周敦颐作为理学的开山人物，他的着作《太极图说》和《通书》都是对《周易》的解释。在《太极图说》中，周敦颐依据阴阳哲学的原理，立足于儒家的文化价值理想，提出了一个与佛教相抗衡的宇宙生成论。在《通书》中，周敦颐结合《中庸》论诚的思想，把《周易》推崇为“性命之源”，为理学建立道德本体论、重新解释《四书》奠定了一个以易学为依据的理论基础。朱熹编订周敦颐的着作，为了突出《太极图说》的地位，把它置于《通书》之前。朱熹认为，“盖先生之学之奥，其可以象告者，莫备于太极之一图。若《通书》之言，盖皆所以发明其蕴，而《诚》、《动静》、《理性命》等章为尤着。然请本皆附于《通书》之后，而读者遂误以为《书》之卒章，使先生立象之激旨，暗而不明，骤而语夫《通书》者，亦不知其纲领之在是也”。(见《周敦颐集》卷二)后来黄百家编订《濂溪学案》，又根据黄宗羲、黄宗炎的说法，改变了朱熹所排的次序。黄百家在案语中指出：“《性理》首《太极图说》，兹首《通书》者，以《太极图说》后儒有尊之者，亦有议之者，不若《通书》之纯粹无疵也”。(见《宋元学案》卷十一)这两种看法，着眼点不同，各有所见。就《太极图说》来源于道教的传授系统、混杂了老氏的虚无之旨而言，诚然比不上《通书》那样完全站在儒家的立场，纯粹无疵。但是，周敦颐的《太极图说》借助于易象所建构的一套字宙论也确实是《通书》的纲领所在，无论是就周敦颐本人的思想体系还是就理学运动的理论发展而言，都应该是《太极图说》在前而《通书》在后。
《太极图说》由图和说两部分构成，图是以易象对易理的图解，说是以文字对易理的解说。后世学者围绕着图和说产生了一系列的争论。比如朱震认为，此图之传，自陈抟、种放、穆修而来，朱熹则认为乃周敦颐之所自作。陆象山认为，《太极图说》以“无极”加于“太极”之上，“无极”二字“出于《老子》知其雄章，否圣人之书所无有也”，所谓“无极而太极”正是老氏有生于无之学，而非儒学正宗。朱熹则曲意辩解，极力维护，证明周子是个纯儒，认为老氏之言有无，以有无为二，周子之言有无，以有无为一，无权二字乃是周子灼见道体之言，得千圣以来不传之秘。朱陆之争是理学史上的一大公案，这场争论涉及到两个不同性质的问题，其一是义理问题，即如何理解《太极图说》的哲学意义，评价其在理学史上的地位，其二是考据问题，即此图之传是否来自道教，其说是否混杂有佛老二氏的思想成份。
前者可以见仁见智，依据各人的哲学主张作出不同的理解和评价，后者则只是一个单纯的澄清史实的问题，弄清这个问题，有助于确定理学在开创时期与佛老二氏的关系，无论作出什么回答，都不影响对义理的理解和评价。但是，在当时的历史条件下，朱陆二人都以继承儒家的道统自命，视佛老为异己，双方都力图站稳儒家的立场，与佛老划清界限，于是关于《太极图说》的考据压倒了义理的研究，攻之者见其有，辩之者言其无，把一场学术上的是非之争转化为一场以考据来检验意识形态的是否纯洁之争。后来黄宗羲评价这场争论指出：
“朱陆往复，几近万言，亦可谓无余蕴矣。然所争只在字义先后之间，究竟无以大相异也”。所谓“无以大相异”，是说朱阳二人维护道统的儒家立场并无差别，“然所争只在字义先后之间”，则是对这场争论停留于文字考据的范围表示不满。为了推进对《太极图说》的理解，转换人们的思路，黄宗羲提出了一个至关重要的义理解周子，企图引发人们去重新研究。黄宗羲认为，朱子解“无极而太极”，是以理先气后之说解周子，未得周子之意，而周子所说“无极之真，二五之精，妙合而凝”三语，正明理气不可相离，故加“妙合”以形容之，犹《中庸》言“体物而不可遇”也。(见《宋元学案》卷十二)但是，到了清代，考据之学大盛，人们对义理问题不感兴趣，黄宗羲的努力失败了。如果说自南宋以迄于明末，这场争论在宋学内部是朱陆两大学派的门户之争，发展到清代，就成了汉学与宋学之争了。黄宗羲作《太极图辨》，毛奇龄作《太没图说遗议》，朱彝尊作《太极图授受考》，他们花了很大的气力，找了不少的证据，有的证明其本于陈持刻在华山石壁上的《无极图》，有的证明其本于《道藏》的《真元品》和宗密《禅源诠集》的《十重图》，由此作出结论，《太极图说》虽出自周子濂溪，为赵宋儒门之首，而实本之二氏之所传，不可为训。这是企图以贬低《太极图说》作为攻击来学的突破口，把义理问题完全归结为一个考据问题，以是否混杂有异己思想成分的考据奉为评价义理的唯一标准。平心而论，这场争论延续了数百年之久长期不能解决，根本原因在于当时的人们生活在特定的历史处境之中，无法摆脱意识形态和门户之见的束缚。我们今天回顾这场争论，完全有可能抱一种超越的态度，不再去重复古人的那种朱陆之争和汉末之争，以义理归义理，以考据归考据，把这两个不同性质的问题分开来进行研究。即令我们通过新的考据推翻了清儒所列举的证据，证明了《太极图说》乃周敦颐所自作，也用不着像古人那样作出贬低或者推崇的结论，更不必以此来否认理学本身即是三教合流思潮的产物这个宏观的历史事实。
其实，就周敦颐本人的心态而言，他从来没有以排斥佛老的纯儒自居，而是胸中洒落，气象恢宏，虽然广泛地涉猎佛老的典籍，与高僧道人结为契友，仍不失其儒家的本色。他曾作《读英真君丹诀》诗，我们可以从中窥见他的易学与道教有着很深的渊源。其诗云：“始观丹决信希夷，盖得阴阳造化机。子自母生能致主，精神合处更知微”。《道藏·洞真部·玉诀类》载有《阴真君还丹歌注》，署名希夷陈抟注。周敦颐所读之《英真君丹诀》，盖即此书。此外，他对佛教也有着同情的了解。他的《按部至潮州题大颠堂壁》诗云：“退之自谓如夫子，《原道》深排佛老非。不识大颠何似者，数书珍重更留农”。他曾以《周易》与《法华经》相比较，认为“一部《法华经》，只消一个艮字可了”。其妻兄蒲宗孟在《周敦颐墓碣铭》中描述他的为人说：“生平襟怀飘洒，有高趣，学以仙翁隐者自许。尤乐佳山水，遇适意处，终日倘样其间”。“乘兴结客，与高僧道人，跨松萝，蹑云岭，放肆于山巅水涯，弹琴吟诗，经月不返。及其以病还家，犹篮舆而往，登览忘倦。语其友回：今日出处无累，正可与公等为逍遥社，但愧以病来耳”。虽然如此，周敦颐骨子里仍然是一个儒家。他的《任所寄乡关故旧》诗云：“老子生来骨性寒.宦情不改旧儒酸”。
诗云：“按部广东经数都，若言岚瘴更无春。度山烟锁理清昼，为国天终护吉人。万里诏音颁降下，一方恩惠尽均匀。丈夫才略逢时展，仓谋皆无亟富民”。
周敦颐作为一个儒家，始终怀有儒家所共有的那种追求建功立业、经世济民的情结。他在临终前给妻兄蒲宗孟的信中曾说：“上方兴起数百年，无有难能之事，将图太平天下、微才小智苟有所长者，莫不皆获自尽。吾独不能补助万分一，又不得窃须臾之生，以见尧舜礼乐之盛，今死矣，命也”。这是一种外向型的追求，如果这种追求不受阻碍，周敦颐就会像李靓、欧阳修、王安石等人那样，投身于当时喧闹沸腾的庆历新政、熙宁变法的政治风云之中，去从事经世之学的研究。但是，由于时命不济，长期困顿于州县小吏的职位，游离于政治的边缘，“丈夫才略建时展”的夙愿本能实现，于是周敦颐被迫寄情于山水，出入于佛老，从外界退回到内心，追求个人的安身立命之道，侧重于心控之学的研究。孟子曾说：“古之人得志，泽加于民，不得志，修身见于世。穷则独善其身，达则兼善天下”。(《孟子·尽心上》)单从理论的角度来看，独善其身的心注修养，兼善天下的经世事业，内向与外向，是一体的两面，不可割裂，称之为内圣外王之道。
中国的土人主观上毕生都在追求这种统一的内圣外王之道。但就实际的表现而言，具体到某一个人的身上，却是在时命的播弄下，处境不同，遭遇有异，很难把二者结合为一个整体，常常是畸轻畸重，或偏于内圣，或偏于外王，由此而在中国学术上形成了心注与经世两种不同的倾向。周敦颐既然因自己的处境遭遇而在学术倾向上偏于内圣，那么他对易学的理解以及所关注的问题也就与当时的那些偏于外王的人迎然不同。
周敦颐在《通书》中指出：“大哉《易》也，性命之源乎”！这是他对易学的基本理解。这个理解本于《说卦》：“昔者圣火之作《易》也，将以顺性命之理，是以立天之道月阴与阳，立地之道曰柔与刚，立人之道曰仁与义”。根据这个理解，周敦颐以天道性命为主题，致力于阐发《周易》的内圣之学，追求成圣成贤，寻孔颜乐处，以达到天入合一的精神境界。但是，《周易》的思想是一个完整的体系，除了内圣之学以外，还有外王之学的内容，强调忧患意识，开物成务，拨乱反正，建功立业。欧阳修据此认为，易学本质上是一种外正之学，心性乃无用之空言，反对以心性说《易》。
他在《答李诩第二书》中指出：“修患世之学者多言性，故常为说回，夫性，非学者之所急，而圣人之所罕言也。《惕》六十四卦，不言性，其言者，动静得失吉凶之常理也”。(《居士集》卷四十七)在《易童子问》中指出：“圣人急于人事者也，天人之际罕言焉”。这就是反对以天道性命为主题，反对去追求天人合一的精神境界，而把有关政教兴衰、国家治乱的人事之理作为主要的研究对象。李靓也是着眼于天下国家之用，关注社会政治的现实困境，把《周易》看作是一部忧患之书。
他在《易论》中指出：“作《易》者既有忧患矣，读《易》者其无忧患乎”！李靓读《易》的用心，在于“以忧患之心，思忧患之故”，从《周易》中寻求一种拨乱反正之道，来匡救时弊，而无暇顾及偏于内圣的心注修养。由此可以看出，周敦颐对易学的理解有见于内圣而无见于外王，李靓、欧阳修则相反，有见于外王而无见于内圣，虽然他们都以易学的原理作为自己的依据，但却是各执一端，从而表现出不同的思路，形成了不同的理论特色。
周敦颐留下了三首读《易》诗歌，生动地描述了他研究易学所获得的那种独特的心灵感受和审美情趣。其《暮春即事》诗云：“双双瓦雀行书案，点点杨花入砚池。闲坐小窗读《周易》，不知春去几多时”。其《读易象》诗云：“书房兀坐万机休，日暖风和草色幽，谁道二千年远事，而今只在眼前头”。其《题门扉》诗云：“有风还自掩，无事昼常关。开阖从方便，乾坤在此间”。这是一种宁静闲适、超然物外、浩然自得的心灵感受，一种默契道妙、完全消解了主客对立而臻于无差别境界的审美情趣。表面上看来，这种感受和情趣类似于道家所说的“与物为春”，佛家所说的“触处皆真”，但是由于这是通过对易学原理的深刻研究以及无欲主静的修养方法，涵泳体察，贯通了天道与性命之间的关系，把《周易》所说的“寂然不动，感而遂通”落实干个人生命的层次而后获得的，是理学家所常说的那种孔额乐处，全贤气象，在价值取向上与佛道有着根本性的不同。另一方面，就其表现形式的宁静闲适而言，虽与关注现实困境的李靓、欧阳修所怀有的那种强烈的忧患意识形成鲜明的反差，但是由于二者都是立足于儒家的文化价值理想，恪寒儒家的中正仁义的名教规范，其迹不同，其所以迹都是相通的。
实际上，理学家所着意探寻的孔颜乐处的问题，当时热衷于外王事业的人也十分关心。比如范仲淹就曾劝导张载说：“儒者自有名教可乐，何事于兵？”这是因为，外王应以内圣为基础，内圣可以更好地通向外王，宋代的新儒学运动必须把二者有机地结合起来，建构一种统一的内圣外王之道，才能继承孔孟的道统，回应佛道二教的挑战。但是，名教中的可乐之处究竟何在，作为一个儒者，究竟怎样才能在名教中安身立命，依据儒家的文化价值理想来塑造自己的人格，并且培养成与佛道二教形似而神不同的那种心灵感受的审美情趣，这个问题自魏晋、隋唐以迄于宋初，无论在理论上或实践上都没有得到妥善的解决。魏晋时期，玄学盛行，由于时代的艰苦，人们在名教中找不到乐地，往往是“越名教而任自然”。乐广针对着当时弥漫于朝野上下的虚无放诞之风，提出了与范仲淹同样的问题，他说：“名教内自有乐地，何必乃尔！到了唐代，三教鼎立，互争雄长，尽管儒家在经世外王之学方面占有绝对优势，但对心性修养的内圣之学却缺乏研究而处于劣势。所谓“儒门淡泊，收拾不住”，人们在名教中找不到乐地，一当涉及有关个人的安身立命的问题，往往改换门庭，跑到佛道二教那里去寻找精神的寄托。当时流行着一种似是而非的分工论，认为以儒治世，以道治身，以佛治心。这就是说，儒家只能限制在经世外王的领域活动，而有关个人身心的内圣领域，则应由佛道二教来占领。这个问题直至宋初，依然存在庆历年间，范仲淹一方面积极推行新政改革，同时也大力倡导儒学的革新。在他的周围团结了具有两种不同学术倾向的人物，既有以李靓、欧阳修为代表的外正之学电有以胡缓、孙复、石介三先生为代表的内圣之学。这两种不同的学术倾向有如鸟之两翼，车之双轮，共同构成当时兴起的新儒学运动的一体的两面，各人的学术倾向虽有不同，却是相辅相成，互相补充的。只是由于当时人们太忙碌于现实，不得不侧重经世外王之学的探讨，而无暇转向内心，回复到自身，所以范仲淹寄希望于年轻的张载，劝导他由外王而转向内圣，胡援主讲太学，也以《颜子所好何学论》为题试诸生，在青年士入中倡导寻孔颜乐处的研究。从这个角度来看，周敦颐虽因个人处境遭遇的穷厄困顿被迫从兼善天下退回到独善其身，潜心于心注修养的内圣之学，但是他的研究成果承上启下，不仅在理论和实践上弥补了自魏晋以来儒学发展长期存在的缺陷，而且适应了宋代新儒学运动的总体需要，开拓了一个以天道性命为主题的理学思潮，具有重大的思想史的意义。
周敦颐的天道性命的内圣之学由《太极图说》和《通书》两部着作构成一个完整的体系。朱熹认为，《太极图说》是整个体系的纲领，这个纲领是根据易学而来，“明《易》中大概纲领意思而已”。《通书》一部，皆是解《太极说》”。“周子留下《太极图》，若无《通书》，却教人如何晓得？故《太极图》得《通书》而始明”。就图与说的关系而言，朱更认为，“太极之旨，周子立象于前，为说于后，互相发明”。这就是说，周敦颐最先是根据《周易》拍阴阳哲学的原理绘出了一个易象图，然后以简洁的文字解说，互相发明，由此而建立了一个哲学纲领。所谓纲领，指的是天道性命之学的基本的理论框架和由太极以立人极的哲学基础，这只是一个大慨的意思。《通书》则进一步在这个大概的意思中充实了具体的内容，把纲领展开为一个完整的体系。