第二天一早，明宪宗朱见深便去见两宫太后，说吴皇后举动轻佻，不守礼法，不堪居六宫之首，定要废去。钱太后不便说什么，周太后劝阻道：“册后才一月便要废去，岂不惹人笑话？”
明宪宗朱见深坚持要废后，周太后溺爱儿子，只得由着明宪宗朱见深。于是，一道废后诏书下达，命吴氏退居别宫，还把司礼监牛玉罚往孝陵种菜。
万妃觊觎后位，要明宪宗朱见深替她去向太后说说，但周太后嫌她年长，且出身微贱，始终不肯应允。
过了两个月，周太后下旨，要明宪宗朱见深册立已同柏氏一起被封为贤妃的王氏为皇后。王皇后生性软弱怕事，处处谦虚忍让，做个傀儡皇后也就罢了。
继立的王皇后，自然从吴皇后被废的事中吸取了教训，对万氏的态度比较友善，不大理会万氏的横行霸道。王皇后的明哲保身态度，以及皇帝朱见深对万氏的宠幸，使万氏成为成化朝后宫真正的主人。特别是明宪宗成化二年（公元1466年）正月，万氏生下了皇帝的第一个儿子后。明宪宗朱见深非常高兴，派人四处祭祀山川，封万氏为贵妃。但是，万贵妃所生的皇子不久便死了。
此后，万氏再也没有怀孕。万氏虽然不能怀孕，但是皇帝朱见深却还是很喜欢她。俗话说，皇帝不急太监急。皇帝多年来没有儿子，让外廷的大臣们也着急。大臣们也许都听说是万贵妃在作梗，就上疏请皇帝“溥恩泽”，也就是请求皇帝多宠幸宫中其他的嫔妃。
几年过去了，宪宗一直没有子嗣，宫廷内外，朝野上下为之忧心。大臣们屡屡奏请，要皇帝广施恩泽，明宪宗朱见深也为之愁眉不展。到明宪宗成化五年（公元1469年），柏贤妃生下一个皇子，明宪宗朱见深高兴非凡，大大庆贺并立即立之为皇太子。第二年二月，皇太子突然生起病来，病势来得凶猛，令御医们束手无策，一天一夜后竟夭折了。明宪宗朱见深哭得死去活来，宫人太监们觉得太子病得奇怪，偷偷查访下来，果然是万贵妃派人毒死了太子。但是，谁也不敢去告发。
成化一朝的储位在明宪宗成化十一年（公元1475年）确立了。这一年的十一月，年仅6岁的朱祐樘被立为太子。之前的六月，太子的生母纪氏已经去世了。纪氏是不是姓纪，也有疑问。据谈迁《国榷》记载，纪氏乃“广西贺县人，中军都督福斌女……弘治初内庭言本出李氏，入宫时误为纪，故遂称纪氏”。按这种说法，纪氏真实的姓是李，父亲名李福斌。不过，这些都只是弘治初的说法。弘治初，明孝宗朱祐樘出于对生母的怀念，曾经四处寻找纪氏的族人。利之所在，众之所趋，谣言也因此四起。
纪氏很小的时候就入宫，据说，明宪宗成化三年（公元1467年），西南土族作乱，朝廷派大将前去征讨，平夷之后，将男女俘掳解入京城。其中有一纪氏女，本是贺县一名士官之女，长得美丽机敏，被充入掖庭。宫中太后见纪氏性情贤淑，又通文字，升为女史。不久，王皇后看中了纪氏，命她管理内府库藏。
一天，明宪宗朱见深偶尔来到内府库藏，问及内府库藏现有多少金银钱钞，纪氏口齿伶俐、对答如流，使龙心大悦。明宪宗朱见深又见纪氏生得明眸皓齿，妩媚动人，便在纪氏住处召幸了她。过了几个月，纪氏怀了孕。
这事被万贵妃知道了，妒恨异常，派了一名宫女去内府库藏打听实情。那宫女是个好心人，不忍皇帝子嗣又遭残害，回去禀报贵妃说，纪氏不过是生了鼓胀病。万贵妃半信半疑，不太放心，便勒令纪氏退出内府库藏，移居同自己住处相近的安乐堂，以不时监督她。
几个月过去了，纪氏生下一个男孩。对这样的喜事，纪氏却忧愁万分，她知道儿子一定逃脱不了万贵妃的魔掌，假如不设法弄死，只怕自己的性命也难保。纪氏咬了咬牙，把孩子包好，命令门监张敏把皇子带出宫去溺死。
张敏接过皇子，好生不忍，他想皇上年纪越来越大了，几个儿子不是胎死腹中，就是急病夭亡，至今没有子嗣，我怎能做这种对不起社稷，对不起皇家的事来呢？张敏冒着杀头的危险，把皇子偷偷藏入密室，取些蜜糖、粉饵之类的食物喂养。由于张敏行事小心，一次次躲过了万贵妃的耳目。不久，废皇后吴氏知道了这件事，便把皇子接到自己居住的西内，悉心予以照料，皇子才安然活了下来。
因此，当明宪宗朱见深从太监张敏那里获知儿子朱祐樘的消息之后，非常高兴。几个月之后，就立为太子。但是，万贵妃却深怀怨恨。据说万贵妃在明宪宗朱见深认子之后，日夜哭泣说：“奴才们竟敢欺骗我！”这一年的六月，好端端的纪妃竟暴病而亡。是被毒死的，还是被勒死的，谁也不敢过问，但谁都心中有数。明宪宗朱见深也不追究，只是下令予以厚葬，并谥纪妃为“恭恪庄禧淑妃”。张敏见纪妃被万贵妃害死，料想自己也难逃毒手，便吞金自杀了。这件事，自然对万贵妃深有影响。废储的事，也许从此就埋下了伏笔。
纪氏之子被立为皇太子后，明宪宗的生母孙太后亲自养育这个孙子。老奶奶把孩子天天关在自己宫里，怕遭万贵妃毒手。一次，万贵妃召太子到自己宫里“玩”，奶奶嘱咐孙子说：“到那里去，什么东西也不要吃！”孩子很聪明，蹦蹦跳跳入万贵妃宫，老娘们立即端出一大堆吃食儿。孩子摇头，说自己不饿。其实，万贵妃是想巴结这位“准皇帝”，此时她已经不敢明里下毒。
明宪宗朱见深发现内库里的金银都花光了，就对当时的大太监梁芳、韦兴说：“靡费帑藏，实由汝二人！”接着，皇帝又说：“我不追究你们，后人会责怪你们的。”两个人听后非常担心，就撺掇万贵妃把她也不满意的朱祐樘废了，改立邵妃的儿子。这一年的三月，明宪宗朱见深听了万贵妃的谗言，要将皇太子朱祐樘废了。太监怀恩苦谏，却被贬到凤阳去守陵了。幸好，泰山连续地震。钦天监的人说应在东宫太子身上。明宪宗朱见深认为，朱祐樘是天命的合法继承人，才打消了废储的想法。
明宪宗成化二十三年（公元1487年）春，万氏暴病身亡。宪宗非常伤感，哀叹说：“万侍长去了，我亦将去矣！”辍朝七天，谥万氏为“恭肃端慎荣靖皇贵妃”。
千秋功过
设置西厂、皇庄、传奉官
明英宗天顺八年（公元1464年），明英宗朱祁镇去世，时年18岁的皇太子朱见深继承了皇位，第二年改年号为“成化”，开始了他23年的帝王生涯。明宪宗朱见深即位后十分倚重知经筵事的少保、华盖殿大学士李贤，并任用李贤为相，李贤也“以受知人主，所言无不尽”，回报知遇之恩。当时，为明宪宗朱见深所倚重的阁臣还有孜孜奉国数十年、“持正存大体”的彭时、商辂等人，可谓是人才济济。
在他们的辅佐下，明宪宗朱见深即位后做了几件很值得后人称颂的事情，看得出他的性格比较仁厚宽和，胸襟也比较宽广。首先，明宪宗朱见深不顾自己的叔叔明代宗朱祁钰曾废掉自己的太子之位而以德报怨，恢复了明代宗朱祁钰的帝号，并对明代宗朱祁钰的陵寝进行了整修，谥号为景帝。其次是平反了于谦冤案，让大量被贬逐的正直大臣复职。
由于有贤臣名相的辅佐，加之采取了上述的一系列措施，明宪宗朱见深即位之初的朝政还是比较清明的，而且颇有振兴的气象，博得了朝野的一片称颂之声。可是，好景不长，随着对贵妃万贞儿的宠爱，随着对宦官汪直、梁芳等人的重用，大臣们便很少能见到明宪宗朱见深。也越来越怠于朝政，渐渐沉迷于神仙、佛道和长寿秘术，纵情于声色之娱和货利之乐，政务则陷入一片迷茫之中。可以说，执政后期的明宪宗朱见深不再是一个励精图治、有所作为的皇帝，只是一个才智平平的庸皇帝。
可能是由于朱见深幼年就卷入皇位之争的漩涡中，精神压力非常大，因此留下了口吃的毛病。据说明宪宗朱见深每次上朝，如果准许大臣所奏之事，只说一个“是”字，以免出丑，也因此使事情变得复杂起来：很多时候，他需要通过自己身边宠信的太监来传达旨意，从而增加了太监干预朝政的可能性。
成化一朝中，弊政甚多，其中为害较大而且对明代后来的历史发生重大影响的，莫过于西厂、皇庄和传奉官三事。西厂作为典型的特务机构，人们多少有些了解。但是，皇庄与传奉官，人们也许还比较陌生。但是，从一个王朝的整体看来，西厂充其量不过是东厂的克隆罢了，而皇庄与传奉官，却在经济基础和政治制度两个层面开了恶劣的先例。
设置西厂东厂和西厂“为明代独有之弊政”。与东厂一样，西厂也是一个特务组织，始立于明宪宗成化十三年（公元1477年）。设立的地点就在西城灵济宫前面的一家灰厂内。明宪宗朱见深为什么要在东厂之外再设立西厂呢？据说是明宪宗朱见深觉得要知道外面的事情，单有一个东厂远远不够。
事情还得从明宪宗成化十二年（公元1476年）说起。这一年的七月，京师捕获“妖人”。有的说法说妖人名叫“李子龙”，借助宫内太监鲍石、郑忠的帮助进入内府，登万岁山观望，图谋不轨。
总之，妖人抓住后，皇帝朱见深派太监汪直在灰厂审讯此事，随后就干脆在灰厂新立了一个特务机关即西厂，由汪直提督厂事。汪直是很有点特务才能的，据说他能够化装成平民百姓往来于京城之间，“布衣小帽，时乘驴或骡，往来京城内外，人皆不之疑”。京城内外，大政小事、方言巷语，汪直都能一一向皇帝汇报。西厂正式成立后，汪直借用锦衣卫中的力量，在全国范围内展开了他的特务网络，据说“自诸王府、边镇及南北河道，所在校尉罗列”。西厂的特务人数，在当时比东厂要多出一倍。东厂的太监尚铭，也不得不俯首听命于汪直。