正式的婚礼极其隆重，皇帝派出的满、汉大学士尚书各二员，引导龙旌凤辇，在官娥内监侍卫执事等数百人的簇拥下，来到行馆迎接皇后入宫。皇后的凤舆从大清门人，历天安门、端门、午门、太和门等各道中门，抬进了紫禁城乾清门，入坤宁宫成礼。乾清宫中，顺治登上御座，皇后在宫女的搀扶下，着吉服，徐徐步行上殿。由礼部尚书捧读玉册，鸿胪寺正卿赞礼，引导皇后跪伏听命。读完玉册，鸿胪寺正卿引导皇后起身，文华殿大学士捧上皇后宝玺，武英殿大学士捧上皇后玺绶，由坤宁宫总监跪接，转授给官眷佩在皇后身上。皇后再向皇帝跪伏谢恩。之后，皇后接受群臣贺拜。然后，皇后再入宫，在礼乐伴奏声中与皇帝行礼。
皇帝大婚，普天同庆，诸王贝勒、文武群臣上表行庆贺礼，并且诏告天下。诏书中说：“朕惟圣化始于二南，作配协凤呜之盛，天麻垂于万世。于归广麟趾之祥，正位中宫。勤宣风教，朕缵承鸿绪，只荷丕基，慎择淑仪，覃延后嗣。迩者昭圣慈寿皇太后，特简内德，用式官闱，仰遵睿慈，谨昭告天地、太庙。于顺治八年八月十三日，册立科尔沁卓礼克图亲王吴克善之女为皇后。贞顺永昭，奉尊养之令典，敬恭匪懈。应天地之同功，爰合德于阴阳。期锡类于仁孝，诏告天下，成使闻知。”
但是，隆重的婚礼不能保证婚姻和谐，顺治和他的表妹，并没能像诏告天下的圣谕中说的那样“应天地之同功，爰合德于阴阳”。
大婚后的第三年，顺治十年（公元1653年）八月二十四日，顺治突然下令内三院查检历代废除皇后的事例向他回奏。
皇帝居然想要废后，这立刻在内院引起轩然大波，大学士们纷纷上奏谏阻，请皇上深思详虑，慎重举动。他们纷纷表示，“窃惟皇后母仪天下、关系甚重。前代如汉光武、宋仁宗、明宣宗、皆称贤主。俱以废后一节、终为盛德之累。望皇上深思详虑、慎重举动，万世瞻仰、将在今日。”皇后不是能随便废的，汉光武刘秀、宋仁宗赵祯、明宣宗朱瞻基，本都是一代名君，却因为废后之事损伤盛德，成为千古遗憾。他们奏请皇帝深思熟虑，不要轻举妄动。
顺治帝给了大学士们一顿斥责，他传旨说：“皇后乃六宫之主，关系后宫法度，正位非轻，所以要废掉无能之人。你们身为大臣，反于无益之处上奏以沽名钓誉，甚属不合，着严饬行！”
大臣们不敢吭声了。
福临紧接着在八月二十六日下旨礼部说：“谕礼部：朕惟自古帝王，必立后以资内助。然皆慎重遴选，使可母仪天下。今后乃睿王’于朕幼冲时，因素定婚，未经选择。自册立之始，即与朕志意不协。宫阃参商，已历三载。事上御下，淑善难期，不足仰承宗庙之重。谨于八月二十五日，奏闻皇太后、降为静妃，改居侧宫。”
他表示，自古帝王都立皇后来做皇帝的贤内助，但是一定要谨慎挑选，才能使其母仪天下。现在的皇后是睿亲王在他幼年时因亲戚关系而定下的，没有经过本人选择，从当初册立之日起，就与皇帝关系不和谐。
从这些言语中，可以看出，福临对自己的配偶正妻是非常重视的，所以，他无法俯就不合心意的女子。
他还揭出一件惊人之事，“宫阃参商，已历三载”，也就是说，成亲这三年以来，他和皇后一直是分居的！
他说，皇后事上御下，都难以期望有淑贤善良之心，于是他决心废后，已经在昨日奏闻皇太后，并且得到了她的同意，将皇后降为静妃，改居侧宫。
但是，废皇后并不是那么容易的。
二十七日那天，礼部尚书胡世安、侍郎吕崇烈、高珩上奏称：“夫妇乃王化之首，自古帝王，必慎始敬终。今于本月二十六日，忽接上谕，今后不能只承圣意，降为静妃。臣等思八年册立之初，恭告天地、宗庙，布告天下。今二十五日，奏闻皇太后，即日降为静妃。圣谕中未言及与诸王大巨公议，及告天地宗庙。臣等职司典礼所奉敕谕，若不传宣恐中外未悉若遵奉传宣，恐中外疑揣伏愿皇上慎重详审，以全始终，以笃恩礼。”
在中国古代，皇帝是没有个人生活的，他的私事也是国事，皇后为天下之母，废后对帝王而言，是失德之事。明朝的大臣，向来以气节相尚，对争正统、争大礼等皇家事务非常起劲，虽受杖责、流放的羞辱却仍以为荣。清朝的汉大臣们，也想承袭这一传统，其中虽然不无皇帝所指责的沽名钓誉之意，却符合儒家一直以来的传统。况且，福临废后已既成事实，才来补告众臣，也使他们大不痛快。所以，八月二十七日，大臣们上奏谏劝，请皇帝慎重行事，还提出应由诸王贝勒大臣会议，并禀告天地宗庙。
有一个叫孔允樾礼部仪制司员外郎，言辞尤为激烈。他说：“臣办事署中，偶闻废后一事，不觉悚然。及见冯铨等奉圣谕内，有故废无能之人一语，更为惊骇。窃思天子一言一动，万世共仰况我皇后正位三年，未闻显有失德。特以无能二字，定废谪之案，何以服皇后之心。且何以服天下后世之心。臣考往古，如汉之马后，唐之长孙后，敦朴俭素，皆能养和平之福。至于吕后，武后，非不聪明颖利，然倾危社稷，均作乱阶。今皇后不以才能表著，自是天姿笃厚。亦何害乎为中宫，而乃议变易耶。设皇后必不谐圣意，亦可仿旧制，选立东西二宫，共襄内治。若夫废后一节，千古典礼所在，一时风化攸关，实有惊人耳目者。且皇上亲政以来，天下以为尧舜复生。今忽有非常之举，传之圣子神孙，岂开国之主，所宜有耶。臣思皇上，天下之父皇后，天下之母。父有出母之议，为人子者，即心知母过，尚不免涕泣以谏。况绝不知母过之何事，又安忍缄口严父之侧，而不为母一请命乎。臣忝承圣裔，兼任礼官，值此职掌所在，安敢存畏斧钺，顾身家之心。一念孤忠。伏祈圣鉴疏入，并下诸臣议。”
又有御史宗敦一、潘朝选、陈棐、张椿、杜果、聂玢、张嘉、李敬、刘秉政、陈自德、祖永杰、高尔位、白尚登、祖建明联名上奏：“臣等捧读降母后为静妃之谕。又见故废无能之人之上谕日，不胜惊骇。伏思宫闱之化，莫盛于成周。文王之妃太姒，嗣徽太任，只颂幽闲贞静之德，而不及其才能。诚以母仪万国，表正六宫，非才能外见之难。而纯德内蕴之为难。皇后未闻失德，忽尔见废，非所以昭示风化也。今皇上复允礼臣之请，敕诸王大臣会议。在诸臣必以纲常为重。而臣等犹过虑者，诚恐纶音一播，不无为圣德之累。伏乞收回成命，以俟会议。宗庙社稷，实式临之。”
大臣们认为，“无能”对后妃而言不是坏事，不能成为婚姻破裂的原因，只有失德，才能休妻废后。所谓失德，必须是谋弑夫君、秽乱宫廷乃至里通外朝等类祸国殃民的大罪。
朝廷里沸沸扬扬，直闹到九月初一日，诸王贝勒大臣等遵旨会议后，提出一个折中方案：请福临仍以皇后正位中宫，再另立东、西两宫。
顺治认为这些臣子们一味沽名钓誉，加以申斥。他解释说，自己也知道“从古废后、遗议后世”，但是对皇后实在无法容忍，废后势在必行。
因为会议结果基本上是孔允樾的意见，福临又把矛头对准了他。先责备规谏的诸汉官说：“进谏者必须真闻确见，事果可行，朕自然听从；若全无闻见，以必不可从之事揣摩进奏，欲朕必从。”不但无理，也不是为臣之道。然后指说孔允樾奏本中有“不知母（指皇后）过何事”等语，如果你孔允樾能保证皇后从无过失之处，就指实了再奏上来！
孔允樾吓坏了，不敢再坚持自己的主张，赶紧在九月初四日奉旨回奏说：“皇后居深宫之中，其有过无过，非惟人臣不及知，亦人臣不敢知。”并再三表白说，上次奏疏中提到不知母过的话，不过是“仰冀君父动悔悟之机、开慈母一迁善之路”而已，如今，他低头认罪，“圣主在上，臣复何言？惟有席藁待罪，静听处分。”
九月初五日，郑亲王济尔哈朗主持诸王贝勒大臣会议废后大事。终究满洲亲贵对此事看得开一些，郑亲王对福临又始终忠心耿耿，终于认可了废后之举，上了一个“所奉圣旨甚明，臣等亦以为是，毋庸更议”的奏本，为此事画了个句号。
在这一废后事件中，朝廷的诸王贝勒大小臣子们，看到了平时雍容大度、颇有天子气象的十六岁年轻皇帝的另一面——刚愎自用、固执己见、不达目的绝不罢休。
而他究竟为什么不惜大动干戈，一定要废掉他的皇后呢？
七年后，顺治帝在感叹自己伉俪之缘殊为不偶的时候，说了这样一段话：“容止足称佳丽，亦极巧慧。乃处心弗端，且嫉刻甚，见貌少妍者，即憎恶，欲置之死。虽朕一举动，靡不猜防。”
他自己也承认，他废掉的这位皇后，容貌举止都足称佳丽，为人也十分灵巧秀慧。但是她有出身高贵门第的女子所具有的通病——癖好奢侈豪华：服饰用品非珠玉绮绣不可；吃饭时只要有一件膳具不是金器就怫然不悦。特别是她生性妒忌刻薄，凡见到年轻貌美的宫妃宫女，就生憎恶之心，恨不得置于死地而后快。出于这种心理，她对福临的一举一动无不猜疑，无不防备。
皇后出身尊贵，备受娇宠，奢侈高傲都是难免的，她只不过是一个十几岁的女孩子，从未经历过打击挫折，也就没有学会讨好他人、掩饰自己的情绪。而一个女人想要守住自己的丈夫，以致忌妒吃醋，更是十分自然的事。但是，这一常理不能用在皇后的身上，尤其不能用在顺治帝的皇后身上。
顺治帝生性敏感高傲，自尊心极强．因为多尔衮的缘故，在成长过程中性格不无扭曲与压抑，极其反感有人冒犯他至高无上的尊严。而且，这位皇后是多尔衮替他定下的，一开始便带着令他不快的烙印；如果婚后生活和谐愉快，或许他还可以忽略这一点，但是一旦发生了冲突，这个烙印便令他再难忍耐。
猜忌、防备，就是在普通夫妻之间也会造成嫌隙导致破裂，何况个性极强的福临！他对这位与自己在思想、感情、性格、爱好方面都格格不入的正妻，采取了断然措施：自己另居别宫，再不与皇后见面。
孝庄皇太后要维护自己的亲侄女，也要维持满蒙的亲睦。同时，她也认同这样的观念：作为皇帝，可以宠幸很多女人，但是必须应该尊重正妻。
面对母后的责难，顺治非但不肯回头，反而提出废后的要求，皇太后不肯答应。福临于是郁郁不乐，直到愤懑成疾，日渐消瘦憔悴。权衡轻重，当然保住皇帝是最重要的，皇太后拗不过儿子，终于同意了福临的要求，于是，福临于八月二十六日谕礼部告以既成事实。
被废掉的皇后僻居侧官，从此不再与福临见面。直到顺治帝病重，废后请求见他一面，仍被顺治拒绝。这个十七岁的女孩子，从此将一生埋葬在寂寞宫禁之中。甚至在孝陵和孝东陵安葬的后妃中，也没有静妃的名号。
吴伟业曾经写过几首古意，据说是为感叹这位被废掉的皇后所做：“争传婺女嫁天孙，才过银河拭泪痕，但得大家千万岁，此生那得恨长门。豆蔻梢头二月红，十三初入万年宫，可怜同望西陵哭，不在分香卖履中。玉颜憔悴几经秋，薄命无言只泪流，手把定情金合子，九原相见尚低头。”面对不幸福的婚姻，皇帝可以废掉她另纳新人，可是作为女人，她只有黯然地空守着一个废妃的名分，惨淡一生。
顺治皇帝在废后一事上的独断专行，一来因为他性格中的确有感情强烈、任性独断的一面，二来他对自己的正妻是有情感渴望的，他要自我主宰自己生活中的这片空间。
但是，废掉了自己不喜欢的人，并不意味着他就可以自由选择自己的伴侣。皇太后答应了废后，可是，这并不等于她就此放弃了维护科尔沁蒙古与满洲的良好关系，放弃博尔济吉特氏在大清的利益与地位。
3．新的皇后，仍旧的博尔济吉特氏
皇帝不能没有皇后，天下不能没有女主人。旧的皇后废掉了，自然该立新的，就在顺治十年（公元1663年）十月，福临下诏令“选立皇后，作范中宫”，选择的范围扩大到了满蒙八旗人家。清代的“选秀女”制度也由此拉开了序幕。
在下令诏选的时候，顺治皇帝想必抱有一种希望，以为这次真的可以由自己挑选一位皇后。选秀从顺治十年十月一直进行到第二年五月，京畿边关、城镇乡野，纷然生出无数的波折、困扰、内乱，惊动了无数家庭平稳安宁的生活。福临兴致勃勃地投入其中，想用自己的眼光与意志，亲自挑选合意的伴侣。
但是，事实很快证明，即使贵为天子，也无法左右自己的个人生活。皇后人选定下来了，这位后来被谥为孝惠章皇后的女孩，生于后金崇德六年（公元1641年）十月三日，出身科尔沁部左翼扎萨克达尔汉巴图鲁亲王满珠习礼家族。
皇太后选中了她娘家的一对姐妹花——她的另一个哥哥满珠习礼的两个孙女儿、科尔沁镇国公绰尔济之女，也就是被废皇后的堂侄女，皇太后自己的侄孙女。从皇太后这位母亲的角度来说，这次的选择已经充分考虑了前次失败婚姻的教训；被定为皇后的姐姐生性淳朴、忠厚；论辈分比福临低，是他的表侄女；论年龄也比他小三岁。再加上一个更稚气的、如依人小鸟一般的定为妃子的妹妹，儿子总可以安安稳稳地好好过日子了吧？不能不说，孝庄皇太后本是一个聪明智慧的女人，但是，皇太后当久了，政治人物当久了，她已经遗忘了年轻人的心思，已经不了解自己的儿子究竟想要什么了。
福临很失望，或许还觉得很可笑。这场选秀，这位博尔济吉特家的新皇后，以及母亲和他自己，都很可笑。这一场折腾，花了六七个月的时间，让整个满蒙八旗鸡犬不宁，官员百姓忙碌不堪，原来全是一场游戏。
皇太后或许觉得，搞一个选秀的仪式，可以弥补儿子第一个妻子由多尔衮指定的遗憾，在天下人面前圆他一个“我是皇帝我做主”的面子，就可以抚慰他心中的不甘。可是，在福临看来，自己无疑是当了一次小丑，心灵上遭受到了更大的挫败。
多尔衮已经死了，他还是不能主宰自己的生活；皇后已经废了，可是新来的仍旧是博尔济吉特家的女人，仍旧是别人的意志所决定的。他是大清皇帝，已经亲政，可是，他依然不能选择和决定自己的婚姻。仍然是科尔沁，仍然是博尔济吉特，绕了个圈，依然回到了原地，母亲的意志在曲折迂回了一番之后贯彻无疑。那他呢，他算什么？
有这样的心情打底，新来的皇后怎么能得到他的心？
但是这一次，顺治并没有做出像上次那样激烈的反抗，或许，他已经放弃了希望，心灰意冷地，接受了这个新的博尔济吉特氏皇后。
顺治十一年（公元1654年）五月，14岁的小博尔济吉特氏被聘为妃。六月，册为皇后。
册文仍旧文字华美：“朕惟两仪作配，后德肇于坤承；百世延禧，王化基于内则。义偕资始，位正安贞。咨尔博尔济吉特氏，乃科尔沁国镇国公绰尔济之女。川岳钟祥，睢麟媲美。柔嘉成性，允符天倪之祯；淑慎为仪，式兆月恒之庆。兹仰承懿命，以册宝立尔为皇后。其尚助隆孝养，克叶雏和，茂衍昌炽于本支，共荐馨香于宗庙。钦哉。宝文日：皇后之宝。”