尽管朱标行事与朱元璋不相类似，因为是嫡长子，还是很得朱元璋喜爱。也许正是因为在朱元璋眼中，朱标显得过于柔弱，他的文臣武将们才遭到凶狠的杀戮。朱元璋为了开导太子，曾拿来一根满是棘刺的树枝放在地上，命太子去拾取。太子面有难色。朱元璋就教训说：“有棘刺的树枝你不取，我替你削掉棘刺怎么样？”太子十分聪明，明白朱元璋之意，但并不以为然，委婉地劝谏父皇朱元璋说：“上有尧舜之君，下有尧舜之民。”言外之意是为君不能残暴。朱元璋十分恼怒，随手抄起一把椅子向太子砸去。这故事说明朱元璋坐上龙椅之后，把功臣视为棘刺。朱元璋深知：取天下要在马背上，守天下要在马下。狡兔死、走狗烹，天下一统，用不着武臣，朱元璋为了子孙的安全，就要向他们开刀。
朱元璋对于选择什么地方作首都，一直有些想法。明太祖洪武二十四年（公元1391年）八月，朱元璋要朱标去关中考察。朱元璋吩咐儿子：天下山川只有秦地号称险固，你去看看那里的风俗人情，兼带慰劳一下那里的父老子弟。
朱标出发后，朱元璋不放心，派人告诉朱标：你昨天渡江，雷声忽然在东南方响起，像是为你作前导，这是威震的征兆。但是一旬以来久阴不雨，应该引起警惕，举动宜谨慎，要严加防范，还要施仁布惠，以挽回天意。
朱标此行总算没有出什么娄子，还向朱元璋献上陕西地图交差。然而，之后朱标就生病了。就是在病中，朱标还勉力写了份奏章，陈说他对建都的看法。
明太祖洪武二十五年（公元1392年）四月，朱标去世，朱元璋一番心血白费。朱标的去世对朱元璋来说，这个打击太大了！于是，朱元璋又立朱标长子朱允炆为皇太孙。一切都要从头来过，最令朱元璋担忧的，是朱允炆的年龄太小了。
千秋功过
废相分权，精明治国；大兴冤狱，诛杀功臣
废相分权，精明治国朱元璋很早就注意到占领区内的政权建设。
元顺帝至正十五年（公元1355年）六月，朱元璋率军攻下太平后，即改太平路为太平府，设置了太平兴国翼元帅府，自领元帅事，召陶安参幕府事，李习为知府。第二年三月，朱元璋攻占集庆，他又改集庆路为应天府，称吴国公，置江南行中书省，自领总省事，置僚佐，并在辖区内设置府、州、县官，在江南建立了他领导下的政权系统。
其后，经过八年征战，朱元璋的辖区进一步扩大，湖广行省、江西行省也纳入了朱元璋的版图。因而，朱元璋又在元顺帝至正二十四年（公元1364年）春正月，改称为吴王，建立中书省，设置左、右丞相管理行政，左、右都督执掌军政，御史大夫执掌监察。并于地方建置行中书省、府、州、县等地方行政机构和主管地方军事的行都督府，基本上确立了后来的明朝政权的组织规模。
建立明朝后，朱明王朝的政治制度仍沿元朝旧制。中央设中书省，置左、右丞相；中书省下设六部，各部设尚书、侍郎。地方设行中书省，置平章政事和左右丞。中书省是“百司纲领，总率郡属。”凡事必先“关白”丞相，然后奏闻皇帝。行中书省总管一省民政、军政和司法。
不久之后，朱元璋即发现丞相和行中书省的权力过大，决心加以改革。明太祖洪武九年（公元1376年），朱元璋废行中书省，在全国陆续设置了13个承宣布政使司，同时又设提刑按察使司、都指挥使司分管一省民政、司法和军队。
布政使司设左右布政使各一人，从二品；左右参政，从三品；左右参议，从四品，均无定员。布政使掌一省之民政，主要责任为传布朝廷命令、考核属下官员和征收赋役。参政、参议分守各道，掌管粮储、屯田、水利、抚民诸事。布政使司下又设府、县二级地方政权，长官称知府、知县。
提刑按使司设按察使一人，正三品；副使，正四品；佥事，正五品，均无定员。按察使负责本省刑狱与监察。
都指挥使司，管辖本省卫所，负责军务，设都指挥使一人，正二品，是省最高军事长官。
都、布、按并称三司。三司的设立，一方面使地方机构职权趋向专一化，从而加强了办事效能；另一方面，由于三司地位平等，虽共掌一省政务，但互不统属，分归中央有关部门管辖，从而有效地达到了权力制衡，加强了中央集权。
明太祖洪武十年（公元1377年），朱元璋设通政使司，长官称通政使，主管章奏出纳和封驳，稍夺中书省的“关白”之权。第二年，朱元璋又下令凡奏事不得先“关白”中书省。明太祖洪武十三年（公元1380年），朱元璋以“谋不轨”罪名杀左丞相胡惟庸，罢中书省，拆中书省之政归六部，以尚书任天下事。六部尚书执行皇帝命令，直接对皇帝负责。六部即吏、户、礼、兵、刑、工。六部各设尚书一人，正二品；左右侍郎各一人，正三品。下置各司设郎中一人，正五品；员外郎一人，从五品。
吏部下辖文选、验封、稽勋、考功四清吏司。尚书掌天下官吏选授、封勋、考课之政令，以甄选人才，赞天子治。
户部下辖浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司。户部尚书掌全国户口、田赋之政令。十三司各掌其分省之事，兼领所分两京、直隶贡赋及诸司、卫所俸禄，边镇粮饷，并仓场盐课、钞关。
礼部下辖仪制、祠祭、主客、精膳四清吏司。尚书掌天下礼仪、祭祀、宴飨、贡举之政令。
刑部下辖浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司。尚书掌天下刑名及徒隶、勾复、关禁之政令。十三司各掌其分省及兼领所分京府、直隶之刑名。
工部下辖营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司。尚书掌天下百官、山泽之政令。
明以前历代中央辅政体制是丞相制。其基本权力由两部分构成。一是决策权，一是行政执行权。丞相既“掌承天子”，直接拥有一定的决策权；又“辅助万机”，作为百司首脑，主持对决策的实施。朱元璋的废相，对此结构作出了一大变更，行政执行权归属六部，决策权则全部收归皇帝手中。因而，皇帝的权力大大加强。
政治上集权的同时，朱元璋在军事上也实行“分权制衡”。明初基本的军事力量是卫所军。卫所设有卫指挥、千户、百户等官。洪武初年，由大都督府的大都督节制中外诸军。明太祖洪武十三年（公元1380年），改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，分领在京卫所和在外都司。都督府所管仅是兵籍和军政，不能直接统率军队。军官的选授权在兵部，而军队的调遣和最高指挥权则在皇帝。打仗时，兵部奉旨调兵、任命总兵，发给印信。战后，总兵官交还印信，士兵回归原来卫所。这样，兵部、都督府、总兵官都不能独专军权。
监察是中国古代政治生活中的一个重要内容，明太祖朱元璋将它视为其政权的三大支柱之一。朱元璋即吴王位时便设置了御史台，设左、右御史大夫和御史中丞等，以邓愈、汤和为御史大夫，刘基、章溢为御史中丞。朱元璋指出“国家立三大府，中书总政事，都督掌军旅，御史掌纠察。朝廷纪纲尽系于此，而台察之任尤清要。卿等当正已以率下，忠勤以事上，毋委靡因循以纵奸，毋假公济私以害物。”
建国后，朱元璋即从中央到地方建立了一整套监察机构。明太祖洪武十三年（公元1380年），朱元璋罢御史台。明太祖洪武十五年（公元1382年），朱元璋置都察院，设左、右都御史，左、右副都御史，左右佥都御史。“都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪、小人构党、作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正、上书陈言变乱陈宪、希进用者，劾。遇朝觐、考察，同吏部司贤否陟黜。大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各专其敕行事。”
都察院下设浙江、河南、广东、广西、山东、北平、山西、陕西、湖广、福建、江西、四川十二道监察御史。各道监察御史的职责为察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。军队行动则监军纪功，各以其事专监察。并且对御史台出巡有具体要求，明代御史官秩不高，但权力很大，职权行使，颇有雷厉风行之势，并且权限范围极广，每一御史都有权对内外所有机构、官员进行弹劾，并直接对皇帝负责。
除都察院系统外，对应于中央六部，朱元璋还创立了拥有独立监察权的六科给事中，六科即吏、户、礼、兵、刑、工六科。各科均设都给事中一人，左、右给事中各一人。给事中，吏科四人，户科八人，礼科六人，兵科十人，刑科八人，工科四人。六科职责为掌侍从，规柬、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。六科给事中的创置，对于地位和职权都已提高的六部，起着钳制的作用，同时也分解了都察院的监察权。都察院和六科之间有一定分工，但并不绝对。给事中同御史之间，亦可互相纠劾。
明代的司法机关较前代也有了进一步的扩展，其中央司法机关的刑部、大理寺和拥有一定司法权的都察院与前代不同。明代，刑部掌审判，大理寺则一般不再掌管审判，而专掌复核。因审判归刑部，事务性工作大增，因而刑部规模也相应扩大，由前代的四司扩充为十三清吏司，分别受理地方上诉案件，以及审核地方上的要案和审理中央百官的案件。明代对罪犯的处罚分死、流、笞、刑、徙几等，刑部有权处理流刑以下案件，但定罪以后，须将罪犯连同案卷送大理寺复核。死刑案件必须奏请皇帝批准。刑部的审判和大理寺的复核均须接受都察院的监督。
大理寺为明代中央司法复审机关，设有大理寺卿一人，左、右少卿各一人，左、右寺丞各一人。所属有司务厅和左、右二寺。案例审理完毕，凡未经大理寺复核者，诸司对罪犯均不得擅自发遣，否则即追究责任。
为保证案件审理无误，明代中央还建立了“三法司”联合审判制度。三法司即指刑部、大理寺、都察院。凡遇有大狱重囚，均由三法司联合审理，称“三堂会审”。
地方司法机构，如府、县一级仍与行政机关结合在一起，由知府、知县等地方行政最高长官掌握辖区司法审判工作。省级则专设司法机关——提刑按察使司，按察使有权处理徙以下案件，徙以上重案就必须报送中央刑部审理。从司法审判系统看，明朝自县、府、省以至中央刑部、三法司，形成了一套完整的体系，最高司法权则仍属皇帝。
此外，明朝特设的厂、卫特务组织，虽然不是正式的司法机构，但也被皇帝特令兼管刑狱，赋予巡察侦缉、专理诏狱和审讯的权力。特务司法是明代司法独具的特点。
断章取义，大兴文字狱朱元璋虽然明白治世用文的道理，但他对读书人并不是没有猜忌，朱元璋尤其对元朝遗臣常常持有一种非常微妙的态度。在朱元璋这个新皇帝和元朝的旧臣之间总是有种微妙的关系。
元朝的士大夫文化人，他们如果要出仕新朝，就是对元皇帝的背叛，按照封建礼仪，就像再嫁的妇人一样失节；倘要守身不出，拒不应召，就是对新皇帝的蔑视，很可能引来杀身之祸。朱元璋既要他们忠贞，又要他们从命，这实在是强人所难。
危素就是这样一个可怜的老臣。危素是元代翰林学士，精通史学。元朝灭亡后，被明朝政府继续留用，在翰林院供职。当时也很受朱元璋器重，但是后来越来越受到猜忌。
明太祖洪武三年（公元1370年），危素应召到大内东阁，朱元璋听到脚步声，问道：“是谁？”危素回答：“老臣危素。”朱元璋随口说道：“我只道是文天祥。”危素感到羞辱，却又无法反驳，只能跪在地上连连叩头。
不久，朱元璋对这个年近七十的老翁再加羞辱。元顺帝有一头会舞蹈朝拜的驯象被送到南京。这一天，朱元璋朝会群臣，让大象跳朝拜舞。大约是整个环境条件改变，这头大象就是不跳，只是伏地不起，大有不事二主的气概。朱元璋就成就了它的“忠义”之志，命人把它牵出去杀了。然后，拿来两块木牌，一块写着“危不如象”，一块写着“素不如象”，挂在危素的两肩上。这帮御史大夫见皇帝如此，便一哄而上，纷纷上书，说危素是亡国之臣，不适合做皇帝的侍从。朱元璋便打发危素到和州，为元朝忠烈余阙去守庙。危素不久就因为羞愤而病死。
正是朱元璋的这种心理，加上武臣对文臣的成见，终于导致了明朝一场非常严重的文字狱。
在武将看来，明朝的这份天下是他们在沙场征战中用血肉换来的。皇上却常在他们面前反复说，乱世用武，治世用文。武将们听了心里非常不高兴，心想：这些人在皇帝面前摇头晃脑哼上几句，就成了皇帝的座上宾。但是，不管是一般武将还是勋臣权贵，谁也不敢贸然在皇帝面前说什么。但是，他们仔细观察着朱元璋的举动，猜测着他的心理。
一天，朱元璋大宴群臣，并让群臣当场做诗。大家正在冥思苦想做什么的时候，有一个武臣突然高声说道：“我先来几句。”于是念道：“皇帝一十八年冬，百官筵宴正阳宫。大明日出明天下，五湖四海春融融。”群臣立即明白，这是皇帝特意安排的，于是都不敢再把自己的诗拿出来。这件事使武臣们很得意。他们渐渐明白了皇帝对文化人用尽管用，但并不信任。不管朝里的还是朝外的文臣，几乎很少有人做官做的长的，常常是没几年，就被频频升降调换，不少人朝着紫袍，晚服囚衣。他们这批老兵旧将，尽管经常被训斥，但高的成为皇亲国戚，低的也能按时升迁，子孙世袭，禄位常在。勋臣们便尝试着在皇帝面前讲文臣的坏话。
明太祖洪武十九年（公元1386年）的一天，几个武臣又向朱元璋说道：“诚如皇上教诲的，乱世用武，治世用文。只是这些文人善于用文字骂人，不知不觉就落入了他们的圈套。”
朱元璋心里一动，说道：“是吗？”
武臣接着说：“当年张九四原本是礼重文人的。他请文臣给起个大号，文臣就给起了士诚这个名字。”
朱元璋说：“这个名字不是很好吗？”
武臣们回答说：“《孟子》有‘士，诚小人也’这样的话，岂不就是骂他张士诚是小人吗？张九四一辈子蒙在鼓里，哪里知道上了这些读书人的当？”
朱元璋命人取过《孟子》一查，果然有这句话，不觉把脸一沉，说道：“我知道了，你们去吧！”
朱元璋越想越觉得疑心，越想越觉得这些文臣们奸险狡诈。
朱元璋认为，越是文人写的歌功颂德的文字，越是陷阱，越是不能大意。从此以后，朱元璋十分注意臣下的奏章表笺，仔细阅读，并展开联想，只从坏处琢磨。果然发现，许多地方都有和尚、盗贼之类的文字，好像都与自己有关，越疑心就越像背地里骂自己，就连“近朱者赤，近墨者黑”也好像是在损自己。加上许多文人持不合作的态度，更增加了朱元璋对一般文人利用文章反皇帝的疑心。朱元璋用自己对事物的理解，凭个人的文化素养来读大臣的文章。只要有触犯忌讳，不合他的意思的，便派锦衣卫把作者押来，杀头泄愤，这就是朱元璋时代著名的文字狱。