曾国藩初到长沙时，湖南巡抚还是张亮基，曾国藩的好友郭嵩焘之所以前往湘乡动员他出山，正是受了张亮基的委托。有了巡抚的鼎力支持，曾国藩踢开了建军的第一脚。然而仅仅二十天后，张亮基便赴湖北代理湖广总督。湖广总督下辖湖南、湖北两省，但总督衙门却设在湖北。湖南巡抚由原来的布政使潘铎代理，布政使的空缺从云南调补，布政使下面还有按察使，由原来主管衡、永、郴、桂州一片的道员升任，名叫陶恩培，由于此人后来还会同曾国藩发生关系，故此特别需要记住这个名字。这里涉及四个称谓，就今天来看：巡抚即相当于省长，布政使相当于主管民政、人事和财税的常务副省长，按察使相当于主管治安、刑法的副省长，道员相当于管片的副省长。由于晚清的吏治已是自上而下、由外至里地腐烂了，即便不腐烂，一切都各安其位，各司其职，惯常的轨道，惯常的规则，如同昼夜交替、四时往复一样运行不辍，即便眼前就是深渊，也会一如既往、不改其辙地走下去。而曾国藩虽身为团练大臣，但既非官场正常系统内成员，又非钦差大臣，甚至连绅士都算不上，不过是朝廷应急性临时委派的角色，不入正常官场系统，只是从旁帮办，因此一切必须仰人鼻息，有巡抚支持则可，否则将寸步难行。果然，张亮基一走，代理巡抚潘铎竟然主张将省城从曾国藩的老家湘乡招募来的练勇千余人裁汰回乡。曾国藩据理力争，总算保住了一部分。经过扎实的训练，曾国藩初步打造出一支敢于拼杀的官勇，守卫省城，清剿本省及外省进入湖南的造反武装，而且还曾出省救援南昌。但在剿匪过程中却同陶恩培发生了严重的碰撞，由于擒拿盗匪本来是按察使的职责，陶恩培身为按察使，自己做不来，却又容不得别人参与，因为与职责相伴而生的还有权利，曾国藩剿匪可以无视权利，只想尽责，而陶恩培及他手下的官吏们岂能放弃从中渔利的良机？于是，便利用职权，并联合上下，对曾国藩处处施以刁难、掣肘。
眼见依靠正常轨道不能做事，曾国藩毅然抛开官府和已有的法律程序，自设审案局，对涉匪者进行严酷捕杀。其用意有二，一是制造白色恐怖，杀一儆百，“使民畏我远过于畏贼”，以此震慑不法农民对太平军的积极响应；二是为中小地主及士绅撑腰，使他们从害怕、讨好不法农民的可悲风气中振作起来，成为湘军的社会基础与兵力来源。
这样一来，曾国藩犹如一位外来者闯入土着的领地，侵犯了人家固有的权利，不仅僭越了省城治安司法部门，还勒令各府县将所拿之贼全部解送他的审案局，便又侵夺了下层衙门的权利，于是湖南官场上下同仇敌忾，曾国藩成为众矢之的，“曾剃头”、“曾屠户”的骂声不绝于耳。
在这种情况下，曾国藩要想做下去，唯一的办法便是争取咸丰皇帝的支持，他给皇帝上了一道折子，表示：“臣之愚见，欲纯用重典，以锄强暴。但愿良民有安生之日，即臣得残忍严酷之名亦不敢辞；但愿省城无不破之案，即剿办有棘手万难之处亦不敢辞。”这话说得实在是太得体了，一是申明了自己乱世须用重典的主张；二是诉说了自己落下骂名的委屈；三是表达了自己不计个人得失坚决履职的忠心。这三点恰好投合了咸丰皇帝力挽危局的需求，咸丰皇帝立即朱笔批道：“办理土匪，必须从严，务期根株净尽。”有了皇帝的支持，湖南官场对曾国藩的围攻才不得不有所收敛，而曾国藩则得以有恃无恐，大行其事，致使湖南的形势有了根本的改观，不仅不法农民响应太平军的势头被弹压下去，更成为日后湘军集团剿灭太平军的首要基地。
曾国藩无疑是一位敢于践踏晚清军政体制的斗士，他的手不仅伸向了行政系统，还伸向了军界。按清朝常例，各省绿营兵由总督管辖，平素操练归提督即相当于今天的省军区司令负责，除非兼有提督衔，否则连巡抚都无权过问。
可是曾国藩以一不官不绅的身份，居然染指绿营兵，先是聘请绿营的代理长沙营都司塔齐布教练他的练勇，然后又通过塔齐布传令营兵会操，并听取他的训话，招致绿营兵的强烈不满，为首的便是长沙协副将清德，他们不仅不来，还鼓动绿营兵对塔齐布群起而攻之。曾国藩便以沉于安逸、不理营务为由参劾清德，请交部从重治罪。清德本为满人，曾国藩以一汉人参劾满人是犯忌的，好在与此同时，还保举了同为满人的塔齐布，恳请予以破格提拔，并信誓旦旦地为塔齐布打保票：倘塔齐布日后有临阵退缩之事，愿将自己一并治罪。咸丰皇帝再一次支持曾国藩，一方面赏给塔齐布副将衔，一方面将清德革职拿问。
上谕下来以后，清德对曾国藩恨之入骨，伺机报复。此前，接替张亮基的代理巡抚潘铎在任没多久便因病告假，巡抚一职又由骆秉章代理，为了预防太平军自金陵回攻长沙，骆秉章已商定提督鲍起豹调兵来省，这让清德及全体绿营兵有了靠山，气焰益发嚣张，肆无忌惮地同塔齐布所辖的辰勇滋事寻仇，终于激发一起事件，先是围攻塔齐布，塔齐布藏在草丛里逃过了一劫，晚上又冲进曾国藩的公馆，枪伤曾国藩的亲兵，曾国藩本人险些被击中。而巡抚骆秉章先是故作不知，不得不出面后，平息了事态，却不做处理。此事一出，不仅绿营兵扬眉吐气，政界方面也拍手称快。湖南军政双方联合起来，众口汹汹，欲合力剿杀曾国藩这位异己的闯入者。
面对如此屈辱，有人劝曾国藩据实参奏，曾国藩却意外地保持了相当的克制与冷静，他清醒地知道，自己一旦参奏，对方势必反诉，极有可能军政联手，众口一词，到了那时，咸丰皇帝作为官僚集团的首脑，很难违背众意，反过来支持一位千夫所指之人，即便侥幸获得了咸丰皇帝的支持，他自己也无法再在长沙待下去了，便说了一句颇为堂皇的话：
为臣子者，不能为国家弭乱，反以琐事上渎君父之听，于心不安也。
身为人臣，不能为国家消除战乱，反而以琐屑小事冒犯皇上，我岂能心安？
随后又找了一个颇为堂皇的理由，说衡、永、郴、桂州一带为贼匪聚集之所，数月以来，聚众为乱，巨案叠出，为了就近调遣，于咸丰三年（1853）八月十三日奏请移驻衡州。
（第三节）据理抗君命，借故杀臣威
本来是逃离省城，败走衡州，没想到一个仿佛天上掉下来的机遇却在前头等着曾国藩：创建水师。由于太平军自益阳、岳州掳得船只后，水陆并进，攻占了湖北省会武昌，随后沿江东下，势如破竹，四十天之内，连克江西九江府城、安徽省会安庆城，最后拿下江南重镇江宁，即今天的江苏南京，于是定都于此，改称天京。太平军的进攻如此神速，无疑是得益于水路，也使清廷的一些有识之士将目光瞄准了水师的创建。不过单凭这点，创建水师的差事远不足以落到曾国藩的头上，因为事涉建军大事，不到万不得已，清廷是绝不会将它交付一个汉人的。故此，他还需要耐心等待，等待一位贵人相助，只是这位贵人不再出自清廷内部，因为内部没有人能够助成此事，即便咸丰皇帝也没有这个力量，只有依靠敌人，从外面施以强力，如飓风般不可抵御，才会造成不得不然的情势，迫使咸丰皇帝于火烧眉毛之际破例恩准。这位所谓的贵人即太平军最英明的统帅——翼王石达开。这里绝非故弄玄虚，只消仔细地检索历史，就会惊异地发现，曾国藩此后五次大的转折有四次都是拜石达开所赐。如果说，没有太平军，就不会有曾国藩的转型，同理，没有石达开，也不会有曾国藩的大起大落，即便大落之后的复起，仍旧离不开石达开的“援手”。
太平军于咸丰三年二月初十（1853年3月19日）定鼎天京，清军尾随其后，分别在城南和扬州扎下江南、江北两座大营。但两营兵力加在一起不足三万五千，相对于太平军的十万，不仅形不成攻势，连防堵都做不到，充其量只起到一种武装监视的作用。而且由于这些兵力多从各地调集到这里，势必造成原驻地空虚。于是太平军避实击虚，兵分两路，一路北伐，一路西征。单说西征一路，初起，其战略构想并不够成熟，一是夺取粮草，二是攻其必救以解围天京。而且由于指挥不力，兵困江西南昌城下九十三天不克。正是在这种背景下，翼王石达开于咸丰三年八月受命主持西征战事，当月二十三日，即进抵安徽省城安庆，占据了号称太平天国的第一门户；与此同时，命南昌撤围，于当月二十七日拿下堪称天国第二门户的江西九江。随后又进军湖北，倘若再拿下湖北省城武昌，那么沿江三大战略重镇便尽收囊中，由此完成于长江上游建立基地以屏蔽天京的战略转变。
而曾国藩恰好于咸丰三年八月二十七日，即太平军攻克九江城那天抵达衡州。随后便面临湖北告急。代理湖广总督张亮基及随他同赴湖北的江忠源连吃败仗，张亮基改任山东巡抚，曾国藩的会试座师吴文镕赴任湖广总督。此时太平军已经攻陷了湖北黄州、汉阳，进逼隔江相望的省城武昌，朝野为之大震。咸丰皇帝自九月二十七日至十月初五不到八天，竟然用六百里加急给曾国藩连发三道上谕，其中第二道与第三道之间仅隔一天。咸丰皇帝说“长江上游，武昌最为扼要，若稍有疏虞，则全楚震动”，而贼匪先是“逼近武昌”，随后是“武昌被围”，再后是“武昌省垣情形已万分危急”；而荆州将军“台涌所带官兵及咨调江西官兵，未知何日赶到？武昌兵单，实恐不敷剿捕”，其后是“江忠源尚须先赴汉阳以图收复，未能即抵武昌，现已令吴文镕等悉力坚守，并令台涌即日拨兵前往救援，第兵力仍虞单弱”；故此“着骆秉章、曾国藩选派兵勇，并酌拨炮船，派委得力镇将，驰赴下游，与吴文镕等会合剿办，力扼贼冲”，随后命曾国藩亲自出马，“酌带练勇，驰赴湖北，合力围攻，以助兵力不足，所需军饷，着骆秉章筹拨供支”，并告诫二人：“两湖唇齿相依，自应不分畛，一体统筹也”，再后命曾国藩“赶紧督带兵勇炮船驶赴下游会剿，以为武昌策应”，而且前后两次使用“毋稍延误”一词，不过于下令之前，先施以褒奖：“曾国藩团练乡勇，甚为得力，剿平土匪，业经卓有成效”。
而此时的曾国藩正在谋建水师。其实筹建水师本是咸丰皇帝早在八月下达给四川、湖北、湖南三省督抚的指令，就曾国藩而言，既非督抚，便无筹建之责。但他一是深深意识到水师的重要；二是欲借筹建水师摆脱败逃衡州的窘境；三是衡州府城位于湘水与蒸水交汇处，水运发达，不仅船多，人们也多习水性，加上该府土地贫瘠、人口稠密，可为水师提供丰盈兵源。
但是湖北形势如此紧急，咸丰皇帝上谕频催，曾国藩没有任何理由不奉旨赴鄂；一旦赴鄂，筹建水师必成泡影，曾国藩日后的辉煌也就无从谈起，甚至连曾国藩这个名字都极有可能湮没无闻。就在这关键时刻，石达开帮了他的忙。因为石达开是在玩一个“声西击东”的把戏，他在湖北大张声势，将清廷的注意及兵力全部吸摄过来，造成安徽腹地空虚，于是他虚晃一枪，突然转身，直取庐州。就在咸丰皇帝于十月初五做出了第三道上谕的第二天，即十月初六，太平军便开始从湖北撤离。当第三道上谕在路上走了十五天，于十月二十日到达曾国藩手上时，武昌已经解严。真是天赐良机，四天后，曾国藩便给咸丰皇帝上了《暂缓赴鄂并请筹备战船折》。折中在说明武昌解严的情况后，提出“援鄂之师自可稍缓”；随后便自请筹办战船，曾国藩自会将理由讲述得十分充足：一是“贼匪以舟楫为巢穴，以掳掠为生涯，千舸百艘，游弈往来，长江千里，任其横行，我兵无敢过问者”，“皆由舟师未备，无可如何”；二是“今若为专保省会之计，不过数千兵勇，即可坚守无虞，若为保卫全楚之计，必须多备战船，乃能堵剿兼施”；三是“夏间奉到寄谕，饬令两湖督抚筹备舟师，经署督臣张亮基造船运炮，设法兴办，尚未完备，忽于九月十三日，田家镇失守，一切炮船炮位尽为贼有，水勇溃退，收合为难”；四是“现两湖无一舟可为战舰，无一卒习于水师，今若带勇但赴鄂省，则鄂省已无贼矣，若驰赴下游，则贼以水去，我以陆追，曾不能与之相遇，又何能痛加攻剿哉？”在做了如此周严的铺垫后，推出自己的主张：“再四思维，总以办船为第一先务，臣现驻衡州，即在衡城试行赶办”，“若舟师办有头绪，即行奏明，臣亲自统带，驶赴下游”。
事情竟如曾国藩所愿，咸丰皇帝朱笔批道：“所虑甚是，汝能斟酌缓急，甚属可嘉。”不仅答应曾国藩关于提取广东解往江南大营现存放长沙的饷银四万两的奏请，还指令湖南拨付三万两，更特准截留由江南发往北京的漕粮。于是，被湖南官场打得一败涂地的曾国藩，居然在短短两个月后不亚于咸鱼翻身，风光跃起。如果说建军时还需要掩人耳目，那么此刻建造水师则完全可以光明正大地进行，而且原来所建仅仅是陆地练勇，职责也基本限定于省内剿匪，如今则可以名正言顺地出省讨贼，或许得以建树当世最伟大的功勋。不过，在咸丰皇帝的视线里，曾国藩也由几近边缘被大幅度拉近，对在建的水师寄望甚殷，甚至急不可待，由此不仅勾起昔日的个人恩怨，而且大背景下的满汉防猜也开始浮出水面。
历史简直就是戏剧。曾国藩是咸丰三年（1853）十月二十四日奏请办船，十三天后，即十一月初七，咸丰皇帝做出同意的朱批，仅四天以后，即十一月十一日，咸丰便接受礼部左侍郎宋晋的建议命曾国藩迅速援皖。好像是经过石达开计算好了似的，只给了四天时间，让曾国藩的办船奏请通过了咸丰皇帝的批准。因为太平军于十月初六开始撤离湖北，当月中旬即攻陷了安徽桐城、舒城，兵锋直指临时省会庐州。此前，江忠源已被授予安徽巡抚，命他湖北和安徽“一体斟酌缓急，相机进剿”，及至安徽事急，迅速挥师北上庐州，本来已是病体，谁料中途病情转重，不得不停在六安治疗。咸丰皇帝这才命曾国藩“自洞庭驶入大江，顺流东下，直赴安徽江面，与江忠源会合，水陆夹击，以期收复安庆及桐、舒等城，并可牵制贼匪北上之路”，还再次给曾国藩戴上高帽，先是转述宋晋的话“曾国藩乡望素着，人皆乐为效用”，其后又说“该侍郎忠诚素着，兼有胆识，朕所素知，谅必能统筹全局，不负委任也”。
不难想象，咸丰皇帝的要求是何等不切实际。曾国藩纵有天大的本事，也不可能在如此短暂的时间里造出一支水师，不仅炮船船式无人知道，甚至连造船技术都没人能懂，更不要说招聘水师营官了，况且射程远的洋炮需要从广州引进，这绝不是一时半刻即能到达的。倘若仓促上阵，只能是自蹈死路。
曾国藩只好上《筹备水陆各勇赴皖会剿俟粤省解炮到楚乃可成行折》，说明油未干、炮未至、勇未募的情况，请求延缓至“明春乃可成行”。
让曾国藩没有想到的是，这一奏请竟招致咸丰皇帝的极度不满，于朱批中措辞严厉而且刻薄：