乾隆末，清朝开始走向腐败。嘉庆之后，官吏昏庸，横征暴敛，各族人民纷纷起来反抗，遍及全国各地。涉足陇南大地的有白莲教起义、太平天国起义，以及震撼甘陕的回族同胞大起义。这些起义虽遭到镇压而失败，但它却极大地动摇了清王朝的统治基础，使清王朝很快衰败下去。
白莲教起义的原因有些复杂，但在反清和反抗贪官污吏上与全国人民是一致的，包含有较强的民族意识。四川、陕西的起义军，势力特大，很快进入陇南地区。起义军与官兵交战四年，转战两当、徽县、成县、西和、礼县、阶州、岷州，死伤惨重。失败后退回四川。
嘉庆二年（1797），白莲教起义军由四川进入陇南，至文县、阶州。提督富成率官兵追击兰号部起义军往来于阶、文之间。起义军欲渡白水江，为恒瑞与崇厚所部官兵夹击，起义军东渡嘉陵江，走略阳。
嘉庆三年（1798）五月，白莲教起义军分路出凤县，攻两当。巩昌知府朱尔汉运军粮饷麦10万石至成县，起义军高均德来夺，朱尔汉部击败起义军于格楼坝，俘获义军同党李德胜。
嘉庆四年（1799）正月，白莲教起义军张汉潮部至西和，拔贡王元佐带团丁拒战于白草山，王元佐战死，团勇死40余人。
二月，白莲教起义军由礼县至阶州北部柳林镇。一路北上两水，沿河达西固两河口，马队百余骑绕阶州城侦察，因城防不易攻取，烧北堤西禅佛寺后，由两水过柳林而去。
起义军张映祥、杨天柱部再至秦州、两当，官军追击于略阳、徽县交界处的白水江镇，义军大败。
五月，陕甘总督恒瑞进攻白莲教起义军于阶州白马关，起义军退至西和、礼县。官兵广厚、吉兰泰部自贾家店、黑马关抄起义军后路，大败起义军于老柏树。
九月，富成、广厚统兵由徽、成至阶州北部宋川河，起义军被逼南入佛堂山，越毕家山进至鱼峡沟，沟深不得出，为官军所灭。
起义军攻秦州，巩昌知府朱尔汉赴成县会攻起义军，巩昌危急，朱尔汉又急促返回巩昌。
官军那彦成部追起义军高、马二部于文县。起义军攻狼卡寨，寨民万余把守。起义军据河高岸，官兵以炮轰击，五面仰攻，起义军溃败，向石峡逃遁。官军前后围攻，起义军自相践踏，死2000人，攀崖挤坠者尸体满地。新附者1000余人。余部南走入川。
迭部番族10余万人乘白莲教起义，出扰地方。巩秦阶道朱尔汉以迭部地险，一旦交战非数年不能平，于是招其宗教首领讲明利害，迭部番族纷纷前来自首。自首者献出地图，供出扰乱者姓名，捕100余人，迭部遂平。
嘉庆五年（1800）春，官军那彦成部破白莲教起义军于陇山、伏羌，德楞泰追起义军王德诏、杨开甲于成县，杨遇春、穆克登布破起义军张天伦于岷州临江铺，庆成等破起义军张世龙于洮河。起义军杨开甲、辛聪、张天伦、伍金柱、戴士杰等部分兵转战陇南各地。甘肃布政使广厚督兵在岷州遮羊堡拒战，阻击起义军于岷县、礼县之间。起义军在礼县西山驻扎3日，攻城未克，退去。
官军札克塔尔部追击起义军至文县。起义军拒河岸，官军且战且渡，逼起义军退至郭家山，遂自中路仰攻，俘起义军首领高天德子狗儿。
五月，起义军高天德、马学礼部攻占文县，据于哈郎寨。四川提督七十五及阿哈保夹击起义军于文县摩天岭，克新寨，进围铁楼寨。起义军冒雨突围，弃牲畜，甲仗，分散山谷间，由卓尼土司地出走岷州、秦州。
宕昌土司马映星在堵防白莲教起义军的战斗中，其长子马干负伤，次子马震、堂弟马映碧被起义军击毙于脚力铺，并死家丁5人。
六月，起义军2万余人由略阳至徽县、两当。陕甘总督长龄率官兵围剿，交战于徽县伏家镇架子山。起义军袭长龄大营，官兵大败，尸体遍山谷，将军富成，游击台清阿等军官17人战死，损兵1000余人。
八月，官兵杨遇春杀起义军首领伍金柱于成县峡沟，杀宋麻子于两当剪子岩，起义军撤回。官兵穆克登布部追击起义军余部至阶州，交战于佛堂寺，起义军大败，首领曾印被杀。
正值大荒之年。阶州大饥，树皮被饥民剥食几尽，道尸相望。礼县大旱，大潭里麦禾尽枯，士民王代全里输纳课税。徽县大旱，发生饥荒。十一月，起义军首领苟文明合各路起义军余部至，当地民众参加起义军甚多。起义军队伍壮大后离阶州回广元一带。
陕西宁羌民女王瑶娃，年方17而未嫁。值白莲教起义军攻宁羌，起义军一头目获瑶娃，使为其服役。其妻以瑶娃聪慧，认作女儿。起义军至徽县，一夜，头目酒醉，召瑶娃，瑶娃力拒，头目一怒之下，令部下拉出杀之。其妻知不可救，叮嘱部下勿创伤过重，弃于野地，以死告头目。次日起义军撤去，村妇背回瑶娃，敷药治伤，让做儿媳。正巧县吏过门，瑶娃拔银钗贿吏，令使告县。瑶娃至县庭，县令乃召其未婚夫赵维石与其合婚，归回宁羌。传为佳话。王瑶娃被录入《清史稿·烈女传》。
同治元年（1862），洪秀全余部和石达开余部向甘肃突围，进入陇南，转战四年之久，太平军启王梁成福战死阶州，将士全部牺牲。
同治元年（1862）九月十九日，太平军由陕西入陇南，攻破两当，知县姜熊死亡。二十六日，太平军一部自两当赴徽县永宁，攻破永宁南北山寨。二十七日，太平军至徽县城下，一部散布四方攻堡，一部占据城南旧城，一部留东关制作攻城器具。二十九日，太平军自东、北二面攻城。徽县知县赵必达募民勇500余人，由千总罗凤鸣、武生贺铸率军守城。太平军先锋吴辉成等10余人战死，余众自福堂坡过凤山背，由横川离去。是年十月，太平军至成县。成县知县严厚培整修城垣，制造军械、火药，防御严密，城未克而去。
同治二年（1963）九月，太平军启王梁成福等进入阶州，以水帘洞为指挥部，攻破阶州城，阶州知县沈凤才及家属10余人皆死。太平军传言入文县，文县知县常毓坤派县人张奋、肖继赴四川求援兵，川督骆秉璋调官兵十八营入陇攻太平军。
十月，太平军一部至西和，在北城下控地道，埋置火药引爆炸城，崩陷城墙一段，未能攻破县城而去。
是年秋，石达开中旗余部自沔县入略阳，突至白水江镇嘉陵江南岸。徽县知县古一忱遣典吏杨德润率团勇堵截，毁坏太平军所备船只十只，太平军退去。
太平军赖文光部一支由略阳入两当南境。时驻眉县之曹灿章部亦由凤县西来，二部会合，分两路行进。北部自太阳寺向三岔，西部自永宁趋徽县。二十一日抵达县城下，分据东关、旧城。徽县知县古一忱选团勇2000，初更后开北门突袭太平军营。太平军女将谢金花等15人战死。古一忱又选壮勇出据城东马兰坪，连放火枪，城上鸣鼓助之，太平军惊走，退屯十里坪。时曹灿璋部亦分趋徽县。徽县典吏杨德润率团勇东趋簸箕湾，与两当知县熊其光所率民团会攻太平军，太平军退走。
十一月，官军周达武攻太平军至阶州，环城筑垒。太平军出城交战，为官军多次击败。官军扼山诸隘，疏旧城深沟以困太平军。肖庆高、黄鼎、周达武屡与太平军战，双方死伤相当，官军将领肖举臣、姜福元战死，太平军首领亦受伤。太平军馈赠当地藏族同胞2万金，借道由南坪撤走。藏族同胞将此事告知周达武，达武疑而却之；又告诉刘鹤龄，刘疑藏族同胞难信，令诸将各拣一营前往，留重兵于阶州。十二月，太平军突袭官兵南山营。周达武、江忠淑两面夹击。肖庆高令诸军攻城附近各垒，战良久，未克而还。
同治三年（1864），太平军郭刀刀部至徽、成、两当一带。陕甘总督调阶州游击梁生辉，率阶、文、西固官兵往截，兵至两当簸箕湾，太平军从山巅涌至，官兵溃败，梁生辉被杀。
同治四年（1865）四月，巡道林之望率亲兵300人来礼县督促粮饷。初，太平军蔡倡龄、黄灿璋率万余人，发檄文自称恢复华夏大元帅曹，并署“大汉顺天六年”年号，自去年八月攻占阶州。官兵攻城，军饷不给，林之望赴各州县督促筹办，筹饷后即赴阶州攻太平军。
五月，四川总督骆秉璋所遣提督胡中和、总兵周达武会攻阶州太平军。周达武攻占东江水、严家湾太平军营，继攻阶州城。自将台山挖地道至城根，引发地雷，城崩塌，选先锋400人先攻入，大军紧随，遂克阶州。梁成福、蔡倡龄战死，城内太平军将士全部牺牲。
太平军残余洪刚一部突围后，在陕西宁强遭埋伏，死伤惨重，洪刚战死。余部入康县阳坝、太平一带，留居深山老林。建红崖观，塑洪秀全像及其他诸王像，以祭奠之。观内存放一釜、一钟、一鼓，名曰太平釜、太平钟、太平鼓。在今杜坝修建一座百壁厅，祀死者亡灵。