此外，玛雅人的象形文字记载了该社会的历史和重大社会变迁。很可惜，除了数字文字外，玛雅文字至今仍没有完全译读出来。谁会想到，在１６世纪，古玛雅文化在西班牙殖民主义者的侵入下受到致命的打击使它凋萎如同它的兴旺一样令人不可思议。
最近，考古学家在危地马拉北部热带丛林的纳可布地区，发现了一处包括古代金字塔、神庙和其他建筑的古代玛雅人遗址。经碳１４测定：该建筑属于公元前６００～４００年。这一发现具有划时代的意义。因为在此之前，西方学者认为玛雅社会比古代美洲社会发展要缓慢一些，在公元前２００年才出现一些小村落。而上述的发现使古玛雅文明中大城市的出现至少提前到公元前６００年。
为什么玛雅文明的形成如此漫长？为什么一个成熟晚、发展慢的社会能产生如此高度的文明？玛雅文化那厚厚的面纱，正等着各国学者去一层层揭掉。
玛雅人还不会使用金属工具以前，就掌握了很高的石雕和玉雕技术，创造了精美的石雕和玉雕艺术品。
他们很爱美。用黄金和黄铜、贝壳、火山玻璃、珠宝做装饰品。但是，它却在公元９００年左右突然停止和消失了。在热带密林深处，数百座金字塔与庙宇被尘土和草木埋葬达千年之久，无人过问。
什么原因造成玛雅文化突然停止的呢？
一种说法是外敌的入侵和战争造成的。
１６世纪，大批西班牙征服者就手持杀人武器踏上了古老的墨西哥、秘鲁、危地马拉的国土。在他们的足迹所到之处，整座整座的城市被夷为平地，大批大批的印第安人惨遭杀害。１５１９年２月，由西班牙贵族埃尔南多·科尔特斯率领的远征队开往尤卡坦半岛。他的远征队里有１１艘战船，１０门平射炮，４门鹰炮及１６匹战马。这支远征队在科苏梅尔岛树起十字架，烧毁了印第安庙宇，接着开往塔巴斯科，同玛雅族印第安人进行了第一次战斗。由于玛雅人的英勇抵抗，西班牙殖民主义直到１６世纪４０年代中期才得以征服整个尤卡坦半岛。
在侵占玛雅印第安人的城市时，入侵者横行无忌，无恶不作。他们把美洲文化的无价之宝都毁于熊熊的烈火之中，把祭司们所搜集的资料都付之一炬，还把大批珍贵的手稿作为多神教的书籍毁于一旦。许多玛雅祭司也被十分残忍地活活烧死。玛雅文化遭到了一场空前的浩劫，玛雅人在经历了这场灾难之后也突然全部神秘地失踪了。
第二种说法是气候骤变造成的。
气象专家几经努力，仍然拿不出公元８世纪至９世纪间，南美大陆有过灾难性气候骤变的证据。同样，玛雅人那些雄伟的石构建筑，有些已倒塌，但仍有不少历经千年风雨仍然保存完整，因此地震灾难之说可以排除。
第三种说法是瘟疫流行造成的。
至于瘟疫流行问题，看来很有可能。然而，在玛雅盘踞的上万平方公里的版图内，要大规模地流行一场瘟疫，这种可能性是很小的。再说玛雅人的整体迁移，先后共历时百年之久，一场突发性的大瘟疫，绝无耗时如此长久的可能性。
第四种说法是从生态角度阐述的。
最近，美国的考古学者认为玛雅人是自己毁灭了古代文明。他们用资料来证实：玛雅人的人口，从公元前８００年起增长了１７个世纪，平均每４０８年翻一番，到了公元８００～９００年，人口增至５００多万，这么多的人拥挤在危地马拉低地中，其密度和今天发达地区差不多，为了生存，玛雅人毁林造田，结果是水土流失，连年灾害，玛雅人终于自己毁了自己的家乡。假如这个悲剧是真实的，不是足以告诫现有的人们吗？
神奇的玛雅文明是以一夜之间在南美大陆广修金字塔为开端的。这就好比一场戏，没有过门和序曲，一拉开幕玛雅人就登场上演了一出壮观的历史剧。他们未给历史留下任何解释的大迁移，就好像匆匆落下了帷幕，这场波澜壮阔的历史剧到此嘎然而止。只有热带雨林的野藤和苔藓，悄悄掩盖起玛雅人的足迹，只有那残塌的废墟向游人眨着考问般的眼睛……
天外来客
直到目前为止，几乎整个玛雅文明都笼罩着一层迷雾。的确，有关９世纪时玛雅文明灭亡的假设层出不穷，比如洪水、地震、飓风等等的天灾说；瘟疫、集中中毒等等的传染病说等等，不胜枚举。但是，尽管种种假设众说纷纭，却没有一种假设能有充足的证据让人相信。因此，美国的艾力克和哥雷克两兄弟便提倡“玛雅文明为外星人结晶”之说。从这方面来探索玛雅之谜，的确可以找出许多具有说服力的证据。两兄弟这之所以以强调玛雅文明来自外星，最主要是根据玛雅的“卓金历”。它一年只有２６０天，但在我们的地球却不能适用这个历法。两兄弟认为拥有高水平天文知识的玛雅人，并非故意编造公转周期毫无根据的“卓金历”，这个历法实际上是玛雅人用来表明自己的故乡——地球外某行星的历法。如果“卓金历”真的是玛雅人故乡行星的历法，那我们就可以推知这颗行星的大致位置了。公转周期２６０日的行星，应该位于金星和地球中间，而且这颗行星十分温暖，所以玛雅人选择在地球上最酷热的热带雨林居住并不是没有原因的。艾力克兄弟进一步指出，外星人(即玛雅人)是在数十万年前，为了采矿而离开故乡来到地球的。他们最初居住在温暖的南极，但后来冰河期来临，故向北方迁移，最后所到之处就是中美洲的密林。艾力克兄弟所提的说法中，有几点能对一些问题提供解答。一、他们故乡行星供给他们食物是用太空船，所以玛雅族不必居住于肥沃河川流域；二、文明时代的玛雅人，因拒绝和当时还很原始的地球人相接触，所以虽然建造了深厚文化水准的都市，但仍采取封闭的政策；三、为了建筑石造都市群，他们也使用当时地球还没有的种种工艺技术并利用原始住民为其劳动；四、大部分被视为“奉献给神的祭品”的宗教仪式，其实是对地球人的人体解剖及医学手术，这些场面还残留在残存的雕刻及壁画中；五、外星人(玛雅人)之所以于９世纪时一起离开地球，是因为墨西哥高原有印地安人发动战争，将玛雅文明占为己有。于是玛雅人就将所有的设备、器具放在太空船上，飞向外太空。
玛雅的《古事记》是用玛雅族的语言写成的。若根据此书的记载，那么人和世界就曾被创造３回，毁灭３回，而在第４回才创造了现在的世界和人类。另外一个谜是，玛雅族并未建造连接都市与丛林的道路，而且至玛雅黄金时代崩颓为止，他们都未使用过金属。在热带丛林地带建造世界最大的超文明金字塔，所需的巨石必须从至少１０里以外搬运过来，并需再切成块状，那么建造大金字塔的巨石是来自何处又如何搬运的呢？
我们可以发现在大型金字塔附近，并没有道路或水路可供运输，但有大型的平坦广场，因此玛雅人可能在外星人的协助下，直接使用飞碟做交通工具，所以始终没有留下道路的遗迹和运输工具的遗物。另外，１９２７年在洪都拉斯一次玛雅文化古代都市鲁巴达的挖掘工作中，考古学家在已倒塌的祭坛中发现１０００年前的水晶头盖骨。此水晶头盖骨是利用高纯度的透明水晶所制成，没有留下曾使用过任何工具的痕迹，其硬度约为７度，用一般刀子是绝不可能打造完成的，而且和人类的头盖骨十分类似，其制作年代约在玛雅文明时期。
更令人惊讶的是，当镭射光射中头盖骨的鼻孔，刹那间整个头盖骨便会放出光芒。经过有关人员的细心研究，证实此水晶头盖骨是利用某种碰撞力量雕刻成的，在其头部及面部发现有“双晶”(双碰撞而形成的结晶)。究竟古代的工匠是运用什么高科技制造出如此精细物品的呢？我们当然可以推测可能是外星人的杰作。总之，这一在热带丛林地带建造世界最大的超文明，又在不为人知的情况下消失的玛雅人之谜，是十分深奥的，究竟何时才能查出其全貌呢？
然而，玛雅人真的已经在这世间消失了吗？当人们悠游于造型雄伟的玛雅古城，沉浸在其风格独特的艺术领域时，很自然地会以为玛雅人早已成了历史名词。事实上，目前在中美洲还有大约２５０万的印地安人，口操玛雅语，不论是脸部特征(杏眼、狮鼻、高额头)、生活习惯，还是各种手艺技巧，都显示出这些印地安人是玛雅人的后裔。