“身教重于言教”。叶剑英身为校长，深知严格训练，严格要求，不能只对别人，而要从自身做起。他处处率先垂范，为人表率。每天很早起床，和大家一起出操跑步。他虽然已过而立之年，仍坚持在单杠上做打车轮、大旋转等难度较大的动作，给大家作示范，使许多青年学员敬佩不已。凡全校性的演练，他总是亲自审定预案，亲自主持现场示范，和大家一样在风雨中操练。瑞金城方圆30公里内的山山水水，到处留下了他的足迹。
1933年2月，红校第四期学员即将毕业。毕业前夕，叶剑英组织全校学员进行了一次大规模的演习。他把全校学员编成东、西两个师，主要课目是演习行军、宿营、进攻、防御，还有政治宣传作等。按照预定方案，东、西两师从瑞金出发，至汀州进行巷战，至河田进行城市防卫战，在壬田圩进行遭遇战。整个演习从2月4日至12日，共用了9天时间，使全体学员在近似实战的条件下，受到了一次艰苦的磨练。
对于这次演习，中华苏维埃政府机关报《红色中华》于2月25日作了长篇报道，赞扬这次演习有三个优点：第一，指挥员与政治工作人员都能研究每个时期的情况，很快下决心。第二，平时与战时的政治工作，都能够积极地进行，利用一切机会和方法来提高与保障战斗员的政治情绪，普遍地建立了红军与当地民众的关系。第三，演习中的攻击精神，非常旺盛。无论行军、作战、警戒都没有疲倦的表现。这次演习，是对红校教学工作和组织领导、后勤保障等其他工作的一次检验。演习的圆满成功，反映了学校以教学为中心的各项工作，确实开展得扎扎实实而又卓有成效。这是叶剑英校长和全校人员共同努力的结果。
红校还经常在苏联和中国的革命纪念日组织活动，使学员了解革命历史，提高政治觉悟和战斗意志。1932年12月11日，叶剑英在学校主持召开“广州暴动”、“宁都暴动”纪念大会。会场群众情绪激昂，誓要粉碎国民党反动派军队对苏区红军的进攻，为保卫苏维埃政椤斗争到底。1933年2月22日，全校以团为单位举行庆祝苏联红军成立15周年纪念活动，23日在大操场举行报告大会，叶剑英在会上号召：“学习苏联红军国内战争的经验教训，准备创造一百万铁的红军。”
四建立红色据点，开展游击战
叶剑英在领导红军学校军事教育工作的同时，始终没有放松对苏区东南战区的反“围剿”战役的指挥。
1932年11月中旬，叶剑英赴闽西，与福建军区领导人研究迎击敌人“围剿”的战略部署。他们决定在闽西、赣南广泛建立有武装、有阵地、有群众的红色据点，争取把漳平、永安、建宁、泰宁等小块根据地连成一片。同时还决定，抽调部分工农干部骨干，经过军区训练后，派往白区，加强白区游击队和白军中士兵工作。
1933年1月，中共临时中央政治局因在上海无法立足，被迫迁人中央革命根据地。临时中央负责人博古等先后到达瑞金。其后，中共苏区中央局与中共临时中央合并，改称中共中央局。从此，中共中央局直接领导中央苏区的工作。10月初，共产国际东方部派驻中国的工作人员李德到达中央苏区，担任军事顾问。不久，在博古的支持下，李德实际上掌握了中革军委领导权。
这期间，国民党军队对苏区的第四次大规模“围剿”已全面展开。叶剑英根据军委部署，指挥东南战区军民，积极开展袭敌、扰敌活动，配合北线主力红军打击敌人。1933年2月，叶剑英组织闽西、赣南独立师、团，以及闽西、上杭一带地方武装，破坏道路，断敌交通，迟滞由闽入赣的国民党军队的行动。
3月，叶剑英获得国民党军第十九路军及部分福建地方军阀部队准备进犯长汀的情报后，随即将战区所属武装及红军学校第五期学员统一编成五个纵队，以迎击敌军的进犯。具体部署是：以一、二、三纵队为主力，向进占闽西清流县城一带之敌出击；四纵队打击连城、龙岩之敌；五纵队在赣南钳制广东方向可能来犯的敌军。叶剑英直接指挥对清流之敌的进攻作战。清流一带的敌军为福建军阀卢兴邦、张贞部所属的三个团。为了牵制其增援进攻主力红军的敌人，叶剑英根据军委意图，率部主动向清流之敌发起进攻，给敌以沉重打击，使敌军在较长时间内不敢轻易出动。战斗中，红军缴获了8挺德国造的勃朗宁轻机枪和一部分捷克造的自动步枪。这些武器在当时是比较新式的，叶剑英命部队将这些武器保管好，战后将带回红军学校，作为教学用的实物。
叶剑英身在东南前线，胸中始终装着整个苏区反“围剿”战役的全局。他根据战局的发展，多次主动向军委建议将南线的部队抽调到北线。1933年2月，他将南线的两个师输送到北线。不久，又建议军委将南线的红十二军抽调到了北线。他将闽西4县的地方武装升级为正规部队，建立起红十九军，亲自兼任军长，负责东南战区的防御。他还将红校第四期毕业的400多名连级干部，全部输送到北线主力红军部队，并决定将红校看护连的80多名学员提前毕业，分配到前线部队工作。
在此期间，叶剑英还多次就整个反“围剿”战役的战局，向军委提出建议。他在致军委的《对目前战局及战略意见》中指出：目前应紧紧抓住西南反蒋的有利时机，集中全力在北线与敌军决战，以结束四次战役，开展新的战局；为确保北线决战的胜利，当将南线的红军部队全部秘密集中到北线，参加战斗；在南线另外组建新的独立师，在地方游击队配合下行动，麻痹闽、粤之敌；汀州、瑞金一带的防务，直接由红军学校师生担任。叶剑英的这些建议，均得到了军委的赞同并被采纳。
叶剑英率部在东南前线的积极防御和在兵员、物力等方面对主力红军的支援，对于取得粉碎国民党军对中央苏区第四次“围剿”的胜利，起到了重要的作用。
五在闽赣军区
从1933年5月开始，蒋介石又调集50万兵力，策划对中央革命根据地进行第五次大规模“围剿”。
为了反击这次“围剿”，根据中共中央局提议，中华苏维埃临时中央政府下令将中央革命军事委员会由前方移至瑞金，增加博古、项英为委员，由项英代理主席。同时，在前方另组中国工农红军总司令部兼红一方面军司令部。5月8日，任命朱德为中国工农红军总司令兼第一方面军司令员，周恩来为中国工农红军总政治委员兼第一方面军政治委员，叶剑英为中国工农红军总参谋长兼第一方面军参谋长。
叶剑英受命以后，先是在沙洲坝的乌石垄村组建起一个精干的司令部机关。不久，又奉命调往前方协助朱德、周恩来指挥红一方面军作战。
9月25日，蒋介石乘红一方面军主力分头作战之际，以北路军3个师由南城、硝石向黎川发动进攻，开始对中央革命根据地进行“围剿”。中共中央局继续推行军事冒险主义，提出“御敌于国门之外”的错误方针，要求红军在根据地外战胜敌人，并争取苏维埃在全中国的胜利。
根据敌情的变化和作战任务的需要，中革军委决定成立建宁警备区和广昌警备区。1933年12月4日，任命叶剑英为建宁警备区司令员，滕代远为建宁警备区政委。叶剑英到建宁后，又兼任闽赣军区司令员。
他领导各部队积极扩大根据地，开展游击战争，确保军区的后方安全、道路通畅、供给充足。樟村战斗后，他在军区召开黎川地区各级负责人会议，要求黎川武装“迅速经秦坳、九坊一带大山，靠紧新桥、泰宁创造巩固侧面根据地”，并指示要在黎川东南广泛发展游击战争，挺进胡坊侧面，骚扰黎川东面之敌。同时派出干部领导黎川西南武装，进攻敌人。
1934年1月，红一方面军总部与中革军委合并，方面军所属部队由中革军委直接指挥，称中央红军。2月3日，中革军委进行了改组，主席仍为朱德，副主席为周恩来、王稼祥，刘伯承任总参谋长，叶剑英任副总参谋长，但实际指挥权仍操纵在博古和李德手里。1934年1月22日至2月1日，中华苏维埃第二次代表大会在瑞金沙洲坝召开。叶剑英被选举为中华苏维埃共和国第二届中央执行委员会委员。
1934年1月30日，军委要求闽赣军区“应坚决把自己所属范围内的地主武装彻底肃清，巩固与发展新的苏区”。叶剑英随即部署以主力肃清建宁、安远、梅口三区内的地主武装大刀会、保卫团等，打通建宁通往宁化的道路，保障兵站、医院的交通安全。各独立团、警备区机关、各部队、工作团、兵站医院等，到指定地区开展游击活动，肃清地主武装。他夜以继日，忙于指挥部署战斗，调动各方面力量，巩固后方安全。经过一个月的艰苦努力，建宁、安远、均口、依口、官仓、梅口、鱼潭等地相继建立了革命委员会，并进行了分田活动。作为战区司令员的叶剑英，不仅负责前线指挥，还要照顾后方供应。他发动群众筹粮，为部队准备了充足的粮食，在北线存米520多担，谷1170担，南线存粮5200多担，保障了主力红军的粮食供应。
不久，叶剑英主持成立了闽赣军区司令部。在他的指挥下，军区所属武装积极地配合主力红军行动。整个闽赣地区一度成为巩固的作战基地。
六关心战士疾苦
1934年4月，叶剑英奉命到中华苏维埃共和国福建军区任司令员。不久，个别部队因疏忽警戒，发生被敌袭击事件。他和政委万永诚总结事件的经验教训，及时发出训令，要求部队加强行军、宿营时的警戒工作，随时准备打击敌人。
为了打破敌人的“围剿”，叶剑英组织福建军区野战司令部、政治部，领导地方武装开展游击战争，坚壁清野，断桥断路，骚扰敌人。一次，敌人拼凑了一个军的兵力向福建军区的前沿阵地龙燕镇一带和扁山要地进犯。当时，红军只有一个师守卫在龙燕镇一带，一个团守卫在扁山。在敌我力量悬殊的情况下，叶剑英为保存有生力量，命令部队暂时放弃龙燕镇和扁山，有计划地往福建的长汀方向退却。同时，他命令一部分红军部队利用山地的有利地形，声东击西牵着敌人的鼻子在山里兜圈子。在扁山通往长汀的一条河边，叶剑英直接指挥部队，伏击了敌军一个营，将敌全歼，缴获了一批枪支弹药。
叶剑英在指挥部队转战过程中，十分重视伤病员的救护工作。对身负重伤的指战员，只要他看到时，都要亲自察看。在撤出扁山的途中，叶剑英亲自率队在最后面阻击敌人，同时，命令一个班的红军战士边退却，边收容伤员。有两个负责收容的战士以为一名重伤员已牺牲了，就把他放在路边上。恰好叶剑英骑马赶来。他翻身下马，认真地检查了伤情，又摸了摸脉搏，发现这个伤员还活着，便立即要他们将伤员送到后方抢救。这时，追敌已近。在这个危险关头，他仍坚持要战士将这个重伤员抬走，命令道：“你们抬着这个伤员先走，我来阻击敌人，掩护你们。”后来，他经常教育部队说：在收容伤员时一定要仔细，不能粗心大意。每个红军战士都是我们的阶级兄弟，只要还有一口气，我们都要设法抢救，多救出一个红军战士，就为革命多增加一份战斗力量，要爱护我们自己的阶级兄弟呀！
闽西地区，地形复杂，山高路险。有一次，叶剑英带领福建军区前线指挥所，一口气走了95华里的山路，转移到汀州至连城间一座名叫凤凰山的高山山顶。他住在一个破庙里，指挥部队侦察连城一带敌军活动情况，监视和袭扰敌军。当时，红军被敌人严密封锁，几乎天天都要打仗，生活非常艰苦，缺粮少盐。粮食每人每天定量6两（16两1市斤），用小草袋蒸饭，每人每餐分一小袋饭。没有盐吃，就到山中老房子里去扫硝盐（白土）。硝盐同普通盐味道不一样，苦得令人难以下咽。没有医药，战士们害了痢疾，也只能每天喝一点稀饭，硬挺着。武器弹药也很缺之，那时子弹多是土造的，打完还得拾回弹壳。在那样极端困难的情况下，叶剑英同大家同甘共苦，一点也不特殊。他白天指挥打仗，夜里还要起来亲自查哨，照看伤病员。有时他把自己分到的一小袋饭和白薯干留下来给伤病员吃。警卫员胡绍明行军中了暑，病得很厉害，叶剑英好不容易才搞到一点土药给他吃，并把自己的马让给他骑。胡绍明回忆起那段艰苦岁月，感动地说：“叶司令待我们像亲兄弟一样，我有病照顾不了他，他反倒照顾我，那一次如果没有他细心照料，我恐怕早埋在凤凰山上了！”
不久，叶剑英率福建军区主力部队红二十四师发起连城战斗。战斗开始前，叶剑英和师长周建屏、政委黎林一起研究制订了战斗方案和兵力部署，但由于敌情发生变化，侦察不够周密，结果，部队在发起总攻后，遇到事先埋伏好的敌军猛烈阻击。叶剑英正随队前进，一看情况不妙，立即下令部队撤出战斗。据潘开文回忆，对这次失利，叶剑英战后主动承担责任，并作了检讨。但早就对叶剑英怀有成见的李德，借机把他从福建军区调到军委任四局局长。叶剑英对于这次“降职”使用并不计较。他任劳任怨，积极开展工作。他说：“那时李德打击我，把我参谋长撤了，我当时考虑到，革命事业还很长，我做什么工作都是为革命，不能斤斤计较。”后来，毛泽东、周恩来夸奖他是能上能下的好干部。毛泽东曾多次对人说：“剑英这个人对前几把交椅是不争的！”