因此，西厂气焰非常嚣张，成立的当年就连兴大狱，逮捕了郎中武清、乐章、太医院院判蒋宗武、行人张廷纲、浙江布政使刘福、左通政方贤。明代各省的左、右布政使是从二品，品秩相当高。然而西厂却可以不经皇帝同意就擅自抄捕。
这种情形让当时的大学士商辂、兵部尚书项忠忍无可忍。商辂向明宪宗朱见深建议，撤销西厂，主要的理由就是擅抄没三品以上京官。其疏还有这么几句话，可以让我们想见当时西厂对正常的政治秩序的破坏：“自直用事，士大夫不安其职，商贾不安于途，庶民不安于业。”孟森曾说东厂、西厂这样的特务机关只是凌蔑贵显有力之家，尚未至得罪百姓。可是，《明史》中就提及汪直的西厂对于民间打架斗殴、鸡狗之类的小事，也处以极重的刑罚。
看来，商辂所说的“庶民不安于业”并非夸张。当然，皇帝朱见深有自己的看法。明宪宗朱见深接到商辂的奏疏，说：“用一个宦官，哪里就至于这样呀？”但终于拗不过商辂的坚持，加上兵部尚书项忠也上书请求撤销西厂。因此，明宪宗成化十三年（公元1477年）五月，西厂撤销，汪直回御马监办事。
但是，同年六月，商辂和项忠就先后被罢免，西厂又恢复了。这一恢复，就一直到明宪宗成化十八年（公元1482年）汪直失宠以后撤销为止。总共计来，西厂在成化朝的历史上存在了五年零几个月。
成化朝的西厂，一方面是扩大了明代特务的职能与侦察范围，侦察的地点不限于都城、地方，而遍及南北边腹各地，这是此前的东厂所没有的；另一方面，明宪宗朱见深之设西厂，无疑加强了皇帝对于特务组织的偏爱心理。后来的武宗，也就是宪宗的孙子，就效仿他祖父的做法，非但重建西厂，又增设了内行厂。特务组织的存在，使原本属于厮役之流的旗尉，得以肆意凌辱大臣，也算是明代的创举了。
设置皇庄《菽园杂记》里对皇庄有一段记载，大意是说，前代虽然有汤沐邑、脂粉田之类赐给公主、王侯的庄田，但还情有可原，然而，“普天之下，莫非王土”，皇帝为什么还要设皇庄作为自己的私产呢？
“皇庄”之名，始于明宪宗朱见深。明英宗天顺八年（公元1464年），明宪宗朱见深没收宦官曹吉祥在顺义的田地，设为“皇庄”。但是，明代皇庄的出现，可能更早。例如，明仁宗朱高炽就曾有仁寿宫庄、清宁未央宫庄，明英宗朱祁镇为诸子设立东宫、德王、秀王庄田。而明宪宗朱见深的做法，无疑使皇庄的设立名正言顺，从而使皇室搜括土地的风气进入一个高潮。不过，皇庄并不单是皇帝一个人的庄田，而是包括皇帝本身、后妃、皇太子及在京诸王的庄田，也就是说，是皇帝及其妻、子的庄田。因此，皇子若分封后离京去了封地，在封地取得的田地，就不算是皇庄了。
皇庄的设立，其实是开了明代土地兼并的先河。明宪宗朱见深的皇庄，很快就遍布顺义、宝坻、丰润、新城、雄县等处。到明宪宗朱见深的儿子明孝宗弘治二年（公元1489年）的时候，在京畿内的皇庄有五处，面积达12800顷。明宪宗朱见深的孙子明武宗朱厚照即位一个月内就在大兴县设皇庄7所，并陆续发展到昌平、真定、保定等地，10年内使皇庄的面积达到37595顷46亩。上行下效，皇帝既然带头兼并土地，藩王、勋戚、宦官也纷纷请求皇帝赐给土地，于是有所谓的王田、官庄。据说，到明孝宗弘治十五年（公元1502年），全国官田的面积达到民田的七分之一。
土地兼并无疑激化了社会矛盾。例如，在京城附近的皇庄设置，就直接导致了正德年间河北霸县的刘六、刘七起义。而且，在皇庄内，土地所有权与司法权、行政权相结合。皇庄的管理非常混乱。一般的皇庄都是派宦官去掌管的。宦官带着一旗校尉，再豢养着一帮无赖，“占土地，敛财物，污妇女”，无所不为。由皇庄引发的社会问题，得到一些官僚士大夫的注意。所以，嘉靖初年曾在表面废止皇庄，改称官地，但不过是换汤不换药。因此，明宪宗朱见深设置皇庄的做法，无疑在与民争富，是在毁坏王朝统治的经济基础。
设置传奉官明英宗天顺八年（公元1464年）二月，即位不到一月的明宪宗朱见深下了一道诏令，授予一位名叫姚旺的工人为文思院副使。《明史》对此的简要记载是：“二月庚子，始以内批授官。”这便是“传奉官”之始。“传奉官”是当时人们称呼那些不经吏部，不经选拔、廷推和部议等选官过程，由皇帝直接任命的官员。很明显，这违反了正常的手续，却只是为了满足皇帝或者后宫中某个妃嫔或宦官的愿望。这一举措对制度的破坏十分巨大。
从此，皇帝视官爵为私物。只要皇帝喜欢，他就可以随意地任用官员，从而破坏皇帝与官僚士大夫之间的平衡。明宪宗朱见深自己往往一传旨就授官百数十人。对于士大夫们来说，官爵原是“天下公器”，皇帝这样的行为，无疑将官爵变成了“人主私器”。
传奉官既然是由皇帝直接任命的，也就说明其中大部分人是无法通过正常渠道获得官职的。对于一个文官政府来说，混杂着一大批出身于军人、僧道、工匠、画士、医官的官员，政府的文化认同性必然产生问题，政府运作中的冲突必然加剧。而传奉官中多数是一些佞幸之人，靠着结交宦官或者行贿的手段取得一官半职，他们的在职也就大大地败坏了吏治。
既然传奉官由宫中旨意直接传授，而又不需要经过吏部覆核。因此，掌握宫中大权的嫔妃及太监就可以借皇帝之名，大行私利，卖官鬻爵。据说，太监梁芳取中旨授官，累计达1000人。传奉官的泛滥，引起了许多官员的不满。明宪宗成化十九年（公元1483年），御史张稷上疏，谈及传奉官给朝政带来的混乱。张稷说，自有传奉官后，文官中竟有一字不识的，武官中竟有从来没拿过弓箭的，自古以来，有这样的政治吗？因此，官员们纷纷请求淘汰传奉官员。明宪宗朱见深虽然有时也偶尔淘汰一些传奉官，但总体上是传授的要比淘汰的多。这种情形，直至明宪宗成化二十三年（公元1487年）明孝宗朱佑樘即位后大力裁汰冗官，才得到一些改变。但是，好景不长。明孝宗后来与他的父亲明宪宗朱见深一样，也喜欢通过内旨授官，在明孝宗弘治十二年（公元1499年）曾一次传奉匠官张广宁等120人，再传少卿李纶等180余人。由明宪宗朱见深创造的传奉官本是一个对制度的破坏，也许由于能满足历代皇帝任用私人的愿望，竟成了制度了！“率土之滨，莫非王臣。”明宪宗朱见深一定是想：“既然都是我的臣民，大家机会均等，我说了算吧。”
身后谜团
朱见深“恋母情结”之谜
明宪宗朱见深长于深宫，自小锦衣玉食，娇生惯养，但却缺乏真正的母爱，万贞儿在他的眼中很像母亲，有时又很像姐姐。
当时，五岁的皇太子朱见深每日只是在深宫中闲逛，由于他身处险境，且地位不稳，大家都认为他被废掉是迟早的事情，所以没有多少人愿意接近这位所谓的皇太子，对他十分冷淡。对明宪宗朱见深而言，童年是灰暗色的。而在这灰暗的生活中，唯一可以给明宪宗朱见深带来安慰的就是那位万姑姑。这位万姑姑总是一直陪伴着明宪宗朱见深，安慰着他，照料他的生活。虽然明宪宗朱见深的母亲周贵妃也常常来探望他，但宫中到处都是明代宗朱祁钰的耳目，为了不惹麻烦，每次总是来去匆匆。在明宪宗朱见深那幼小的心灵中，这个日夜守候在他身边的万姑姑才是他可信赖的依靠。
后来，虽然明宪宗朱见深的父亲已经从蒙古归来，但立刻又被委以囚犯的重任，关进南宫努力工作，由于事务繁忙，无法与他见面，而由于他已经搬出了宫外，他的母亲周贵妃也无法出宫来看他。此外，明宪宗朱见深身边布满了明代宗朱祁钰的手下，无时无刻都在监视着他的举动，如果被人抓住把柄，没准就要从废太子更进一步，变成童年早逝的废太子。
五年后（公元1457年），明宪宗朱见深的父亲又一次得到了皇位，他的苦日子终于熬到了头。风水轮流转，明宪宗朱见深又一次搬回了宫中，恢复了太子的身份。自然，万姑姑仍陪伴在明宪宗朱见深的身边。不知道从什么时候开始，明宪宗朱见深居然爱上了大他17岁的宫女万贞儿，这当然是为皇室所不容的感情，但是明宪宗朱见深却终其一生都没有改变。当时无论是文武大臣，还是后宫妃嫔，以及后来的修史者，都对明宪宗朱见深的行为迷惑不解。
据历史记载，万贞儿相貌平平，并无倾国倾城之貌，相反，“貌雄声巨，类男子”。明宪宗朱见深的母亲周太后就曾质问过儿子：“彼有何美，而承恩多。”明宪宗朱见深称，“彼抚摩，吾安之，不在貌也。”再明确不过地回答了这个问题。用现代心理学或许可以很好地解释这种现象，它绝不是一般的男女情爱，而是从小形成的复杂的依恋之情，是其他任何人代替不了的。
与世界同步
睁眼看世界
1467年，日本军官山名持丰与细川胜元介入大将军继承权争端，爆发了内乱，史上称为应仁之乱，日本之战从战国时代开始。1477年应仁之乱结束，但足利氏势力落败，此后日本分裂为各封建领地，也就是藩国。
1469~1527年，意大利思想家马基雅维利在世代表作《君主论》，提出马基雅维利主义。
1474年，德国J·米勒提出，用“月亮距离”测量经度法，并编印航海历书。
1475~1564年，意大利雕刻家、画家、建筑师米开朗琪罗在世，代表作品有《大卫像》、《摩西像》、《创世纪》、《末日审判》等。
1480年，俄罗斯摆脱蒙古的控制。
1483~1520年，意大利画家拉斐尔在世，代表作品有《草地上的圣母》、《西斯廷圣母》、《雅典学院》等。
1485年，英格兰里士满伯爵亨利起事，推翻约克王朝，玫瑰战争结束，亨利自立为国王，史上称之为亨利七世，建立了英格兰都铎王朝。亨利七世在位时形成了君主专制的政体。