南方战场上这丧师失地、两蹶名王的大失败，震动了朝野，也击碎了八旗军战无不胜的神话。一时间朝中竟出现了放弃湘、粤、桂、赣、川、滇、黔七省，与南明永历朝媾和的提议。这样的挫折与羞辱更不啻为当头棒喝，促使顺治皇帝清醒，逼迫他认真地检讨朝廷政策的失误。
这一年福临十四岁，这前所未有的挫折压力巨大，使他昼夜焦虑、寝食不安，一再询问众臣：“天下怎么能够大治？又怎么会大乱的？怎样才能国祚长久？”焦灼和急切溢于言表。
数年来的攻读书史，以及汉臣的潜移默化，在这个时候发挥了作用。周密筹划、反复磋商之后，顺治终于决定放弃多尔衮时期和顺治亲政初年的“穷兵黩武”，在军事上采取“以抚为主、剿抚并举”和“招降弭乱”的怀柔新策略。
五月十日，顺治帝敕封据守福建对抗朝廷的郑成功父子叔伯为公、侯、伯、大都督，指出过去是因多尔衮“不体朕心”，对郑氏心怀猜忌、处处防范，造成郑氏保众自全的局面，并非郑氏悖逆。这样就一笔勾销了郑成功十年抗清的罪名。在敕书中，福临不仅许可郑成功拥兵自保，还划出泉州、漳州、惠州、湖州四府为其驻兵之地，文武官员，各食俸禄如例。并保证：敕谕到达之日，满洲大军即行撤回，闽海地方保障事宜就全都委托给郑氏，请他们会同当地督抚商酌行事。
这样的招降条件不可谓不优厚了。虽然郑成功没有接受，但郑成功的部下却有不少人陆续降清，使郑氏力量大大削弱，以致渐渐难以在大陆立足。
五月十四日，顺治帝谕令兵部，对各地小股抗清武装，不能概加诛戮；应考虑他们当日多因饥寒贫困或迫于贪官污吏的压榨欺凌才沉陷为盗。所以，凡顺治十年五月二十五日以前啸聚山林、劫掠道路、曾为贼匪的，无论人数多少、罪犯大小，只要真心改悔自首投诚，前罪一概赦免，并由当地政府负责安置。谕令中，福临还要求各级政府于通衢要道遍张告示，广为宣传，务必使百姓人人知晓。
五月二十五日，顺治帝又郑重宣布，他对南明永历政权，将以文德绥怀，不欲穷兵黩武。为此，他迈出了关键的一步：特升洪承畴为太保兼太子太师、内翰林国史院大学士、兵部尚书兼都察院右副都御史，经略湖广、广东、广西、云南、贵州等处地方，总督军务、兼理粮饷，节制巡抚、提督、总兵以下所有官员，授以便宜行事，先斩后奏的大权。
洪承畴建议抽调的兵力分别由京师、直隶、宣大、陕西（包括固原、宁夏）、山东、河南、江南、江西、浙江、福建各处驻军内挑选。陕西、山西、辽东、河南籍的精锐兵将，“其北直、山东、江浙腹里弱兵不得混入”。“通计边镇、内地选调将兵共一万一千有零”，将领有虾（侍卫）张大元、马豹子（即王辅臣），正黄旗下李本深、刘忠、各饶营总兵刘芳名、高弟、胡茂祯、副将王平、高谦、高万里、张鹏程、李荣、张洪德，张国勋、刘应杰、范绍祖等，“镶黄旗下替职闲官白广恩老病，不能领兵，止随臣军前为招抚榜样。”不久，清廷考虑到在广东的尚可喜、耿继茂位居王爵，不便交洪承畴节制，在同年七月二十七日由内三院传旨：“广东贼势溃散，地方渐平，且去湖南辽远，应专任两王（指平南王尚可喜、靖南王耿继茂）及该督抚料理。江西切近湖南，一应用官调兵事宜时有关涉，袁州、吉安一带余贼未清，应抚辑剿御，著经略辅臣洪承畴兼理，敕印即与换给。尔内院传谕该部遵行。”洪承畴在八月十四日行至山东武城县郑家口接到新颁敕谕一道、银方印一颗，即将闰六月初八日原任经略湖广、广东、广西、云南、贵州的敕谕、银印交使者缴回。敕谕中说：“兹以湖南江户地方底定已久，滇黔阻远，声教罕通，不逞之徒，未喻朕心，时复煽惑蠢动，渐及湖南，以致大兵屡出，百姓未获宁息。朕承天爱民，不忍穷兵黩武，困苦赤子，将以文德绥怀，归我乐宇。必得夙望重臣晓畅民情，练达治理者假以便宜，相机抚剿，方可敉宁，遍察廷臣，惟尔克当斯任。前招抚江南，奏有成效，必能肃将朕命，绥靖南方。兹特命卿经略湖广、江西、广西、云南、贵州等处地方，总督军务，兼理粮饷。”敕谕中授予洪承畴相当大的权力：“巡抚、提督、总兵以下悉听节制，兵马粮饷悉听调发，文官五品以下、武官副将以下有违命者听以军法从事。一应抚剿事宜，不从中制，事后具疏报闻。……务使滇黔望风来归，官民怀德恐后，庶称朕诞敷文教至意。功成之日，优加爵赏。候地方既定善后有人，即命还朝，慰朕眷想。”
福临谕令洪承畴，归顺官员要酌量收录；投降军民要随宜安插；事机可乘就立即督兵进取，时当防守则慎固封疆。总而言之，务必尽快平定南明，使得早日国泰平安。
起用洪承畴经略南方，是顺治帝以汉制汉政策的得意之笔。从此，在南方与永历政权作战的，主要是平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂所部及各省提督总兵所率领的地方军，满洲八旗很少上第一线参战，只在五年后向云、贵发起最后总攻时，他们才大举出动。
这样一来，民族征服的色彩大大淡化了，争斗厮杀的两个对立方，都是汉人，看上去几乎是汉人之间的内部斗争，满洲人退到了幕后，其残暴形象出现得少了，尖锐的民族矛盾得以缓和，从而在更大程度上争取人心。
顺治明了这一点，于是极力发挥前明降将的作用。有一次南明方面施反间计，假刻吴三桂告示四处张贴，示意他有复明之心，被清朝川湖总督上报。十四岁的福临竟能一眼看穿，派专人转告吴三桂说：“朕与王谊属君臣，情同父子，区区反间计岂能间离！”吴三桂自然深受感动，更加卖力地为清朝打天下。
为了表达对汉王们的优待与礼遇，顺治还拿起了政治联姻的武器。此前皇家的公主、郡主，从来只嫁给满、蒙贵族世家，现如今也下嫁到汉王家了：顺治十年（公元1653年），太宗的皇十四女和硕建宁公主嫁给了吴三桂之子吴应熊；顺治十二年（公元1655年），肃亲王豪格之女赐和硕公主号，下嫁靖南王耿继茂长子耿精忠；次年，固山贝子苏布图之女赐号固山公主，下嫁耿继茂次子耿昭忠；顺治十七年（公元1660年），封承泽亲王硕塞之女为和硕公主，下嫁平南王尚可喜之子尚之隆。
定南王孔有德战死之后，他的女儿被皇太后接人宫中，亲加教养，待以公主之礼。
朝廷用这样的礼遇，换来了汉王汉将的效忠，逐一平定了各地的战乱。
福临的新政策取得了很大的成功。顺治十年以后，北方地区的抗清斗争渐趋消沉，南方的两大抗清力量也在逐渐地衰落。福临亲政时的极敝之势，已渐渐缓和并初步改善了。
到了顺治十六年，清朝灭掉南明，完成了统一大业。这个从努尔哈赤到皇太极再传到福临的三代人的心愿，在福临手中实现了。
自从顺治十年（公元1653年），福临授命洪承畴经略南方以来，整整四年多，洪承畴基本上是围而不攻。朝中亲贵大臣对此猜忌百出，不是攻击洪承畴老师糜饷，不堪重用，就是猜度他念明朝旧情，不肯进军，甚至刻毒地密奏他私通南明，纷纷要求将洪承畴革职罢免。
洪承畴为此也是自危不安，多次上奏自陈：“年已六十有四，须发全白，牙齿已空；右目内障，久不能视，只一左目昼夜兼用，精血已枯。”而且任职三载有余，“一筹莫展，寸土未恢；大兵久露于外，休息无期；民人供亿于内，疲困莫支”等等，请求皇上予以罢斥处分。
福临却力排众议，始终重用洪承畴。在朝廷上下非议洪承畴最起劲的时候，福临却说：“大学士洪承畴受命经略已经三年，所统各官眠霜冒雨，不得休息，理应颁赏嘉奖。”拨发了大量甲胄、鞍马、弓矢、衣服等物品颁赐给洪承畴及所属提督以下、千总把总以上官员。当洪承畴迫于朝中攻讦的压力，自陈老病无功，请求罢免的时候，福临不但不准，而且明谕留任，还给洪承畴加太傅，兼太子太师等朝廷的最高荣誉头衔。
在顺治帝始终如一的大力支持下，洪承畴得以实现他步步为营、稳扎稳打的军事策略和“遍晓皇仁，广行招抚”的政治手段，促使南明永历朝廷内部发生变化，不战自乱。从顺治十一年（公元1654年）起，南明的文官武将陆续降清，越来越多，南方局势也逐渐向有利于清朝的方向发展。顺治十四年（公元1657年）南明内部公开分裂，号称秦王的主要军事领袖孙可望，在十一月二十八日赴长沙，抵湘乡，投降了洪承畴。
这样一来，清王朝进取云贵就有了最好的向导。
消息传到朝中，顺治帝大喜过望，立即在十二月初六日发下敕谕，特封孙可望为义王，并不失时机地马上在十五日部署进兵云贵。半个月后，即顺治十五年的正月初九日，福临命多罗信郡王多尼为安远靖寇大将军，同多罗平郡王罗可铎、多罗贝勒尚善、杜兰等大将率领八旗大军远征，并命驻兵四川的吴三桂为平西大将军、驻兵广西的赵布泰为征南将军、驻兵湖广的罗托为宁南靖寇大将军，分三路进取云贵。
顺治十五年十月，安远靖寇大将军多尼就与洪承畴、吴三桂、赵布泰等会师于贵州的平越，跟着就进军云南。在顺治十六年（公元1659年）的正月初三日，也即受命出征的整整一年后，清军攻进云南昆明，南明永历帝朱由榔出奔缅甸。