袁世凯见了朱谕，又听谭嗣同口出此言，因事态过于危重，顿感紧张。他又细看了一遍密诏，从中感觉出，慈禧太后及荣禄、奕劻等枢臣早已布下了一张天罗地网，光绪帝就好比一只待宰的羔羊。皇上危难之时竟向康有为、谭嗣同这些人求救！他审视了一下眼前病虚气喘的谭嗣同，身上好似散发出一股霉气；但他并不想当面变脸明拒，只是显出一副极其为难的样子，说：“天津为各国聚处之地，若忽杀总督，中外官民必将大讧，国势即将瓜分。且北洋有宋、董、聂各军四五万人，淮、练各军又有七十多营，京内旗兵亦不下数万，本军只有七千人，出兵至多不过六千，如何能办此事？恐在城外一动兵，京内必即设防，皇上已先危矣。”
谭嗣同说：“公可给以迅雷不及掩耳，俟动兵时，即分给诸军朱谕，并照会各国，谁敢乱动？”
袁世凯又推辞说：“本军粮械子弹均在天津，营内存者极少，必须先将粮弹领运足用，方可用兵。”
谭嗣同听了，便只好说：“既然如此，可请皇上先将朱谕交给存收，俟布置妥当，一面密告我日期，一面动手。”
袁世凯一听，立刻慌张起来，连忙说：“我万不敢惜死，恐或泄露，必将累及皇上，臣子死有余辜。一经纸笔，便不慎密，切不可先交朱谕。你先回，容我熟思，布置半月二十日方可复告你如何办法。”
谭嗣同见他有推脱之意，便说：“皇上意甚急，我有朱谕在手，必须即刻定准一个办法，方可复命。”
袁世凯见状，即指天发誓：“青天在上，袁世凯不敢辜负天恩，但恐累及皇上，必须妥筹详商，以期万全。”接着他又安慰谭嗣同：“下月皇上即将巡幸天津，待至那时军队咸集，皇上下一寸纸条，谁敢不遵，又何事不成？”
话犹未了，谭嗣同即说：“等不到下月即将废弑，势甚迫急。”
袁世凯辩解说：“既有皇上巡幸之命，必不至遽有意外，必须至下月方可万全。”
谭嗣同又问：“如下月皇上不出巡幸，将奈之何？”
袁世凯装着胸有成竹的样子说：“现已预备妥当，计费数十万金，我可请荣禄求慈圣，必将出巡，保可不至中止，此事在我，你可放心。”
谭嗣同见袁世凯说求荣禄，即警示说：“荣禄密谋，全在天津阅兵之举，足下及董、聂三军，皆受荣禄节制，将挟兵力以行大事。虽然，董、聂不足道；天下健者，惟有足下。若变起，足下以一军敌彼二军，保护圣主，复大权，清君侧，肃宫廷，指挥若定，建不世之业。”
袁世凯顺势说：“若皇上阅兵时疾驰入仆营，传号令以诛奸贼，则仆必能从诸君子之后，竭死力以扑救。”
但谭嗣同对他的话仍不轻信，又问道：“荣禄遇足下素厚，足下何以待之？”
袁世凯听了，只是笑而不言。谭嗣同见此，进而以言相激：“荣禄固曹操、王莽之才，绝世之雄，待之恐不易易。”
袁世凯顿时怒目圆睁，说：“若皇上在仆营，则诛荣禄如杀一狗。”
谭嗣同听了这话，面露喜色，又叮嘱说：“报君恩，救君难，立奇功大业，天下事入公掌握，在于公；如贪图富贵，告变诸侯，害及天子，亦在公，惟公自裁。”
袁世凯即信誓旦旦以告：“你以我为何如人？我三世受国恩深重，断不至丧心病狂，贻误大局。但能有益于君国，必当死生以之。”
谭嗣同听了，信以为真，便称赞他是奇男子，兴冲冲告辞而去。
康有为将全部希望寄托于袁世凯起兵勤王。谭嗣同夜访袁世凯时，他一宿未眠，好不容易挨到次日子时内城开门，即入城到金顶庙打听消息。谭嗣同告他说：“袁世凯言，他三世受国恩深重，为皇上行新政必当死生以之。他还指天为誓，愿举兵勤王，不过近日难以起兵，要等到下月皇上巡幸天津阅兵之时，趁机将逆臣一举而擒杀之，以扶皇上清君侧。”康有为听了，甚感欣慰，即又与谭嗣同计议，在皇上巡幸天津前，借用大刀王五以及湖南会党发难以助皇上。
商议完后，康有为急匆匆地去拜访李提摩太，请他找英国公使窦纳乐设法援救皇上，不巧的是窦纳乐到北戴河避署去了。于是康有为转而去美国使馆找美国公使，不料美国公使也正在西山休养。不得已，康有为便去求见伊藤博文，请他在觐见慈禧太后时剀切陈说，使太后回心转意。伊藤见他如此言状，内心暗自窃笑：“我来中国本为刺探情况，以为我大日本政府制定政策之用。我所担心者是中国维新有成、国力强盛，届时会向我日本讨还甲午年的赔款，恢复掠地，以一洗前耻。不意所谓赫赫有名的中国维新派、一向自负的康有为竟如此无能，反倒来求救于我。看来，清国新政必难推行，内乱势在必发。”不过，伊藤还是以坦然的心情、高傲的口吻，假惺惺地一口承应了康有为的要求。康有为见伊藤痛快地答应相助，心中不免大喜。他告辞伊藤后，连忙赶回南海会馆向谭嗣同、梁启超及弟弟康广仁付托营救光绪帝的事，直至深夜连饭都顾不上吃。待一切安排妥当后，康有为于次日凌晨乘火车出京往塘沽去了。
光绪帝被囚涵元殿，皇宫太监全遭惨死
光绪帝回宫后被切断与宫内外的一切联系后，悲愤不已，他痛恨皇太后的狠毒和众守旧大臣的助虐。每至晚上，他竟不能成眠。不成眠时，他就念及师傅翁同龢。而师傅辅佐自己办新政被开缺后，守旧大臣仍忌恨他，且企图加害于他。他记得御史胡孚宸曾无端参奏师傅与张荫桓纳贿平分，太后即令严责以当办，幸好尚书廖寿恒极力谏阻，自己一手回护，方才幸免。然而自己后来竟连见师傅一面都见不上了！只听说师傅后来从门生张謇速刻离京、以免遭不测的劝请，在无限怅惘中辞别了辅政三十余年的帝都。也不知师傅已安全南归故里常熟否？从师傅的可悲下场中，光绪帝感到自己的可悲。他不禁回想起师傅曾向他讲起过的故事：太上皇在热河行宫崩驾后，西宫皇太后在奕訢的支持下，以十大罪状诛捕襄政八大臣，实行“垂帘听政”。看来，太后的专权与狠毒，必将使自己的帝位难以保全，自己能否幸免于死亦未可知。
然而，光绪帝在生死未卜之际心中仍挂念着新政。回宫次日早朝时，他对奕劻等军机大臣说：“朕不自惜，死生听天。你等肯激发天良，顾全祖宗基业，保全新政，朕死无憾。”然而奕劻对身危言悲的光绪帝无动于衷。他已先人得知，皇太后有立端王载漪的儿子为大阿哥以继承皇位的意思。军机大臣刚毅也毫不同情光绪帝的处境，因光绪帝以前总是褒奖拥护新政的官员，屡屡谴责自己守旧。早朝的其他大臣这时也大多表示，愿请慈禧太后重新训政。这时，护城营营官前来传报：皇太后回宫。光绪帝一听慈禧太后回宫，急令退朝，慌忙率众大臣前去迎侯。
慈禧太后回宫后，即更加严密监视光绪帝的举动。她知道袁世凯已与荣禄及众军机大臣暗通了消息，光绪帝虽已降旨召见他，但这无关紧要。即使光绪帝令袁世凯领兵进京，袁世凯也不会遵旨。慈禧太后担心的是光绪帝擅发上谕，聘请伊藤博文当顾问或与之订立密议。故她回宫后即差人属草“伊藤问答节略”，亲自审阅后才交光绪帝，以供接见时照用。
9月20日晨，袁世凯上朝请训时，见光绪帝木然上座，久而不发一言，便劝谏道：“皇上变法不可操之太急，宜忍耐待时，以安保宗社。又变法尤在得人，两江总督张之洞老诚持重，皇上可命其进京赞襄新政。”光绪帝闻言，以为袁世凯荐举手有重兵的疆臣晋京襄政，本出忠心，即漠然地点了点头。袁世凯见了，以为光绪帝已改初衷，又进谏道：“皇上万不可倚重康有为、谭嗣同辈，此辈办事不能慎密，倘有疏误，累及皇上。”光绪帝一听此言，知袁世凯终不能为己所用，心中怅恨，一时竟无答谕，他厌倦地挥手让袁世凯退下朝去。袁世凯的请训就这样结束了。
午初，光绪帝在勤政殿接见伊藤博文时，仍形同木偶。伊藤上殿后，先审视了一下这位三年前曾败在自己手下的对手、年轻的中国皇帝，勉强行过礼后，故作热情地赞扬起中国的新政来：“陛下近日变法自强，力图振作，将来中国富强之业可立而待，外臣不胜钦佩，此实东方盛事。”
光绪帝却表情呆板地对他说：“久闻贵侯大名，今得一晤，实为万幸。不知贵侯于何日起程，一路平安不？”
待伊藤答罢，光绪帝便说：“我中国近日正当维新之时，贵侯曾手创大业，必知其中利弊，请为朕详晰言之。”
伊藤欲要开口畅言，不意光绪帝却又对他说：“贵侯与总署王大臣会晤时，将何者当兴，何者当革，笔之于书，以备观览。”
伊藤答道：“敬遵宠命。他日猥承总署王大臣下问，外臣当竭其所知以告。”
这时光绪帝又问：“贵侯拟在中国盘桓几时，现拟再往何处？”
伊藤说：“如陛下恩准，外臣想往东北一游。”光绪帝即说：“朕愿贵侯一路平安。”伊藤答谢后即行告退。
就这样，整个接见不到半个时辰便结束。
接见伊藤博文后的次日清晨，光绪帝刚刚用完早膳，未及临朝，护军营官兵便已将他的住所养心殿围了个水泄不通。这时内宫领侍来告：皇太后驾到。光绪帝自知祸已临头，战战兢兢地出门跪安。
慈禧太后进殿后，却哭泣着恨恨地说：“我不曾管你的事，你何忍心害我？围园杀荣是你的主张吗？”
光绪帝跪在地上，口中只答是是，未敢分辩一词。
慈禧太后见状大声哭叫着，并用手比划道：“你这样长短，我把你抱进来，继承大统。而今你能办事了，先害我！”
光绪帝也只好陪着哭道：“皇爸爸不要着急，不要生气。”
慈禧太后听了，瞪了他一眼说：“我来啦，事情由你办吧。”说罢起驾临朝去了。
慈禧太后一走，官兵们便将光绪帝囚禁于瀛台涵元殿，又把珍妃也关押起来。接着，官兵们奉旨把宫中曾给翁同龢及四小军机等通风报信的太监一一捉拿，把珍妃宫中的三十多名太监全部捉拿，然后施以气毙之刑，用七层棉纸沾水封住其口鼻耳，再用杖刑责打而死。