此外，母亲希望通过婚姻使儿子变得稳重些，把他拴在家庭圈子里，从而摆脱外侨区的影响，放弃那些与沙皇的尊位极不相称的兴趣。最后，他们期望用成功的婚姻来保障彼得的后代子孙的利益，排除与他共掌国政的伊凡可能留下的子嗣夺取皇位的僭望，而在这之前，伊凡已经娶了妻室，正等着添丁进口呢。
娜塔莉雅皇后亲自给儿子物色到一个新娘——美女叶芙朵基雅·洛普欣娜，据同时代人描写，这位“郡主容貌出众，只是智力平常，性情和丈夫大不一样”。这个同时代人还说：“他们两人的感情倒很不错，可是只维持了一年。”很可能，两口子的感情不满一年就冷淡了，因为婚后一个月，彼得就丢下叶芙朵基雅到佩列雅斯拉夫尔湖去做他的“海上”游戏了。
彼得在外侨区结识了一个酒商的女儿安娜·蒙斯。一位同时代人说，这是个“又标致又聪明的姑娘”，可是相反，另一位同时代人却发现她“谈吐与智力不过尔尔”。谁的话对，很难判断。不过，快乐、多情、机灵，随时准备说说笑话，跳跳舞或者作一场文雅交谈的安娜·蒙斯，和沙皇的夫人——那位眼光短浅，一脸奴隶般温顺愁容和盲目守旧的美人儿相比，倒是确有天渊之别。彼得更喜爱蒙斯一些，因此，他总是在她的那帮伙伴中消磨自己的空闲时间。
叶芙朵基雅写给彼得的信有几封保存下来了，却没有发现一封彼得的回信。1689年，当彼得到佩列雅斯拉夫尔湖去的时候，叶芙朵基雅在给他的信里温情脉脉地写道：“我的心上的人儿，愿你长寿。恳求你，皇上，赐驾来我这里，幸勿延迟。有母后关照，我很好。你的愚妻冬卡叩首。”在另外一封写给“我的贤夫”的信里，“愚妻冬卡”还没料想到即将破裂的情势，请求丈夫恩准她去见他。还有两封叶芙朵基雅写得更晚一些，即1694年写的信，其中一封信里，充满了一个清楚地知道自己已被遗弃的女人的悲伤和孤独感。这两封信里不再有“贤夫”一类的称呼，也不再掩饰自己的痛苦，而且忍不住有所指责，自称为“不幸的女人”，抱怨没有得到“只言片语”的回音。叶芙朵基雅在1690年生了个儿子，叫阿列克谢，但这未能改善他们的家庭关系。
彼得在普列奥勃拉任斯科耶的行宫和克里姆林的正式宫廷之间的关系，在索菲亚当政的初期是正常的，可是随着彼得的年岁的增长，这种关系就逐渐抹上了带有敌对情绪的色彩。双方警惕地监视着对方的行动。当政的索菲亚日益频繁地出席各种庆典活动，引起了普列奥勃拉任斯科耶方面的关注。1689年7月8日，索菲亚来了一个挑衅行动：她竟敢同两个沙皇一道参加大教堂举行的宗教祭祀行列。彼得怒不可遏地对她说，她是女人，应当立即退出这个游行队伍，因为她捧着十字架和圣画游行是亵神的行为。可是公主不理睬彼得的指责，他一怒之下，飞身上马，经过科洛缅斯科耶村，疾驰到普列奥勃拉任斯科耶村去了。在官方文件中提到这位当政的公主的名字时用的是“索菲亚·阿列克谢耶夫娜公主陛下和大公”这样的尊号，这也激起了彼得的拥戴者们的不满。娜塔莉雅·基里洛夫娜皇后公开表示愤慨：“她有什么资格和圣上共同撰写文件？我们的人有的是，他们不会置之不理的。”
普列奥勃拉任斯科耶方面认为，索菲亚的所作所为是为了树立威信，以便有朝一日发起宫廷政变；克里姆林则认为，彼得扩大“游戏”兵的名额，不断改善它的武器装备，具有同样性质的危险。但我们必须指出：从保存下来的文件中，找不到足以证明彼得那时已经有了权力欲望的证据，也找不到足以证明他对权力、对造船或军事游戏具有同等程度的兴趣的证据。是早年养成的权力欲促使皇后干了善于玩弄政治权术的顾问们教她干的事。
至于索菲亚，正相反，决不能说她没有权力欲。她在攫取了摄政地位，惯于行使权力之后，就一步一步地准备着以剥夺彼得皇位继承权为目的的宫廷政变。她要她的第二号宠臣、射击军总监费多尔·沙克洛维蒂去摸清射击军对她登极的态度怎样。沙克洛维蒂把忠诚可靠的射击军指挥官们召集到郊外能避人耳目的公馆里，开门见山地建议他们写份禀呈，请求让索菲亚加冕登极。
大多数射击军指挥官感到沙克洛维蒂的建议是冒险的，因为它会重复1682年春夏之间的事件。他们借口不会写禀呈，拒绝了这个建议。“禀呈有什么难写的，好写，”沙克洛维蒂劝说着，同时掏出一封写好的禀呈给他们看，它是用首都全体居民，不光是用射击军的名义写的。如果彼得不肯接受这样的禀呈呢？沙克洛维蒂回答说：“要是他不听话，你们只要把领主列夫·基里洛维奇·纳雷什金和鲍里斯·阿列克谢耶维奇抓起来，他就会接受禀呈。”头脑发热的沙克洛维蒂以为实现废黜彼得的计划，不会遇到反抗。射击军军官们又刨根究底地问道：“大主教和领主们不同意呢？”沙克洛维蒂给他们打气说：“可以撤换大主教，至于领主们，那不过是些凋零的、冻坏了的树木。”
勾引射击军军官参与沙克洛维蒂阴谋的计划未能实现：谈来谈去，他们还是坚持自己的想法，结果不欢而散。虽然有几个射击军军官准备采取断然行动，但是举行政变的意图还是不得不放弃。一个射击军军官这样设想撤换大主教的情景：“我一走进大主教的住宅，大喝一声，他就被我吓蒙啦。”“我们应当把娜塔莉雅皇后这个母熊撵走。”另一个军官顶嘴说：“她儿子会出来保护她的！”前者回答：“干吗要让他出来保护她？干吗那样呀？”军官中最坚决的分子主张向彼得扔颗手榴弹，或者在他乘坐的雪橇里放颗炸弹，把他干掉。还有几个军官准备失火时杀死他，因为沙皇喜欢参加救火的活动。
射击军中流传着纳雷什金家族存心要“除掉”沙皇伊凡和摄政索菲亚的流言飞语。还采取了某些新的斗争手法。一天夜里，一个叫马特威·邵申的杜马书记，穿上同列夫·基里洛维奇·纳雷什金一模一样的白缎子长袍，由武装人员簇拥着，乘车行进在莫斯科的大街上。他抓住几个站岗的射击军士兵，一边狠狠地揍他们，一面大声叫嚷：“你们杀了我的兄弟，我要用你们的血为我兄弟报仇。”邵申的一个同行者呼叫道：“列夫·基里洛维奇！何必往死里打呀！我的上帝！”受害者被送到了射击军政厅，在那里进行审讯时，他们因为被假象弄糊涂了，也证明自己是被列夫·基里洛维奇打成这个样子的。索菲亚和她的拥护者企图用诸如此类的办法激起射击军对纳雷什金家族的仇恨。
彼得和索菲亚最后一次公开的冲突发生在1689年7月。这次冲突与庆祝戈利津从克里米亚远征归来一事有关。前面已经说过，这次远征既没给军人也没给他们的长官带来荣誉。可是索菲亚却不惜对那些可疑的战功大加褒奖，意欲借此拉拢射击军，要他们在她同彼得日趋尖锐的冲突中支持她。
彼得拒不参加奢华的庆功活动，以示抗议。远征军司令和其他军事长官来到普列奥勃拉任斯科耶行宫时，彼得甚至不予接见。索菲亚认为这一行动是对她的直接挑衅。她向射击军呼吁道：“你们觉得我们是否有用？如果有用，你们就支持我们。如果没有用，我们就下台。”索菲亚用后面几句话显示自己胸怀坦荡。其实，在克里姆林宫里，亦如在普列奥勃拉任斯科耶行宫里一样，正在急切地准备迎接结局的到来。这种充满惊慌和期望的结局，如同在险恶环境中常见的那样，完全出人意外地来到了。
8月7日深夜，克里姆林宫响起警报声，射击军立即拿起了武器。有人放出谣言，说“游戏”兵已开出普列奥勃拉任斯科耶，正向莫斯科进发。莫斯科射击军中拥护彼得的一派，弄不清是怎么回事，以为射击军不是去保卫克里姆林宫，而是去讨伐普列奥勃拉任斯科耶，他们立刻飞马向彼得的行宫驰去，以便向他报告这一紧急情况。警报是假的，但谣言却引起了连锁反应。
人们叫醒彼得，向他报告了这个消息。可以设想，乍一听到这个情况，彼得的脑子里会产生什么想法，他会有什么体验。7年前事变的情景一一闪过眼前：盛怒的武装人群、长柄斧、钺、长矛；叛兵用长矛把纳雷什金家的拥护者挑下廷阶戳死。保全性命的闪念使彼得突然拿定主意：逃跑。他仅穿着内衣飞快地逃到最近的树丛里，想在黑夜的寂静中听听逼近的射击军的脚步声。但是万籁俱寂。他焦急地思考着：往哪里逃呢？有人给他拿来了衣服和马鞍，牵来了马，他翻身上马，带着三个仆从马不停蹄地跑了一夜，来到谢尔盖圣三一修道院；这座修道院厚实的围墙7年前曾掩护过索菲亚。
彼得成年后是个智勇双全的人，曾经多次陷入绝境而终能化险为夷。可是在17岁的当时，他却抛下妻子和母亲，置亲信与“游戏”兵的命运于不顾，也不想想，无人守卫的谢尔盖圣三一修道院救不了他的命。长时间的纵马疾驰累得彼得精疲力竭，8月8日晨到达修道院，他立刻倒在床上，泪如雨下，向大司祭诉说发生的事件，求大司祭保护他。
第二天，“游戏”兵、苏哈列夫团的射击军官兵从普列奥勃拉任斯科耶来到彼得身边，他母亲也来了。
克里姆林官方面8月9日才得知彼得出逃的消息（8日那天索菲亚在射击军卫护下做了一整天的祈祷）。消息引起了惊慌。但他们故作镇静，竭力掩饰内心的惶恐不安。沙克洛维蒂说：“胡闹，爱逃就让他逃吧。”
索菲亚作了一些和解的尝试，也无济于事。起初，她派大主教约基姆到圣三一修道院去调解这场冲突，但是大主教同情彼得，一去不复返。索菲亚同射击军谈到她失败了的计谋时是这样说的：“我派大主教去找我弟弟改善我们的关系，可是大主教到了他那里，就留在那边，不回莫斯科来了。”后来，她亲自到修道院去，半路上接到彼得断然要她返回克里姆林宫的命令。
索菲亚所指望的军事力量一天比一天减弱了。她同沙克洛维蒂已经没法控制不愿冒险和拥护彼得的部队交战的步兵团和射击军各团。射击军的部分团长奉彼得之命率部到达谢尔盖圣三一修道院。这些射击军的长官向沙皇报告了沙克洛维蒂召开的秘密会议的情况，揭发了他企图举行宫廷政变的阴谋。于是提出了引渡沙克洛维蒂的要求。
索菲亚呼吁留在莫斯科的射击军官兵起来保护他们的长官，但是无人响应。摄政的索菲亚迫不得已，交出了她的宠臣。9月7日，他被押送到圣三一修道院，受到严刑拷打，3天以后，和几个主要的同谋犯一起被处以死刑。
交出沙克洛维蒂意味着索菲亚的彻底失败。彼得和他的拥护者完全控制了局势。射击军军官上街迎接驾返莫斯科的沙皇，为了表示自己的忠顺，他们躺在沿街放置的、悬着斧子的断头台上，高声恳求皇上赦免他们。
还在审讯沙克洛维蒂的时候，彼得就从圣三一修道院给他哥哥伊凡送去一封信，阐述了要把索菲亚赶下台的决心。“皇上，在我们已经成年之际，还让那个无耻之徒掌握国柄，把我们摆在一旁，这是奇耻大辱。”接着彼得请求追认下列一事：“未经面奏我皇，即根据公正的而不是虚应故事的审判官之裁决，实行人事更迭，以便使我国早日臻于国泰民安之境。”
此信为这场宫廷斗争作了总结，表明胜利属于纳雷什金集团。索菲亚被宣布为“无耻之徒”，于9月末被送往新圣母修道院给监禁起来。智力贫乏的皇兄伊凡事实上的退位，应当说是这次政变的另一结果。虽然在信里彼得表示要“像待父亲那样”尊敬兄长，但在解决一切实际问题时，彼得的左右总是独断专行。不仅在组织新政府的当时，而且在以后的一些年代里，有事他们也都“没奏请过”沙皇伊凡。在他1696年去世之前，他只是履行着接见外国使节、参加教堂各种仪式、签署文件这类有名无实的例行公事。
索菲亚的倒台并没有给彼得的活动带来多大的变化。拿到政权后，他对它仍然完全漠不关心。他所参加的国务活动只限于莫斯科宫廷生活中那些繁杂而乏味的项目：上市内和郊外各修道院和大教堂做祈祷，出席皇家庆典活动。没有一件材料能证明他当时愿意在治理国家上花费心思。他仍旧住在普列奥勃拉任斯科耶村。只是在出席克里姆林宫举行的公众的典礼活动时，他才肯听从母亲的旨意，穿上沉重的皇袍。有几次正在举行庆祝活动，突然传来一阵枪炮声，这无疑是年轻沙皇玩的新花样，可是与会者却给弄得大惊失色。但是只要话题一转到战争游戏上头，彼得就马上毫不迟疑地不再理睬典礼和庆祝仪式了。1690年秋季，彼得组织了一次这样的战争游戏：一个射击军团同几个少年军游戏兵团和一个骑兵队“交战”。这种使新军与旧军处于对立地位的情况已经成了一种习惯，而且射击军团总是被指定扮演战败者的角色。这种不无伤亡的“战斗”游戏和宴会交替举行。
翌年，参加演习的兵员有了显著的增加。费多尔·尤里耶维奇·罗莫丹诺夫斯基“大帅”（外号“腓特烈大帅”）指挥一个军。这个军由几个少年游戏兵团和步兵团，加上几个雇佣骑兵队和龙骑兵队编组而成。伊凡·伊凡诺维奇·布图尔林“大帅”指挥另一个军，也就是射击军。演习开始，两军骂阵。继而短兵相接，对打起来（当时叫做“厮杀”）。最后，布图尔林被俘，射击军的辎重车队和军旗为对方虏获，胜败双方举杯共饮，礼炮齐鸣，演习至此结束。
陆地上的战争游戏和水面上的战争游戏，交替地吸引着彼得的兴致。1692年冬，沙皇到佩冽雅斯拉夫尔湖去了。那里已运到大量的粮食和造船材料。彼得亲自参加造船劳动。这工作深深吸引住他，致使政府高级官员不得不前往现场劝驾，请他回莫斯科一趟，因为波斯大使到任，按外交礼节的规定，沙皇应在克里姆林宫接见他。
8月里，有几只船在佩列雅斯拉夫尔湖下水。该湖的水域有限，容纳不了多少船只，也妨碍操练的进行。彼得渴望宽阔的大海和真正的船只。当时俄国唯一的海港是阿尔汉格尔斯克。1693年，彼得在大批随员——领主、侍臣、内廷官员和40名射击军簇拥下到了阿尔汉格尔斯克。在这里，他第一次看见运来呢绒、服饰用品和染料的真正的海船——英国、荷兰和德国的海船。另外一些海船正等着装载桅杆、木材、皮毛、大麻、鱼子。彼得第一次乘一只不大的快艇作了一次时间不长的海上旅行。
1693年的这次出海带有勘查的性质。彼得打定主意，下年再到阿尔汉格尔斯克去一趟，并决定对这次旅行做好更细致的准备。要在那里造一只海船，彼得把监造海船的任务交给了该地的总督费多尔·马特维耶维奇·阿普拉克辛。