同治二年二月，礼县盐官回族起义。盐官回族起义是在全国各族人民起义和甘陕回族起义的声势中应声而起。清廷无能、腐败，朝廷官员与地方官互相勾结，肆行贪污，卖官鬻爵，招权纳贿，无所不为。农民大量失业，无家可归，已达到忍无可忍的地步。以甘肃为例，原甘肃布政使王掸望为首，省、府、州、县各级官员通同冒赈贪污大案被揭发。犯罪官员中，有先后任阶州的3人：宗开煌、姜兴周、颜培天；西固州同1人：张毓琳；先后任礼县知县的4人：程栋、陈鸿文、闵鹓元、福明；先后任西和知县的2人：邱大英、胡兆龙；先后任文县知县的3人：陈金宣、龙永清、章汝楠。其中闵鹓元亏空贪污银59540两，福明亏空贪污银32090两，程栋、陈鸿文、邱大英均在2万两以上，宗开煌、龙永清、胡兆龙、张毓琳、章汝楠不足1万两。程栋、陈鸿文、邱大英、闵鹓元、福明被杀，陈金宣、龙永清、宗开煌、章汝楠、张毓琳流放黑龙江，姜兴周、颜培天、胡兆龙撤职判刑。这是乾隆末年、嘉庆初年的事。清朝官员的贪污腐败，激起人民极大不满。嘉庆年间白莲教起义军退出甘肃之后，太平军进入甘肃。在人民起义的浪潮中，陕西、甘肃回族同胞相继起义，声势浩大。
同治二年（1863）二月，宁远县回族头目张满喇到盐官与苏家城武举苏来东秘谋起事，反叛清朝。盐官东西八堡回族同胞纷纷响应。杀死反对起义军并通风报信的回族同胞武举毛大魁。
三月，礼县知县刘元绩率民团千余在长道与起义军交战，民团败绩。礼县增生韩绍宗、礼县团总马自名率1000余人攻回族同胞所占祁山堡，宁远团总刘正修率500余人与绍宗等配合，交战半日，民团败绩，绍宗父子及所部死117人，马自名及弟马有名部死95人，猎户死44人，刘正修与其兄刘正伦及所部死136人，共死329人。七月七日，起义军涌至礼县城下，关厢焚火弥天。围城四五日，官兵杀伤数人。围城回族同胞俱去。
九月二十八日，盐官起义2000余人攻礼县城。城上发大炮击毙攻城回族同胞数人，回族同胞于当日午后撤走。
起义军向徽县进发，先后攻占徽县唐集寨、火焰山、麻沿河堡。十月，攻徽县冻青铺、栗亭铺、长峪铺、索罗铺、银杏铺等地，进逼县城东南关，未能克城，撤去。
十一月初六日，官兵提督曹克忠率所部七营进逼罗家堡。筑垒未就，盐官回族起义军马步六七千人分三路进攻官兵，双方激战，回族同胞失利，官兵追至高楼庄外。
初七日夜，官兵自南北二山绕出高楼庄之前，一部趋其后，黎明齐集盐官及大小八堡各庄。起义军万余人来救，激战多时，败退，官兵沿山截追。回族同胞千余人殿后，被追兵截断入庄内，官兵围攻不舍。
初八日夜，起义军全部由永平道向西撤走。高家庄、郑家磨、新城、惠家庄、毛家庄、虎家庄、苏家庄城、祁山堡八堡回族同胞村堡皆为官军所据。
十一日，高楼庄被官兵围攻，起义军坚守不出。官军添修木城，又于庄西筑炮台，用连珠炮攻击，同时挖地道，放置火药。地道火药爆炸，堡被炸毁10余丈，提督曹克忠亲自督战，宁堡回族同胞拼死血战，至日中回族同胞全部战死。回族同胞首领张满喇自缢，头目何潮、高老九、马三等皆死。另一首领苏来东潜投汪士庸，亦被杀。
十二月，盐官起义军骑兵千余攻成县。时处徽县招募兵勇的游击龚明臣所领兵勇1500名在徽，徽县知县古一忱资供粮械，令其赴援成县。回族起义军退驻江洛，后撤走。
同治三年（1864）九月，盐官回族同胞步骑二三千人攻礼县城，知县何冠梧等防守，回族起义军攻破城西炉头坝堡。起义军孤军作战，攻城未克，攻地受阻，撤离陇南。
同治四年（1865）十二月二日，自河州归来的盐官回族同胞二三千人，与河州回族同胞军来攻礼县城。未能克城，转攻乡间。
九日，宁远新寺回族同胞军一千余人入礼县，占据县川，攻村堡。
同治五年（1867）四月二十二日，张家川莲花城回族同胞军4000余人攻入礼县，至县城。知县徐湛恩督民团防守。起义军攻城未克，遂向西，攻破平道堡。
九月，起义军进入徽县伏家镇、冻青铺。
十一月，起义军入礼县，破县西青崖堡、普照寺堡、孟家堡等堡。官军傅先宗部败起义军。
同治七年（1868）五月，起义军攻陷徽县红渠铺，继攻火钻铺、伏家镇、乔王沟、小河、古风等堡。
十一月，张家川、关子镇回族同胞军千余人攻入礼县东镜。十二月，攻县城，知县肖良庆募精壮500人守城，回族同胞撤走。
同治八年（1869）二月，起义军五千人攻入礼县横河镇一带。六月四日，过县城，至西南30里斩龙湾，围堡17日，官兵进攻，回族同胞退走。九月十八日，又攻县城，未克。
五月，河州起义军至成县，接着攻陷两当，为官军李辉武部击破，回族同胞撤至徽县。
面对日益强大的回族起义军，清廷调整战略，四处招募兵勇，训练营勇，以壮大官兵。陕甘总督左宗棠对呈文批复道：“甘肃之军，不能卫民，反以扰民；甘肃之官，不能治民，反激民为乱，此何理乎？见在似团非团，似勇非勇，似匪非匪，习气日深。”
同治九年（1870），起义军隐伏陇南山谷间，抢夺官军粮饷。礼县军功姜文绣率乡勇500人护送军粮，至安家山，回族同胞突至包围，乡勇死者过半，姜文绣亦死。
正月，官军傅先宗部败起义军于礼县。起义军过盐官至徽县、两当。二月，攻占徽县太白、梁村、西市三堡，团总杨士杰等率民勇迎战于梁家垭，杨士杰与民勇20余人死。十二月，盐官起义军至阶州北境牛蹄关山及柳林窑至马街一带，离阶州城仅30里，阶州知州洪惟善夜潜奇兵出城，破起义军。
同治十年（1871）正月，回族起义军至成县，围城环攻月余，未能克城而去。二月，河州起义军一部入阶州，知州洪惟善遣兵追击。三月，官军李辉武部败回族起义军于两当，杨世俊、张仲春败回族起义军于礼县。
十二月，陕西回族起义军自巩昌进至徽县城下，提督苏家良率官军自秦州一昼夜至徽县，时回族同胞军已撤至泥阳镇。苏家良之子舍尔巴追回族同胞军于下店子草滩，为回族起义军所杀。
同治十一年（1872）二月，起义军一支至徽县、两当，官兵李辉武部屯凤县防御。
回族人民反抗清廷的斗争最强烈，也最坚决。这次起义军虽然失败了，但其影响是深远的。回族起义军视死如归、勇敢顽强的精神使统治者闻风丧胆。正如左宗棠在批复中说的：“甘南各军养寇自重，每次剿贼，非称‘跟踪不及’，必云‘山险路岐不见贼踪，粮尽收队’，纵有杀获，即虚报大胜请保。可耻可恶，孰甚于此。”
在回族起义的大潮中，陇南社会各种人等相继举事，相互配合，局势十分动荡。
同治二年八月，客勇党履恭、李占魁率勇四、五百人至礼县。礼县知县刘荣亮留兵把守，相持数月。久之，则尽撤城周关厢房屋。至次年五月初八日，县南雷王山乡勇来城下时，客勇仍环营于城墙下拒战。乡勇与客勇交战，城上守兵助乡勇，里外来攻，垒石乱下，客勇死八九人，力不支，撤走。
同治八年，有伪军门边某、桂某率勇骚乱阶州地方，阶州知州宋来宾驱逐出境。
是年，范铭所部黑头勇踞阶州城，骚扰不宁。并挟知州吕恕为人质。勇目尤芝政哗变，官军至城败勇，烧小山堡，吕恕自堡中脱身，雪夜赤足行至大沟寨，渡洮河往巩昌乞师。范铭被削职。
同治十年，前总兵范铭所部黑头勇占据岷州，为官军傅先宗部击败，溃卒归顺官军。
同治十一年，武装团伙闯入阶州白马关州判公署。阶州商民聚众冲击厘税局。
针对动乱不堪的陇南社会，左宗棠指示巩秦阶道张瑞珍：“成、徽、两等处似是游勇土匪为崇。大兵追逐，正如以牛捕鼠，徒劳无功，非得好地方官不可。”在另一批文中说：“甘肃官场恶习，惟以徇庇弥缝见好属吏为事，不复以国事民事为念，驯致上下相蒙，吏事废驰。”对轻易诬告百姓造反事批示说：“大抵甘肃派捐习以固常，官吏到任即以此为能事。衙蠹因之借端讹诈，百计为奸，于是百姓迫于诛求，相率抗官。官司不察，即指良为匪，不罪胥吏，而罪百姓。上下相蒙，百姓饮泣吞声，呼诉无地矣。前此清水、徽县之激成事故，皆由于此。”并将西和知县陈廷祯以诬报西和百姓造反而撤职查办。民众反清起义，沉重地打击了清朝的统治基础。