元、明的政权更替，在陇南是平稳的，非战争的，没有宋、元之间的那种残酷和血腥，百姓多了一些企盼和信心。
元朝，社会的或种族的压迫甚烈。诸如禁汉人欧辱蒙古人，蒙古人与汉人争，驱汉人，汉人勿还报。犯强盗者，汉人初犯刺左臂，再犯刺右臂，三犯刺额，蒙古人犯者不在刺字之列。禁汉人藏兵器，下等毁之，中等赐近居蒙古人，上等贮于库。汉人不被重用，“虽居职，无有所预。”到了元朝后期，物价腾贵，民不聊生；搜刮太甚，人民怨毒；扰民过甚，激起民怒；身被奴役，土地被占领。社会的、阶级的、种族的冲突，激起民众纷纷起义。公元1368年，农民起义领袖朱元璋平定南北，即位称帝，建元洪武，始称明朝。
明朝建国，陇南还在元军的控制之下。明太祖洪武二年（1369），朱元璋兴兵征伐陇蜀。四月，遣大将徐达西征，攻战巩昌，元将李思齐以洮岷降明。李思齐，因起兵镇压“红巾军”而转战河南、陕西，官陕西等处行中书省平章政事，割据一方。元至正二十八年，李思齐曾游阶州万象洞，留有题刻一处：“在元朝总统兵官、太尉、丞相李思齐，使命达鲁花赤真侣，并成州守卿；官知院茬路，同知；郭恕，同样；潘和元、王世忠，看观仙洞到此。至正二十八年六月初一。”此时，元顺帝已退出大都（北京），李思齐被逼，退至陇右。降明后，李思齐奉命至蒙古见扩廓帖木儿，被截断一臂。南还后即死。次子授西安前卫指挥佥事，改岷州卫指挥佥事。
李思齐降明后，陇南之西、礼、成、徽、两等地俱归附明朝，阶州尚有元蜀将丁世贞把守。明朝置巩昌府。领州三：秦州、阶州、徽州，领县十四：陇西、安定、会宁、通渭、漳县、宁远、优羌、西和、成县、秦安、渭水、礼、文、两当。
岷州番族头目党只官卜归顺明朝，授世袭土官百户，世居麻龙里（今宕昌大舍乡）。东南距岷州城80里，管藏族同胞3族，51户，峪儿族、达竹族、扎喜族。守隘口十。管土民8庄，329户。之后，党只官卜子伊世登住承袭其位，伊世登住子池住（汉名赵增辉）、池住子坚指登住（赵威）、坚指登住子赵应星相继承袭。
岷州萨底族番朵尔只班归顺明朝，授宣武将军。朵尔只班之先波太国（吐蕃异译）人，父哈萨尔，蒙古成吉思汗时，曾随征乃蛮部。朵尔只班元末时任甘肃行省平章，后任岷州卫都指挥使，受金简诰命，赐姓后。其后代世居岷州攒都沟，距县城80里。
洪武三年（1370）春，徐达在定西沈儿峪大破元扩廓帖木儿，扩廓帖木儿逃回蒙古。陇右遂平。又率师自徽州南一百八渡进军至略阳，擒元平章蔡琳，克沔州。入连云栈，攻兴州。
洪武四年（1371），西固千户韩文举众归附明。改西固守御千户。
陇右平定后，朱元璋遣将征伐川蜀。
洪武四年（1371）正月，以中山侯汤和为征西将军，江夏侯周德兴、兴庆侯廖永忠为副将，率舟师由瞿塘伐蜀，以颖川侯傅友德为征虏前将军，济宁侯顾时为副将，率步骑由秦、陇伐蜀。太祖谕友德曰：“蜀人闻我西伐，必悉精锐东守瞿塘，北阻金牛，以抗我师。若出其不意，直捣阶、文，门户既附，腹心自溃。兵贵神速，患不勇耳。”傅友德疾驰至陕，集诸军声言出金牛，而潜引兵出陈仓，攀缘岩谷，昼夜行军。四月，抵阶州。阶州守将丁世贞仓皇抵抗，退走文州。阶州城克。蜀军断白龙江桥，据文州。傅友德督军修桥，抵五里关。丁世贞据险力战，明将汪兴祖跃马直前，身中乱石而死。傅友德攻陷文州城，丁世贞遁去。不久，丁世贞又攻破文州，明文州守将朱显忠战死。被傅友德击走。
汪兴祖死后，其尸葬于五里关，百姓建东胜侯庙，并立碑记之。清宣统元年，当地百姓又为东胜庙铸钟，立《新铸东胜庙钟碑记》。碑记曰：“邑北五里关为东胜侯汪公遇难地。祀拜之际，庙石叩而鸣之，用以降神，盖数百年。后地震如雷鸣，庙石碎之。有人拣而售之，遂绝响焉。乃重铸钟仍悬之于庙。东胜侯之忠勇声威亦不藉钟而显也。未至文之时，已有破安庆，拔靳黄，败张士诚，俘获元将，降所部五万人之功。侯之功于勿替耳。声震一时，威宣遐迩。铸钟之意不过借以宣扬其忠烈。”百姓赞颂汪公之功，实为表彰他的大功大德，数百年而不衰。
傅友德，元末起义军将领，从偏裨升至大将。讨伐元军，累建战功。分路取蜀后，又领兵取云南，屡出兵北征。封颖国公。陇南人民感其恩德，建庙塑身，世代祭之。马街上南山、蒲池高家村、角弓陈家坝等地有傅王庙，均为清初所建。傅王神像，赤脸黄袍，威武庄严。
阶、文千户张者发动阶、文驻军叛乱。遣宁正平羌将军讨之。将阶、文军士俱调浙江海门等卫。徽州“妖人”作乱。长兴侯耿炳文率兵平之。汉中府沔县吏高福兴纠民田九成、僧李普治变乱，入徽州，烧州治，学正颜叔彬死于难。
陇南平定后，羌戎屡为叛乱。洪武十五年（1382），羌民作乱，岷州卫指挥使马烨率西安五十卫步骑二百直抵迭州讨之，获其首领失拉谷奴并5000余众。
同年，松、迭边境番人暴乱，南有答牙众番以崖险自恃，北有秦家等族在林峦中构筑堡垒，成掎角之势。他们互相接应，聚众白龙江相持。纠合党徒，掠扰阶州城，屠害城乡百姓，百姓纷纷逃亡流散。七月，马烨率兵讨伐。军师水陆并至，遍及山谷，直冲番营。为首者皆斩首，胁从伏罪者，尽数释放。继而，修长营堡，方圆达四百余里，险要之地，设关戍守。归来后，驻于西固城下。今宕昌上堠村有文昌宫，即马烨回师后所建。立《大明重建梓橦文昌帝君庙记》碑一方，今存。碑刻记载了马烨重建文昌庙的缘由。出征时求神于文昌帝。征伐中，文昌帝有灵于国，助我兴师，每战必克，如雷震动，如兽群飞，有雷霆万钧之力。故而，重建庙宇，重绘丹青，使其焕然一新。明代所建文昌宫仍存。