这一年3月，发生了一个“陈独秀事件”。事件的起因是这样的：3月中旬，国民党办的《武汉日报》等报纸，连续发表信件文章，攻击国共合作是“出卖工农利益”、“牺牲阶级立场”。陈独秀在信中并称，他与中共领导人秦邦宪、叶剑英、董必武曾多次会见，表示愿意回到中共的领导下工作，共同为抗战效力。秦、叶、董于3月20日在《新华日报》上发表一封公开信。
原来，早在1937年9月，陈独秀出狱后，第一次托罗汉来找秦邦宪、叶剑英、董必武谈，说陈愿回到中共的领导下工作。秦、叶等认为陈为中国托派之领袖人物，事关重大，应向中共中央请示，让罗汉到陕北找中央去汇报。罗离南京后，陈第二次又托李某来谈，说陈已与托派决裂，很想一见。秦、叶与陈独秀会见。在交谈中，他们要求陈表明对抗日民族统一战线的态度，脱离托派。陈表示赞成抗日民族统一战线政策。在此之后，陈独秀又托人来要求叶剑英再和他见一面。这次会见时，叶剑英根据中共中央意图，要求陈公开向全国表示三点：对抗战的态度，对民族统一战线的态度，公开反对托派之理论与行动。后来，中共中央明确向陈提出三项条件：（一）公开放弃、坚决反对托派全部理论与行动，并公开声明同托派组织脱离关系，承认自己过去加入托派之错误；（二）公开表示拥护抗日民族统一战线政策；（三）在实际行动中表示这种拥护的诚意，并说明在上述三条件实现后方能考虑其他问题。因此，叶剑英、秦邦宪、董必武在声明信中，追述了他们三次与陈独秀会见的经过，特在报纸上予以披露，“说明真相，而杜招摇”。
六华南之行
1938年5月，叶剑英因病去香港就医，路经广州。当时日军正向武汉步步进逼，并有传言要进攻广州。广州民众中弥漫着一种惶恐不安的气氛。在这种情况下，叶剑英不顾病痛，决定在广州小住，利用这个机会与中共地下组织负责人云广英等取得联系，了解情况，给予指示。同时以合法身份同国民党军政界及各界友好人士接触座谈，安定人心，促进统战工作。他还应邀去广州中山大学和广雅中学看望师生，发表演讲。在中山大学，他与学校萧冠英原来约定讲《中日战争形势和我们的任务》这个题目，后来根据广大师生最关心、迫切需要弄清的问题，讲了“日寇会不会来进攻广东”、“这次中日战争局面怎样发展下去”、“国共两党最近的关系”，“苏联会不会出兵帮助中国呢”、“八路军的近况怎样”等6个问题，对大家存在的疑虑问题一个一个做了回答，博得一阵阵掌声。他在分析中日战争的国际、国内条件，瞻望抗战的前景时，乐观地说：“我们更应该了解怎样去争取以后的胜利，我们并不能因此觉得悲观。相反的，我们觉得这次失败，正是我们中华民族一个千载难逢的机会，它给予我们一个深刻的认识、教训和反省，使我们还有充分的时间来改正我们的错误。”他针对广东抗战问题，意味深长地说：“我们不但不能说，日本帝国主义不会来进攻广东，我们可以高枕无忧，多睡几点钟觉，相反地，我们的一切宣传、组织、训练、煽动、解释和教育，都应该公开地教育本省的民众，使他们都知道日本帝国主义会随时随地都有进攻广东的可能。”最后，他说道：“中华民族正如一叶扁舟漂流于革命的高涛中，它最后或能够达到独立自由幸福的彼岸，抑或中途沉沦于苦海，这种命运是操在我们民族自己的手上，而看我们是否有抗战到底的最后决心来决定。”
叶剑英的演讲，既切合实际，又富有情趣，深深吸引了听众。广州的报刊纷纷转载，一时“洛阳纸贵”，成为人们议论的中心，大大鼓舞了广东人民的抗日情绪。
叶剑英还时常举行记者招待会，回答记者提问，并参加各种乡友、诗友聚会，谈诗论文，咏唱山歌，激发大家的抗战热情。他还接见《抗战大学》的主编陈华：应邀为其《红五月专刊》题词：“民族解放的血花”，并嘱陈华邀请国民党在广东的要人李汉魂、陈铭枢、李振球、曾其清，以及国际反法西斯同盟日本盟员鹿地亘、池田幸子夫妇等为其刊物题词，扩大统一战线。
剑英在香港就医时，曾到九龙元朗“荫华庐”潘君勉家中做客，受到热情款待，并与潘家人合影留念。潘在叶剑英的启发下，串连香港商界捐献巨款支持神圣的抗战事业，并通过叶的关系将两名侄儿送到八路军参加抗日。
为了答谢港、澳各界和海外侨胞对抗日战争的支援，叶剑英同八路军办事处同志多次写信或致电表示敬意。1938年8月27日，周恩来、叶剑英、廖承志、潘汉年致电新加坡各华侨团体，表示：“诸侨胞忠诚爱国，累寄款项援助，不仅同人等万分钦佩，益使我前线英勇将士为之感奋。”
叶剑英在港澳治病期间，秘密到八路军驻香港办事处指导工作，与廖承志、潘汉年等交谈。他曾一度住在老战友、地下党员柯麟家里，得到柯麟、柯平兄弟的悉心照料。柯麟问他：“我们还要坚持多少时间，才能取得最后胜利？”叶剑英回答：“扎下根子，准备坚持十年，迎接胜利。”他鼓励柯氏兄弟在港澳积极开展抗日宣传，扩大统一战线，为抗战胜利后的工作打下基础。同时，提醒他们要格外小心谨慎，机警行事。
叶剑英从香港返回武汉不久，日军对武汉发起了进攻。他和周恩来等根据毛泽东关于保卫武汉和坚持抗战总方针的指示，尽力敦促蒋介石当局发动群众保卫武汉，迟滞敌进，争取时间。
1938年10月21日，日军占领广州，国民党当局下令武汉实行紧急疏散。就在临撤退前的紧张时刻，八路军总司令朱德于22日飞抵武汉，参加蒋介石召开的军事会议。他住在武汉鄱阳街1号郭沫若家，彻夜和周恩来、叶剑英交换意见，然后面见蒋介石商谈八路军扩充编制、增加经费和派部队到华中战场开展游击战争及国共合作举办游击干部训练班等问题。国民党方面，由康泽出面招待朱德，并邀周恩来、叶剑英、郭沫若等作陪。过了两天，时局日危，由周恩来和叶剑英精心安排，秘密护送朱德去汉口机场飞往湖北襄阳，转经陕西三原，返回延安。朱德离汉之后，周恩来、叶剑英即开始组织办事处人员、物资分3批撤离。第二批撤离人员在途中遭敌机袭击，大部遇难。25日凌晨，叶剑英和周恩来率领最后一批撤离人员，在汉口沦陷前数小时乘大卡车离去。途经湖北应城、天门，沙市、公安到达湖南常德，于27日辗转到达湖南长沙。
湖南省首府长沙，这个自古号称“荆豫唇齿，黔粤咽喉”的中南重镇和历史名城，一时取代了武汉三镇，成为全国的政治中心。蒋介石和国民政府军事委员会的各部长官以及陈诚的第九战区司令部虽都在这里落脚，却并没有长期驻守的打算。一种纷乱悲观的气氛笼罩着长沙城。
叶剑英到达长沙的当天晚上，就应郭沫若之邀，在国民政府军事委员会政治部第三厅（厅长郭沫若）的时事座谈会上，作了《广州、武汉沦陷后的抗战局势》的长篇发言。他从分析抗日战争的性质说起，列举了中国抗战取得的进步和日本遇到的困难。在科学地分析坚持抗战的诸多有利因素的基础上，他充满信心地说：“汉口、广州虽已沦陷，不必悲观。我们抗战胜利是有把握的。”“困难一定要克服，而且是可能克服的。”“我们必须在发展的过程中去把握抗战胜利的前途！”他的这篇发言，有力地批驳了“亡国”论的论调，强烈地感染和振奋了与会人员的情绪。
蒋介石和国民政府的一些大员们在长沙匆匆开了几天高级军事会议，检讨武汉作战经过之后，就转移到南岳衡山去了。
周恩来和叶剑英继续留在长沙，参加国民政府军事委员会有关部门召开的军事会议；接触各界友好人士，商谈抗战救国事宜；致信香港《救国时报》，控诉日军侵略暴行，宣传八路军在敌后的战绩，动员广大华侨支援抗战。
同时，他们与中共湖南省代表一起，会晤了湖南省主席张治中。张治中在谈话中表示，长沙万一不守，省府将迁沅陵，他则在宝庆指挥保安部队和人民武装，协助国军进行敌后游击战。他请叶剑英担任省府高级顾问来指导游击战。叶剑英欣然允诺。
这期间，叶剑英还协助周恩来处理了大量党务工作。他们派出李克农和吴奚如等赴桂林筹备组织八路军桂林办事处。同时，对搞好新四军主要领导人之间的团结做了许多工作。11月初，他们电告项英：要改善与叶挺的工作关系，为了统一战线的发展，应将去香港的叶挺请回新四军，这样对工作有利。他们还几次出席中共湖南省委、长沙市委召集的会议，宣讲抗战形势和任务。为了营救蔡和森烈士的家属，叶剑英还派办事处工作人员朱慧去湘乡永丰镇看望蔡母，接蔡儿子蔡波出来读书。
七长沙大火中脱险
就在周恩来、叶剑英等日夜为抗战奔忙的时候，蒋介石亲自主持制定了一个所谓“焦土抗战”的计划。11月12日上午9时，蒋介石给张治中下达密令：“长沙如失陷，务将全城焚毁。望事前妥密准备，勿误！”张治中当即召集会议，负责筹备。据邱南章回忆，周恩来、叶剑英对此事全然不知。12日上午，他们出席第二厅在离开长沙前举行的孙中山诞辰纪念会，然后帮助第三厅及八路军办事处人员继续向湘潭县下摄司分批撤退。直至深夜，送走李克农、童小鹏等离开长沙后，准备睡上一觉，第一二天早晨再撤离长沙。临睡前，叶剑英还打电话给张治中？询问敌情。张回答，国军仍坚守在汨罗防线，敌人没有过河。叶剑英又照例检查了人员、车子等情况，才上床睡下。谁知就在这时，长沙火起，八路军办事处也被火烧着。叶剑英与周恩来从火海中脱险。叶剑英后来回忆当时的情景，说：“那天夜里，我们睡在办事处的楼上。为了防止有人偷汽车，就把汽车放在大门口，派个警卫员睡在汽车里头。没过多久，来了几个放火的人。他们砰、砰、砰地敲汽车，说：‘他妈的，你们还不走，烧死罗！’警卫员邱南章起来一看，城内已是满天红光，马上咚、咚、咚跑到楼上来报告：‘参谋长，参谋长，大火烧来了！’我一看，火都烧到我们房子了，就喊快救火。说着我走下了楼，到外面一看，满天红光，赶快跑回楼上找恩来同志，那时他是副主席。我说：‘副主席！副主席！烧房子了。’他说：‘那样惊慌干什么！’我们一起下楼来，出了大门，从一个巷子往外走。火已经快烧到巷子里来了，四面都是火。我们往城外方向跑，途中遇到三四个人，便问：到湘江走哪里？因为刚出火海，搞混了方向。有个人指着说：‘到湘江往右边走。’我们沿着他指的方向，一直跑到湘江边，沿着江边一直走，走到天亮，长沙的大火还在烧，噼哩啪啦的响。我们好容易脱离了火海，当天撤到了湘潭。”
就这样：一场大火烧了几天几夜，烧毁长沙市区房屋5万多栋；居民死伤2万余人，而敌人此时还在200公里以外！国民党当局一手制造的这场骇人听闻的“长沙大火事件”，遭到国内外舆论的一致谴责。周恩来、叶剑英迅速组织八路军办事处和抗敌演剧队人员返回长沙，进行善后救灾。他们严厉批评所谓“焦土抗战”政策，向国民党最高当局提出拨款救灾，清理街道，安置灾民的办法，强烈要求惩办放火首犯。同时为当“替罪羊”的张治中作解释工作。蒋介石为了平息众怒，下令将“直接责任”者酆悌（长沙警备司令）、‘徐昆（保安团长）、文重孚（长沙市警察局长）三人判处死刑，给予张治中革职留任处分。对“长沙大火”事件，张治中在自己的长篇回忆录中辟有专门章节，追述甚详。
张治中在另一本书中谈及此事，对周、叶不无感激之情。他写道：“长沙发生大火，各方面尤其党内平日不满意在湖南倡导社会改革运动的顽固分子对我的攻击更甚，我总不置一词，而中共朋友反为我解释，给我以慰藉。……在各方面纷纷落井下石使我感到四面楚歌的情形下，他们对我亲切的同情，也是我毕生难忘的一件事。”