这时，假大喇嘛也赶来了，一看刺客被杀，假作不知，装出一副咬牙切齿，痛恨贼人的样子。费扬古二话没说，上去就是一刀，把假大喇嘛突米契列儿也给砍了。康熙不知就里，见费扬古擅自杀死大喇嘛，还大动肝火，怒气冲冲地说：“费扬古，你的胆子也太大了，竟敢公然违抗朕的旨意，杀死住持，该当何罪？”费扬古赶快跪下，把事情原委讲了一遍，又找证人小喇嘛，康熙仍不相信，问道：“如果真大喇嘛被杀，那他的遗体现在何处？”小喇嘛忙说：“现在金佛像座龛下面。”“领朕看来。”小喇嘛引康熙到正殿，费扬古奋起神力，抬起佛龛，里面果然现出大喇嘛的遗体来。这时，众喇嘛也都闻讯赶来，个个痛哭流涕，感谢大清皇帝为寺院除了一害。康熙这才转怒为喜，表彰了费扬古的功绩，当即决定，将计就计，击鼓为令，纵火为号，引诱噶尔丹之军入清兵包围圈中，一举而歼之。
费扬古领旨传令，三军依计而行。噶尔丹见天山寺内火起，以为康熙已被俄人所刺，发兵前来。果然中了埋伏，几乎全军覆没，噶尔丹看着身旁都是士兵的尸体，派出去求和的使者回来告诉他，康熙皇帝已经不相信他的花招了。他挥手将使者逐出，马上像被人抽了筋骨一般瘫软在地，再也不能动弹。过了半晌，能蠕动了，又猛地跳了起来，乱蹦狂笑不止，完全成了一个疯子。本来噶尔丹已经衰弱不堪了，哪里经得起如此折腾，不久就跌倒了。等他再抬起头时，那一双鼓起的金鱼眼睛直瞪瞪盯着康熙所在的东南方向，冒出愈来愈恐惧的光，他双手在肮脏玻烂的羊裘里乱摸一阵，终于摸出一包羊皮包裹的乌黑药末，抖抖索索倒进一只银碗里面，端到嘴边，冲着东南方向哀鸣道：“我……死后也一定要索你……魂灵……”说罢，一狠心将那碗中黑药倒进口中，噶尔丹在众叛亲离下就这样服毒断送了自家性命。康熙帝第三次北征噶尔丹，就这样胜利地结束了。
从康熙三次亲征，我们不仅可以看到康熙的勇敢与治国之勤奋，也更清楚地认识到康熙当时的战略意图和部署，领略康熙作为一名军事家的伟大的一面。历时八年，噶尔丹叛乱被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。清政府设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌苏雅台等重镇，加强了对喀尔喀蒙古地区的管理和统治。
§§§第五节 用兵西藏，平藏之乱
康熙平藏时已近晚年，他虽不能御驾亲征，但任命皇十四子允禵为抚远大将军，统帅西北诸军平叛，实现了朝廷直接控制西藏地方政权。
噶尔丹死后，他的侄子策妄阿拉布坦成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又滋长了分裂割据的野心。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，仍然野心勃勃，完全仿效噶尔丹，一心想吞并新疆与青海诸部。康熙三十七年，他以种种借口进攻哈萨克头克汗，占领了哈萨克所属的东南部。康熙三十九年，他又进攻噶什喀尔，夺取了新疆南部。康熙五十六年，他还派兵侵入西藏，在西藏大行屠杀，抢劫财物，毁坏非黄教寺院五百多所。拉藏汗奏书朝廷请求援助。
对清廷来说，准噶尔始终是心腹之患。清廷接到奏报后，即于康熙帝五十七年（一七一八年）五月，派侍卫色楞统率大军入藏，征剿准噶尔部。
康熙晚年对西藏问题也倾注了许多心血。清兵入关以前，蒙古势力就已进入西藏。为了孤立策妄阿拉布坦，康熙积极联合青海蒙古王公。凡是归顺朝廷的，都加官进爵，很多地方官员都纷纷归顺。
明朝崇祯年间，西藏内部黄、白两派喇嘛教斗争激烈。黄教领袖五世达赖和四世班禅派人去青海，请求在那里游牧的蒙古和硕特部顾实汗支援。顾实汗率领兵骑进入西藏，肃清了白教势力，从此便留在拉萨。这样，蒙古和硕特部和达赖喇嘛、班禅喇嘛便一直共同掌管着西藏的政教大权，清朝政府统一全国以后，很注意团结达赖和班禅两位黄教活佛。顺治九年，福临邀请五世达赖喇嘛来到京城，盛情款待，册封五世达赖为“天下所有释教首领达赖喇嘛”。从此，历世达赖喇嘛都必须经过中央政府册封，并成为一项制度。康熙五十二年，康熙皇帝康熙又册封五世班禅喇嘛为“班禅额尔德尼”，也规定以后历世斑禅都必须经过中央政府册封。
康熙帝册封五世班禅谕旨
达赖和班禅喇嘛并不亲自处理西藏政事，在达赖喇嘛之下设有第巴一职，总理全藏政务，西藏百姓称第巴作藏王。康熙年间，第巴桑结是一位很有野心，也很有能力的藏人。他修建拉萨布达拉宫，整理藏医、藏历，对西藏文化建设有过一定贡献。桑结不满意蒙古和硕特部长期占领西藏，干涉西藏事务。当时和硕特部首领已经是顾实汗的孙子拉藏汗了。拉藏汗效忠清朝，同清朝中央政府保持频繁的联系。桑结便转而采取反清立场。在准噶尔叛乱期间，桑结勾结噶尔丹，反对清朝政府，阴谋自立。康熙廿一年，五世达赖罗桑嘉措在拉萨布达拉宫圆寂，桑结为了控制局势，秘不发丧。时隔十四年以后，康熙三十五年，康熙亲征噶尔丹时，才从俘虏的西藏人口中知道此事。康熙异常震怒，致书桑结，严词责问。桑结迫不得已，才承认此事，并向清朝政府请罪。
康熙三十六年九月，第巴桑结为五世达赖罗桑嘉措治丧，并且宣布五世达赖的转世灵童已经找到。按照西藏制度，尚未即位的达赖或班禅，都要认请对方担任教师。新的达赖已在札什伦布寺接受五世班禅罗桑益喜的教育。桑结请求清朝政府承认和册封六世达赖。达赖在西藏人民和蒙古贵族中享有至高无上的威望。康熙考虑当时清朝对西藏的统治还很薄弱，便同意了桑结的请求：敕封六世达赖。这年藏历的燃灯节（十月），六世达赖仓央嘉措被迎到了布达拉宫，正式坐床（登位）。六世达赖仓央嘉措实际上是桑结手中的一个傀儡，和硕特部拉藏汗不愿承认，双方的矛盾日益尖锐。
六世达赖仓央嘉措是一位才华出众、聪明颖悟的诗人，但却算不上虔诚的佛教徒。藏文史料描绘他：“身穿绸缎衣衫，手戴戒指，头蓄长发，终日醉心于歌舞游宴。仓央嘉措厌倦布达拉宫里的清教徒生活，一心追求放荡、自由的爱情。他甚至捧着僧帽僧服，跪在札什伦布寺外面，请求他的师父五世斑禅罗桑益喜让他还俗入世。仓央嘉措这种惊世骇俗的举动，给和硕特部拉藏汗造成口实，拉藏汗报告康熙皇帝，断定新达赖不是真正五世达赖转世，否定他的合法性。拉藏汗还在民间散布流言，说第巴桑结是五世达赖的私生子，借此打击桑结在西藏的威望。两人的仇恨愈结愈深，终于在康熙四十四年爆发了一场军事冲突，结果第巴桑结被迫退位。康熙四十四年，双方再度发生战争，桑结手下十三万藏兵被蒙古和硕特骑兵打败，桑结遇害。杀死桑结的才旺甲茂是拉藏汗的妻子，桑结旧日的情人。
蒙古和硕特部拉藏汗再次控制整个西藏，康熙本来就倾向拉藏汗，于是嘉奖了他。康熙命令将六世达赖仓央嘉措解往北京听候处置。康熙四十五年五月，仓央嘉措在拉萨成千上万僧俗百姓依依不舍的相送下，离开了西藏，在途经青海湖畔时，这位年仅二十四岁的西藏杰出的诗人，终于被拉藏汗手下的人杀害了。不过，关于他的死，在西藏流传着许多种不同的说法。
西藏在和硕特部重新控制下的时间并不太长，因为蒙古准噶尔部策旺阿拉布坦一直窥伺着这块土地。为了笼络拉藏汗，策旺阿拉布坦娶了拉藏汗的姐姐为妻，又招了拉藏汗的儿子丹衷为婿。然而，康熙五十五年冬天，策旺阿拉布坦出其不意，命令他的弟弟大策凌敦多布，领着精兵六千，翻过闻南雪山，到达西藏。准噶尔的骑兵部队攻占了拉萨，包围了布达拉宫，杀死了拉藏汗夫妻。
策旺阿拉布坦给西藏人民带来了灾难，同时，对清王朝也构成严重的威胁，眼看西部边陲分裂割据的烽火再次腾起。康熙这时已经年过花甲，亲征和出巡都是可望而不可及的事情了，然而他认识到事态的严重。康熙五十六年，康熙任命富宁安为西讨靖逆将军，从新疆巴里坤进攻乌鲁木齐，动摇策旺阿拉布坦的后方。康熙五十七年，康熙诏令西安将军额伦特、侍卫色伦，从青海西宁出兵西藏。但准噶尔兵佯败佯退，诱其深入；色伦有勇无谋，轻敌冒进，不知敌情，不适气候，遭遇伏兵，突围不成，相持月余，弹尽粮绝，于九月中全军覆没，色伦等阵亡。这次因轻敌又失败，为清军再次进藏，提供教训。
两次败北，给晚年的康熙打击很大。朝廷中有人提出退兵西藏的主张。康熙虽然已经进入老暮之年，但励精图治的精神并没有减退。为了维护国家统一，安定西藏地方，康熙五十七年，康熙任命皇十四子允禵为抚远大将军，驻军西宁，统帅西北诸军，待命进藏平叛。同时提升年羹尧为四川总督，驻军成都，以备接应。准备就绪以后，康熙五十九年（一七二零年）正月，康熙帝不顾一些人的反对，毅然决定：派皇十四子胤祯为抚远大将军，统率三路兵马，动员号称三十六万之众，进军青海，指向西藏，希望一举解决西藏问题。又着派川军护军统帅噶尔弼，自打箭炉出兵，由四川进攻西藏；着派西宁清军都统延信，自西宁出兵，由青海进攻西藏，迅速合围夹击大策凌敦多布统领的蒙古骑卒。清军兵锋强盛，川军中一位年轻的汉族将领岳钟琪，在战斗中表现得十分英勇顽强，他率领不多的绿营兵，从打箭炉打到巴塘，又从巴塘进兵察木多，最后直抵拉萨，准噶尔军势大衰，加上藏人对准部残虐的不满，策妄阿拉布坦所遣将领策零敦多布等力竭势穷、丧魂失魄，率领残军从原道狼狈逃回伊犁，西藏重新控制在清军手中。
《清圣祖实录》卷二九一记载当时拉萨僧俗欢迎清军到来的场景：“男女老幼，襁负来迎。见我大兵，群拥环绕，鼓奏各种乐器 ”。此后，清政府分兵驻藏，并任命康济鼐和颇罗鼐二人分理前后藏事务。
康熙五十九年九月十五日，清军都统延信遵照康熙旨意，代表清朝中央政府，在拉萨布达拉宫，齐集满汉大臣、蒙古各部首领、西藏众喇嘛、贵族等，为七世达赖举行坐床大典仪式，册封其为“宏法觉众第七世达赖喇嘛”。七世达赖坐床这天，拉萨风和日丽，象征着西藏社会秩序又暂时获得了安宁。
接着，清廷对西藏进行了军政制度改革。在拉萨留下三千人的军队驻守。同时还在西藏通往准噶尔的各条要道上设置卡伦，每年夏季组织藏军巡逻。康熙六十年，清廷还在西藏设置了几名噶伦，即政务官员，共同执政，避免了权力过度集中，并对足忠于朝廷的官员授予官衔。同年九月，清廷在拉萨御制碑文，书写自清太宗以来西藏与大清的亲密关系，揭露策妄阿拉布坦的罪行，阐明朝廷驻兵西藏是为了保障人民安危。就这样，大清朝建立了由朝廷直接控制的西藏地方政权。