吴有性创立了瘟疫辨证论治的新方法，成为辨治外感温热病的新学术流派。清代中期以后，温病学派日趋壮大，叶天士、薛雪、吴鞠通和王孟英等，成为该时期的代表人物，并称温病四大家，他们是奠定温病学理论体系的关键人物。
叶天士，名桂，号香岩，别号南阳先生，晚号上津老人，江苏吴县人，清代杰出的医学家，是温病学派的主要代表人物之一，被誉为“温热大师”，他创立的温病卫气营血辨证论治纲领，为温病学说理论体系的形成奠定了坚实的基础。
由他口授、学生顾景文记录整理的《温热论》，是温病学奠定学科基础的重要著作，对后世产生了极大的影响。很多温病学家在此基础上加以补充修改，使得温病学说成为专门的学科。
在《温热论》一书中，叶天士首先阐述了温病的致病因素、感邪途径、邪犯部位、传变趋势和治疗大法，他明确提出了导致温病的主要原因是感受了温邪，突破了历代医家“伏寒化温”的认识，从而真正摆脱了热病皆伤寒的束缚，这就从根本上把温病和伤寒区分开来。
在这部著作中，叶天士创立了诊治温病的方法，将温热病的转变规律归纳为卫、气、营、血四个时期。这好比皮、肉、筋、骨头，一层深一层。邪在卫最浅，在气次之，到营加重，入血危重。卫、气、营、血不仅起到了划分疾病阶段的意义，而且是治疗温热病的准则。邪在卫，可以发汗；邪在气，可以清气；邪到营分，应透热转气清营；邪入血分，应凉血散血。
除此之外，叶天士还对温病的诊断方法进行了补充，增加了察舌验齿、辨斑疹等方法。察舌验齿，就是通过观察人舌头的颜色、质地、润泽，牙齿的荣枯老嫩、松紧、牙龈情况等，来判断疾病的浅深阶段，并指导治疗。所谓斑疹，就是热病过程中发于肌表的斑和疹两种，其中点大成片，摸之不碍手的称为斑，主病在血分；形如粟米，高出于皮肤之上，抚之碍手的称为疹，主病在气分。这些都对临床具有指导意义。
薛雪，字生白，号一瓢、槐云道人、磨剑道人、牧牛老朽，江苏吴县人，与叶天士是同乡且与之齐名。薛雪自幼好学，很有才气，对温病中的湿热病症很有研究。在著作中专门对湿热病症的病因病机、辨证治疗进行了比较全面、系统地分析和讨论，特别是对湿热之邪在上、中、下三焦的辨证和治疗进行了系统论述，从而进一步充实、完善了温病学的内容。
湿热病是外感热病中的一大类型，薛雪总结说：“夫热为天之气，湿为地之气。热得湿而愈炽，湿得热而愈横。湿热两分，其病轻而缓；湿热两合，其病重而速。”他抓住了湿热二邪轻重不同的要害，并结合脏腑、三焦、表里等辨证方法，使之融为一体，解决了湿热病的证型辨析，有利于临床应用。
吴鞠通，名瑭，字配珩，江苏淮阴人。清代著名医学家，是温病学派的主要代表人物之一。吴鞠通悉心研究，花了六年的时间撰成《温病条辨》。此书融会贯通各家学说，提出了“三焦辨证”理论和四时温病的范围和种类，为温病病种的划分确立了理论依据，形成了以“卫气营血”和“三焦”为核心的温病辨证论治体系，这一体系的建立标志着温病学已经走向成熟，从此也形成了一门新的独立学科。
王孟英，名士雄，自号半痴山人，晚号梦隐，又号潜斋，清代著名医学家，祖籍是浙江海宁，曾祖时迁居钱塘（今浙江杭州）。王孟英生活的年代适逢战乱，疫疠流行，他的亲人死于霍乱，所以王孟英决心专研温热病。经过多年的实践，他对温热病有了独到的见识，并撰写有《温热经纬》一书，这本书是我国温病学重要著述之一。
经过众多医家的努力，温病学最终从《伤寒论》学术体系中独立出来，进而形成自己独特的理论体系，成为一个新的学科。这一学科的建立，标志着中医治疗急性外感热病又有了新的突破和发展，丰富了热性病的诊治理论和手段，进一步提高了临床治疗温热病的效果。
三焦是中医藏象学说中的一个特有名词，最早见于《内经》，为六腑之一，是上、中、下三焦的合称。膈以上部位为上焦，包括心、肺；膈以下、脐以上的部位为中焦，主要包括脾胃；脐以下为下焦，包括肝、肾、大小肠、膀胱、女子胞等。
肝脏如果按其部位来说，应划为中焦，但中医学认为，肝肾同源，生理病理关系密切，故将肝肾同划为下焦。由于上、中、下三焦包括不同脏腑，所以其生理功能也各不相同。
上焦如雾，指上焦有宣发卫气，以雾露弥漫的状态营养于肌肤、毛发及全身各脏腑组织的作用，实际体现为心肺的气化输布作用，关系到营卫、气血、津液等营养物质的输布，所以，上焦功能的异常，也主要反映为心肺功能之异常，治则以调理心肺为主。
中焦如沤，主要是指脾胃对水谷精微的运化，因此中焦为气机升降之枢纽，气血生化之源。中焦功能的异常，主要反映为脾胃功能的异常，治则以调理脾胃为主。
下焦如渎，主要是指下焦泌别清浊，排泄二便的功能。故下焦功能的异常，主要反映为肾与膀胱功能的异常，治则以调理肾与膀胱为主。
中医百年浩劫
19世纪西洋医学传入中国并落地生根，中国出现了中西两种医学并存的局面。在中国社会转型以及西方医学传入的双重冲击下，中国传统医学依然在不断发展，为中国人健康服务，并且针对旧政府的歧视政策，展开近乎悲壮的抗争。
进入民国以后，社会对西方文化包括西方医学的接受程度大大增强。在“科学”的名义下，以西医理论来衡量中医，居然有人认为中医不科学，拒绝承认中医的合法地位，甚至要“废止中医”。尤其是1929年的“废止中医案”，对中医带来了极为不利的影响。
谈到“废止中医”，首先要从日本谈起。中国的近邻日本，在l854年被美国首先用武力打开了锁国大门，签订了《神奈川条约》，日本闭关自守的时代结束。日本政府于是开展了明治维新运动，确立“学西洋，赶列强”的目标，实行全盘西化的国策。
在医学上，西洋医学取代传统汉方医成为主流，日本卫生行政部门完全采用西医，政府还对汉方医采取多项限制措施，在实质上废止了汉方医。1894年中日甲午战争，清政府全面失败，使日本正式超越中国成为东亚强国，这引起了中国的极大震动。
后来，许多维新改良人士都主张效法日本进行改革，不少中国青年留学日本。在这过程中，不免有人对民族文化丧失了自信，把日本废止汉医也视为进步的做法。
有一位到日本留学的中国人叫余云岫，他于1916获大阪医科大学医学学士学位。在日本期间，余云岫就开始攻击中医。回国后，余云岫曾担任“上海医师公会”会长。
1929年，国民政府召开第一次中央卫生委员会，余云岫作为委员参加，会上他提出了一个议案，即《废止旧医以扫除医事卫生之障碍》，在政治上全面提出废止中医的主张。
提案中余云岫指责中医为“旧医”，认为“旧医所用之阴阳、五行、脏腑、经络、六气等皆凭空结撰，全非事实”，企图仿效日本逐步废止中医。
余云岫说：“旧医一日不除，民众思想一日不变，卫生行政一日不能进展。”将中医视为中国卫生事业的障碍。按照他的办法，数十年之后，中国将不复存在传统医学。就是这样一份荒谬的提案，在民族虚无主义占主导地位的情况下，居然被会议通过了。
这份不切实际的废除中医的议案一经报刊登载，立即引起全国中医界的极大愤怒。为了避免优秀民族文化被毁灭的灾难，中医药界奋起进行不屈的抗争。
首先上海中医界l000多中医师停诊，齐集上海仁济堂召开“中医药救亡抗争大会”，会后举行游行，沿途得到民众的热烈支持。继而由上海中医协会发起，1929年3月17日在上海总商会大厅召开了全国中医中药业反对废除中医的大会，到会的有l5个省、4个市、243个县的代表，因故未能赴会的省份也电汇捐款以示支持。
这次大会上，与会代表一致推举上海著名老中医谢利恒为团长，陈存仁、隋翰英、蒋文芳和张梅庵为代表，组成“医药救亡请愿团”上京请愿。
代表团抵达南京后，立即向国民政府五院院长、中央党部等提交请愿书。迫于压力，行政院、卫生部、教育部接见代表时均表示不会执行此提案，最终《废止中医案》没有实施。
这一次大风暴过后，中医界将在上海召开全国中医救亡大会第一天的日期3月17日定为“国医节”。从此以后，每年3月17日全国中医界都举行国医节纪念仪式。
近代中医抗击传染病
古代虽然缺乏病原学知识，不能有针对性地预防，但对改善卫生条件、增强抗病能力是十分重视的。近代，中医在运用温病及伤寒学说对传染性疾病的防治中，取得许多成绩。
鼠疫是一种烈性传染病，近代中国曾经出现过多次鼠疫。爆发的多次疫情中，中医都发挥了积极作用。1894年春天，广州爆发了严重的鼠疫，据报道有10万人死于鼠疫。
由于当时政府根本没有公共卫生机构与政策，社会抗击疫病的主要组织是民间自发组成的“善堂”。善堂通常聘请中医师坐诊施药。据中医梁龙章记载，当时不少个体开业医生纷纷关门回乡避难去了，但善堂在组织抗疫方面发挥了主要作用。梁龙章本人就曾经被多间善堂聘请，善堂还出资将他的治疗心得和经验方药刻印广为传播。
当时省城广州有四位名医：易巨荪、陈伯坛、黎庇留、谭星沅，人称“四大金刚”。他们用升麻鳖甲汤（出自《金匮要略》）为主治疗鼠疫，效果显著，救人无数。
另一位医家罗汝兰，著成《鼠疫汇编》。该书中他明确指出了鼠疫“热毒血瘀”的病机，运用“解血毒，清血热，活血淤”的治则和方药，为众多医家所沿用。
1917年山西爆发鼠疫，致l万余人死亡。当时北京内城官医院的中医曹元森等，主动前往疫区大同，设点救治病人，效果显著，受到政府和广大民众的赞扬。
19世纪，烈性传染病霍乱传入中国，死人无数。中医界对霍乱的治疗进行了积极的探索。“温病四大家”之一王士雄，著有《霍乱论》，是第一本研究传染病霍乱的中医专著。
王士雄将霍乱分为寒霍乱与热霍乱两种，并创造了治热霍乱的名方蚕矢汤；徐子默著《吊脚痧方论》，着重以寒证论治霍乱，二人观点虽不尽相同，但都取得了较好的疗效。
从民国开始，中国逐步建立起西方式的卫生防疫机构，这对传染病的控制起着根本性的作用。但是在疾病爆发的时候，中医的治疗经验仍可以发挥作用，这是不容忽视的。
正如近代广东名医卢觉愚所言：“中医虽不知有菌，不知治菌，而治法能补助人体自然疗能，以透彻病根，排除毒素，使生理机转，归于正规状态，故能收根本治愈之功。”
中西汇通觅新路
近代社会变迁激烈，但是中医的发展并未停步，还不断借鉴新的形式，继续服务于社会。
1829年，中医陈定泰在广州拜访西医，当他细读西医解剖著作及图谱后，受到了很大的震动，认为西医对内脏的观察十分细致，值得中医参考。
1844年陈定泰写成《医谈传真》，引用了西医解剖图16幅。这是中医著作第一次引用西医解剖图，因此陈定泰被医史学家称为中西医汇通的第一人。
陈定泰的孙子陈珍阁，不但继承了祖父的医术，也接受了祖父的思想，而且更深入的学习了西医知识。1886年，陈珍阁到当时英属殖民地新加坡的一间皇家大医院学习。
1890年，陈珍阁著成《医纲总枢》一书，既系统叙述家传中医，又详细介绍西医理论。在临床上他能做到围绕西医的疾病进行中医治疗，进一步推进了其祖父中西医汇通学术。
除陈氏祖孙外，近代进行中西医汇通研究的医家还有很多，影响最大当属唐宗海、朱沛文、恽铁樵和张锡纯四人，他们四人被称为“汇通四大家”。
唐宗海，四川彭县人，他中医医术高明，在京沪等地行医时，接触了西洋医学，于是试图“去彼之短，用彼之长，以我之长，益彼之短”，来进行中西医汇通。他认为中西医有许多相同之处，对脏腑的认识可以对照沟通。相对而言，唐宗海比较肯定中医的方法，认为西医只是证明了中医的观点，所以有人说他是“以西证中”，不够客观。
朱沛文，广东南海人，他通读当时的中西医学著作，经过比较，朱沛文认为中西医学各有所长，“各有是非，不能偏主”。所以，朱沛文对中西汇通的态度是“通其可通，并存互异”。朱沛文评判中西医理论的标准是以临床实践为准则的，这是一种科学的态度。
恽铁樵，名树钰。他早年从事文学，中年以后才学医，结果在医术上成绩不凡，开业后门庭若市。他认为中医与西医各有长处，其原因是由于中西文化背景不同，从而形成了两个不同的体系，“西方科学不是唯一之途径，东方医学自有立脚点”。
张锡纯，河北盐山县人，善于在临床上中西医药合用，给后人众多启迪。他说：“当今之世，欲求医学登峰造极，诚非沟通中西不可也。”
他有一处方“石膏阿司必林汤”，阿司必林（即阿司匹林）是一种西药，具有发汗退热的效果。发热的热证病人，以蔗糖水冲服阿司匹林，并煎好石膏水，待发汗时饮服，过后可再饮石膏加粳米煎汤。这样既发挥西药发汗作用，又可利用中药清热和顾护正气。
根据用药经验，张锡纯提出了一个著名观点：“西药治其标，中药治其本。”这是从中医的角度作出的评价。张锡纯根据中医原则进行中西药并用的试验，给后人以很大启发。
人体解剖这门学科总是被人们误认为是现代科学的产物，可是当我们仔细去考证这一事实的时候很容易发现其实它在中国的医学史上是很早就有的。它和其他的学科共同发展，并且在同时发展的过程中，它们也共同不断地完善和自我提高。
司马迁《扁鹊仓公列传》中说：“上古之时，医有俞跗，治病不以汤液醴洒，锯石挢引，案杌毒熨，一拔见病之应，因五藏之输，乃割皮解肌，诀脉结筋，搦髓脑，揲荒爪幕，湔浣肠胃，漱涤五藏，炼精易形。”看来俞跗是一个手法高明的解剖者。虽然传记具有传奇性，但是也透露了我国早期的解剖活动。
中国解剖学的起源很早，“解剖”一词最早提出于《灵枢·经水》：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。”
《内经》中的《肠胃篇》、《经筋篇》、《骨度篇》、《脉度篇》等，都是记述解剖学的专章。其中对人体骨骼、部位、脏腑、血管等，均有长度、重量、体积、容量的详细记载。书中一些解剖学的名称，主要脏腑的命名，到现代还在运用。但是由于封建礼教的束缚，文化的落后，严重地阻碍了它的发展。