慈氏菩萨就是弥勒菩萨，弥勒菩萨代表大慈，法身三德代表法身德，药师三法是色法的主尊，生活三要素是指饮食法。这三尊菩萨（三大士）是显教的释迦如来的眷属。
中间的七尊菩萨是药师七佛的眷属。
善现菩萨表息法，是善名称吉祥王如来的眷属，是第一尊药师佛的眷属；
大慧菩萨是第二尊药师佛宝月智严光音自在王如来的眷属；
明慧菩萨是第三尊药师佛圆满香积世界金色宝光妙行成就如来的眷属；
山峰菩萨是第四尊药师佛无忧世界无忧最胜吉祥如来的眷属；
辩峰菩萨是第五尊药师佛法幢世界法海雷音如来的眷属；
持妙高峰菩萨是第六尊药师佛善住宝海世界法海胜慧游戏神通如来的眷属，持妙高峰菩萨是指的色法。
每三位菩萨就形成一个完整的修法体系——色法、息法、心法三法完整地修行。其实任何修持要成就都离不开这三要素，如果你不能够具足这三要素要成就是有困难的。
不空超越菩萨是最后第七尊药师佛药师琉璃光如来的眷属，他表达的是色、息、心三法平等双运道，具足地修色、息、心三法。
在下卷经文里面就有讲到，释迦牟尼佛为了给众生增长信心，就入定，入定以后警召药师七佛现前，应验而现在我们这个娑婆世界，让大众增长信心，然后药师七佛又共同说了一个真言（陀罗尼）来帮助我们消除一切业障、速得成就。
微妙音菩萨是属于口密，属于修真言为主，是息法的主尊；
常思维菩萨属于意密、在药师三法里面是心法的主尊；
执金刚菩萨是属于身密、属于色法的主尊。
这三尊菩萨是指金刚乘的主尊大日如来的眷属。
由此可以知道药师七佛与释迦佛无二，药师七佛与大日如来无二，也就可见显密具足、圆融显密宗、圆融大小乘、圆融世出世法，通过十三位上首菩萨我们都可以看到。
这是略说十三位代表的菩萨。
药师法门告诉我们人身是小宇宙，宇宙是大人身。药师法门揭示了人的生命跟宇宙交流的秘密，及交流的独特方式和渠道，我们生命的运行和大自然的这种神秘的关联性。你不要以为这个不重要，好像说天地对我没有什么影响，但是其实不是，你的生活作息规律，如果你逆天地的规律的话对身体的摧残是非常大的。
比如说，有些人每天早上九点钟就要想睡觉、打瞌睡，怎么都熬不住要睡，为什么？其实如果你会调体质，你就能够调过来。为什么？说明这种人身体是痰湿质。原来有讲过，我们要知道，因为在我们身体里面半夜的十一点到凌晨一点是胆经的时间，凌晨一点到凌晨三点是属于肝经的时间，在这个阶段我们的身体增加能量、排毒都在其间。早上七点到九点是胃经的时间，所以七点钟吃早餐是比较好的。九点到十一点是脾经的时间，这个时候脾的能量、脾的气血最强。
但是如果你脾的力量不够，你是痰湿，堵住了，所以你就总会在九点钟想睡觉，如果没有活干吃完早餐再去睡个回笼觉，七点睡到九点或者睡到十一点，没有办法，不是说你强行不睡就能不睡，因为你这个身体顶不住，你就坐在那里也会打瞌睡，你看书也看不进去，真是没办法。
其实很简单，你知道你是痰湿体质，吃点四君子汤就好了，很简单。四君子汤：人参、白术、茯苓、炙甘草，前面的三种各9克，炙甘草6克，吃点四君子汤痰湿体质就调过来了。
有些人是油性皮肤，老是觉得脸上油油的、额头放光，其实就是油，这也是痰湿体质，没地方排，用四君子汤就可以。
还有一些人是血瘀体质。怎么可以知道？女众脸上有黄斑，颧骨一块一块的黄斑，想了很多办法美容也搞不定，为什么？墙里面漏水，你在外面粉光光没用的。这个血淤体质要很小心，你知道为什么吗？血淤体质的人容易得乳腺增生，血淤体质的人容易得子宫肌瘤，怎么办呢？也很简单，玫瑰花。每一天拿几克干的玫瑰花开水一冲，盖子盖上几分钟，一揭开又香又好喝，而且还能够化血瘀。
所以窍诀是很简单的，药师法门里面都有。如果你要明白了，一个可以帮自己，再一个可以帮其他人，不用看医生，不用上药店了，不要搞成大病才来调，懂得这个方法就很简单，对不对？
比如说，中午的十一点到下午一点，这个时间是心经的时间；下午一点到下午三点是小肠经的时间；下午五点到下午七点是属于肾经的时间。肾经很重要，一个人干活要有魄力，但是这个魄力不是学得来的，魄力跟身体有关系，有些人一天到晚萎靡不振，干活他就没魄力，为什么？肾气不足。肾阳虚的人就是手脚冰冷，他体内好像放着一块冰块一样，他是由里面冷出来，为什么？他阳虚体质。
还一个阴虚，看起来很好，红光满面，但是他很烦躁，说话嗓门也大，你以为他身体很健康，其实是阴虚体质，五心发热，手心脚心潮热，很大程度上面都跟我们的肾经有关系。药师法门里面就有很多具体的方法告诉我们怎样来让肾气充盈等等。
总而言之，药师法门你要懂得，你就晓得什么时间段我们的气血流通在什么经络，我们应该怎么去顺应它，不要去跟它对抗。人是死于无知，你不懂得这个规律所以你乱来，你以为好像无所顾忌，然后你就犯了很多的忌，就跟很多大的规律撞到一起，当然就把病根种下去了。这些都是跟我们生活息息相关的方法，不是叫你拿个《药师经》念你就会了，不是这样的，这里面是有很多的方法的。
药师法门就是告诉我们怎样来安我们的身、安我们的心、安我们的呼吸，让我们顺应天地的规律。尤其是在二十四节气的时候，你知道吃什么食物能够帮助到自己，因为在这个节气的时候，它这个能量是加大很多倍的，你知道用，对身体有好处、能健康。
在修持上来说也是如此。为什么我们老是说自己就入不了禅定呢？因为你能量不足，因为你的身体有很多的能量结卡在那个地方。为什么会妄念纷飞？因为你身体里面有太多的能量结。所以你要懂得方法，不是眼睛闭起来就可以了，不是这样的。
尤其是要修药师法、修药师定的人，如果你不懂得十二消息卦（十二辟卦），你就根本上没法修，这十二辟卦就代表一个事物完整的运行规律。那我们怎么样？我们这个身体也在这个世界之中，一定会受到局限情，也就是说一定会要受因果规律的影响，所以我们如何去顺应它，去超越它，这才是关键。
为什么说我们一定要有限制呢？说要有中级证、要参加过内观禅才能听课呢？因为有一些法要，如果你内在的能量结没有开，你对教理没有通达，你抱着一种执著心、抱着一种贪瞋痴心来学，有一些窍诀你又修得很精进，没达到那个层次但是很精进，他听到一点点就拼命去干，如果你运用这些窍诀，你平时是一个低能量状态，比方说突然一下子把这个猛厉火激发了，突然一下去到高能量，会怎么样？你没有基础的话，这个人甚至会瘫痪，这也是我们有要求的缘故，所以我们要懂得这些窍诀来修。
【及诸国王、大臣、婆罗门、居士、天龙八部、人、非人等无量大众恭敬围绕而为说法。】
这还是闻法的大众成就。
婆罗门。这个我们知道是印度的四种姓之首，地位崇高，是负责祭祀的，印度现在都还是如此，还是有这个阶级。婆罗门译为净行。
刹帝利。是武士。
吠舍。是平民。
首陀罗。是奴隶。
天龙八部。天众、龙众、药叉众、乾闼婆（即嗅香神）、阿修罗、迦楼罗（即金翅鸟）、紧那罗（翻译为疑神，像人但有一只角）、摩喉罗伽（即大蟒冲），这些都是守护佛的护法神。天龙八部等都来闻法。
【初中后善，文义巧妙，纯一圆满，清净鲜白梵行之相。示教利喜，皆令具足微妙行愿，趣大菩提。】
这一段是赞叹法宝的殊胜。我们看《学修药师法门补充资料》第3页的法宝、三善二妙、梵行四德。
我们学习《随念三宝经》中的随念法经也说到：“正法者，谓善说梵行、初善中善后善、义妙文巧、纯一圆满、清净鲜白。”
这段归纳法宝的功德是三善二妙、梵行四德。
初中后善。初善当然是指听闻佛法的时候，中善是指闻法以后思维和修行的时候，后善就是指修行成就有证量的时候、究竟时。所以“三善二妙、梵行四德”，这是法宝的九种殊胜功德。初中后善也可以简单的说就是闻思修三慧，最初听闻佛法生起信心来是初善，中间思维深解义趣是中善，后面修行来断惑证真是后善。
二妙就是义妙文巧，经文上说“文义巧妙”。义妙就是毫无错漏地如实地宣说世俗谛和胜义谛的妙理，能够引发解脱的利益和胜妙无漏的安乐，所以称为“义妙”。文巧是指佛陀的法语，语言清净，音声和美，“世间好语佛说尽”，言辞柔软、悦可众心，言句易解，容易记忆而且表义鲜明，称之为“文巧”。
义妙。其实就妙在能够断无明。世间的一切都是一种知识。“知识就是力量”没有错，知识能够使我们免于无知，但是智慧才更重要。智慧才能够让我们超出轮回，智慧是能够破除无明，所以妙在能断无明。
文巧。是巧在心与心相应，佛陀所说的话都是贴心的话，都是直接说到人的心里去的话，直接把心里面的那种心结打开的话，所以这个文巧就巧在此地。
梵行四德就是纯一、圆满、清净、鲜白，梵行之相。
纯一。是佛所宣说的无常、苦、空、无我，与外道之法不相混杂，所以称为纯一，不共他相应。
圆满。就是每一句法语都能够圆断三界三惑。
清净。是指佛说法是自性清净的、从法界本然清净的如所有智之中、大智慧海之中自然流露出来的。
鲜白。是从遣除烦恼垢障方面来称赞法宝的殊胜功德。
清净是横说，佛说法的时候从始至终都是从自性清净的如所有智之中流露出来的真理；鲜白是竖说，那是从得度众生边来说的断惑证真的次第。
这就把法宝的九种殊胜功德都略说了。表里面还把九种殊胜功德跟四智菩提相配合、相对应。初中后善在成佛的时候是成就成所作智；文巧义妙是妙观察智；纯一圆满是平等性智，因为有平等性智所以说法才能纯一圆满；清净鲜白梵行之相是属于大圆镜智，就跟佛的四智菩提配合起来了。
金刚乘里面也以三善二妙、梵行四德这九种来配胎藏界的九尊，也来配金刚界的五佛，就表显金胎二部大法不二。
发起序