《俄国资本主义的发展》是列宁写的一部重要巨著。原书名为《大工业国内市场形成的过程》，1899年3月由姐姐安娜、姐夫马·季·叶利扎洛夫联系出版，署名弗拉基米尔·伊林，共计40万字。列宁之所以写这本书，主要目的就是为了适应当时革命的需要。19世纪80年代到90年代，自由主义民粹主义成了在俄国传播马克思主义和建立马克思主义政党的主要障碍。当时，马克思主义者和自由主义民粹派争论的中心问题是俄国资本主义的命运问题。这个问题同俄国革命的前途问题和领导权问题有着密切的联系。以瓦·巴·沃龙佐夫、尼·弗·丹尼尔逊为代表的民粹派认为：俄国并不存在资本主义发展的根基，可以避开资本主义，通过自己独特的道路走向社会主义；俄国的资本主义发展是偶然现象，是人为措施的结果；村社是俄国社会主义的基础，村社农民是社会进步的主要力量。列宁认为，要批判民粹派的观点，只分析它们的错误和举出国内市场形成和发展的事实是不够的，必须考察俄国资本主义的全部发展过程，分析俄国的经济和社会阶级结构。《俄国资本主义的发展》就是为了完成这个困难任务而撰写的一部巨著。为完成这本巨著，列宁前后共花了3年的时间，参考了大量的俄文和外文书籍、统计资料、评论和文章，其中参阅的书有583本，摘录了几十万字的资料，有部分章节，列宁还请不少流放者阅读，请他们提出意见和看法。克鲁普斯卡娅在给别人的信中曾提到这本书的一些写作过程：有一段时间列宁把全部精力放在他的市场一书上，从早写到晚，我把草稿誊写在小笔记本上，在读全部手稿的过程中，我装成一个“修养不高的读者”，要来判断“市场”的论述是否明确，我尽可能装得“修养差些”，想特别吹毛求疵一下，但挑不出什么毛病来。该书出版后，受到读者和社会民主主义者的关注和好评，很快销售一空。《开端》杂志1899年第3期摘发了部分章节，《格鲁吉亚报》等报刊发表了一些书评。
列宁在《俄国资本主义的发展》一书中，根据种种统计资料，对俄国社会经济制度和阶级结构进行了全面的研究和分析。他无可辩驳地证明，资本主义无论在城市或乡村都已成了占统治地位的生产方式。俄国已经是一个资本主义国家。但是它与西欧资本主义国家相比，经济上还很落后，资本主义发展的速度也很缓慢。原因是俄国还存在很多农奴制的直接残余，这阻碍资本主义的发展，并使生产者的情况恶化。生产者不仅苦于资本主义，而且苦于资本主义的不够发达。列宁指出，俄国资本主义既具有历史进步作用，也具有历史暂时性，它为社会主义革命创造了物质前提。
《俄国资本主义的发展》从经济上论证了工人阶级作为社会的政治领导力量的作用和农民作为无产阶级同盟军的作用。列宁在本书1907年的第二版序言中指出，在这种经济基础上的俄国革命必然是资产阶级革命，但不能由此得出结论说，资产阶级必须在这个革命中起领导作用。列宁还阐述了农民的两重性：一方面，农民身受资本主义和农奴制残余的双重压迫，具有很深的革命性；另一方面，他们又存在业主倾向。因此，他们必然摇摆于反革命的资产阶级和革命的无产阶级之间。他们在革命中不能起领导作用，但他们是无产阶级最可靠的同盟军。
《俄国资本主义的发展》出版后，遭到了合法马克思主义者斯克沃尔佐夫的攻击，列宁立即写了《非批判的批判》一文，批判了合法马克思主义者和集结在伯恩施坦周围的那些修正主义者的错误。列宁说，革命马克思主义者同修正主义者的差别在于：前者始终想做彻底的马克思主义者，根据改变了的条件和各国的特点发展马克思主义的基本原理，进一步研究马克思的辩证唯物主义和政治经济学理论；后者想抛弃马克思学说中的若干重要方面。
1895年恩格斯去世以后，第二国际内部出现了一股以德国社会民主党领导人爱德华·伯恩施坦为代表的修正主义思潮，逐渐成为国际工人运动的主要危险。伯恩施坦打着修正马克思主义的旗号，著文立说，企图用改良主义和机会主义来歪曲马克思主义，宣称马克思主义原理已“过时”，需要系统的“修正”，鼓吹放弃政治斗争和无产阶级专政，贬低革命理论的指导作用，并提出了一个吸引人的口号：“最终目的是微不足道的，运动就是一切。”伯恩施坦修正主义出笼后，博得资产阶级和改良主义者的喝彩和青睐，泛滥成一种“时髦”理论。对于修正主义的危害性，欧洲一些国家的无产阶级政党领导人和革命家开始没有深刻的认识，认为伯恩施坦修正主义是“儿童的愚蠢”、“无害的学说”，既没有必要花时间去批判它，也不必担心它对工人运动的影响。当时作为《新时代》杂志主编的卡尔·考茨基也一度只允许该杂志刊登关于赞同和宣扬伯恩施坦修正主义的文章，而不允许发表持批判态度的文章。俄国马克思主义理论家、劳动解放社的领导人普列汉诺夫也持犹豫不决的态度。
与伯恩施坦修正主义相呼应，在俄国国内也出现了修正主义在俄国的变种——经济派。1899年经济派代表人物谢·尼·普罗柯波维奇、叶·德·库斯柯娃等人发表了由库斯柯娃起草的纲领——《信条》。经济派打着反对“思想解放”、“教条主义”和主张“批判自由”的旗号，公开支持伯恩施坦的修正主义。他们把马克思主义理论歪曲成为仅仅主张进行政治斗争的理论，从而断定马克思主义不适用于俄国的特殊国情；歪曲西欧工人运动的历史，声称“在研究工人运动时所得出的基本规律就是阻力最小的路线”，俄国工人不同于西欧工人，应该满足于分散状态；迷恋工人运动的自发性和经济斗争，认为没必要进行无产阶级革命和建立无产阶级政党。
列宁虽然地处偏远的西伯利亚，远离工人运动的中心，但心系革命运动，始终密切关注着国内工人运动的发展。修正主义出现后，马上引起了列宁的关注，列宁认为它的危害极大，若不加以批判，必将会成为一种国际现象，泛滥成灾。他搜集了有关书刊和资料，加以研读。
1898年3月~8月，列宁把英国工联主义者、“费边主义”的代表人物韦伯夫妇的《英国工联主义的理论和实践》一书的第一卷译成俄文，并在译稿中加了一些脚注。
1899年7月，在收到姐姐从彼得堡寄来的经济派的纲领《信条》之后，列宁立即进行了反复阅读和研究，并草拟了批判文件。1899年9月1日~3日，列宁在叶尔马科夫斯科耶村以庆祝朋友女儿生日为名两次召集和组织了被流放的17名社会民主党人会议，大家热烈讨论了《信条》，一致支持列宁起草的《俄国社会民主党人抗议书》，并签了名。会议决定把《抗议书》发往各地，以争取更多的签名，并寄给国外的普列汉诺夫，让他予以发表。不久，《抗议书》刊登在普列汉诺夫的反“经济主义”的文集《为工人事业编辑部所写的指南》中，其他地区的流放者也支持和同意《抗议书》。列宁在《抗议书》中指出，当无产阶级没有政治自由或者政治权利受到限制的时候，始终必须把政治斗争提到首位。经济派把工人阶级的经济斗争同政治斗争割裂开来，企图使俄国工人阶级局限于经济斗争，而让自由主义反对派去进行政治斗争，这是背弃马克思主义的。俄国社会民主党推行这样的纲领就等于政治上的自杀。列宁阐释了《俄国社会民主工党宣言》中的基本原则，强调指出只有马克思主义理论才能成为工人运动的旗帜，只有独立的工人政党才能成为反对专制制度斗争的坚固堡垒，俄国工人阶级最主要的任务是争取政治自由，推翻专制制度。《抗议书》在俄国国内和国外的社会民主党人中广为流传，得到各地真正革命者的热烈拥护和支持。
1899年夏季，列宁重新阅读了普列汉诺夫的哲学著作，目的在于进一步弄清新康德主义的实质，进而批判伯恩施坦修正主义。9月列宁先后收到了姐姐寄来的伯恩施坦的《社会主义的前提和社会民主党的任务》、弗·梅林的《德国社会民主党史》第一、二卷。11月下半月至12月初，列宁和克鲁普斯卡娅利用两周的时间，翻译了考茨基的著作《伯恩施坦与社会民主党的纲领反批评》，并写了书评。在书评中列宁肯定了考茨基对伯恩施坦修正主义的批判，批驳了伯恩施坦对马克思主义唯物史观、辩证法和《资本论》的攻击和歪曲。书评和译稿被各地的流放者争相传阅，稿子在寄往莫斯科时，因为被搞得破烂不堪，无法邮寄。
读完家人给自己寄的伯恩施坦一系列“代表作”后，1899年列宁在给母亲的信中表示：“书的内容越来越使我们吃惊。理论性太差了，而且是重复别人的话。光说批评，实际上连认真地进行独立批评的尝试都没有。实践上是机会主义……是登峰造极的机会主义和可能主义，而且是胆小的机会主义，因为伯恩施坦对纲领简直连碰也不愿碰一下。”1899年列宁在为《工人报》撰写的《俄国社会民主党中的倒退倾向》一文中，系统批评了《工人思想报》编辑部社论的经济主义的错误，指出他们对工人运动的理解是伯恩施坦主义的翻版。针对修正主义者攻击马克思主义是“教条主义者”、“正统派”，马克思主义是“旧思潮”，马克思主义者要把社会民主党变成一个“正统教徒”会，迫害那些背弃“教条”、具有独立见解的“异端分子”等错误观点，列宁一针见血地指出，那些纠集在伯恩施坦周围的修正主义者在这一时期大喊大叫要“革新”马克思主义理论，他们对这个理论究竟有什么新的贡献呢？什么也没有，他们并没有把马克思和恩格斯嘱咐我们加以发展的科学推进一步；他们并没有教给无产阶级任何新的斗争方法；他们只是向后退，借用一些落后理论的片言只语，不是向无产阶级宣传斗争的理论，而是宣传让步的理论，宣传对无产阶级的死敌实行让步的理论。列宁还进一步指出，我们捍卫马克思主义理论，反对毫无根据地攻击它，反对败坏这个理论的企图，但“这决不等于敌视任何批评。我们决不把马克思的理论看做某种一成不变的和神圣不可侵犯的东西；恰恰相反，我们深信：它只是给一种科学奠定了基础，社会党人如果不愿落后于实际生活，就应当在各方面把这门科学推向前进。我们认为，对于俄国社会党人来说，尤其需要独立地探讨马克思的理论，因为它所提供的只是总的指导原理，而这些原理的应用具体地说，在英国不同于法国，在法国不同于德国，在德国又不同于俄国”。列宁强调：马克思主义决不容许把任何东西奉为神圣的信仰，而排斥批判的改造和进一步的发展，决不容许用抽象的公式掩盖历史问题。如果有马克思的学生确实犯了这种严重的错误，那么责任完全是在这些学生身上，而绝对不能归罪于性质正好相反的马克思主义。
流放期间，列宁曾把一部分精力用来学习和研究哲学。因为伯恩施坦修正主义为了制造其“修正”马克思主义的哲学基础，企图用新康德主义代替马克思的辩证唯物主义和历史唯物主义，用庸俗的“进化论”和折中主义代替革命的辩证法。列宁主要集中研究了18世纪的法国唯物主义和19世纪的德国古典哲学，研读了黑格尔、康德、费尔巴哈、爱尔维修等人的著作。在1898~1899年间，列宁听说住在离舒申斯克村70俄里的捷斯村的弗·维·林格尼克对休谟和康德哲学有兴趣，就和他在通信中讨论康德哲学问题。在列宁的批评帮助下，林格尼克抛弃了休谟和叔本华的极端怀疑主义。哲学研究促进了列宁对其他领域的研究，通过分析这一时期列宁的每一篇作品可以看出，其著作中洋溢着革命的辩证法和深刻的思辨精神。同时，这一时期的研究也为以后列宁撰写哲学著作和《哲学笔记》奠定了基础。
流放生活十分清苦，加上当局的刁难和迫害，许多流放者难以忍受，心理失衡，流放者之间不断发生一些无谓的纠纷，很多人的身体一步步垮下来，甚至客死异乡。如喀山的第一批马克思主义小组的组织者费多谢也夫、玛·格·霍普芬豪斯自杀，“斗争协会”会员彼·库·扎波罗热茨和阿·亚·瓦涅也夫因病而死。亲密战友的不幸去世，不仅使列宁感到十分痛心和悲伤，也促使他经常运动，锻炼身体，保持精力充沛，从而以强健之体魄、乐观豁达之心情去应付艰苦的条件和繁重的理论研究、宣传工作。工作之余，列宁经常散步、滑冰、下棋、打猎、唱歌，以调节生活，放松神经，做到劳逸结合。
在流放地，列宁学会了许多歌曲，如波兰革命歌曲《红旗歌》、《华沙革命歌》，以及《土鲁汉斯克歌曲》、《千年的基础》，同时也经常哼唱以前父母和战友们教的歌曲，如《我们的海洋空荡荡》、《婚礼歌》等。
《千年的基础》是列宁最喜爱的一支歌：千年的基础在动摇，
古老的制度要垮掉，
我们觉醒在今朝，
把旧世界的锁链全甩掉。副歌：起来吧起来，工人兄弟们！
起来与敌人斗争，饥饿的人群。
怒吼吧怒吼，复仇的呼声！
前进，前进，愤怒的人们！
资本家称王称霸，
在祖国横行不法，
贵族同工厂主勾搭，
沙皇亲自为他们当家。副歌：受资本家欺凌的人们，
却变得日益聪明；
那帮坏蛋胆战心惊，
他们的末日即将来临……副歌：不再哭泣，不再诅咒，
妻子和儿女敌忾同仇；
为了自己祖国的自由，
工人兄弟们将奋起战斗！副歌：火红的战旗高高飘扬，
监狱和刺刀休想阻挡；
造反的烈火熊熊燃烧，
敌人的团队纷纷溃逃。《土鲁汉斯克歌曲》是由流放在土鲁汉斯克的列宁的战友马尔托夫填词的一首乌克兰歌曲，曲调宽广雄厚。列宁时常唱起它：那不是饥饿的野兽在咆哮，
而是暴风雪在怒号。
在狂风呼啸中传来的，
是敌人得意的狂笑。
勇敢些，弟兄们，勇敢些，
让我们唱一支
快活的歌谣，
把那厄运嘲笑。
在俄罗斯，人们奔放热情，
英雄的服饰对他们十分相称。
但那长年累月的远方流刑，
很快使他们蒙上了灰尘。
劣等烟草加上酒精，
把那满腔的豪情，
全都消磨干净。
瞧，英勇的壮士，
精神不振，