同时，在知识产权的国际保护中，我们又必须坚定不移地坚持国家主权，即有关国际条约的生效是基于中国的加入或缔结的行为，是基于中国的国内立法，对外国知识产权的保护也是通过中国国内法律来进行的。例如，外国的专利和商标，只有通过中国国内的法律程序才能够在中国得到保护。在这个问题上，不存在一部世界各国一体适用的知识产权法律。巴黎公约和伯尔尼公约等只是通过中国加入的行为和中国民法通则的有关规定才“自动”生效的。如果没有中国加入的行为和国内立法的规定，有关的国际条约根本不可能在中国自动生效。
此外，当两国有关知识产权保护的法律规定发生冲突时，根本不存在中国依据美国的某某法律或某某条款保护其知识产权的问题，也不存在美国要求中国改变自己国内立法程序的问题。国与国之间在某一问题上的不同和分歧，只能通过磋商或谈判来解决，只能通过双边或多边协议的方式来解决，只能按照一定的国际法和国内法的程序来解决。
五、世界贸易组织协议与“特别301条款”的国际化
在世界贸易组织的一揽子协议中，有两个协议与知识产权密切相关。一是“与贸易有关的知识产权协议”，即TRIPS协议。一是《关于争端解决规则和程序的谅解》。可以说，前者使得“特别301条款”的知识产权保护标准国际化，后者使得“特别301条款”的程序国际化。
TRIPS协议从贸易与知识产权的角度出发，全面规定了对于版权、专利、商标、商业秘密、集成电路布图设计、工业品外观设计和酒类产品的地理标志等等的保护。不仅如此，TRIPS协议还通过阐明与《保护工业产权巴黎公约》（1967年斯德哥尔摩文本）、《保护文学艺术作品伯尔尼公约》（1971年巴黎文本）、《保护表演者、录音制品制作者与广播组织国际公约》（罗马公约）和《集成电路知识产权华盛顿条约》的关系，将上述公约中的实体性内容基本纳入了自身的范围。因而，在理解TRIPS协议对知识产权保护的要求上，还必须与上述公约中的有关内容结合起来。此外，TRIPS协议还规定了知识产权的执法，如民事措施、行政措施、刑事措施和边境措施等。这样，TRIPS协议就为世界贸易组织的成员确定了知识产权保护的基本原则和最低标准。
TRIPS协议产生于关贸总协定乌拉圭回合谈判中。在乌拉圭回合谈判中，关贸总协定第一次将知识产权的内容纳入了谈判，并在最后达成了TRIPS协议。在此过程中，美国起了积极的推动作用。可以说，TRIPS协议的达成是以美国为代表的西方发达国家的一个胜利。因为，TRIPS协议不仅将伯尔尼公约、巴黎公约、罗马公约和集成电路知识产权条约的实体性内容几乎都纳入了自身的体系，而且其中的许多规定又远远超出了上述公约。例如，把计算机软件作为文字作品予以保护，对几乎所有的发明都给予产品的和方法的专利保护，在国际公约中将商业秘密纳入知识产权的保护范围，等等。
在世界贸易组织成员的范围内，TRIPS协议一下子就把知识产权的保护要求提高到了一个相当的水平。这显然有利于美国。
因为，在此前的一系列双边谈判中，美国不得不考虑谈判对方的实际情况，不得不在保护水平和实施程度上针对不同的国家提出不同的要求。例如，同样是“特别301条款”的调查，美国对于中国、泰国、印度和巴西所要求的程度和最后所能达成的谈判结果都是不同的。即使是对于同一个国家，在不同的阶段上也只能提出不同的要求。例如，在1992年达成的第一个中美知识产权谅解备忘录中，美国只能把重点放在中国法律的修订方面。只有到了1995年达成的第二个中美知识产权谅解备忘录，美国才把重点放到了法律的实施上。但在TRIPS协议已经成为现实的情况下，只要是世界贸易组织的成员，就必须接受TRIPS协议的基本原则和最低保护标准，就必须按照知识产权执法的要求切实保护他国国民的知识产权。这样，美国就通过TRIPS协议达到了在许多双边谈判中达不到的目的。
同时，TRIPS协议的产生及生效，也有利于美国在多边协议的框架下达到保护知识产权的目的。在以前的一系列双边谈判中，世界各国所看到的更多的是美国以强权经济压迫贸易伙伴接受其标准和要求。而在TRIPS协议的框架下，即使是美国针对世界贸易组织的成员发起了争端解决程序，在其他国家看来也是有些成员没有达到或没有执行协议的有关规定，美国只是要求它们达到或执行有关的规定。从表面上看来，美国似乎是在维护TRIPS协议的规定和要求。自TRIPS协议1996年对发达国家生效以来，美国已经依据协议发起了一系列争端解决要求。可以预见，随着2000年1月1日TRIPS协议对发展中国家的生效，美国将更多地发起有关TRIPS协议的争端，由此而达到保护其知识产权的目的。
在世界贸易组织的一揽子协议中，除了TRIPS协议，《关于争端解决规则和程序的谅解》也与知识产权保护密切相关。
根据《关于争端解决规则和程序的谅解》，世界贸易组织建立了争端解决机构。争端解决机构之下，由争端解决小组处理有关的争端案件，由上诉机构处理对小组裁定不服的上诉。争端解决机构可以颁布有关的裁定，可以监督有关的国家执行裁定，可以授权对不公平贸易国进行贸易制裁。根据有关的规定，当世界贸易组织成员之间就有关的协议，包括TRIPS协议发生争端时，都必须依据《关于争端解决规则和程序的谅解》解决争端。其具体程序有争端的提出、相互的磋商、争端解决小组的成立及做出有关裁定、上诉及上诉机构的裁定、有关国家对裁定的执行及监督等。
世界贸易组织的争端解决程序与美国贸易法“301条款”的程序有很多相似之处。从争端的提出、相互的磋商、争端解决机构的裁定，到有关裁定的执行，世界贸易组织的争端解决程序都模仿了“301条款”的程序。可以说，世界贸易组织的争端解决程序是“301条款”程序，包括“特别301条款”程序的国际化。
随着世界贸易组织争端解决机制的设立，也使得美国在处理与其他成员的贸易争端中，包括知识产权争端中，带有了更大的隐蔽性。即美国不再是运用属于国内法的“301条款”及其程序处理与贸易伙伴的争端，而是运用所有成员都接受的世界贸易组织协议和争端解决程序来处理有关的争端。自1996年TRIPS协议对发达国家生效以来，美国贸易代表已经发起了一系列有关TRIPS协议的争端解决案。美国贸易代表发布的“特别301条款”年度审查报告中，也列举了有关的调查案及其年度进展。
显然，运用世界贸易组织的争端解决机制解决美国与其他国家的知识产权争端，已经成了美国贸易代表的一项日常工作。随着2000年1月1日TRIPS协议对发展中国家的生效，美国贸易代表将更多地运用世界贸易组织的争端解决机制，解决它与发展中国家的知识产权争端。
但是，世界贸易组织争端解决机制的确立，并不意味着“特别301条款”程序的终结。首先，对于世界贸易组织的成员来说，“特别301条款”的程序仍然是最后的保障手段。这就是说，在美国与世界贸易组织其他成员的知识产权争端中，如果另一方拒不执行或者没有完全执行争端解决机构的裁定，则美国还可以诉诸“特别301条款”的程序，包括诉诸贸易制裁措施，从而最终强迫争端的另一方完全执行有关的裁定。其次，对于非世界贸易组织的成员，当美国与之发生知识产权争端时，美国只能适用“特别301条款”的程序，而不能适用世界贸易组织的争端解决程序。在当今的世界上，还有相当一部分国家和地区不是世界贸易组织的成员。可以预见，对于这些国家和地区，美国还将频繁使用“特别301条款”的程序，解决有关的知识产权争端。
中国加入世界贸易组织后，与知识产权有关的两个协议，即TRIPS协议和《关于争端解决规则和程序的谅解》也会影响未来的中美知识产权争端，影响中国的国内立法。
首先，中国在享有世界贸易组织所带来的好处的同时，也必须承担起有关的义务。具体到知识产权的保护，就是承担TRIPS协议的义务，遵守协议的基本原则和最低要求。目前，我国的版权法、专利法和商标法都在修订之中，有关部门所考虑的重点之一就是TRIPS协议的规定。
其次，随着中国加入世界贸易组织，中美之间的知识产权争端将依据世界贸易组织的争端解决程序来解决。这样，中国就会在很大程度上摆脱“特别301条款”程序的困扰。同时，由于有了TRIPS协议关于知识产权保护的基本原则和最低要求，中国也可以在很大程度上摆脱美国在这一问题上的单方面压力。当中美之间再发生知识产权争端时，一切都将依据TRIPS协议的标准和世界贸易组织的争端解决程序加以解决。除此之外的不合理要求，都可以将其驳回。
但是，我们也应该看到，随着中国加入世界贸易组织，中美之间的知识产权争端将继续存在，并带上一些新的特点。例如，美国可能提出中国在知识产权实施方面的一些问题，发起世界贸易组织的争端解决程序。近年来美国不断提出的计算机软件终端使用侵权的问题，对着名商标保护的问题，对药品和农业化学品的行政保护不够的问题等，都有可能被美国拿到世界贸易组织的争端解决程序中。自1996年TRIPS协议对发达国家生效以来，美国对欧盟、葡萄牙、希腊、爱尔兰、瑞典、丹麦发起的世界贸易组织的争端解决程序，已经充分说明了这一点。
展望未来的中美知识产权争端，我们有必要认真研究世界贸易组织的TRIPS协议和《关于争端解决规则和程序的谅解》，认真总结美国与有关国家或地区诉诸争端解决程序的先例，吸取其中的经验教训。