另外4个分厂的状况差得更多，最显著的例子是1697年整个夏天，它们每个月的产量只介于15万至257万英镑之间。切斯特厂是体制最不健全的一个，也是让第一个为牛顿出版《原理》的哈雷头痛的问题。原来，牛顿得知哈雷仍然有财务上的困难，终于设法将他安插在切斯特厂担任年薪90英镑的审计员，以酬谢他当年协助出版《原理》。而很不幸的是，哈雷立刻与一位名叫克拉克的代理总监卷入纠纷中。这位代理总监勾结了两个不诚实的职员，将回收旧币的金额灌水提高，把差额占有平分。哈雷起先十分感激牛顿给他一个待遇不错的工作，让他有机会暂时离开伦敦，并且他相信会有时间继续从事科学研究。但是他很快就发现，为了补救低效能下属工作量的不足，他自己必须日夜不停地工作，同时，他企图将不法的顶头上司送去接受法律制裁也未能成功。因此切斯特厂终于在1698年关闭时，哈雷十分高兴他的短暂而痛苦的产业界经验，从此成为回忆。
牛顿之前的科学大师是不会这么做的。如果说牛顿对下属真的严格，那么他对自己比对下属要求更苛刻，他并不满足于把这个闲差职位变成全职的工作。就在来到弥漫着狂狷之气的造币厂和财政部之后，短短几个星期内，牛顿已成为这些机构中举足轻重的人物。尽管在生产高峰时期每天工作16小时，牛顿仍然有时间和精力去取回本来属于他的职权——他视为当仁不让的权力。
造币厂的总监尼尔并不是真正的阻碍，他极满意于他那终身任职的舒适工作，根本不在意牛顿逐渐加强自己的权责。在牛顿看来，由于多位前任厂长对工作的疏怠，以致这职位一度拥有的权力逐渐失去。牛顿一生总是喜好权力与地位，会去争夺或计取，如今他既然握有了那一点权力，就要尽力再往上构筑。造币厂厂长的头衔只是踏脚石，是他攀登社会阶梯计划中的第一步。
虽然对牛顿这个将自己与外界隔绝30年、全心全力追求纯学术境界的人而言，往红尘不染的形象上涂抹竞逐社会地位和政治权力的妆彩，可能显得奇怪，但是我们可以把这些驱动力量看成和他穷究科学的干劲一样。牛顿对于长时间迷恋他的研究工作已尽了他的所能，如今，在展开新生涯的初期，他把用在炼金术和自然哲学的热情转而用在了新事业上。过去住在剑桥的30年中，大部分的时光他可能是孤独的，但他仍和一般人一样熟知政治手腕的重要，也很能运用心无旁骛的精力达成目的，犹如他以前揭开自然秘密时所作的努力一般。
为了达到这个目的，牛顿同时开始向两个方向行动。首先他把老旧的法令规章和政府文案找出来，研究造币厂内部的职权划分。然后他把职权扩大解释，只要曾经属于厂长职责的，他都不会放过。这里隐约可看见阿里乌的阴影作祟，当他向“三位一体”的说法挑战时，即是先阅览一遍《启示录》，从《但以理书》中参悟出预言；此刻他再度为需求寻找支持的证据，但是这次不是为了圣言之战，而是为了权力之争。造币厂的文件中找不到上帝，但确确实实可以找到提高牛顿自我的东西。
他一找到事实真相之后，就立即呈送给财政部里受到蒙蔽的长官，向他们详细解释造币厂的功能和组织，指出厂长应有的权力几十年来因无知而被剥夺。他甚至还研读了能拿到手的每一本经济学论著，吸取最先进的财政思想家的见解，包括布鲁斯特、朗兹、布瓦扎尔，以及他的朋友洛克。他特别珍惜由法国政府出版、装订成一套的《货币制作》，里头收录了180份官方文件。当后人整理牛顿的图书室、进行编目的时候，依工作人员所描述的书本状况，我们觉得它像是牛顿最常翻阅的书籍之一（他去世后归纳出最常用的书籍中，有31册是属于经济方面的论著）。
就如早年追寻点金石和追究“三位一体”论为谎言的时候一样，牛顿一旦收集到足够有用的资料就开始写作，用他有限的空闲时间写满一页页的经济史、商业理论、各国的钱币制度及原理等等。他将造币厂里的组织系统和已被混淆的权责关系用图表来说明，并仿效他的哲学记事簿和实验室记录的做法，在每一页上都有分门别类，例如在“关于造币厂的观察”的大标题下，又有“成分分析”、“熔融技术”、“制造钱币”等次标题。他雇用了几个抄写员整理他的草稿，并将他写好的每一篇文章都做了副本。据康杜伊特说，18世纪20年代期间，有一箱箱的文件被烧毁，其中有许多箱是他向财政部的上司进行复杂争论时，所写的各种文件的副本。
可想而知，财政部当局一定被他的大量宣传品弄糊涂了，但并没有完全否认他所争取的权力。他们对尼尔的信任基本上可以确定已被新任厂长所表现的高效率给动摇了，因为很明显地，造币厂最近的成就和总监无关。牛顿也很可能得到蒙塔古的勉励，蒙塔古则尽力为牛顿的许多请求铺平道路。
三、打击对手
牛顿于1696年底向财政部呈递了第一份报告，名称为《造币厂的现状》，报告中清楚表达了他的立场，他声称：原来的体制设计是厂长监督三个行政单位，由它们为国王和陛下的子民履行责任，但是厂长的职权未被承认，因而无法执行。当造币厂的统辖权力被褫夺之后，这几个行政单位反其道而行，要造币厂随它们之意为它们牟利。因此，惟有恢复原立法的精神，才能更适合并且更容易将此偏差纠正回来。牛顿认为另外一种收回权力的方法，是向每一个与造币厂有关联的高级官员直接挑战。在每一次争执中，他都能清楚地表现出他是为了保卫法令典章和财政部的声誉而战，所以能够将他对政府的忠心与价值完全展露出来。
最先发生的冲突是对付贪婪的政府承包商，他们是受雇来监督熔炼合金作业的人员。经过多年使用各种不同的熔炉，牛顿积聚了许多实际操作的经验，能够算出来每熔化一磅制造硬币的合金，就需要生产成本7个半便士。因此当出纳员弗洛耶和谢勒斯来申请付款，声称每磅合金的费用支付12个半便士为公平价格时，牛顿指责他们虚报，要求他们降低价格。
但是在造币厂和他纠缠最久的对手，是一旁伦敦塔的督长卢卡斯。麻烦发生在铸造新币最紧张的那几个月，有许多工作不得不扩张到伦敦塔的守卫区去做，卢卡斯对这样的侵犯立刻表示不悦。尼尔对卢卡斯的抗议持不理不睬的态度，可是牛顿喜好冲突，每一回碰到卢卡斯都会剑拔弩张。
当伦敦塔的督长强要搜索厂中一个主任刻模师罗提尔斯的工作室时，牛顿认为那是对他职权的侵犯，也可能给他们的作业带来危险，于是抓住卢卡斯的外套，把他拖出屋外，愤怒地说：“如果我们任由军人不经我们同意进来搜查，那我们不可能再为模具、舂具、压印机器等制造工具，以及散乱于屋内各处的金银材料负保管之责了。”
当造币厂忙得不可开交的时候，任何再好性情的人都会被疲劳磨出脾气来。有一次，一个卢卡斯的士兵被指控攻击造币厂的工人，牛顿遂向财政部正式告状，而财政部也站在牛顿这边。因此卢卡斯十分不悦，对造币厂加以报复：借口安全有疏漏，将造币厂的大门封锁，连食物和饮水都不允许送入。愤怒的工人威胁要罢工，到了最后一刻罢工的危机才得以化解。
牛顿把造币厂的作业细节及他与同事问冲突的经过都建成档案，目的是为了事业更上一层楼，不过在造币厂前几年的工作中，他的一些其他欲望也获得了满足。他亲自出去查出并起诉剪钱和造伪币的嫌犯，这些人应当对重铸新币的混乱和危机首先负一部分责任。
重铸新币阻挡了剪钱者的财路。新的钱币在边缘上铣了花纹，他们无法将铣过边、精心雕琢的钱币，改造得既廉价又逼真。然而，伪造钱币的技巧则不太受到影响，于是牛顿转而热心于追查专门制造假钱的不法商人。
将冒犯皇家法令制造假钱和骗钱的罪犯缉获，送往司法审判是造币厂厂长的职责之一，但是正如其他厂长一样，很早以前这项权力就旁落到别的职员手上。财政部没有经费去执行这项任务，因此他们只好依赖没收而来的钱，从中抽取佣金，但通常数量仍旧不多。一开始，牛顿对这件工作不太热心是可以理解的，因为这项任务既危险又得不到人感激。而且，尽管后来重铸新币的记录显示，回收来的旧币熔化之后，实际重量只有法定重量的54%，财政部仍然对遏止假钱的罪行不予重视。
但是，不仅那些非法行为和回收账面上的损失令牛顿感到烦恼，新制订的打击假钱和诈骗的法案更发生了反作用，使造币厂的官员甚至成为嘲笑的对象。在重铸新币开始之前，国会匆忙通过一条法律，规定任何人提供线索并使得官方逮捕一位剪钱犯的，都可获得奖金40英镑；并且如果一位剪钱犯检举两个同党的话，他就可以获得赦免。牛顿在写给财政部的报告书中，详细说明这条法律：如今，法庭上的法官和陪审员都不愿相信证人，警方又刻意讨好陪审员，以致我的调查员和证人都很泄气。他们被诬指是为了绩效、为了奖金而告发罪犯的，他们对各种指责感到厌倦。我的下属和证人所受到的嘲骂反射到我身上，使我极为困窘，这些必须及时排除，否则我的声誉将遭受损害。结论中，牛顿请求把指控罪犯的工作转移到国王的检察首长身上，他简略而唐突地说：“他们担任这件工作最为理想。”
这一次财政部对他的意见不感兴趣，拒绝了他的请求，惟一的让步是准许他多雇用一个职员。牛顿气极了，重新引燃热情，全力反击。他激愤于权贵人物的无知，于是翻出一件久被遗忘的敕令，特别指明伦敦的行政司法长官现抓在手中的，原是造币厂有权没收的东西。牛顿终于以这种手段获得了所要的缉查经费；有时候开销仍不足时，他甚至从自己口袋中拿出来补贴。
这些斗争除了提供他管道发挥新的热情之外，也刺激了他的欲望。既然他已经切断了连接学术的脐带，索性将自己立足于高层的财政与经济理论之上，现在他进一步扮演了全新的角色——私家侦探兼检察官。
四、兼职私家侦探
重铸新币的高潮于1698年逐渐减退之后，牛顿逐渐花费更多的精力去追捕他的新敌人，他把搜寻罪犯当做个人的责任，在11个郡里布下天罗地网。这位老道学先生，当年对同学的喧哗、酗酒、赌博和追逐女人感到不齿，如今却出现在首都最污浊的酒店里，在自由区的中心追查线索，到娼妓馆与线民秘密会晤。造币厂的记事簿中有这样一段记载：“付给霍尔5英镑购买一套衣服，打扮成一个能被一群炒钱流氓信任的样子。”另外又有一段记载了报销120英镑的账目，用于“租用马车，在小酒馆、监狱以及其他一些地方缉捕剪钱犯和炒钱者。”还有一项记载牛顿“花费数英镑把自己变成伦敦周围7个郡内的治安法官，刺探一个有名的地下社会头子的活动情报。”
侦查只不过是追缉罪犯的开始，从事伪装的侦探工作让他身处于执法者的危险中，跟着而来的审讯疑犯，使他更加了解和印证了隐藏在伦敦偏僻街道中的堕落和污秽。然而，牛顿很认真地执行清扫罪犯的工作，从很斯文的剑桥大学生涯轻易地转变，进入外面的恐怖世界生活中。从1698年6月至1699年圣诞节之间，他一共与嫌犯、线民和证人交差质询不下200回；仅在1699年2月的其中一个星期内，他7次出席这类的会谈，并下令纽盖特监狱内的10名囚犯等候执行死刑。他对待小窃贼和汪洋大盗都一视同仁，他曾经说：“罪犯犹如狗，永远改不了吃屎的习惯。”
这是他第一次有机会手握实权，而且是一种生杀予夺之权，手一挥就能送一个人上绞架。不过，他对匍匐于他脚下求饶的人也会表现恻隐之心，救人一命。
如今保存在造币厂图书室中的供词记录簿（1697~1704）里，有每一次审问的详细记录，从中显示出牛顿全程参与了一小时又一小时的审讯和线民指证。这些指证的大部分是在造币厂内取得的，有些则是在纽盖特监狱一对一审讯被告、犯人而取得的口供，另外也有贪图奖金及黑吃黑的下层社会人物所作的报告，以及牛顿在小酒吧和兵营等地秘密会晤的记录。这些记录记述了千百个不幸的生命所遭遇的令人悲痛的故事，使人读后感慨不已。
1699年7月25日，线民身份的伊丽莎白·萨顿，指控她的朋友伊丽莎白·皮尔金顿，其内情由一位调查员记录下来：她说她被捕之前约20天，结识了一个名叫伊丽莎白·皮尔金顿的妇人，她在绍斯瓦克的造币厂租了一间房间，在她租得房间之后不久，她告诉这个线民，她必须撩起她的裙子。这口供透露出这个不幸的妇人被查到在她的月经带里藏有几个便士。
1699年8月19日的记录中，又有另外一段记载，塔芬指控皮尔斯伯里企图使用一枚伪造的6便士硬币，皮尔斯伯里的小女儿便被人全身检查：这个线民带同一些人进入厂长的办公室，搜查皮尔斯伯里和她的小女儿，这个线民在该小女孩身上找到包在纸中的钱币，有总价值5便士的法寻，还有四个6便士的钱币，其中有两个是伪币。反过来在另一方面，邪恶的投机取巧者多半都能颠倒证据，或者钻法律漏洞而逃过惩罚，但是他们最终还是会被自己的贪得无厌所害。一个名叫吉本斯的英国政府机关的佣仆，专以检举三流的剪钱犯和伪币犯而得享受有钱的生活，那些被他举发的通常都是来自贫穷家庭的单亲妈妈。
所有罪案中最著名的是牛顿与一个名叫查洛纳的坏蛋斗智，他们之间的缠斗长达3年。查洛纳是一个外貌和善的恶棍，是用罗曼蒂克的模子塑造出来的劫匪，用小说人物——维多利亚时代的神偷拉弗尔斯来比拟或许更为贴切。他喜欢被追逐的刺激感，尽可能地去捋权威的虎须，胆量大到极点。
然而，在牛顿来到造币厂尚未满一年，就已经运用他超人的智慧，专门选择案底最多的罪犯下手。查洛纳遇到这么一个讲求方法的对手时，他的余日屈指可数了。牛顿于1697年9月以大规模伪造钱币的罪名，将查洛纳送进纽盖特监狱；但是令这位厂长又惊又怒的，是查洛纳通过他在司法体系内外的关系网，居然有办法获判无罪释放。18个月之后，被一位囚于纽盖特监狱的犯人检举，查洛纳这位伪币大师在几个星期之内又被牛顿送回铁牢。