此时曾国藩刚要接任直隶总督，所谓在其位谋其政，正在保定与前任总督官文办理交接手续的曾国藩五月二十五日接到了上谕，令他赶赴天津查案。接旨后，曾幕中“阻者、劝者、上言者、条陈者纷起沓进”，均劝其不要仓促赴津。每个人都看出这是一个烫手的山芋，不愿让曾国藩迎难而上。因为曾国藩不光已到花甲之年，据家书所看，他当时已患上眩晕、麻痹、眼疾等各种症状，身体早已严重透支。但是迟暮之年、老病侵袭、严峻的形势、众人的力劝，都没能阻挡住曾国藩的脚步，他又一次立下遗嘱，抱着殉国之心于六月初六起程赴津。此时的李鸿章正督军赶赴陕西，途中他接到了老师欲要以死殉国的书信，立刻复函道“此案有杀毙领事教士重情”，责任在于中方，而按照惯例，洋人必然会“调兵船恫吓”，但是只要“中国立意不与开衅”，那么最后的结果还会归结到“拿犯、赔银”两项事上。分析过形势之后他又说：此教案因杀死领事，洋人必欲以中国官员抵命，曾国藩的人身安全毫无保障，所以虽然“不必张皇六师，致人疑衅，但防备不可不严”，也就是让曾国藩一定严加防范，酌情多“带劲旅护卫”。为了方便老师与法方沟通，他还给曾国藩介绍了精通法语的江苏候补知府葛绳孝。
曾国藩为人方正，行事必以孔夫子的“忠、信、笃、敬”为方针，这次虽是与洋人周旋，他依然决定不改初衷。曾国藩虽很少接触洋人，没有实际的外交经验，但他认为洋人也是人，一样一头两手、肉体凡胎，虽有些野蛮，但多少也该讲些信义，所以与之交往也定是万变不离其宗。但李鸿章在援沪之时，便屡与洋人交往，所以他“熟习夷情”，认为与洋人办事，只有“打痞子腔”才是可行性的方案，说白了也就是耍耍流氓手段，因为在他看来，“洋人性情虚骄，遇事好为疑义”。所以在两天后他给老师回信道：“与洋人交，略参痞子手段，不宜轻以一死塞责。”曾国藩试图将儒家的思想套在近代外交之上，不知这件古老的外衣是否能合洋人之身？
六月十日，曾国藩抵达天津，天津县四十八保派出代表，“拦舆递禀者百数十人”，民怨沸腾，城里流传着小道消息说皇上“专调曾国藩来天津驱赶洋人”，百姓盼着曾青天能如戏曲里唱的那样，拎起大炮，轰走洋鬼子。而庙堂之上关于是战是和的争论也一直没有停止，以奕欣、李鸿章为代表的洋务派，坚定地支持以和为贵，所以他们一再强调，“津民无端杀法国人，真是借端抢掠”；而奕譞、李鸿藻等“清流”派则认为“民心尤不可失”，他们更想借舆论之枪，顺着“民气大张”的势头，与洋人们决一死战。那么清廷的当家人，慈禧怎么看呢？在谕旨里她令曾国藩“持平办理”、“顺舆情而维大局”。其实也就是想要息事宁人、维持和局，但是她又怕因此招来恶名，所以迟迟不肯表态。
总之每个人的目光都投向了身在天津的曾国藩，他们交头接耳、议论纷纷，等着他去表演一场没有剧本、没有导演的大戏。曾国藩早就看透了这是一个费力不讨好的差事，办好了是理所当然，一旦办砸——而且办砸的可能性更大，他的一世英明也许就此毁于一旦。但是现在名利早就于他如浮云，他已下定决心不光要舍身还要舍名。
初到天津，面对“气势汹汹”的民众，曾国藩“全无头绪”，他在家书中写道：
天津人心汹汹，拿犯之说，势不能行，而非此又不能交卷。崇帅（崇厚）欲余撤道、府、县三官以悦洋人之意，余虽知撤张守（张光藻）即大失民心，而不得不勉从以全大局。
明知必失民心，却定要以大局为重，这便是曾国藩为处理天津教案定下的基调。
太平天国之火刚灭，曾国藩深知此时的国人已经不起再一次的战争了，所以本着“不开兵端”这个信条，曾国藩一面“也示弹压”，一面“拟先将道、府、县三员均行撤任，听候查办”。经过十多天的调查取证后，曾国藩上书朝廷，也就是《查明天津教案大概情形折》，他在折中分析了天津民众之积疑生愤的原因所在：一，教堂的大门“终年扃闭”，让百姓不知底细；且教堂、仁慈堂“皆有地窖，系从他处募工修造者”，津民不知其所以然，只是听闻“地窖深邃，各幼孩幽闭其中”；二，国人“有至仁慈堂治病者，往往被留不令复出”；三，仁慈堂经常收留将死者，为其“施洗”，百姓“但见其入而不见其出，不明何故”；四，堂内经常母子同处一堂却“经年不一相见”之事；五，“堂中死人过多，其掩埋又多以夜，或有两尸三尸共一棺者”。且百姓认为“死人皆由内先腐”，但堂里的尸体却“独由外先腐，胸腹皆烂，肠肚外露”。正是因为这五大疑点，百生才会“浮言大起”。揭示百姓的五疑之后，曾国藩称：“教民挖眼剖心残害生民之说多属虚诬”，愿朝廷能“布告天下”，广而告之，“一以雪洋人之冤，一以解士民之惑”。
内阁很快发抄了曾国藩的奏折，但却在发布时删掉了他的“五疑”。看到曾国藩与洋人站到同一战线，全力为其洗冤，一时之间朝野哗然，朝廷此举分明就是陷曾国藩于不义。第二天朝会之上，惇亲王奕誴提出民心不可失，醇郡王“极言民心宜顺”。而慈禧更是下发了一条全力撇清自己的上谕：“和局固宜保全，民心尤不可失，曾国藩总当体察人情向背，全局统筹，使民心允服，始能中外相安也。”她怕战想和却又不愿失去民心，便把曾国藩丢出去走这个战与和、民心与大局的钢丝。
清廷把曾国藩置于不义之地，让曾国藩顿时成了卖国贼的代名词。在京的湘籍官员们联名致书曾国藩，对其大加抨击。一时之间，“自京师及各省皆斥为谬论，坚不肯信”，在“谤讥纷纷、举国欲杀”的氛围中，“卖国贼之徽号，竟加于国藩”。不仅他的“官爵匾额……悉被击毁”，就连他的名籍也被削去，也就是老乡们不再承认他是湖南人。理学大师倭仁一向与曾国藩私交甚好，此时竟也宣布与之绝交。
曾国藩成了爱国青年、中年、老年们人人皆可啐上一口的大恶之徒，爱国之人无力救国，却只能在一位老病缠身的老人身上发泄自己的爱国热诚。没有人去想他是不是真的卖国，每个人都在提出问题，却无人能来解决问题。被误解、被抛弃的曾国藩却对国人抱与同情和理解，他说：
国仇未复，不应弃怨修好；况天主一教流毒中华，士民切齿！即挖眼剖心之谣，远近皆信以为实有其事，拙书乃为之洗刷，宜闻者各怀义愤，大肆诋呵。
也就是说国仇未报，我本不应该弃怨与之修好；况且天主教贻害中华，使国人不齿！即使挖眼剖心之说是谣言，但人们都认为实有此事，我为之洗刷，才使闻者义愤填膺，大加指责。他深深明白国人为何会满腔义愤，“物论沸腾，至使人不忍闻”，此时的曾国藩内心也备受煎熬，却无人可诉，更无人可解。
总税务司罗伯特·赫德后来曾用这样的词语来评价曾国藩，“优柔寡断”、“被评价过高的人物”、“与他的崇高声望名不副实”、“才能不过平庸而已”。在赫德的眼中，曾国藩根本就是一个一无是处的老头子，甚至只是“一块古老世纪的活化石”、“有着一种令人窒息的霉烂味道”。是的，此时的曾国藩已无力面对如此的变局。其实不只是曾国藩，无论是洋务还是清流，无论是原来的林则徐，还是后来的李鸿章，在晚清的这辆注定要消亡的火车上，能做的和做到的最后都只等于零。这不是一个半部论语治天下的时代，即使曾国藩这个传统社会的“最后一个圣贤”，在这个翻天覆地的时代里也只能沦为化石。
从六月二十四日到二十八日，法大使罗淑亚一再要求曾国藩将天津知府张光藻、知县刘杰及陈国瑞“先行在津立即正法”。这样无理的要求，曾国藩自然不能答应，李鸿章也认为抵命一事“断做不到”，他认为如果中方真的决裂，法方也不过“令水师开炮打城”。一旦打响第一枪，中方也“官民皆不还手”，让法方一拳打在棉花上，令其无法下台。不还手是因为“若兵民齐心抵敌，各国商民必将连累”。并且，他认为法方此次也是采用“恫喝惯伎”，一定是雷声大雨点小。但是中方“尽情尽礼”后，法方“若再以无礼相干，只有一拼而已”。此时的战与和，完全不在中方控制之中，中方也只能像李鸿章所说的，做到先礼后兵而已。其实这也是最后的办法，无法解决之下，唯有一战。但是实力悬殊之下战之输赢也可想而知。
以命抵命的要求没有得到满足，法方开始撤离在京的法国人，大有不达目的誓不罢休之意。曾国藩听闻此讯呕吐不已，他竟夜辗转难眠，整日不思茶饭。但他深知中法一旦开战，李鸿章的淮军必不可少，于是在与崇厚商议之后，曾国藩上书道：“若令李鸿章入陕之师移缓就急，迅赴畿疆办理，自为得力。”
六月二十一日（1870年7月19日）普法战争爆发，法方无暇东顾，这让曾国藩松了一口气，他在家书写道：