在德国环保部门是与经济挂钩的实权部门，虽然默克尔曾经是物理学家，专业也对口，但当时公众对她并不是非常的信任。当科尔提议让她接管环保部时，她毫不犹豫地接受了。她认为这个任命是一次很好的机遇：“很明显，曾经被分解开的妇女及青年部和家庭及老年部又将重新合并，我不可能做家庭部长，因为那时我自己还没结婚成家。而环保部涉及一系列自然科学问题，这正是我的强项。”
默克尔刚到环保部工作时有人曾低估了她的能力，但这很快就发生了变化。首先为了集中实力，她上任不到三个月就让长年担任国务秘书的施特洛特曼提前退休。因为施特洛特曼长期散漫的作风与自己的运行思路不是非常相同，也是这样默克尔大权在握。
1995年联合国气候峰会拟在柏林召开，默克尔作为东道主国环保部长主持这次会议。在会上，默克尔精干快捷的作风得到了世界各国环境相关人士的尊重。经过两个星期的谈判，一份旨在减少温室气体排放的“柏林议定书”就在1995年4月签定了。默克尔回忆当初在联合国气候峰会的成功表现时，认为这算得上她迄今为止取得的最大政绩之一：“我刚开始担任环保部长，就在1995年作为大会主席领导柏林气候峰会。会议结束时形成了所谓柏林议定书，在14天会议期间我赢得了与会者的信任，保证了大会取得圆满结果，我认为这是最好的业绩之一。”像其他国际会议常有的现象一样，在柏林会议的前几天，很难看出谈判能否取得积极结果。与特别难缠的代表团持续至深夜的单独谈判搞得默克尔精疲力竭。直到会议结束前几个小时，还到处弥漫着似乎要失败的气氛，但是默克尔的坚持和游刃有余是会议圆满结束的保证。这位在环保领域还缺乏经验的女部长，任职之初就能够在国际会议上让130个国家的约1000名意见不一的代表最终达成大家都能接受的决议，证明她在短时间内已掌握了气候保护方面的主要问题。
不仅在权利运行中精明能干，默克尔的政治嗅觉也极其敏感、优秀。在基民盟内部，很难把默克尔划归为左翼或者右翼，她的保守和激进都表现得十分清楚。当在政府讨论有关限制妇女堕胎权的时候，她投票支持狂热反对堕胎的巴伐利亚基督教社会联盟。她一直积极倡导学校分级制度以鼓励勤奋上进和良好修养，她也主张在学校进行强制性的人类文化学教育。当环境部长时，她确立了自己“核工业支持者”的声名。在当时出现的一系列核泄漏事件中，她还学会了如何应付政治危机和难缠的丑闻。
尽管科尔一直是默克尔在政治上的指导者，当科尔1999年12月顽固地拒绝透露他所获得的非法捐赠来自何人时，默克尔显示出了超人的勇气和政治上的敏捷，成为第一个公开与之决裂的人。
1999年11月5日，德国的地方法院逮捕了科尔时期担任财务主管的瓦尔特·莱斯勒·基普。基普被怀疑1991年从不久前逃到加拿大的院外游说者卡尔海茨·施莱伯那里收了100万马克贿赂金而且没交税。这笔钱又与向沙特阿拉伯出售装甲车和购买空中客车的生意有关。基普拿出证据，100万马克不是他收的个人佣金，而是作为捐款给了基民盟。接下来献金案的具体细节暴露得越来越多，一个个被揭发出的丑闻像雪崩一样向基民盟袭来，舆论也跟着大造声势。但正是这些坏消息为默克尔创造了重要时刻，使她的个人形象在这种时机得分。接下来的几周和几个月里，她利用每一次集会的麦克风，以铁面无私和一尘不染的身份宣称，要把献金案搞个水落石出，而且矛头对准了她曾尊重的科尔。她首先公布了独立经济调查人关于施莱伯100万马克没有进入基民盟帐户的调查结果。科尔日益成为攻击的对象。
1999年12月22日默克尔在《法兰克福汇报》发表了一篇署名文章。她的核心观点是，科尔时代已经一去不复返了：“党必须学会自己走路，学会自信，在将来即便没有像科尔这样的老战马———他经常喜欢这么称自己，也能与政治对手战斗。我们的党要像青春期的少年一样，离开家走自己的路。”默克尔清楚地提到“科尔承认的这些事”给党带来了损失。针对科尔对捐款人承诺的“誓言”，她写道：“如果在法律规定范围内对一件合法的事情信守诺言还可以理解，反之就不可思议了。”默克尔要求自己的党从科尔的束缚下解放出来。这篇文章像一颗炸弹在当时的政界炸开。
虽然这次大义灭亲引来了科尔本人及其朋友的严厉批评，但默克尔也在当时由于经济丑闻而风雨飘摇的基民盟内部赢得了敬意。“她指出了方向，她的党跟随着她。具有决定性的因素就是由于默克尔值得信赖和她身上浸淫的人文精神，这为她赢得了党内其他成员的信任。”基民盟内部一负责人如是说。
2000年1月18日，不在现场的科尔得到联邦基民盟理事会和基民盟主席团的通知，要求他在说出捐款人姓名之前，暂时不担任基民盟名誉主席，而他则在当天宣布辞去基民盟名誉主席一职。基民盟由此处于历史的最低潮。
第二次婚姻
就在基民盟关于献金案吵得不可开交的时候，默克尔迎来了自己的第二次婚姻。
基民盟倡导的是女性持家，当好妻子，做好妈妈的理念。可默克尔早在1981年就已经离了婚，但现在仍保持着夫家的名字，她还没有孩子。从1981年开始默克尔身边就有一个常伴身边的男朋友，但两人却一直同居着，直到17年后的1998年才结婚。
默克尔的新一任丈夫名叫绍尔。
“他是一名化学教授，学术权威，很少在公众场合露面，躲避媒体采访、总是沉默寡言……”这就是人们通过报章对绍尔得出的少得可怜但也是全部的印象。
“约阿希姆·绍尔博士，教授，”56岁的绍尔这样称呼自己。他是德国洪堡大学化学教授，也是一名歌剧爱好者。
尽管妻子默克尔已然成为德国政坛的当红明星，但绍尔依旧行事低调，拒绝接受媒体采访，躲避镁光灯不愿成为大众瞩目的焦点。
当他难得地出现在公众场合时，人们看到的绍尔是一个少言寡语、不苟言笑、甚至于近乎冷漠的人。只有在一年一度的拜罗伊特音乐节上，绍尔才会同默克尔一起公开露面。从记者们拍到的照片上，可以看到走过红地毯的绍尔形象总是一成不变。同样的礼服，同样的鞋，还有同样不太情愿的表情。
除了拒绝公开露面，躲避媒体采访，身为大学教授的绍尔对于自己在学校里的活动也严加保密，并且发动同事和学生和他结成同盟。任何记者或外人都不得进入他的课堂。他的同事也三缄其口，不肯透露半点关于绍尔的私人信息。他们只是说，绍尔是“量子化学研究的权威”。
曾有德国媒体报道说，如果学生告诉记者任何关于绍尔的信息，将会被开除。不过，还是有胆大的学生透露，绍尔是一名非常严厉的教授，他的课堂上禁止学生们携带食物和饮料。
绍尔和默克尔都曾在原东德科学院工作。但事实上在此之前，两人就已经相识。当时默克尔还在攻读博士学位，时年37岁的绍尔正是她的指导老师。
但默克尔和绍尔的浪漫史究竟始于何时却无从考究。人们只知道，默克尔与前夫乌尔里希·默克尔在1981年结束了维持5年的婚姻。之后几年，默克尔和绍尔开始在一起生活，但是两人却一直没有结婚。直到1998年默克尔升任基督教民主联盟副主席后，有人对她的身份以及她与绍尔的非婚同居提出质疑，默克尔才同绍尔正式成婚。婚礼十分低调，没有邀请亲友、也没有人见证。
尽管绍尔和默克尔的行事风格大相径庭，但是外界公认这对夫妇相处得非常默契和融洽。有时，人们见到夫妻俩在柏林市中心“博夏特”饭馆相会。两人相聚时，多半是默克尔滔滔不绝地讲，绍尔默不作声地倾听。
主席
2000年4月10日在德国联邦基民盟党代会上默克尔一举获得935张中的897张赞成票，当选为基民盟党主席，这是第一次由一位女性担任大党的主席。她的前辈中许多人都是很早就投身于政治，是与基民盟党有机地一起成长起来的，而默克尔的党龄只有十年多一点。“默克尔克服了一个又一个的阻力，有时大张旗鼓，有时悄然无声。”菲尔德迈耶在《法兰克福汇报》一篇文章中这样总结了默克尔走过的路。时事评论员戴特灵在《日报》提出了默克尔究竟是“清除废墟的妇女还是救世主”的问题，并预言，随着默克尔的当选，“科尔的权力正在毁掉，科尔时代将一去不复返了”。
长期以来，基民盟一直是德国人心目中最讲法制、最干净的政党。捐款丑闻使在德执政十余年的基民盟遭受重创，选民对该党的支持率一路下跌，一些民众甚至开始怀疑德国现行的“民主体制”。在就职仪式上，默克尔誓言要重振基民盟的声望，并恢复其执政党的地位。