1957年4月27日，中共中央发出《关于整风运动的指示》，决定在全党进行一次以正确处理人民内部矛盾为主题，以反对官僚主义、宗派主义和主观主义为内容的整风运动。
整风以毛泽东2月在扩大的最高国务会议上和中央宣传工作会议上的两个报告为指导思想，按照“从团结的愿望出发，经过批评和自我批评，在新的基础上达到新的团结”的方针，进行既严肃认真又和风细雨的思想教育和恰如其分的批评与自我批评，以达到“惩前毖后，治病救人”的目的。
毛泽东指出，之所以整风是因为：
要使几亿人口的中国人生活得好，要把我们这个经济落后，文化落后的国家建设成为富裕的强盛的，具有高度文化的国家，这是一个很艰巨的任务，我们所以要整风，现在要整风，将来还要整风，要不断地把我们身上错误的东西整掉，就是为了使我们能够更好的担负起这项任务，更好地同党外的一切立志改革的志士仁人共同工作。
这样的初衷当然是无可非议的，然而，“事情正在起变化”，一些人对和风细雨式开展批评和自我批评不满，主张要“迅雷烈风”，用大民主搞“大鸣大放”，很快，一些机关，特别是院校中，大字报铺天盖地，造成了紧张的政治空气，之后逐渐演变为反右派斗争。
1981年6月26日发表的《关于建国以来党的若干历史问题的决议》，对这次运动进行了客观评价：
在整风过程中，极少数资产阶级右派分子乘机鼓吹所谓“大鸣大放”，向党和新生的社会主义制度放肆地发动进攻，妄图取代共产党的领导，对这种进攻进行坚决的反击是完全正确和必要的。但是反右派斗争被严重的扩大化了，把一批知识分子、爱国人士和党内干部错划为“右派分子”，造成了不幸的后果。
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反右派斗争的扩大化。
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误伤了许多好同志、好干部以及同我党长期合作的好朋友，其中不少是有才能的知识分子，使他们遭受了长时期的委屈、压制和不幸，不能在社会主义事业中发挥应有的作用。这不但是他们个人的损失，也是整个国家的损失。
1957年终，在反“右”末期，梁园东突然被打成“右派”！这个“有肝胆、有抱负、有强烈事业心而胸无城府的人”，在应付复杂的社会、人事矛盾时，显示出了他的短处。
由于他担任师范学院的院长一职，长期以来，“作的事多，管的事多”；做了九三学社太原分社的负责人之后，他更是竭尽所能、认真负责地去工作。这样一来，在“左”倾路线影响下，是非颠倒，他被说成“好大喜功”，更有甚者认为“是他夺了‘党’的‘权’”。1958年5月，梁先生被撤职降级，只以省政协常委名义移居政协宿舍。
梁园东多年来申请重新入党的愿望不但没有实现，结果却成了党的反对派，这是他怎样也不能理解的。当时，从省委干部到群众，为他抱屈的人有不少，但在“左”的政治形势下，没人敢站出来说话。
在这一浪潮过了之后，1960年，国家较早地为他摘掉“右派”帽子，恢复原级。
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评价这段历史是容易的，但体验深受切身之痛的当事人的思想和情感却很困难，对于悲剧，沉默也许是最好的理解。
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所幸的是，梁园东在精神上受到这样严重的打击之后，仍没有忘掉事业，没有忘掉为人民、为社会作贡献。
在政协驻会的头几年，他首先草拟了《编撰山西近代革命史计划》。该计划中包括编辑《山西近代革命史资料》和《山西近代革命史》两部分，而且写出了“提纲”，指出这一工作的目的，“不仅仅在保存材料，而是要通过革命史的叙述，说明山西人民在封建地主、反动政府和帝国主义的三层压榨下所受的苦难，重新唤起山西人民对敌人的仇恨，继续激发革命情绪，进而巩固党领导下的革命成果，为不断革命和不断胜利作基础”。
与此同时，他还把多年来对图腾学的研究，拟写成《中国原始时代的图腾氏族》一书（上编已写出大部分，下编只有目录）。他在卷首说明中说：
在有关氏族社会的传说中，经常碰到一大堆名字，即所谓古帝王的姓氏名称。究竟指的是什么？是神？还是人？是氏族名称？还是个人名称？其实更重要的是这些姓氏名称，有许多必是当时的‘图腾’（totem）名称。
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如果不了解这些名字的图腾意义，那就不唯对氏族社会的一项重要制度不明了，同时因对氏族团体的意义不明，那就对各氏族内婚姻的、宗教的、社会的、政治的、各项生活及关系，皆将无法进一步探索和了解。这样当然也谈不到氏族社会史的研究了。所以欲进行中国氏族社会史的探索，首先必须对传说中那一大堆所谓古帝王名号，先作一番清理工作，发掘出它们的图腾意义，才能进一步研究它们中间的关系及其历史。这一段工作是初步的，然而是极其必要的。
遗憾的是，这部稿子没有写完，他却突然患了半身瘫痪之症，右手已不能写字。对于一个以著述为安身立命的手段，以此为实现人生价值的方式的知识分子来讲，这才是人生最大的打击。无论是谁，都应该可以体会此时的梁园东先生内心所承受的痛苦。不能再有我手写我心的随心所欲，不能以学术研究追求生命价值的实现，“无奈”二字成了此时他生命中最悲愤的言语。
1966年秋，“十年动乱”开始，梁园东被遣送回忻州温村老家，在极端困难的条件下，度过了一年半。1968年初，他脑溢血突发，于1月30日逝世于忻县医院，终年67岁。
在梁园东逝世十年之后的1978年，他的冤案才得到昭雪。1978年4月25日，中国人民政治协商会议山西省委员会和中共山西省委统战部联合为他举行了追悼会，会上肯定了他一生对国家、民族忠心耿耿，坚持进步；肯定了他在教育事业、学术研究上的多方面的贡献。他对人民的劳绩和在学术上的成果，都将永垂不朽！