吴永一路上为两宫办理粮台十分尽力。然而一出怀来县境，他因自己身无一文之饷，手无一旅之兵，办事极为为难。可是，王公大臣、京官、太监等毫不见谅，每至驻地皆向他索供应。随从武卫左军更向他索粮饷草料，还围住他举枪挥刀，其势汹汹。逼得实在无法时，他不禁放声痛哭。
正当吴永苦恼困难之际，恰遇甘肃藩司岑春煊率领马步旗营前来随驾，并携有饷银五万。吴永见他行为任侠有义气，便想让岑春煊代自己为督办粮台。但吴永是外官，不能面奏慈禧太后，便将此想法禀告庄亲王载勋。载勋即带他到东大寺行宫，对奏事太监说吴永有事陈奏。太监即禀报李莲英，李莲英通报慈禧太后获准后，便传吴永入内。
这时慈禧太后站在佛殿正廊抽着水烟，吴永到她面前跪奏说：“禀告皇太后，前来随驾的甘肃藩司岑春煊，极为效忠皇太后；又携有饷银五万，能解两宫膳食日用一时之急。小臣想让岑藩司为督办粮台，自己退为会办，相互间协力从事，于公于私均有裨益。”
慈禧太后听奏后即说：“你这主意很好，明日早晨就下旨意。”她接着安慰吴永说：“这次差事，真难为你办得很好。你很忠心，不日即有恩典。外面情形我已清楚，皇帝性情亦好，差事这样难办，断不致有所挑剔，你可放心，不须忧急。”
吴永听了，不禁感激流涕，即免冠叩首而退。
次日清晨，慈禧太后在沙城召见军机，降旨派岑春煊督办前路粮台，吴永、俞启元会办前路粮台。谕旨下后，吴永顿感轻松了许多。及至宣化后，慈禧太后又传旨他：著以直隶知府留于原省候补，先换顶戴。吴永接旨后遂具折谢恩。
折上后，慈禧太后即予召见，勉励他说：“你忠心且有才干，将来定当大用，望好好为国家效力。”
吴永原本是李鸿章的亲信幕僚，办事确有主见。他见慈禧太后信任自己，在叩头谢恩时即献言道：急难之中宜收罗人心，皇太后皇上如下诏求言，必令诸臣钦服。慈禧太后听了依计而行，便命章京草拟谕旨，以光绪帝名义下诏求言，命群臣对君主过误、政事得失、民生休戚，务当随时献替，直陈无隐，并电令新署直隶总督廷雍将此谕刊登京报。
诏下后，上至众王公大臣，下至各省督抚，闻之甚喜，纷纷回奏，说皇太后、皇上能从谏纳贤，真是度量如海，故在危难之间要尽忠尽责，报效朝廷。慈禧太后见吴永果是人才，更是喜欢他。空闲时总叫他陪侍着。
有一次，她从两宫西狩说起，向吴永谈起义和团乱事始末，谈起出宫情形：“拳乱起时，人人都说拳匪是义民，怎样的忠勇，怎样的有纪律、有法术，描形画态，千真万确，教人不能不信。载澜那一班人，也同他们混在一起了。载滢有一次居然同我抬杠，险些儿把御案都掀翻过来。这时我一个人，已作不得十分主意，所以闹到如此田地。我若不是多方委曲，一面稍稍的迁就他们，稳住了众民；一方又大段的制住他们，使他们对着我还有几分瞻顾。那时纸老虎穿破了，更不知闹出什么大乱子，连皇帝都担着很大的危险。闹到后来，洋兵就进城了。”说着说着，慈禧太后泪流不止。吴永见状，亦涕泪相陪。谈至最后，慈禧太后对吴永说：“国难思良将。知你能负要任，以后如有所见，或有重大事宜，准你专折具奏。”吴永听了，又叩头谢恩。
因得到慈禧太后的多次奖励，吴永心中暗喜，即有意表现自己的才干，以显示自己能在大难时担大任为上分忧。至宣化府后，他即上折条陈十事：（一）请下罪己诏；（二）请派王公大臣留京，办理善后事宜；（三）随扈京官，请酌给津贴；（四）请刊行在朝报，俾天下知乘舆所在；（五）随扈各军，请饬编补足额，恪定军纪；（六）各省义和团余众，请饬疆臣酌量分别剿办解散；（七）请饬各督抚宣谕逃匿教民，各归乡里；（八）请饬各省将应解京饬核定成数，分别解行在户部，以济时需；（九）请饬京外大臣遴保通达时务人才，破格任用，并注意出洋留学生，量才登进，俾得循途自效，免致自投他国，有楚材晋用之诮；（十）圣驾经过，沿途十里以内，请豁免本年丁粮。
慈禧太后接览上折后，见所奏十事中请下诏罪己列在其首，心中稍有不悦。若在平时，慈禧太后定会将条陈者赐死罪；只是在这国破城亡、仓皇西逃途中，她才承认自己或许有过失。不过，慈禧太后见其他九条皆好，想了想，便降谕将条陈交军机大臣商酌采用，请旨施行。奕劻等大臣奉懿旨会商吴永的奏折时，亦认为国破城亡之际，首要者在下诏罪己，以诏信天下。他们将此议在当日奏报慈禧太后，慈禧太后即命光绪帝照办。
次日，光绪帝即遵命下罪己诏，其诏言：自顾藐躬，负罪实甚；知人不明，皆朕一人之罪。自今以往，斡旋危局，我君臣责无旁贷。诏书还令部院堂司各官，著分班速赴行在，以便整理庶务。此罪己诏下颁后，朝中大臣、各省督抚对两宫的仰承日有所增。
吴永自条陈十事被慈禧太后见纳后，以为自己幸有进言机会，凡理所应言者，均当进言。
一日，他入见奏事后，见慈禧太后意尚闲暇，便乘机奏言：“徐用仪、许景澄、袁昶三臣，皆忠实为国。当时身罹法典，当然必有应得之罪；顾论其心迹，似在可原。据臣所闻外间舆论，颇皆为这痛惜，可否亮予昭雪？”
他话尚未说完，只见慈禧太后脸色一沉，目光直注，两腮迸突，额间青筋勃起，切齿厉声斥道：“吴永，连你也这样说？”
吴永从未见过慈禧太后动怒，顿时惶悚万状，急忙叩头谢罪：“臣冒昧，不知轻重。”
不意慈禧太后忽将怒容尽敛，又和颜悦色地说道：“想你是不知道这里面情节，皇帝在这，你问问皇帝。当日叫大起，王公大臣都在廷上，尚未说着话，他几个人叨叨切切，不知说些什么，哄着皇帝，至赚得皇帝下位，牵着许景澄衣袖，叫‘许景澄你救我’。彼此居然结着一团，放声大哭。你想还有一毫体统么？你且问皇帝，可是实在？”
光绪帝站在旁边，默无一语，他不敢回答慈禧太后的话，也不愿回答，以免把自己的情绪再次卷入痛苦中。
吴永见此，更是汗流夹背，又叩头说：“臣实在不明白当日情形。”
慈禧太后安慰他说：“这难怪你，咱们宫里的事，外间那里知道？你自然益发不明白了。”
自此以后，吴永再也不敢妄议朝中之事。
慈禧太后打算巡幸西安，
再次传令奕劻到京后赶紧与各国议和。
太原府慈禧太后怪罪毓贤
光绪帝在宣化府下罪己诏后，接着宣旨两宫暂行巡幸太原，并将前往西安府。宣旨后，两宫即先行启程西行而去，出怀安县行抵山西天镇县。
这时，总理衙门飞电奉告：海关总税务总司赫德致函总署，请朝廷派庆亲王奕劻为议和大臣，与各国急早开议。慈禧太后得到此电奏后，心中一轻，即授奕劻全权行事，并命载澜返回宣化府将谕旨驰付奕劻，促其即日驰回京城，与各国使臣商议和好之事。接着，慈禧太后又电促在沪的李鸿章即日乘轮赴京，会同庆亲王奕劻商办一切议和事宜。同时她又差军机处通知赫德，同意其所请，并请他设法向各国商借轮船载李鸿章赴京。此三旨发出后，慈禧太后感到议和事大，心里还不踏实，又增派昆冈、崇礼、裕德、敬信、溥善、阿克丹、那桐、陈夔龙等八人为留京办事大臣，帮同庆亲王办事，以免怠慢各国使臣。但慈禧太后生性多疑，怕联军尾追行在，不给自己以活路，特又降旨命荣禄整顿各军，着力布置山西防务。安置稳妥后，她才与帝、后及众王公大臣取道阳高，过聚乐镇继续前行，于8月底抵达大同。
两宫驻跸大同后，督署陕甘总督、陕西巡抚魏光焘，护理陕西巡抚端方来电奏请慈禧移幸西安，奏称和局定，则以还京为上策，可以安宗社之灵；和议缓，则以关中为退步，亦不受彼族之制。慈禧太后览电奏后，即嘉许魏、端二人议事正合己意。她最担心的是洋兵攻占山西，和议不成。在聚乐镇时，当她收到李鸿章的电报，得知英国公使窦纳乐透露，英国将主张严惩那些在排外骚乱中起主要作用的人的消息后，即惊慌不已，生怕洋人要自己的性命，以致在大同留驻的三天，食不甘味，寝不安席，晚上多作恶梦，浑身不舒服。有了魏光寿、端方的奏请，慈禧太后心绪稍安，即下令起驾，急冲冲向太原而去，打算从太原继续西行入陕境巡幸西安。
然而行至崞县原平镇时，两宫行在又得到总理衙门的电奏：全国各地的义和团杀洋教士、烧教堂之事有增无已，厦门的义和团还贴出了揭帖，号召收复台湾；直隶一带的义和团在洋兵压境、清兵会剿时还在拼死反抗。得知这些情况后，慈禧太后又着急起来，生怕义和团有碍朝廷与洋人议和，即在原平镇颁发剿团谕旨。谕旨言：“洋兵大举侵中国，破京城，义和团实为肇祸之由，今欲拔本塞源，非痛加铲除不可。”在颁发谕旨的同时，她再次火速传命奕劻到京后赶紧与各国议和，并一再叮嘱“事宜从速，夜长则梦多，不可一误再误。”
9月上旬，慈禧太后一行过忻州、阳曲等地后，将至太原府。山西巡抚毓贤闻讯，即率自藩司以下文武官员于城外数里齐集迎驾。见到毓贤时，慈禧太后不由得火从心起：若不是毓贤在山东纵团杀洋人，自己决不会有今日的落难！不过她想到自己既已来到太原，置身毓贤的辖地，还得安慰他一番，以免他生二心。于是她命毓贤近前，平和地对他说：“去年你请训时，极力说义和团可靠，可惜你错了，现今京城破了。不过你奉旨甚力，今山西境内已无洋人，人皆说你有能力，我也知道。”她叹了口气，又说：“现洋人报仇，急着索要你，我或将革你的职，但你不必伤心，这不过是遮外人耳目而已。为国家计，不得不这样，我仍想着中国有强盛的一日。”
毓贤闻言，即九叩首，坦然答道：“微臣赴山西任上，捉洋人，如网中取鱼，虽幼童及狗，亦未任其幸免。臣已预备革职受罪。”
慈禧太后见毓贤敢于担责受罪，进而说：“这样就好。我在代州广武镇时，得李中堂电奏，言德国人对我议和条件有七条，第一是严惩捕杀洋人的罪魁祸首，还要赔款谢罪。我看你还是如李秉衡那样徇节徇名为好。”
毓贤见竟要自己的性命，顿时吓得面无人色。军机处章京则奉慈禧太后之意，将此对话记了下来，函寄上海李鸿章处，让其张扬，大造声势，说皇太后正在惩办祸首。慈禧太后如此行事，是想借此表明自己一意议和，以获得各国公使的好感。
毓贤将两宫迎入城后，即以抚署为行宫。慈禧太后见抚署甚是堂皇，略有宫廷气象；内中一切陈设器件，系嘉庆年间巡幸时所制办，心中稍喜。
入驻后，全权议和大臣李鸿章向两宫飞电奏告，言自己至北京后，即与各国公使协商请和，各国亦允许议和停战。慈禧太后得奏后，便想暂住太原，不再往西安去了。她召集行在大臣议商，王文韶、赵舒翘等极为附合她的主张，请暂驻晋省，以候动静。
正在行、住未定之际，忽报江苏督抚鹿传霖与湖南道台锡良率兵前来护驾，慈禧太后即传旨召见。鹿传霖本是主张灭洋的守旧之臣，昏庸老朽。他督江苏时，对刘坤一、张之洞二督同洋人所立的东南互保款约大不谓然。故在联军进犯津京时，他亲自率兵十营北上助战御敌，并想在事成之后居功南下督两江。及至京畿，鹿传霖亲见李秉衡兵败自杀，京师将立陷，其所率十营官兵又多散失，他只得率几百人回定兴老家。后闻两宫西幸，鹿传霖急忙前行迎谒，恰好湖南藩台锡良领残兵俱至，于是合兵追护，随至太原。慈禧太后见鹿传霖对自己如此忠心，召见时即简放为山西巡抚，以接替毓贤之职。她还对鹿传霖说：“只要速定大局，待和议行成，我就打算就近回銮。然王、赵二大臣，还有端王奏请静候晋省；刘坤一、张之洞二总督亦来电奏，皆言请‘暂驻晋省，静待和议，勿再深入内地’。故我与皇帝在驻晋与入陕事情上一时未决。不知鹿督有何见解？沿途所见的情况如何？”
鹿传霖见问，便向慈禧太后进言：“京师万分危险，洋人所言不可轻信。西安去海洋遥远，洋兵万不能到，进退战守，无不皆宜。皇太后还是幸陕为好，此乃上上策。”
慈禧太后听了鹿传霖奏言，复又担心，决计不再停驻太原而远避西地，便下诏定期启銮幸陕。