郑芝龙很恼火，这个时候，他的老师，中国历史上最合格的奸臣马士英来了。他曾把弘光小朝廷搅得鸡犬不宁，当听说福州又出现了一个皇帝时，他就不远万里地跑来，准备继续让这个朝廷鸡飞狗跳。
郑芝龙对这位老师的到来，表示出了极大的欢迎。因为他知道，老师是专权误国的好手，举世无二，这样一个人才，他无论如何都要放在隆武帝身边的。隆武帝不是想要振兴吗，我就要你颓废。
当他把马士英推荐给隆武帝时，隆武帝就跟大臣们商量。商量的结果是，马士英专权误国，当为天下所诛。郑芝龙立即反对，他说马老师在弘光帝死后居然不投靠清军，如今又来到福州，就说明他心系大明。隆武帝认为这是强词夺理，没有理会他。
郑芝龙更加恼火，过不久，隆武帝准备出征，希望郑芝龙配合。所谓配合，无非就是要他的军队当出征的主力。郑芝龙要是配合，他就不是郑芝龙。
但他又不想当面跟隆武帝闹决裂，首先，他觉得隆武帝的出征不过是做戏给江南百姓看，另外，他不相信皇帝会有好东西。他相信自己能把隆武帝培养成败类，之所以现在不成功，是因为隆武帝身边有几个清醒的臣子，黄道周就是其中之一。他会设法除掉这几个人。
当隆武帝希望他能集中兵力出福建时，他抱怨，士兵没有工资，仗怎么打？隆武帝一想也是，就说，那就适当地向当地百姓征收点银子吧。
郑芝龙非常痛快地答应了，大张旗鼓以皇帝命令征收钱粮。尽可能地让被征收者认为，这些钱粮根本就不会用去打仗。他又努力地让人们认为，这个新政权根本就不会给百姓带来好处，相反，又是一个腐败政权。
隆武帝得知郑芝龙正在给自己拆台后，恼火之下要出关，可又被郑芝龙煽动百姓留了下来。此时的隆武帝只能呆在福建了。
郑芝龙想把目光对准了朝堂之上总瞪着眼看自己的那些大臣们，他首先逼走了户部尚书何楷，然后又在半路上把这个曾经弹劾过他的尚书的鼻子割了下来。接着又把张肯堂和苏观生等人排斥出政治权力中心。事实上，这些人根本就不能奈何得了他，但他觉得这些人在朝堂上一天，隆武帝就会清醒一天。果然，不久，隆武帝又要兵分五路准备收复南京。放在头阵的还是他郑芝龙。郑芝龙当然不同意，此次计划又告破产。
确切地说，他把隆武帝是囚禁在福建了。当他摇着扇子去上朝时，许多大臣都敢怒不敢言，只有隆武帝对他始终以冷眼看之。可这又有什么关系，郑芝龙想，现在是天大地大我最大。你不离开福建，我就一直能号令江南。
其实，郑芝龙的愚蠢就在这里，他当时号令的只有福建一省，其他各省与清军战斗的明军虽然也表示服从隆武帝，但他们保护自己还不足，如何能来效忠隆武？
当隆武朝的后期局势危急之时，福建上下都希望郑芝龙出关，与清军决战。郑芝龙知道，这个时候如果不出战，那以后连屁都难以命令了。
他只好出战，派自己的弟弟为大元帅，只带了一千多人，但号称一万人，他嘱咐弟弟道：“你出门，当我们看不见了，你就在那里赏赏风景。保存实力。”
但他弟弟很愚笨，到了仙霞岭驻扎，忽然有一天听到一声喊，清兵来了。他扭头就跑，比兔子还快。
隆武帝知道后，不顾郑芝龙的恳求，坚决地将他削去爵位。这个时候的郑芝龙已经怨恨，而他拜把兄弟陈谦事件更让他怒火中烧。
这个时候的陈谦正在浙江鲁王那里工作，鲁王派他充当使者去福建察探隆武帝虚实。他到了福建后，隆武帝派人将他捉了，投进监狱。郑芝龙听说兄弟被捉，便来请求隆武帝放了。隆武帝不但不放，还把陈谦的脑袋给砍了下来。
郑芝龙火了，他同时也发现隆武帝并不是一个好摆弄的傀儡，便由起初的不满变成了嫌弃。他认为在清军紧紧逼迫下的皇帝根本就不能给自己带来什么了。事实上，他打着隆武皇帝的幌子在经济上已经得了很多好处。
恰在这个时候，郑芝龙的同乡，清军统帅洪承畴找上了他。洪承畴是千古难得一个人才，他一眼就看清了郑芝龙在想什么，无非是想保护住自己的利益，一个海盗还能有什么理想。如果你若真要让他坐江南半壁，他心头肯定突突跳，但你若许诺他，可以保住他的财产和军队，他肯定乐得不行。
老乡之间可谓无话不谈，郑芝龙暂时采纳了洪承畴让他降清的建议，当他以虚假的借口从仙霞关退到安平镇时，他已经下定了投降清朝的决心。之所以要他下了这么大决心投降清朝的最主要原因就是，他是个海盗。他骨子里没有自主权，他不想让自己决定自己的命运，他希望自己现在所拥有的一切要别人来帮助他保护，先是隆武帝，当隆武帝不行了，当然就是大清朝。
当他的儿子郑成功劝他不要离开福建去北京时，他断然拒绝。因为在他看来，清军的实力完全可以摧毁自己在福建的一切，既然人家招呼咱们，还答应保护咱们的利益，为什么不笑着迎上？
他后来死在了满清的刀下，原因之一就是他的儿子在他三番五次的召唤下不投降。满清气愤之下将他和他的家人推上了断头台。
郑芝龙的降清似乎并没有给汉人的反清大业带来什么影响，只不过是献出了几张福建广东的地图，让清军长驱直入，隆武帝迅速死亡而已。
他独揽了一年零三个月的隆武朝政，到最后却投降了满清。他以为自己不出兵抗击满清就能保住自己在福建的利益，这种想法在许多人看来简直是幼稚可笑。
可是，我们不要忘了，他不过是一个海盗而已，你若要他有理想当然可以，但若要他去实现理想，那简直是赶鸭子上架。
一对父子，两条道路
隆武元年八月十四日，郑芝龙不怀好意地将自己的儿子郑森引见给隆武帝。隆武帝见郑森气宇非凡，就问他天下事。郑森对答如流，最后隆武帝问道：如何能复我大明江山，郑森回答的很干脆：“文官不贪财，武将不怕死。”
隆武帝很是欣喜，却又很无奈，因为他自己没有女儿，不然，就可以招这位小英雄为驸马的。但他想了一个很好的主意，赐郑森国姓“朱”，改名“成功”，并对他说，你当尽心为家，千万不要忘了。
郑芝龙很高兴，因为他安插了自己的儿子在隆武帝身边，而他儿子却很感动，因为隆武帝对自己的器重。过不久，隆武帝又封其为“忠孝伯”，任命为御营中军都督，赐予尚方宝剑，仪同驸马都尉。并经常将其招进后殿，长谈不已。这样的厚待，他老子即使费尽吃奶的气力都得不来，而他却没有费吹灰之力。任何一个人，特别是曾经希望能通过科举考试而报效国家的郑成功更是感动不已，“匡复明室，效忠天朝”这八个字从此就在他心上扎了根。
从各种史料来看，郑成功在与隆武帝接触的前期经常会把隆武帝的一些想法告诉给父亲郑芝龙，所以郑芝龙往往在上朝之前就知道隆武帝想要说什么和想要做什么。
但不久，他就从各种渠道听到了父亲的二心。当然，这种二心只是对隆武帝的不忠，当时的郑芝龙还并没有踢开隆武帝去投靠满清的想法。
一天，郑成功入见，隆武帝面带愁容，言语间透露出了对某些人忠心的怀疑。郑成功立即道：“陛下所以忧愁，是不是因为我父亲的三心二意？但您放心，他是他，我是我。我受国恩，义无反顾，必将以死保卫陛下。”
郑成功可并不仅仅是在隆武帝面前表忠心，他又跑到父亲那里，跟父亲说，您既然承认了皇上，就应该尊重他，当以他之理想为自己之理想，皇上如今要恢复中原，您也应该出兵。
郑芝龙大怒，大骂他少管闲事。
这根本就不是闲事，当清军压近福建边境时，郑芝龙与弟弟郑鸿逵提兵出关。隆武帝召见郑成功，郑成功一见面就向隆武帝说，“陛下您应该亲自出关，一来可以让天下百姓爱戴，二来可以摆脱我父亲的威胁。”
隆武帝感动得想哭，他问道：“我能依靠谁出关呢？你父亲还是你叔叔？”
郑芝龙把他这种天真的想法立即击毙，“陛下，我父亲与叔叔都不是什么忠臣，您应该自己想办法。任何事都不能依靠他人。”
隆武帝根本就不能依靠谁，他看着郑成功，“你怎么样？”
郑成功当即跪下，痛哭道：“我何尝不想保护您出关，可有什么意义，我没有兵没有武器，我只能把身体捐出去而已，我的脑袋和血早就是陛下的了，陛下若说一声，我就阵前杀敌，归还给陛下。”
这个时候，隆武帝还能说什么，只好要郑成功回到边关守卫。一天，郑成功与父亲派来的使者吃饭。这位使者是按照郑芝龙的指示要郑成功撤兵的，郑成功当即给予拒绝。
过不久，郑芝龙要投降满清的消息已经满天飞了，郑成功慌忙找到父亲，跟父亲讲道：“整个隆武朝都在您掌握之中，您怎么会忽然想到要投降满清。依我看来，福建广东之地高山险阻，非是北方一马平川。清军虽然骁勇，但绝不可能打进来。我们还可以大开海道，大做生意以供军饷，您为什么要放弃这样的有利条件去投靠满清呢？”
郑芝龙回道：“你懂个屁，如果按你所言，大明岂能一退再退？”
郑成功又道：“先前之朝廷文臣弄权，内部没有团结，皇帝昏庸，外部不能灭贼，如今皇上乃中兴之主，非比其他饭桶皇帝。”
郑芝龙想得自然和儿子不一样，即使一样，他也会寻找借口反驳儿子的观点。因为在他心中早就没有了忠诚的概念，而郑成功却满脑袋忠心。
当他认为分析形势不能打动父亲时，他又从降清后的厉害关系进行规劝：“老虎离开山中还能叫老虎吗？您一离开福建还是您吗？”
郑芝龙当然想过这个问题，但是，清朝答应他会保护好的一切，老虎如果离开山中还有肉吃，为什么要在山里受苦。
他当然觉得儿子说的都是废话，当他准备去福州面见清军时，郑芝龙对父亲的邀请嗤之以鼻，“我只听过父亲教儿子以忠，还没有听过父亲让儿子背叛的。您今天不听儿子的话，他日倘有不测，儿会为您披麻戴孝的。”
但是，他没有等来父亲的不测，等来的却是隆武帝出福建入江西后被杀的消息。他愤怒之下招集了三百多人，跑到海上和清军对抗。最初两年，在强大清军的阻击下，他就没有打过胜仗。永历三年，他跑到了广东揭阳一带活动，先后攻破潮洲外围等数十处清军，第二年，他的队伍壮大，该年八月，回师厦门。到了永历五年，郑成功凭借着坚强的战斗意志和杰出的政治军事才能，已经完成了他父亲曾经统一过的地方。
永历五年三月，郑成功以厦门为基地，开始准备与清军对峙。郑芝龙受清军多托，给他写信，希望他能投降。
郑芝龙在这个时候脑袋似乎进水了，当初郑成功没有一兵一卒都不投降，如今有了五六万人马，怎么可能投降。
永历八年二月，清朝的顺治皇帝实在受不了郑成功在福建附近的骚扰了，要求郑芝龙摆平这个不孝的儿子。郑芝龙没有别的办法，他在北京虽然不愁吃穿，但满清不让他出北京，他只能写信给儿子，劝他投降。
郑成功懒得理父亲，太讨厌了。我在这里的事业正如日中天，你却要我投降。怎么说都说不过去。他继续发展自己并且骚扰满清。到了永历十年，他的队伍已经扩大到三十万人，遥尊永历皇帝为正统。
也就是在这一年，郑成功开始了他的战略反攻，但当他正要北上之时，他的部将黄梧投降满清，使多年存储于海澄的粮食和银子丧失殆尽。
这个时候，郑芝龙的信不合适宜的到来。内容有两个，第一，要郑成功投降；第二，如果你不投降，老父亲就没命了。
郑成功大概知道，由于自己的不投降，父亲劝说无果的情况下，清廷已经对父亲很有意见了。但他并没有当回事，在当地百姓的支持下，他的恢复能力相当得快，第二年八月，他下天台，整个浙江清军震动不已。但同时，清军正在进攻他的老家福建，他只好回救福建，
他父亲的信并没有到来，去年的那封信成了父亲给儿子写的最后一封信。后来，郑成功得知父亲遇害的消息后，痛哭不已。原来，他是有孝心的，可偏偏遇上了一个让他忠孝不能两全的父亲。
在福建整顿一番后，永历十二年，他再次北征。这一次的目标是南京，当初，隆武帝的心愿就是收复南京。十几年后，郑成功准备帮他实现。可惜，收复南京并没有成功，确切地说，是根本就没有打进南京城。有一种说法是，当初顺治皇帝听到郑成功攻打南京的消息后居然哭着要回关外，这有些扯淡的成分。
当然，郑成功收复南京之役的确是那段时期南明朝廷的一次辉煌壮举。在这个时候，永历皇帝正在李定国的东拼西挡中过着日子，而郑成功攻南京，正给了永历帝一种希望，他以为，光明就要来了。可惜，郑成功不是他的光明，自南京战役后，郑成功的军队丧失大半，他只好另谋出路。
关于南京之役失败的原因，当时的南明大将张煌言分析得很透彻，现抄录如下：“（郑成功）围石头城者已半月，初不闻发一炮姑射城中，而镇守润州将帅亦未曾出兵取旁邑，如句容、丹阳实南畿咽喉地，尚未扼塞，故苏、松援兵得长驱集石城。余闻之，即上书延平，大略谓顿兵坚城，师老易生他变，亟宜分遣诸将尽取畿辅诸城，若留都出兵他援，我可以邀击歼之，否则不过自守虏耳。俟四面克复方以全力注之，彼直槛羊阱兽也。无何，石头师挫，缘士卒释兵而嬉，樵苏四出，营垒为空，敌谍知，用轻骑袭破前屯。延平仓猝移帐，质明军灶未就，敌倾城出战，兵无斗志，竟大败。”
如我们所知，郑成功在南京之役后被清军挤压得无处藏身，只好向海外发展。他收复了台湾，成为中华民族的英雄，永历十六年，他突然去世。这一年，远在中缅边境的大将军李定国也病逝。
明帝国就真的灭亡了。
郑芝龙与郑成功这对父子走得却完全是两条不同的路，原因何在？这除了郑芝龙是海盗外，还因为郑成功是书生。当初，他在南京弘光朝就想以考试得到朝廷认可，为朝廷效力。可郑芝龙却想帮他买个官当，他大为斥责父亲的荒唐。大概在这个时候，就注定了父子两人以后的道路肯定不会相同。
父亲是想通过利益来换取利益，儿子是想通过光明正大的手段来换取在上者赞赏的忠心。特别是当爱才如命，又善于感动人的隆武帝的出现，更让郑成功决定把这种思想发挥开来。
他在福建沿海活动了十多年，的确给满清惹了不少麻烦。收复台湾，也让我们有了歌颂的民族英雄。但真正应该让我们记得的是，他对大明至死不渝的忠心，这种在那个时代几乎已经绝迹的东西永远值得我们铭记在心。