的位置该怎么办呢？再加上岳飞战功赫赫，且手中又掌握兵权，早晚对他不利，不如先下手为强，再说，兀术接连两次入侵南宋均以失败告终，也表示愿意与南宋议和，但兀术派人对秦桧说：“你们天天讲议和，而岳飞却在策划恢复河北，哪有什么诚意和谈？除非杀了他，两国才可议和。”于是，宋高宗、秦桧两人狼狈为奸，开始了策划谋害岳飞的罪名。
秦桧让自己的心腹右谏议大夫万俟呙利用张俊捏造了岳飞与张俊守楚州时，建议张俊放弃楚州，撤兵保守长江这一罪状上书弹劾岳飞。高宗看了万俟呙的奏章后，不作任何调查，就肯定岳飞有罪。秦桧乘机添油加醋，他的党羽御史中丞何铸、待御史罗汝楫也跟着上奏章弹劾岳飞，绍兴十一年，高宗免去了岳飞的枢密副使官职，并将岳飞的旧部张宪、其子岳云逮捕下狱。
在审理此案时，本为秦桧亲信的何铸，经过反复审查，认为岳飞谋反的罪名不成立。秦桧便说杀岳飞是高宗的意思，何铸仍不照办，于是秦桧就非常生气，便罢了何铸的官，让万俟卨代其职位，主持审讯。万俟呙丧尽天良，一面令狱吏对岳飞、岳云和张宪严刑拷打，逼他们招供，一面又进一步罗织岳飞父子“谋反”的罪名。在高宗的支持下，秦桧等人在证据不足的情况下杀害了岳飞。而韩世忠多次提出抗战，也被罢了官，他深为岳飞抱不平，曾当面斥问秦桧：“岳飞何罪之有？”秦桧说：“岳飞与岳云、张宪谋反之事虽然没有真凭实据，但莫须有(或许有)。”韩世忠听后很气愤地说：“‘莫须有’三个字怎么能使天下百姓信服呢？”从此，“莫须有”三字便成了奸佞之人诬陷正直人士的代名词。
五、死有余辜
宋高宗、秦桧害死岳飞之后，将其子孙发配到岭南。秦桧将岳飞诱骗入狱后，而其妻王氏对他说：“捉虎易，放虎难也，相公何不下决心除掉岳飞呢？”后人将秦桧与其妻王氏谋杀岳飞之事，名为“东窗之事”，此后竟成为搞阴谋的代名词。因此，秦桧与王氏、张俊、万俟呙成为谋害岳飞的“四贼”，他们将永远被钉在历史的耻辱柱上。
秦桧杀害了岳飞之后，仍然排挤异己，只要看谁不顺眼，就将他扣上“毁谤执政者”的罪名，重的处死，轻的流放。那些身居要职的官员，整日提心吊胆，小心谨慎，生怕被秦桧抓住了把柄，招来横祸。秦桧不但在政治上专权骄横，在生活上也是穷奢极俗，非常腐败。他使用各种卑鄙手段，攫取了大量的资财。他的这些家资大部分是靠营私舞弊、卖官鬻爵得来的，所以他对贪官污吏很喜欢，而对清廉文士则非常仇恨。
秦桧投降卖国，残害忠良，制造了一件又一件冤案，使南宋人民对他的卖国行径深感愤慨。1150年，一位名叫施全的小军官趁他上朝之机，对他行刺，刺杀未成功，施全被捕。秦桧问施全为什么刺杀他，施全理直气壮地说：“全国民众与金人誓不两立，而唯有你却想投靠他们，所以要杀你。”受了这次惊吓之后，秦桧每次出门都格外小心，随身带着五十名卫士。不到五年，秦桧便老病交加，于绍兴二十五年(公元1155年)十月二十二日断气。秦桧死后，高宗还追封他为申王，谥号“忠献”。
不久，秦桧即被追夺王爵，改谥“缪丑”。
秦桧一生作恶多端，死后遗臭万年，真是死有余辜。