一、二元论
二元论是笛卡尔第一哲学的重点内容，也被认为是西方近代哲学的起点。笛卡尔的二元论主要表现在两个层面。一是实体的层面，实体的层面即心灵实体与物质实体（身体）的对立；二是性质或属性的层面，性质或属性的层面即心灵的属性——“思”与物质的属性——“广延”的对立。在笛卡尔看来，论证“灵魂与肉体”的二元论才是它的心灵哲学的主要目的。事实也正是如此，笛卡尔花费了大量的时间来论证灵魂与肉体之间的绝对区别。既然灵魂与肉体是绝对对立的，互相区别的，那么它们又是怎样结合在一起构成完美的“人”的呢？笛卡尔认为，“如同对心灵与物质实体的说明依赖于对它们各自属性的说明一样，对心身结合的说明，也依赖于对两种属性之结合的说明”。但是不管怎样，灵魂与肉体不能分别存在。
二元论是笛卡尔第一哲学的重点内容，也被认为是西方近代哲学的起点。笛卡尔利用二元论把物质的世界和精神的世界直接地对立起来，认为物质和精神是两种绝然不同的实体。笛卡尔的二元论所论述的物质和精神对立的观点，实际上就是在论述思维和存在的关系问题。而西方近代哲学的起点就是从研究思维和存在的关系问题着手的，因此，笛卡尔的二元论长期以来被认为是西方近代哲学的发端。相应地，笛卡尔也因此被认为是西方近代哲学的创始人。
笛卡尔的二元论主要表现在两个层面。一是实体的层面，实体的层面即心灵实体与物质实体（身体）的对立；二是性质或属性的层面，性质或属性的层面即心灵的属性“思”与物质的属性“广延”的对立。笛卡尔认为，无论从哪一个角度看，对立的各方都不能还原为另一方。这基本上就是笛卡尔二元论的内容。具体来讲，二元论认为，“心灵实体”与“物质实体”或者是“灵魂实体”与“肉体实体”、“思”与“广延”是绝对不相同的东西，各自都不能成为对方的根据和解释。当然，这两个层面在笛卡尔心灵哲学中的地位是不一样的。我们已经知道，实体的存在是从属性推出来的，除了它们的属性外，我们对实体一无所知，所以“实体—实体”的二元论完全依赖于“属性—属性”的二元论，依赖于后者的性质和说明。于是，在笛卡尔那里，“实体—实体”的二元论只有存在象征的意义，没有实质叙事的意义；或者说，它只是一个二元维度的符号，而它的实质内涵是以“属性—属性”的二元论体现的。
那么，笛卡尔的二元论是建立在什么样的理论基础之上的呢？这就涉及二元论的证明问题。实际上，在笛卡尔看来，论证“灵魂与肉体”的二元论才是它的心灵哲学的主要目的。事实上也正是如此，笛卡尔花费了大量的时间来论证灵魂与肉体之间的绝对区别。在证明灵魂与肉体之间的绝对区别的时候，笛卡尔依靠的是“思”和“广延”之间绝对的不可还原性。例如他说，“只要能清楚、明白地理解一物而无需涉及另一物，就足以确定该物与另一物是不同的”。笛卡尔把这一原则当成他论证二元论的基本标准和原则。有人将这一原则称为“差别性法则”。在这一原则中，笛卡尔认为，“既然我们能不借身体的概念而理解心灵是一个能思维而没有广延的东西，也能不借心灵的概念而理解身体是一个广延而不能思维的东西，而且这种理解是“清楚、明白”的，那么就可以充分证明，心灵与身体是完全有别的两种东西，任何一个都可以不依赖另一个而存在”。在此基础上，笛卡尔还认为，“灵魂不随身体的毁灭（特定物质结构的瓦解）而消失，因而有灵魂不灭的结论。”
当然，虽然笛卡尔是将“差别性法则”当作他论证“灵魂与肉体”之间是有绝对区别的基本原则，但是由于“差别性法则”本身就是非常含糊的，并且没有逻辑的严密性，所以他的论证过程也存在很大的不严密性。例如，“只要能清楚、明白地理解一物而无需涉及另一物，就足以确定该物与另一物是不同的”。这其中的“清楚”、“明白”的标准并不明确，到底什么样的理解才算真正的“明白”和“清楚”？笛卡尔并没有讲得十分明确。再如，这其中讲的“清楚、明白地理解”是基于什么层面的理解？是基于现象层面的理解还是基于本质层面的理解？试想一下，如果这里所讲的理解是基于现象层面的理解，那么我们怎么能将这样的理解当做根本差别的依据呢？还有，所谓的“差别性原则”所讲的差别性的范围有多大？是局部的还是全体的？如果是局部的，全局性的有效性从哪里来保证呢？当然，笛卡尔的注意力显然并没有放在这里，笛卡尔把上帝当作“差别性原则”的靠山，认为对于有上述差别的事物，完全可以依靠上帝的全能将它们分割开来。在此基础上，笛卡尔对“灵魂与肉体之间存在绝对差别”的观点进行了详细的论证。
是的，也许“灵魂和肉体”完全是可以割裂开来的。但是随着这个观点的证明，另一个问题就来了。既然灵魂和肉体之间是存在绝对区别的，是绝对没有任何关系的，是绝对对立的，那么，我们怎么来理解活生生的、即有思想又有身体的人？总之，人是既有灵魂又有肉体的，如果灵魂和肉体是绝对对立的，灵魂和肉体是怎么在人身上得以结合得如此完美的呢？如果它们之间真的像笛卡尔所说的那样是绝对对立的，那么它们中间到底是谁代表了人的本质？对此，笛卡尔也给出了详细的答案。笛卡尔认为，灵魂和肉体虽然是相互对立的，是绝对的两种东西，但是它们发挥作用的时候往往又是相互联系在一起的，是结合在一起的。只有灵魂和肉体的完美结合才能形成一个完满的人。所以说，我们在提到“人”这个概念的时候，即是指“人”的肉体，又是指“人”的思想或者灵魂。至于灵魂和肉体谁才能真正代表人的本质，笛卡尔认为，只有灵魂才能真正代表“人”的本质。这可以从“我思，故我在”这一哲学命题中看出。只有“一个思想的我的存在”是绝对不可以怀疑的，因此，“一个有灵魂的我”才是真理，才是最重要的，才是真实的、确实的，才是不可怀疑的东西。因此，“灵魂”代表着一个人的本质。相对于能代表一个“人”的本质的“灵魂”，身体或者肉体就像是和其他物体一样，只不过是具有某种形状的物体，它不能思想，当然不能称为“人”的本质，它只有与灵魂结合在一起，充当灵魂的居所或者工具。
可是笛卡尔又不能忍受这种割裂，于是他保留了传统哲学中心物结合的说法，架起了一座从此岸到彼岸的无形桥梁，别出心裁地在文章中应用“混合”一词来说明身心交感的问题。不过仔细研究笛卡尔的“身体”，不难发现它是一件强加给灵魂的东西，实在和灵魂格格不入。肉体与灵魂连在一起，完全违反了它们的本性。因为按笛卡尔的说法，灵魂单独存在时已是一个完全的实体，如果这样的话，则肉体对它而言，只是一个附体或偶有之物。然而，按亚里士多德及阿奎纳的传统说法，身体之所以能成为一个实在的人，是因为它具有灵魂，而灵魂之所以成为这个人的灵魂，而不是别人的灵魂，是因为他有肉体之故。这就是说，灵魂使身体成为事实，而身体使灵魂成为确定的一个人。
因此，当笛卡尔的研究到这一步的时候，他遇到了一个非常棘手的问题。既然灵魂与肉体是绝对对立的，互相区别的。那么它们又是怎样结合在一起构成完美的“人”的呢？再者，灵魂与肉体既然结合在一起构成了完整的“人”，那么它们之间就肯定有着某种关系，那么，它们的关系又是怎样的呢？对此，笛卡尔认为，“如同对心灵与物质实体的说明依赖于对它们各自属性的说明一样，对心身结合的说明，也依赖于对两种属性之结合的说明。”但是不管怎样，灵魂与肉体不能分别存在。这与笛卡尔的灵魂本身是一个单独完备的实体相差甚远。那么笛卡尔又是怎样来证明的呢？
笛卡尔认为，灵魂的属性“思”由各种不同的意识活动组成。这些意识活动中，有些是纯粹理智的活动，它们与身体或者外部事物没有任何关系，只是纯粹的心智活动，笛卡尔举例说，我们关于数学或者几何公理的思维活动就是如此：即使我们的身体不存在，即使世界上并没有任何具体的三角形，但是关于三角形的一系列性质和相关的推理却是依然存在的，并且它们的真实性不会引起任何人的怀疑。与纯粹的理智活动相反，还有一些意识活动是必须通过与身体相协调才能发生并产生实际意义的，例如人的感觉、意志和情感活动就是如此。人的感觉必须通过肉体感官才能呈现出来，人的意志必须通过对身体活动的支配才能实现，人的情感必须在肉体上得到表现并对情感对象作出反应。而身体的各种活动和作用无非是物质“广延”属性的不同样态和表现。
在此基础上，笛卡尔进一步论证，“我们关于心身结合的观念正是从‘思’和‘广延’，两种属性的‘结合’或‘共同作用’，即人的感觉、意志和情感中推出来的，如同从‘思’推出心灵实体，从‘广延’推出物质实体一样。”因此，在笛卡尔看来，灵魂与肉体的结合既有知识的意义，因为它们是推理的结果；更有本体存在的意义，因为它与心、身实体有同样的生成谱系。
实际上，这一理论结果是笛卡尔在论述灵魂与肉体的区别时没有预见到的，所以他当时有了很多绝对的判断。但是当他致力于证明心、身的二元对立时，他只承认心和身两种实体是已经发现问题的症结所在，所以他不得不将心身的结合也当做“实体性的”东西。于是，在他所描绘的心身世界中就形成了心、身、“心身结合”的三重结构。正如他在自己的著作中说，我区分了三类原始观念或概念，它们每一类都是我们以自己的特定方式知道的，而不是通过与他人观念或概念的比较知道的。这三类观念或概念即灵魂的概念、肉体的概念、两者相结合的概念，专就身体而言，我们只有广延概念以及由它所承担的形状和运动概念；专就灵魂而言，我们只有思想的概念，它包括了理智的概念和意志的倾向；最后，就灵魂与肉体一起而言，我们只有两者之结合的概念。我们关于灵魂推动身体的能力，身体作用于灵魂及引起感觉和情感的能力，都依赖于这个概念。
二、灵魂
笛卡尔的二元论认为，人是灵魂的人，也是肉体的人，人是灵魂和肉体的统一。一方面，没有灵魂，只有肉体，不能称其为人；另一方面，只有肉体，没有灵魂同样不能称其为人。具有灵魂这一属性的人一旦存在，便无法停止思想。换句话说，有思想，才有人的存在；是思想成就了人的存在。灵魂和肉体密切相连，使彼此相互感应，才构成了完整意义上的人。另外，笛卡尔认为，本质上独立的灵魂才是能真正代表人的本质的。在笛卡尔看来，灵魂的本质就是思想，所以灵魂无时无刻不是在思想，连睡觉做梦时也不例外。笛卡尔认为，灵魂主要有“觉”和“欲”两种活动。笛卡尔认为，也许关于灵魂的很多属性我们是不可以确定的，但是我们绝对可以肯定的一点就是灵魂的命运与肉体没有任何关系，它不会随着肉体的死亡而死亡。接着，笛卡尔还具体论述了灵魂独特的存在方式，进一步证明了“灵魂不死”的观点。
笛卡尔认为，单就肉体而言，人和动物是没有任何区别的，如果说和动物有区别的话，那就在于人有灵魂，而动物没有。也就是说，从肉体存在的角度来看，人和动物一样，如人的生活和一匹马或一只狗的生活差不多，都是单纯的生理活动，但从心理的角度来看，人和动物之间是存在很大的差别的——人之所以是人，就在于人有灵魂，而动物之所以只能是动物，就在于它们没有灵魂。笛卡尔说，假如人没有灵魂，便无法透彻地了解人；从本质上讲，人是灵魂和肉体的统一体。简单来讲，这就是笛卡尔的二元论。
笛卡尔的二元论认为，人是灵魂的人，也是肉体的人，人是灵魂和肉体的统一。一方面，没有灵魂，只有肉体，不能称称其为人；另一方面，只有肉体，没有灵魂同样不能称其为人。另外，虽然笛卡尔认为，人是灵魂与肉体的统一，但是灵魂的存在是独立于肉体的。并且，笛卡尔认为，本质上独立的灵魂才是能真正代表人的本质的。
在笛卡尔看来，灵魂的本质就是思想，所以灵魂无时无刻不是在思想，连睡觉做梦时也不例外。所以说，具有灵魂这一属性的人一旦存在，便无法停止思想。换句话说，有思想，才有人的存在；是思想成就了人的存在。灵魂和肉体密切相连，使彼此相互感应，才构成了完整意义上的人。当然，灵魂和肉体的关系，不是像柏拉图所说的那样：灵魂和肉体的关系，犹如舵手和船只的关系。相反，灵魂与肉体是两个独立的、完整的、彼此全然不同的实体，他们密切地互相结合在一起，形成一个一个的人。
那么，既然“灵魂和肉体”互相结合在一起才构成了完整意义上的人，那么，它们必然在某些方面相互作用，相互影响。否则的话，它们的结合便没有意义了。对此，笛卡尔从生理的角度来作了解释。笛卡尔认为，人的肉体上有一种特殊的功能即松果腺，是沟通灵魂与肉体的桥梁。
笛卡尔认为，灵魂主要有“觉”和“欲”两种活动。
首先，感觉本身是一种本能，而并不能帮助我们认识事物的本质。但是感觉在我们面对特殊的事情的时候，能帮助我们采取相应的措施，例如：当我们的手碰到火的时候，感觉会立刻告诉我们，我们根据感觉会立刻作出相应的举措——立刻把手缩回。很显然，我们在这里所讲的“灵魂的感觉”是由于外界扩展的肉体直接或间接地刺激末梢神经，这些末梢神经聚合成为一种神经管，然后通到松果腺的空腔中，末梢神经的刺激被输送到空腔中时，居于脑中间松果腺亦随之振动。在空腔中的灵魂于是有所感觉，松果腺每动一次，灵魂就相应地有一次感觉。
其次，“欲”包括意愿和情感。笛卡尔认为，“欲”是由生命精神在灵魂中所激起的感觉，是由情感或冲动所组成的，也就是说，“欲”也是感觉，是肉体内的一些机械的能力。继而，笛卡尔还对这些机械的能力进行了分类。笛卡尔认为，在所有这些能力或情感中，有六种是基本的——惊奇、爱恨、欲望、快乐和忧愁。从这里我们可以看出，灵魂的长处在于它能够克制制情感，以及能够控制随情感而来的肉欲冲动；灵魂的弱点在于无法控制情感，任由他们玩弄，出尔反尔，使灵魂走向自我冲突的途径，最终沦于极为可怜、尴尬的地步。