从建文皇帝的朝廷中，朱棣则得到另一种信息：周王被逮治，张、谢贵坐镇北平，齐泰、黄子澄念念有词，所指不言自明。
太祖旧时的意向，属僚不断的劝说，朝廷传来的消息，都在推动朱棣起而争夺帝位。如果说还有什么疑虑，那首先就是他的3个儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧被派去南京，参加太祖周年祭。有此掣肘之忧，他不敢轻举妄动，只能在府中装病。而朝廷对此事也感为难。齐泰要朱坟把他们扣留下来，作为人质；黄子澄反对，怕引起朱棣的猜疑。他对形势又一次作出错误的估计。朱允采纳黄子澄的意见，把朱高炽兄弟打发回北平。朱棣见到他们，高兴地说：“我父子得再相见，真乃天赞。”
建文元年（公元1399年）六月，朱允发布责备朱棣的诏书，并命令逮捕燕王府属僚。张、谢贵督率卫士包围了王府，并在北平9座城门布置了严密防守。形势十分紧迫。朱棣召集亲信属官商议。燕山护卫干户朱能提出，当务之急在擒杀张爵、谢贵；主将死，其军自乱。朱棣很欣赏他的意见，先在殿中设下伏兵，宣称自己病愈，打算乘官僚入贺时，拿下张谢贵。张、谢二人相当警觉，不肯入府。朱棣又把朝廷点名要逮捕的官校捆绑起来，作为诱饵，请张爵、谢贵及朝廷使臣去验收。这次，张、谢二人不能不去了。他们一进王府，就被杀掉。除去此二入，城中官军果然大乱。
朱棣手下有两员可任大帅的武臣。一个是上边提到的朱能，他曾从燕王北征，多次立有战功。另一个是指挥佥事张玉。他曾任元朝的枢密知院，归降朱元璋后，从战有功，后来调至燕山左护卫，成为朱棣的亲信。杀了张、谢贵，朱棣命令张玉、朱能连夜出兵，攻夺9门。黎明时分，已得其8，只有西直门一时难下。朱棣派人到两军对峙处，宣布说，朝廷已经同意燕王自治一方。守门官军闻言而散。接着，朱棣整顿城内秩序，只用3天时间，北平城完全在他的控制之中，成为他稳定的大本营。
七月初五，朱棣正式誓师起兵。他援引朱元璋“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君臣之恶”的训示，以周公自居，宣布齐泰、黄子澄为奸臣，起兵是为了诛杀齐、黄。但同时，他去掉了建文年号，改用洪武年号，摆出争夺天下的姿态。因朱棣称自己的军队为“靖难”之师，史书把叔侄争夺天下的这场战争称为“靖难之役”。也许是受了黄子澄等人的影响，他以为燕兵成不了大事，因而每天与翰林官方孝孺等人讨论周朝制度，试图以文治天下，并没有把军事放在心上。后来，连黄子澄都看出了形势的危机，指出，北兵素来强悍，不早作防御，怕黄河以北要保不住了，他这才匆忙任命长兴侯耿炳文为大将军，率师北伐。
与朱允相比，朱棣对这场战争的态度要认真得多。每次军事行动，他都亲自策划，亲自领兵作战，而且善于用将，使之各尽所能，北平城内稳定以后，朱棣立刻派兵攻占了通州、蓟州、密云、遵化、怀来、永平等处，并控制了北平最重要的关隘居庸关，解除了腹背受敌的不利局面。有一段小插曲：攻取怀来时，都督宋忠对守城将士说，他们在北平的家人都被燕兵杀害，尸骨积满道路，想以此激励他们死守城池。他没有料到，攻城的先锋队伍正是怀来将士的家人。这是朱棣的巧妙安排。一时间，战场上父子兄弟相呼，官军哪里还有心厮杀，怀来很快被燕兵攻陷。由此可以看出，朱棣确实很有谋略。
官军与燕军真正的第一场大战发生在北直隶真定（今属河北）。官军主帅耿炳文，早年是一员骁将，被朱元璋列为一等功臣。但他当时已65岁，而且受到朝廷中普遍存在的以老大自居的思想熏染，不以燕军为意。朝廷召集的军队号称30万，实际只有10余万，军中缺少多谋之士和善战之将。这些因素对官军都是不利的。中秋之夜，燕军利用官军饮酒不备的机会，攻占雄县；又伏兵打援，消灭了州援兵。得知两处失利的消息，耿炳文把所属军队汇合一处。两军会战于真定城外。张玉、朱能等率兵从正面进攻，朱棣亲率奇兵从背后夹击，官军大败，死者众多，耿炳文退入城内固守，不敢出战。这一仗，燕军在数量上处于劣势，但却获得全胜。朝廷大为震动，主帅易人，黄子澄推荐李景隆总领平燕大军。
李景隆是开国功臣李文忠的长子，19岁承袭曹国公，相貌出众，但并没有带兵打过仗。属下官兵有50万，与燕军相持了10个月，互有攻守。建文二年四月，他和另外两支官军合于真定，计有60万，号称百万，准备决战。官军如此庞大，加上有几员猛将，像先锋平安、副总兵瞿能，还准备了火器，埋藏地下，杀伤力很强，所以占了上风。交战中，燕军凭借朱棣的镇定指挥，诸将的顽强抵抗，特别是朱高煦的拼命冲杀，双方相持不下。这时突然刮起大风，官军混乱，翟能父子被杀，平安也被朱能打败。燕军乘机纵火，官军全军溃败，李景隆单骑奔走德州。燕军乘胜攻德州，他又弃城而逃，投奔济南。
从局部来看，官军不乏有才干的指挥者。守济南的山东参政铁铉和参将盛庸合力固守，竟使燕军久攻该城不下。铁铉用诈降计，朱棣受骗人城，险些被城门上的铁板轧死。他疾驰逃脱，怒不可遏，命令用炮轰城。铁铉又在城上悬挂朱元璋的神牌，使燕军投鼠忌器，不敢使用火器。
就这样坚持了3个月之久，朱棣只好回师北平。朱允立即升铁铉为兵部尚书，封盛庸为历城侯，命他从李景隆手上接过指挥权。忧心忡忡的皇帝把希望寄托在这两个人身上。
盛庸、铁铉与燕军对陈，有出色的战绩。建文二年十二月，双方战于东昌。官军简选精锐，背城而战。朱棣大概为以前的胜利所陶醉，犯了轻敌的错误。他率轻骑冲入了官军左翼，被围数重，冲击不出。朱棣死里逃生，有赖于朱允的一道死命令，朱允怕背上杀害叔王的恶名，不许伤害朱棣。这样，朱能才可能像长坂坡救主的赵子龙一样，奋力杀开一条血路，保朱棣突围。张玉在此役中阵亡，燕军损失惨重。
这以后，两军互有胜负。从总的趋势看，东昌大捷不足以抵消耿炳文、李景隆两次惨败的影响。官军在数量上的优势已不那么明显，惧怕燕军的心理负担越来越重。
为瓦解燕军，朱允发动和平攻势，将齐泰、黄子澄逐出朝廷，希望在这种姿态下与燕王罢兵。这样做，既可在政治上取得主动，又可使齐、黄等坚决的保皇派官员募师勤王，备战于外。谁知效果不理想。派去的使臣说，燕王语直而意诚，连朱允也怀疑是否“曲在朝廷，齐、黄误我”，在思想上造成了混乱。后来还有割地之议，被朱棣斥为缓兵计。
建文三年十二月，燕王朱棣从北平出发，挥师南下。其军从馆陶过黄河，取徐州；渡淮河后，置淮安、凤阳于不顾，直下扬州，大战长江；第二年六月，兵临南京金川门。谷王朱穗和李景隆开城迎降。
当天宫中大火，朱允不知所终。一说他在大火中烧死；一说他从事先准备好的地道出逃，跑到西南当了和尚。朱棣则称辨认出朱允的尸骨残骸，还十分感慨地说了一番“小子无知”的话，按照天子的礼仪把他埋葬。他自己当了皇帝，改年号为永乐。明代皇帝中，只有他有两个庙号，始定太宗，后改成祖。
外国古代的著名战争
一、斯巴达克斯起义
古罗马实行奴隶制，富人家中拥有许多奴隶，奴隶被任意地使唤、买卖、鞭打或杀死。在所有奴隶中，角斗士的处境最为悲惨。斯巴达克斯原是色雷斯的一名勇士，在反对罗马军侵略的战争中被俘。他成为奴隶，被卖到加普亚角斗场。在那里，他将手持短刀与自己的同伴进行决斗表演，以供富人观赏。斯巴达克斯不甘心这种屈辱的命运，他号召同伴们：“宁为自由死于战场，不为富人在角斗场丧命。”他们密谋暴动，不幸被发觉，70余名角斗士逃往维苏威火山举行起义，号召奴隶们起来反抗压迫，争取自由。他们很快就扩充到1万多人，斯巴达克斯成为义军首领。
罗马统治者第一次只派了1000多名地方军镇压起义，不想被义军全部消灭。公元前73年，罗马统治者又派出战将克劳狄乌斯带3000精兵围困维苏威火山。但机智的斯巴达克斯攀登险路绕到敌后，又消灭了这支官军。起义军发展到了12万人，他们整顿人马军械，向罗马城进军。罗马城中的富人贵族惊恐万状，调兵遣将，死守罗马，并任命克拉苏为司令官，调集重兵，试图围歼义军。看到力量不足，斯巴达克斯想南下渡海去西西里岛，但海路被罗马军控制，没有成功。罗马军形成了一条封锁线，被斯巴达克斯军突破。公元前71年，起义军在阿普里亚与官军决战，奴隶们前仆后继，浴血奋战，重创官兵，但终因寡不敌众，几万义军战死，斯巴达克斯牺牲，克拉苏残酷地把6000名战俘钉在十字架上，竖立在通往罗马的大道旁。
起义虽然失败了，但是它沉重地打击了罗马奴隶主阶级的统治，为被压迫阶级的反抗树立了光辉的榜样。卡尔·马克思说斯巴达克斯是“古代无产阶级的真正代表”。列宁称他是“最大一次奴隶起义的一位最杰出的英雄”。
二、亚克兴海战
恺撒大帝死后，古罗马内部争夺国家权力的斗争越来越激烈，后来形成了屋大维和安东尼两方势力的斗争。公元前37年，安东尼爱上了美丽的“埃及艳后”克拉奥帕特拉。他在与她结婚时宣称把罗马东部的一些省赠给这位埃及女王和她的子嗣。屋大维趁机在元老院和公民大会上宣布安东尼是“祖国的敌人”，并向埃及宣战。公元前31年，安东尼和女王率军10万人、战船500艘挺进到希腊西海岸。屋大维则率8万人，战船400艘从意大利东征。屋大维伺机切断了敌方的战线，使安东尼的士兵逃亡很多。9月2日，两军在希腊南端的亚克兴海角相遇，展开激战。战至中午时，安东尼已处于劣势，女王克里奥帕特拉带船队逃回埃及，安东尼也无心再战，海战遂告失败。安东尼和女王回到埃及，知道大势已去，便双双自杀。屋大维领兵灭亡了埃及的托勒密王朝。这一战，使屋大维除掉了政治对手，为他后来在罗马建立帝制扫清了道路。
三、达拉斯大捷