还有一条，顺治皇帝更难遵守：不得邪淫。
为了入教而放弃作为皇帝重要象征的妃嫔制度，放弃皇帝的特权，这是超过那个时代可能性的要求，为他自身还是为他的祖先、后代考虑，他都不可能接受。
随着顺治皇帝的长大与成熟，他与汤若望渐渐疏远了，当他不再是一个好奇单纯的稚子、不再渴求父亲般的情感，再加上南明平定，在政治上不再需要天主教之后，汤玛法和他的教义也逐渐失去了吸引力。
当然，汤若望还是他信任的人，而汤若望尽管失落，也依然对皇帝和朝廷保持着他的善意与忠诚。
顺治帝病危时，议立嗣君。顺治因皇子年龄太小（长子牛钮已殇、次子福全9岁、三子玄烨8岁），皇太后想立皇三子玄烨，征询汤若望的意见。汤若望以玄烨出过天花（可终生免疫），支持皇太后的意见。顺治帝便一言而定玄烨继承皇位。史书说汤若望“直陈万世之大计”。
但在顺治帝死后，汤若望被杨光先诬告而下狱。康熙帝亲政后，给汤若望平反。因原封号“通玄教师”的“玄”字为康熙帝名讳，而改封为“通微教师”。汤若望的墓在今北京市车公庄大街6号院内。
2．天主与喇嘛的PK
汤若望坚持不懈地对顺治皇帝宣讲着他的天主教，但是，身为世界上最大国家的皇帝，顺治是各种宗教争夺的最大猎获物，想把他收罗门下作为教徒的，不止汤若望一个。顺治九年（公元1652年），来自雪域西藏的神王达赖喇嘛在三千名喇嘛和三万名蒙古人的护送下，来到北京。
喇嘛教是佛教的一支。在元朝时，成吉思汗希图统辖西藏，因此喇嘛教成为国教，许多位有名的喇嘛受到帝王的尊奉．成为国师。根据《元史·释老篇》记载：“释老之教行于中国，已有千数百年，然其盛衰系于时君之好恶，如佛之于晋、宋、粱、陈，如黄老之于汉、魏、唐、宋，其效可观。元兴，崇尚释氏，而帝师之盛，尤不可与古昔同语。”清代历史家赵翼在《考史杂录·陔余从考》卷十八“元时崇奉教滥”一节中提到，“古来佛事之盛，未有如元朝者。”元朝喇嘛教盛行情况可见一斑。
及至明代，一样尊崇喇嘛，朝廷封有八大法王；乃至清朝时期，西藏四大政教领袖：达赖、班禅、哲布尊丹巴及章嘉胡图克图，再受清朝敕封。这段时期，密教与帝王、宫廷的密切关系，形成中国佛教史上特殊的“宫廷密教时期”。
早在顺治的祖父努尔哈赤时，藏传佛教已传到赫图阿拉。努尔哈赤常手持念珠，并在赫图阿拉建立佛寺。到皇太极时，盛京（沈阳）兴建实胜寺，藏传佛教在后金已产生很大影响。
清朝入关之初，从宫廷到民间，喇嘛教传布已相当广泛，大喇嘛甚至能列王公仪仗招摇过市。而顺治的母亲孝庄太后是蒙古人，自幼受到藏传佛教的熏陶。满蒙的传统宗教对顺治帝这个满蒙混血儿不可能没有影响。
而在另一方面，用喇嘛教来笼络蒙古、西藏，从皇太极时期便是清朝的一项国策。从政治方面来说，顺治也不可能忽略喇嘛教。
汤若望坚持不懈地屡次上奏，反对皇帝对他称之为邪教偶像的溺惑心理，反对用大量金钱为喇嘛修庙建塔。他的主张得到朝中汉臣士大夫们的支持，也触动了具有清醒头脑的孝庄太后和顺治帝。
达赖的这次进京，除了想用神奇的法术感召人们信奉喇嘛教之外，一个最重要的心愿就是收皇帝当他的弟子，然后他便可以像元朝的八思巴一样，成为大清的国师。这个对手的到来，引起了汤若望极大的重视。
用什么样的礼节来接待达赖喇嘛，是否应该由皇帝亲自前去迎接，引起了朝中满汉大臣的争论。各抒己见的结果出来了，满洲大臣全部主张皇帝亲迎达赖喇嘛，而汉族大臣却都认为皇帝“不当往迎喇嘛”。几天后．内心充满矛盾的福临作出了亲至边外相迎的决定，并谕知了喇嘛。
接到这样的通知，达赖喇嘛想必曾十分兴奋。但是，此后不久，事情就发生了逆转，皇帝准备进行的亲迎大礼未能实现。
对于满族诸王大臣来说，考虑是否亲迎喇嘛的出发点主要是蒙古、西藏与大清的关系，此外便是他们本身对喇嘛教的信仰。但汉族儒臣却另有考虑，他们认为皇上屈尊亲迎不仅有失皇威，而且可能从此信奉了喇嘛教，使一个时期以来的努力付诸东流。这是一件涉及福临是否继续以儒家正统思想治国，是否在已开启的汉化道路上继续走下去的根本问题。
与汉臣的态度不谋而合的是汤若望。皇帝对喇嘛的崇信与尊奉，无疑意味着对天主教的疏远与放弃，他绝不能放任这件事的发生。
汤若望联合洪承畴、陈之遴等汉大臣，密切关注着事态发展，一旦有适当的机会，就站出来阻止这件事情的发生。宣布亲迎喇嘛后的第十天，福临亲临太学释奠先师孔子，并宣布以圣人之道治理国家，向天下表明他以儒治国的决心。汉官们抓住这个机会，不仅谏阻了皇帝亲迎喇嘛，还发起了一场针对福临的儒家正统思想教育运动。
顺治九年九月戊戌，大学士洪承畴、陈之遴联合上疏。此疏一上，福临立即宣布停止亲迎。是什么原因令福临下决心改变了初衷？疏中提到的“岁饥寇警”等情并不新鲜，从八月戊辰给达赖喇嘛的谕旨和九月壬申令满汉诸臣讨论的上谕看，福临自己对此已有深入认识，真正刺激他的当另有其情。疏文前后一致，贯穿一个中心思想：仁爱陛下的上天在示警，星变显示人君之位受到太白和流星的冲击，即皇权的至尊遭受到外来的挑战。这正是该奏疏的要害之处，在多尔衮摄政时期饱尝过皇权旁落之苦、亲政后为加强皇权而苦心经营的福临最忍受不了的便是任何危及皇权的人与事，因之览奏即毅然决然地停止亲迎喇嘛。
达赖喇嘛入城式极为盛大，皇帝却并未亲迎，只派了他的哥哥承泽亲王硕塞出城接驾；皇帝本人只在南苑大殿中等候，从宝座上立起，向这位人京觐见的法王伸手一握，表示亲敬，并在右面亲王行列中指给他一个座位。
达赖受朝廷册封为“西天大善自在佛领天下释教普通鄂济达赖喇嘛”，这也是西藏黄教取得中国政府认同之始，继而得到了正式的法王地位。
达赖喇嘛在北京受到优厚的待遇和崇高的礼敬，但是这位法王活佛最重要的心愿却落空了：皇帝没有拜师。
汤若望在其中起了很大作用。他与汉族大臣们的良好关系、对小皇帝的影响力发挥了作用，这一点上，他赢了达赖；但是，从另一个角度说，喇嘛教有广大的蒙古族、藏族信徒为后盾，皇帝本人即使没有拜师，达赖喇嘛的地位依然以得到了朝廷的正式册封为保障，西藏黄教也受到了官方的正式认同。相形之下，天主教却势单力孤，唯一能依靠的，是汤若望自身。时至今日，汤若望一直是以天文历法专家的身份在朝廷任职的，他的传教士身份从未得到朝廷正式的认同。
这一场天主与喇嘛的PK，双方都没有获胜。达赖喇嘛离开了北京，汤若望留在皇帝身边继续为他的宗教事业竭尽心力。
他的下一个对手很快出现了，也是佛教，却不是远来的喇嘛，而是历千余年，已经与中国本土习俗、儒家学说结合得十分完美的禅宗佛教。这一次，他再无反击之力。
3．最终的皈依：禅宗
佛教在汉朝时传人中国，魏晋南北朝时期得到广泛发展，在隋、唐时期达到鼎盛，并在传播过程中逐渐形成天台宗、律宗、净土宗、法相宗、华严宗、禅宗、密宗等主要宗派。其中的禅宗，又是影响力最大的占主导地位的宗派。“禅”是梵文的音译，其意是心绪宁静专注地思虑。禅宗主张，用这种静心思虑的方法，来悟出佛法和得到彻底解脱。而禅宗在发展中，又分化为曹洞、云门、法眼、沩仰、临济五宗。其中，临济、曹洞又是流传时间最长、影响也最大的两个宗派。
顺治皇帝第一次接触的，是曹洞宗的僧人别山法师。根据清官内国史院满文档案与景忠山上众多的碑文石刻的记载，顺治皇帝14岁那年，也就是顺治八年，十一月初七日，顺治帝与皇太后、皇后一起行猎，驻于河北遵化，初八日住在高家庄，并在这一天，来到了景忠山，在碧霞元君殿会见了住持海寿法师，得知“知止洞”内，有一位别山禅师已经在洞内静修了九年，非常敬佩。顺治前往知止洞，与别山法师进行了会谈。回宫之后，皇帝在西苑的椒园辟出万善殿，召别山法师入宫，供其修身。但法师在礼节性地入宫后，就拒绝了顺治的好意，回到景忠山继续住在石洞内修行了。这件事，使顺治帝知道佛教中有一些高世独立的人，他们的信仰与追求，是自己所不了解的。于是，顺治陆续延请了一些佛门中人人住万善殿，开始了同佛教的接触。而那位回了山洞的别山法师，由于给顺治的印象非常深刻，在顺治十年又被诏入西苑椒园，赐号“慧善普应禅师”，并在椒园住了下来。
但可能是因为曹洞宗的参佛方法着重于从个体去体悟佛性，不是很适合顺治当时正值少年的文化基础，而且这种教派的修身方法，也决定了海寿、别山等僧人的不善言辞，所以并没有对顺治皇帝的宗教信仰造成大的影响。后来顺治结识了禅宗中的另一教派临济宗的一些僧人后，曾说，一开始我虽然尊崇佛教，却并不知道有教法派别的区分，也不知道各个教派中的高僧，知道这些，是从憨璞聪开始。