顺治元年（1644），清兵入关，清朝借吴三桂之力把李自成赶跑，占据燕京，幼帝世祖自沈阳迁都燕京，并布告君临中国。二年四月，平定陕甘，以王文奎为陕西总督，黄图安为甘肃巡抚，并设阶州杀贼驿，置驿丞一员。改置阶州平洛驿，驿丞设小川，隶属成县。
陇南归服清朝后并不太平，已归顺的反清势力伺机反叛。清廷虽采取了一些收买汉族人心，防止汉、满冲突的政策，却于顺治元年四月忙不迭檄文天下，限令汉人薙发，以征服汉人之心，申言“留发不留头，留头不留发”。“檄文到日，薙发归顺者，地方官各升一级，军民免其迁徙，如过限不至，显属抗拒，定行问罪，发兵征剿”。激起汉人不满。
陇南反清势力有明旧将，有地方势力，有番回族同胞众，乃至张献忠部。尤以吴三桂势力最大，征战时日最长，陇南遂成为清兵和反清势力交战的重要战场，一直闹到康熙十九年（1680），长达20余年。
顺治二年（1645），蒋登雷自岷州起行，至宕昌叛变。洮岷兵备道副使命宕昌土司马国栋征剿，追至秦家峪击之，斩获叛兵。
顺治三年（1646）五月，阶州营官郭志、李旺名等叛清，驻扎牛头关抵御清兵。败逃，复拥兵围攻文县旧城，不克。潘凌霄斩郭志等。文县白马峪地方反清势力马聪、胡登旺、吴起运等谋起事，八月二十日夜，袭入旧城，大肆杀掠。文县中路河杨挺、上丹堡田自彩、姚大夫、哈南寨李旺名等，一时俱叛，清官兵侯永宁、游击葛从信、参将柳应时，会兵镇压平息。
七月，明固原副将武大定屯守仇池山，清贝子满达海、辅国公哈尔楚浑、蒙古固山额真准塔巴鲁图等率兵急攻。武大定部将石国玺等以所部降。高如砺率蒋登雷等迎战，为尚书星讷击败，退居三台山。满达海等掘壕重围，蒋登雷率2000余兵请降，遂克三台山。清兵分兵赴阶州、徽州等处进攻武大定其余各部。
是年秋，四川张献忠部黎、马、贺、王等部攻陷徽州，清总督孟乔芳率兵击走献忠兵，收复州城。肃清王豪格代何洛会督诸军进军阶州，闻献忠兵屯礼县南，遣珠玛喇分兵进攻，献忠兵溃走。
顺治五年（1648）二月，张献忠部入徽县栗亭，南趋陡头坡，攻占思义川。六月，献忠部数千人又入徽州，分据海龙山、漫牛坪等处，总督长龄督官兵进攻。十六日中午，大风雷电，献忠兵乘机攻击官兵大营，大败官兵于伏家镇，杀游击台清等官兵17人，死亡千余人。前四川将军富成马陷稻畦被杀。八月，官兵大批集徽州，献忠兵离徽撤走。
是年四月，河西米喇印、丁国栋回族起义军攻占岷州，杀知州杜懋哲、中军守备刘继祖、王礼，进逼巩昌。总督孟乔芳驻师秦州，派兵解巩昌围。起义军分攻临洮、岷州、内官营。孟乔芳遣赵光瑞、佟透攻岷、洮、河三州，光瑞等败起义军于梅岭，俘头目丁光射，杀3000人，收复岷、洮、河三州。
是年七月，明将赵荣贵派兵攻陷文县，占据西城。清军参将吴应科、杨相等合兵攻之，荣贵兵夜撤走。冬月，又攻文县，官兵堵击，至下丹堡，退回龙安。
顺治六年（1649）二月，明宗室朱森滏与其将赵荣贵以万余人由文县玉垒关攻阶州。五日，至城下，将破城。十八日，清吴三桂由汉中遣定西将军李国翰督兵赴援至。阳平关参将许占魁间道出碧口袭其后，临巩总兵王允久南下，会合夹攻。李国翰身先士卒，冲锋陷阵。诸将谓曰：“将军任讨贼之重，奈何轻身犯锋镝？脱有不成，忧及全军。”国翰曰：“吾固知此。然贼锋颇锐，战不利，势将蔓延，吾固以力战挫其锋。明之失机，率由主兵者怯战耗时，贼以坐大。复辄可复蹈焉！”遂战，杀森滏、荣贵，又击败其将王永强，杀数千人。
顺治九年（1652），西和高、石二旗反清地方势力占据宕昌良恭地方，进扰临江铺台头。岷州守备会同宕昌土司马国栋领兵镇压。
顺治十五年（1657）十二月，文县南路总番族纠合夜袭铁楼寨。副将罗映台、守务潘云龙等剿灭。
康熙十二年（1673），吴三桂叛变朝廷，陇南的反清势力又一次掀起高潮，占据了陇南全境。
吴三桂乃明山海关总兵官，为清兵入关作前驱，屠戮大明宗室，一时势力壮大，被清廷封为平西王，称藩于云南。因清朝撤藩，触犯了自己称王称霸的野心，于康熙十二年（1673）十一月二十一日，树起反清复明旗帜，称兵讨虏，建号改元，蓄发易服，反叛朝廷。到了十三年，即克云南、贵州、广西、福建、湖南、四川。兵分左右对清廷形成大包围之势。右路由江西而福建，两广加入，构成右翼的大包围阵势；左路由四川而陕西而甘肃，构成左翼的大包围阵势。吴三桂督师湖南。
反清将领纷纷举兵响应，声势浩大。吴三桂之侄、四川总兵吴之茂举兵响应，明反清将领贺珍据汉中，武大定、石国玺等分屯徽、阶诸州，遥相呼应，朝廷特命莫洛经略陕西督兵攻四川。
康熙十三年（1674）十二月，甘肃提督王辅臣叛变朝廷，杀刑部尚书、陕西经略莫洛于宁羌，以应吴三桂。王辅臣为左翼大包围阵势的中心，其势最盛，自据平凉，使其党分据各州县，陇右皆陷，甘、川、陕南尽为反清势力所有。
康熙十四年（1675）二月，康熙帝下诏切责定西大将军贝勒洞鄂退缩失机，令其速定平凉、秦州，以打通陇南通蜀栈道。
吴三桂兵万余由四川、平凉分路进援被围困的秦州兵，秦州城内吴部兵8000余突围配合，信郡王、定西军董额分兵迎战，吴兵溃败。吴部将巴三刚溃逃，清总兵孙恩克追击于西和、礼县等地，再败之，官兵收复秦州、礼县，逐三桂兵至西和。
十二月，吴之茂兵屯驻西和凤凰山，清总兵王进宝率师进攻，驻兵西峪堡。王进宝遣副将田万顷攻凤凰山，吴部总兵李筹国迎战于清家湾。吴兵屯集，炮矢齐放，官兵不支，田万顷战死。李筹国夜袭进宝左营，进宝用计环攻之，逼走于党家山西崖，吴兵大溃，李筹国败绩。
康熙十五年（1676）六月，吴之茂集溃兵万余屯铁叶峡、红山堡筑垒，护以密桩，运粮以守。抚远大将军图海遣将军佛尼勒进攻。总兵王进宝等败吴兵于牡丹园，缴获粮械，又连败于罗家堡、盐官、祁山堡，再败于西和北山；将军穆占败吴之茂军王屏藩于洛门、礼县，吴之茂仅以20余骑逃亡。官兵追至西和之石峡关。
辅臣兵被抚远大将军、大学士图海及甘肃提督张勇等所击破，辅臣投降，缴出吴三桂所授剳印等件。清廷恢复他往日官爵，加太子太保，授靖寇将军，随图海驻汉中。辅臣投降，反清左翼阵势瓦解。
八月，官兵穆占收复礼县。九月，张勇克阶州。