朱元璋在前后藏置乌思藏指挥使司，在洮、岷番地置诸寺，令番人自治，以稳定边境。对侵掠番人利益者，也不放过。
洪武二十五年（1392），西边诸卫将士有擅索番人马者，朱元璋遣官制金、铜信符敕谕，往赐凉州、甘州、肃州、永昌、山丹、临洮、巩昌、西宁、洮州、河州、岷州诸番族。谕之曰：“往者朝廷有所需，必酬以茶货，未许私征。近闻边将无状，多假朝命扰害，俾尔等不获宁居。今特制金、铜信符，遇有征发，必比对相符始行，否则伪，械之京，罪之。”边将不再擅索，番人亦无忧患之苦。
永乐时，太祖诏诸卫僧戒行精勤者，授喇嘛、禅师、灌顶国师之号，许之世袭，且令每岁一朝贡，以亲西番。番僧多有授喇嘛、禅师、灌顶国师者。其他种族，如西宁13族、岷州18族、洮州18族之属，大数千人，小者数百人，亦许岁一贡奉，优以宴赍。岷州大崇教寺班丹扎喜被封为“净觉慈济大国师”，赐重200两之黄金印，敕建岷州大崇教寺，钦赐珠伞、棕轿等物，并遣两位大臣督修。参与者有地方大小官员100多名，部落大小土官200名，各种技术人员110名，军队乌拉2005人。
对敲诈勒索藏族同胞者，予以严惩。宣德三年，文县守御千户杨英往生番地导化番人，胁迫索取饷银，激起藏族同胞反叛，被下都察院监狱。
进贡番僧，有利有弊，至后来，冒名进贡者日见其多。自番司乌思藏来者不过三分之一，其余皆洮、岷寺僧冒名来京，给朝廷造成被动。“进一羸马，辄获厚值，得所赐币帛，制为战袍，以拒官军。本以羁縻之，而益致寇掠，足虚国币而赍盗粮也。”朝廷诸臣商议后，令陕西文武诸臣，将每次贡朝的时间、人数及存留、起送日期，上报礼部，方可行之。上奏皇帝，诏令乌思藏来者皆由四川入，不得经洮、岷，以防冒贡。正统、天顺间，各番贡使不过三五百人。成化间，洮岷诸卫送各族番人进京者，多至4200余人，“应赏彩氅人二表里，帛如之，钞二十九万八千有奇，马值尚在其外。”皆因洮岷诸处滥以熟番作生番冒送所致。遂定例以晓：生番3年一贡，大族四五人，小族一二人赴京，余尽遣还。成化六年，副使邓本端妄自招揽，又复冒送。臣部批评道：副使吴玘等不能严饬武备，专事通番，以纾近患。今重申前令，务必遵守。吴玘任职洮岷道，不敢稍事怠慢，恐以通番论之。番人犯境，屡遭兵击之不退。吴玘告谕土人：“吾闻羌人为盗，皆尔曹结通，今后捕盗不获，当罪尔等。”果获结番数人，以罪处之，羌警遂息。
正德间，礼部尚书刘春上奏曰：“西番俗事佛教。故祖宗承前代旧，设立乌思藏诸司及陕西洮、岷及四川松潘诸寺，令化导番人，听之朝贡。贡期，人数皆有定例，比缘诸番僻远，莫辩真伪。中国逃亡罪人，习其语言，窜身在内，又多创寺请额，番贡日增，宴赏繁费。乞严其期限，酌定人数，每寺给勘合十道，缘边兵备存勘合底簿，比期相同，方许起送，并禁自后不得乱营寺宇。”朝廷准行此法。对僧人进贡者，管理更为严格。
为了稳定边境形势，朝廷对作乱者番族始终坚持了剿抚并用的策略。天顺年间，洮岷羌叛，陕西巡抚项忠上疏：“羌志在劫掠，尽诛则伤仁，剧剿则不成，请听臣便宜从事。”朝廷同意。乃发兵据险，扬言进讨，羌众尽降。嘉靖间，洮岷诸番数犯临洮、巩昌，杀千户冯绶、马应爵等，内地骚动。枢臣李承勋言：“番为海寇所侵，日益入迁。倘二寇交通，何以善后。昔赵充国不战而服羌，段颖杀羌百万而内地虚耗，两者相去远矣。乞广先帝之明，专充国之任，制置方略，悉听琼（王琼）便宜从事。”王琼乃集众议，且剿且抚。成化间，巡按江孟纶言：“岷州番寇纵横，村堡为虚。顷令指挥后泰与其弟通反复开示，生番忍藏、占藏等三十余族酋长160余人，熟番栗林等24族酋长91人，转相告语，悔过来归，且还被掠人畜，愿供徭赋，杀牛告天，誓不再犯。已令副使李玘从宜赏劳，宣示朝廷恩威，皆欢跃而去。惟熟番绿园一族恃恶不服。”兵部曰：“番性无常，朝抚夕叛，未可弛备。请谕边臣，向化者加以抚绥，犯顺者克期剿灭。”宪宗同意。朝廷在岷州设洮岷兵备道，以弹压吐蕃。陕西巡抚马文升，选将练兵，修筑烽堠，剪除剧寇。西固番族不及命者悉灭之，严酷镇压。岷州卫指挥刘通深入番寨，抚谕生番30余族，熟番10有4族，俱来归。
嘉靖之后，番人据险势之恃，仍叛明不止，朝廷防不胜防，屡败于番。隆庆间，岷州卫守备朱宪率民征番，为番所擒。万历间，吐蕃叱力咂儿犯阶州，总督石茂华率官军平定，河州参将陈堂先逃，洮州参将刘世英失利，守备朱宪、史经战死。阶州守备花延武被执，番人以刃相挟，不屈，又以火烤炙，延武大骂，番留之。次年三月，守备刘伯燮、副将孙国臣兴师讨伐，叱力咂请降，“姑以约，既而诛之。”
于是，朝廷设阶、文、西固参将，以严守之。并令宕昌土司出征讨伐。
万历十八年（1590），火落赤诸部数掠洮、岷，频犯临洮、巩昌。神宗召首辅申时行等商议，欲大加征讨，而申时行以款贡足恃不同意，帝曰：“款贡亦足恃。若专务媚敌，使骄意大，岂有厌足时。”刘应秋、万国钦先后上疏论申时行之罪。刘疏曰：“陛下召对辅臣，咨以边事，时行不能抒诚谋国，专事蒙蔽。贼大举入犯，既掠洮、岷，直逼临、巩，覆军杀将，频至丧败，而时行犹曰‘掠番’，曰‘声言入寇’。岂洮、河以内，尽皆番地乎？辅臣者，天子所与托腹心者也。辅臣先蒙蔽，何责庶僚。故近日敌情有按臣疏而督抚不以闻者，有督抚闻而枢臣不以奏者。彼习见执政大臣喜闻捷而恶言败，故内外相蒙，恬不为怪。欺蔽之端，自辅臣始。夫士风高下，关乎气运，说者谓嘉靖至今，士气三变，一变于严嵩之黩贿，而士化为贪。再变于张居正之专擅，而士竞于险。至于今，外逃贪黩之名，而顽夫债帅多出门下；阳避专擅之迹，而芒刃斧斤倒持手中。威福之权潜移其间；爱惜之的，明示之趋。欲天下无靡，不可得也。”时蔡时鼎、章守诚亦疏论申时行。朝廷对番人之乱无能为力至此。
万历四十三年（1615），毕自严任职洮岷。时地方多警，民苦蹂躏，自严曰：“番族吾藩篱也，未有藩篱不固，而能御盗者。”乃东极汉沔，西尽松迭，南抵巴蜀，北距祝囊，莫不躬亲阅历，遇有猿溪鸟道，云栈虹梁，车不能涉，辄徒步从之。于暇隙间，即为之补冲墙，砺要堡，选蕃兵，整饷备器以为备，四境肃然。毕自严升任榆林，岷人争而留之，建祠立碑。