朱元璋读表文，把所有的“则”都念成“贼”，十分恼怒，说：“则音贼，骂我作过贼，用心险恶，一律处死。”浙江府学教授林元亮替海门卫官作《谢增俸表》，因文中有“作则垂宪”一句，被杀；北平府学训导赵伯宁为都司作《祝万寿表》，因文中有“垂子孙而作则”一句被杀；福州府学训导林伯壕为按察使撰《贺冬至表》，因文中有“仪则天下”一句被杀；桂林府学训导蒋质为布按吏使作《正旦贺表》，因文中有“建巾作则”一句被杀……
常州府学训导蒋镇为本府作《正旦贺表》，文中没有“则”字，但有“睿性生知”一句。朱元璋看了，把“生”字破读成“僧”。于是大怒说：“生者僧也，骂我当过和尚，立即处斩。”
怀庆府学训导吕睿为本府作《谢赐马表》，因文中有“遥瞻帝扉”一句，被杀。朱元璋说：“帝扉就是‘帝非’，他诽谤朕不是，乱言惑众，不斩留他无益。”祥符县学教谕贾翥为本县作《正旦贺表》，其中有‘取法象魏’一句，朱元璋读成“去发象魏”，说：“去是落发，说我是向秃子，立即处死。”毫州训导林云为本州作《谢乐宫赐宴笺》，因文中有“式君父以班爵禄”一语，被杀。朱元璋认为“式君父”就是“失君父”，这是诅咒王朝，不杀还留他做什么？德安府训导吴宪为本府作《贺立太孙表》，文中有“天下有道，望拜青门”两句。朱元璋说：“‘有道’就是‘有盗’，‘青门’就是‘和尚庙’。文人变着法儿地揭我短，讽刺我。”于是下令，一律处以死刑，立即执行。
朱元璋看文章，也从鸡蛋里挑骨头，对遇到自己不理解的词语、句子，也认为是别有用心，对这些作者必杀无疑。
陈州州学训导为本州作《贺万寿表》，其中有“寿域千秋”一句，朱元璋念不出花样来，却认为此句恶毒，还下令把做表的人杀了才放心。象山县教谕蒋景高因为表、笺笔误，被逮至京师处斩。
明代首屈一指的诗人高启善写豪宕凌厉、奔放驰骋的歌行体诗，为世人所推崇。高启作了一首《题宫女图》，其中有“小犬隔花空吠影，夜深宫禁有谁来？”
朱元璋看了，认为是讽刺他，怀恨在心，寻找借口把高启逮到南京。高启自问无愧，一路吟咏，有“枫桥北望草斑斑，十去行人九不还”、“自知清澈原无愧，盍倩长江鉴此心”的名句。到京后，未加审问，高启便遭到腰斩，当时他才三十九岁。高启的弟子吕勉悲愤之极，遂迁居城外，绝口不谈读书做文章的事。到明成祖永乐年间，吕勉才将高启的文稿刊刻传布。
就这样，朱元璋通过严酷的文字狱控制了文人儒士，让他们乖乖按照大明朝的要求做事，进一步加强了朱元璋对全国的控制。
党同伐异，诛杀功臣胡惟庸案是明太祖洪武四大案之一，死于此案的公侯爵位者近20人，被诛杀者有3万人之多。按说朱元璋生性多疑，平生最忌别人对自己有隐瞒，但怎么会发生如此一个案狱连绵：酿成一场骇人听闻、空前绝后的浩劫呢？
胡惟庸，定远人，不但是李善长的同乡，而且也算是朱元璋的同乡。胡惟庸虽然跟随朱元璋挺早，但一直不得志。胡惟庸从最低的元帅府奏差、迁宣使、宁国主簿进知县、吉安通判，擢湖广佥事。元顺帝至正二十七年（公元1367年），经过李善长的举荐，胡惟庸被调为太常寺少卿，又进官至太常寺卿。到明太祖洪武三年（公元1370年）时，胡惟庸入为中书省参知政事。次年正月，李善长告老，嗜酒而无能的汪广洋升右相，胡惟庸为中书左丞。汪广洋受淮西集团的排挤，于明太祖洪武六年（公元1373年）正月左迁广东参政，胡惟庸得以独揽大权。
胡惟庸没有李善长那样的大功，但是却有李善长那样的专断。胡惟庸贪财而露骨，来者不拒，多多益善。胡惟庸打击每一个不迎附自己的人，只要他不顺眼、不顺心的，便置之死地而后快。
胡惟庸深知自己做得太绝，被朱元璋抓住把柄将会处以极刑。于是，胡惟庸用手腕在几年之中，便把许多朱元璋的功臣拉上了自己的贼船。
胡惟庸为相七年，大权独揽，专断独行，使朱元璋觉得大权旁落，除了翦除，别无选择。于是，朱元璋开始找胡惟庸的茬儿，谁知胡惟庸不但不收敛，而且更张狂。在明太祖洪武十二年（公元1379年）九月胡惟庸又私藏占城国贡品，结果被中官发现。御史中丞涂节又告发胡惟庸，说他密谋害死刘基……令朱元璋龙颜大怒，赐胡惟庸死。然而这只是一个开始，当朱元璋对胡惟庸案深挖，以至于新证、人证的不断扩大，牵连众多的功臣，诛杀了多年才淡息下来。
胡惟庸原以为被自己拉下水的人越多自己也就越安全，哪里会想到朱元璋竟能真的诛杀这么多功臣。从这个案件的结果来看，怪就怪胡惟庸持权太重，架空了朱元璋，这是朱元璋所不允许的。朱元璋以擅权枉法罪状杀了胡惟庸，趁此机会取消了中书省，由他直接管理，集大权于一身，成为一个真正的独裁者。
明太祖洪武十三年（公元1380年），朱元璋宣布以“擅权植党”罪处死胡惟庸。以“擅权植党”罪处死胡惟庸在情理之中，要以它来罗织一个“胡党”，株连一大批功臣宿将却是为了把罪网罗织得更大。在胡惟庸死后，朱元璋的黑暗面状逐步升级，显然是要置那些“胡党”于死地。明代的心腹大患是“北虏南倭”，由此着手制造罪状最具杀伤力。于是，胡惟庸死后罪状升级为“通倭通虏”，用它来株连开国元勋。胡惟庸的被杀完全是咎由自取，但受胡惟庸牵连被杀的大批功臣完全是无辜的。胡案实际上成为朱元璋整肃功臣的借口，凡是他认为心怀怨恨、行为跋扈的大臣，都被加上“胡党”的罪名，处死抄家。
明太祖洪武二十三年（公元1390年），即胡惟庸被杀十年之后，罪状又升级为“谋反”。朱元璋安排亲信精心策划，唆使李善长的家奴卢促谦无中生有地告发李善长与胡惟庸往来勾结，串通谋反。看得出来，朱元璋要借此除掉李善长，朱元璋冠冕堂皇地说：“（李）善长元勋国戚，知逆谋不发”，“狐疑观望怀两端，大逆不道”。77岁的李善长及其一门七十余人被杀，纯属冤案一桩。一年以后，解缙上疏为其申冤，他起草的《论韩国公冤事状》，由郎中王国用冒死呈上，大意是：李善长为陛下打天下，是第一勋臣，假使帮胡惟庸成事，也不过如此，况且他已经年迈，根本没有精力再折腾，何苦如此！朱元璋看了以后，无话可说，可见他也默认是枉杀了李善长。
与此同时，朱元璋又策划陆仲亨的家奴告发陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵雄三名侯爵，串通胡惟庸“共谋不轨”。一场“肃清逆党”的政治运动铺天盖地而来，株连被杀的功臣及其家属共计达三万余人。为了平服人心，朱元璋特地颁布《昭示奸党录》，株连蔓延达数年之久。连一向与胡惟庸关系疏远的“浙东四先生”也未能幸免，亦以“胡党”被杀，宋濂的孙子宋慎也牵连被杀，宋濂本人则贬死于四川茅州。
后世史家对胡惟庸党案颇持怀疑态度。王世贞就对胡惟庸“谋反”之说表示难以相信；谈迁说的更加明确：“惟庸非判也”，乃“积疑成狱”，可谓一语道破。
蓝玉是开平王常遇春的妻弟，在常遇春麾下勇敢杀敌，所向披靡，堪称常胜将军，战功显赫。明太祖洪武二十年（公元1387年），朱元璋升蓝玉为大将军，两年后晋封谅国公。皇恩浩荡之下，蓝玉忘乎所以、骄横跋扈，使朱元璋感受到了将权与皇权的冲突。于是，朱元璋又精心策划了一场大屠杀，为了显示杀戮的正确，把被杀的人又扣上了“蓝党”的帽子。
明太祖洪武二十六年（公元1393年），锦衣卫指挥蒋献诬告蓝玉“谋反”，说蓝玉与景川侯曹震等公侯企图趁朱元璋出宫举行“藉田”仪式时，发动兵变。装模作样审讯的结果是连坐、族诛达15000人，把打天下的将领几乎一网打尽。为了显得名正言顺，朱元璋特地下手诏，颁布《逆臣录》，其中包括一公、十三侯、二伯。
从保留下来的《逆臣录》可以一眼看出，当时罗织罪状的伎俩实在拙劣的很。由于审讯者心思不够细密，留下了许多破绽。比如，一个名叫蒋富的招承，说是蓝玉出征回来，请他吃酒，在酒席间，蓝玉对他说：“老蒋，你是我的旧人，我有句话和你说知，休要走了消息。如今我要谋大事，已与众头目们都商量定了，你去到家打听着，若下手时，你便来讨分晓，久后也抬举你一步。”这个“老蒋”是谁呢？只是蓝玉家一个打渔网户。另有一名叫张仁孙的供道，说是因为出征回家，前去拜见，蓝玉对他们说：要成大事，要张仁孙等各置军器，听侯接应，如日后事成时都予大官做。这个张仁孙是谁呢？当初只是乡里一个染匠。蓝玉如果真想谋逆，自然应当十分谨慎，这样杀头灭族的事情，哪里有见人就说的道理？何况还是些无足轻重的打渔网户和染匠。仅此一点，这些口供的可靠性就大可怀疑。《逆臣录》是如此这般炮制出来的，目前已经散佚的《昭示奸党录》的可信性也就可想而知了。蓝玉之死，只因其恃功骄纵、飞扬跋扈，不听将令，朱元璋除之也是必然。只不过杀戮太重，坐连此案的人竟达一万五千多人。
开国第一功臣徐达因为一向反对胡惟庸，所以无法牵进“胡党”，他死时蓝玉党案还没有爆发，当然与“蓝党”无关，但是他也没有幸免。
明太祖洪武十八年（公元1385年），徐达患上了极为凶险的背疽，按中医的说法，忌吃蒸鹅。朱元璋偏偏派人送一只蒸鹅给他吃。徐达心知肚明，皇上不希望他继续活下去，只好当着来人的面，流着眼泪吃下蒸鹅，没有几天，就一命呜呼了。
曾经向朱元璋建议“高筑墙，广积粮，缓称王”的朱升，预感到朱元璋疑忌功臣，于明太祖洪武三年（公元1370年）就申请告老还乡。此外，朱升还是顾虑自己儿子朱同难保平安无事，特地向皇帝请求赏赐“免死券”。第二年，朱升寿终正寝，享年72年。朱升的儿子朱同却并未得到“免死券”的庇护，最后还是死在朱元璋的手下——赐自缢。
开国功臣惨遭大屠杀后，朱元璋才说：“自今胡党、蓝党概赦不问。”其实已经杀得差不多了，不过是一句显示皇恩浩荡的废话而已。
身后谜团
朱元璋籍贯之谜
关于朱元璋的籍贯，赞同者最多的是“钟离东乡说”。据《明史》记载，“太祖讳元璋，字国瑞，朱姓。世家沛，徙句容，再徙泗州。父世珍，始迁濠州之钟离。生四子，太祖其季也。”据说，朱元璋原本是沛县农民的后代，祖籍在沛县。北宋末年，金人南犯中原，世代居住在沛县的一个名叫朱百六的穷苦农民，带着夫人胡氏和儿子朱四五、朱四九南渡长江，迁徙到了金陵句容通德乡的朱家巷落户，以种田为生。朱四九娶了一位侯家女儿，生下四个儿子，即朱初一、朱初二、朱初五、朱初十。到了宋末元初时，朱家已沦落为“淘金户”，专为元朝统治者开采金银等贵重器物。朱初一见在句容难以生存，又带着夫人与十二岁的大儿子朱五一、八岁的小儿子朱五四向淮北逃亡，由于泗州一带荒地较多，就在泗州的盱胎津里镇定居下来，以农耕为生。后来，朱五四娶陈氏，由于生活陷于艰难，又迁徙至安徽灵璧县，最后至濠州钟离的东乡，又至西乡，在太平乡孤庄村定居下来。朱五四到钟离之前，已生有三个儿子，二个女儿，儿子分别叫重四、重六、重七、朱五一生有重一、重二、重三、重五四个儿子，等到朱元璋出生时，就取名叫重八。在古代，由于缺乏文化，穷苦人家的孩子取名字不易，一般按照日子和辈分，以数字取名。直到朱元璋长大以后，才给自己取了正式的名字叫兴宗，后又改为元璋，字国瑞。而朱元璋登基的年号是洪武，后人遂又称其为洪武皇帝，在凤阳一带，人们则称他为朱洪武。