而此时维新派却对慈禧要光绪陪着到天津阅兵的事产生了误解，以为慈禧要借阅兵之机废除光绪。其时虽然慈禧退居幕后，但仍然牢牢地控制着皇权，如果她想废掉光绪，只需一道懿旨就够了，没必要跑到天津，何况后来实际也正是如此。她发动政变之时，也只是从颐和园回宫，宣布一下，光绪便束手被擒了。
事实上到天津阅兵是荣禄为了迎合慈禧喜欢游玩的心理而上奏折请求的，并且是在慈禧允许光绪变法之前做的决定。而当时北京的大臣们听说太后、皇帝竞要冒险坐火车，都纷纷劝阻，但慈禧称“自己从未坐过火车，现在初次乘坐，一定是很有趣的事。”
但是，随着百日维新的深化，帝后两党矛盾的加剧，到天津阅兵之事却逐渐复杂化了。先是后党官员有意造谣，说到天津阅兵之时将对光绪如何如何，帝党的一些年轻维新官员们听到消息，却信以为真，十分惊惶，便千方百计为光绪出谋划策，这正好落入了老辣的守旧派设置的圈套。
维新派们此时才认识到抓军权的必要，康有为彻夜不眠，为光绪想出了几条办法，建议仿照日本设参谋本部，由皇帝亲自掌握，并改变年号，变更服制，迁都上海。但远水解不了近渴，于是他们把眼光转向了袁世凯。
他们认为，袁世凯曾经率兵远驻朝鲜，了解外国情形，又积极参与强学会活动，是个有头脑的人，但又担心袁世凯与荣禄关系密切，怕袁世凯不听光绪指挥，派人进行了试探。
书生气十足的维新官员根本不是老于世故的袁世凯的对手，他们误以为袁世凯可以信任。于是光绪于七月二十六日下诏召见正在天津小站练兵的袁世凯，这个不明智的举动更引起了慈禧太后的警觉，从那一天开始慈禧的态度大变。
最后决定派谭嗣同去找袁世凯，想说动袁世凯起兵勤王。谭嗣同拿出一个行动草稿，提议袁世凯在初五听皇帝训示时，请光绪发给朱谕一道，令其带兵到天津，趁荣禄听朱谕时，将其正法，然后袁世凯带兵进京，一半包围颐和园，另一半保卫皇宫。
袁世凯口头应允，思忖良久，回到天津后急忙密告荣禄，荣禄连夜打电报将此事禀告了慈禧。
八月初六日早晨，慈禧匆匆回宫。当天，清廷以光绪名义发布谕旨，以皇帝重病为由，请慈禧再度训政，随后光绪被囚禁在中南海中的瀛台。康有为、梁启超得讯后在外国人的帮助下逃脱，谭嗣同、杨深秀、杨锐、林旭、刘光第、康广仁被杀，这就是近代历史上有名的戊戌政变。
四、瀛台泣血
1．瀛台囚徒
瀛台位于北京中南海的南海，又名超台。始建于明朝，清朝顺治、康熙年间曾两次修建，是帝王、后妃的避暑和游览地。因其三面临水，衬以亭台楼阁，像座海中仙岛，故名瀛台。瀛台的中心建筑为涵元殿，殿后为涵元门，门外为翔鸾阁，阁下即木吊桥。殿前为香扆殿，该殿从北面看为单层，从南面湖边看则为两层，名为“蓬莱阁”。维新失败后，光绪帝被慈禧冈禁于瀛台，住在涵元殿里，太监每天送饭时架起桥板，走到瀛台来，用饭完毕，就抽掉桥板。光绪心情十分忧郁，万般无奈之中写下了“欲飞无羽翼，欲渡无舟楫”等诗句。直到光绪三十四年他离世的那一天，前后有十年的时间他都生活在瀛台，超过了他人生的四分之一。
慈禧囚禁光绪帝，并非本意。她真实的目的是废黜光绪帝，另立新君。于是，在大肆捕杀维新人士的同时，没完没了地审问光绪，在朝廷内部给其罗织罪名、进而为废帝提供依据。接着，又极力制造光绪帝“患病”的气氛，并把这一情况通报给驻京的外国使馆及密电各督抚。慈禧企图利用这种手法，为其废掉光绪帝制造借口和以此来观察外界的反映。
光绪二十五年十二月二十四日（1900年1月24日），慈禧以光绪帝的名义正式宣布立“端郡王载漪之子溥儒继承穆宗毅皇帝为子”，以备在将来承继“大统”。并定于明年正月初一（1900年1月31日），为立溥儁为大阿哥举行典礼。接着，溥儁便被接人清官，辟弘德殿为其书房。
光绪帝患“重病”以及立溥儒为大阿哥的消息散播以后，朝野上下种种议论蜂起，慈禧企图废帝的阴谋也随之被人洞穿。保皇的呼声一浪高过一浪，令慈禧应接不暇。但意料之外的两种势力的反对，却使慈禧陷入被动的泥沼，工商人士经元善等，立刻与一些在上海的华侨联名致电慈禧。
尽管在国内外舆论的压力下，慈禧的废帝阴谋没有得逞，但光绪帝的可悲处境，并没有丝毫的改变。
2．逃难西安
正当慈禧狂暴地倒行逆施之际，已经燃烧在直鲁交界等地的义和团反侵略斗争星火却在迅速蔓延，预示着郁积在广大劳动人民心中的对侵略者的深仇大恨，猛烈地迸发出来。
到了光绪二十六年五六月（1900年6、7月），义和团的反帝烈火已经燃烧到中外反动势力的心脏地区——京津一带。义和团将对列强侵略的不满，集中发泄在外国教堂、教民及洋人的身上，特别是义和团打出了“助清灭洋”“扶清灭洋”的旗帜，这不仅符合慈禧仇视洋人的心理，也使慈禧看到了报复洋人的希望。她将打败洋人的希望寄托于外间盛传的义和团法术之上。
光绪二十六年五月二十五日（1900年6月21日），慈禧以光绪帝的名义发布了宣战诏书：
“朕今泣涕以告先庙，慷慨以誓师徒，与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄。连日召见臣工，询谋佥同；近畿、山东等省，义兵同日不期而集者，不下数十万人，下至五尺童子，亦能执戈以卫社稷。彼尚诈谋，我恃天理；彼凭悍力，我恃人心。无论我国忠信甲胄，礼义干橹，人人敢死，即土地广有二十二省，人民多至四百余兆，何难剪彼凶焰，张国之威。”
慈禧无视国内外大势，不做认真的抗战部署，不计后果，同时向八个帝国主义国家宣战，这纯粹是“以快其私愤”的巨大冒险之举。同时她还有以此转移人民群众的斗争锋芒进而暗算义和团的恶毒之心。所以她不仅没有全力组织抗战，反而还想方设法、或明或暗地破坏各地军民的反侵略斗争，致使八国联军长驱直入，六月十八日（7月14日）攻陷天津；七月二十日（8月14日），兵临北京城下，英军率先破城。至此，慈禧犹如一个输光的赌徒，只剩下仓皇逃跑一条路。
光绪二十六年七月二十一日（1900年8月15日），慈禧挟持着光绪帝、带着臣属西逃。在仓皇出逃的前夕，她又命太监把已经被禁锢近两年的珍妃推到宁寿宫外的井中害死，时年24岁。光绪二十七年十二月，慈禧回銮后，派人从井中打捞起珍妃的尸体，并进行安葬。以“随扈不及，殉难宫中”为由，追赠珍妃为皇贵妃。然而，慈禧欲盖弥彰的做法，只能徒增后人对她残忍行为更多的想象。
光绪帝得知珍妃被害的噩耗之后，“悲愤之极，至于战栗”，其思想感情又受到极大挫伤。从此，光绪帝更犹如失去“灵魂”，“变成完全像木头人一样”。这正是其悲愤至极的心态体现。事隔几年之后，光绪帝又作诗表达对珍妃的思念之情。“金井一叶坠，凄凉瑶殿旁。残枝未零落，映日有辉光。沟水空流恨，霓裳与断肠。何如泽畔草，犹得宿鸳鸯。”
在西逃的路上，慈禧就把罪责都推到了义和团身上，颁发了绞杀义和团的诏书。随后，在许多地区出现了中外发动武装联合镇压义和团的局面。
光绪二十大年十二月二十六日（1901年2月14日），已经逃到西安的慈禧公开宣布，甘愿进一步采取“量中华之物力，结与国之欢心”的彻头彻尾的卖国政策，至此，清政府已经完全成为“洋人的朝廷”。
光绪二十七年七月二十五日（1901年9月7日），经慈禧批准，清政府的全权代表奕勖、李鸿章在《辛丑条约》上签字。《辛丑条约》是中国近代史上赔款数目最庞大、主权丧失最严重、精神屈辱最深沉，从而给中国人民带来空前灾难的不平等条约。它的签订，标志着中国半殖民地地位的进一步加深。
3．身陷囹国心未死
光绪帝虽然被禁于高墙之内，但却没阻塞他向往西方、了解西方和学习西方的道路，即使在深陷逆境的岁月里，光绪帝仍在“朝夕研求”古籍时书，其中“于西学书尤留意”。同时光绪帝还坚持每日以一定的时间学习英文，常常利用一切途径，不断了解外洋的各方面情形。
新发现的光绪帝在生命最后时刻的阅读书目，从一个侧面展现出，光绪帝没有放弃他的抱负。
在光绪三十三年十二月二十六日（1908年1月29日）由内务府奏事处瀛台交出的光绪帝朱笔所列的书目40种：
政治官报局刊印各书：《日本宪法说明书》《日本统计释例》《日本宪政略论》《译书提要》《驻奥使馆报告书》；商务印书馆新印各书：《孟德斯鸠法意》《政治讲义》《法学通论》《比较国法学》《政治学》《国法学》《民法原论》《政治泛论》《宪法论》《行政法泛论》《日本预备立宪》《国债论》《警察讲义录》《日本警察讲义录》《日本警察法述义》《白治论纂》《宪法研究书》《日本监狱法详解》《万国国力比较》《政治一般》《列国政治异同考》《欧洲最近政治史》《欧洲新政史》《欧洲财政史》《经济通论》《理财新义》《日本法制要旨》《日俄战纪》《最新战法学》《德国学校制度》《各国宪法大纲》《英国宪法论》《万国舆图》《欧美政教纪原》。以上每种呈四部，并嗣后官报局有新印出之书，即随时每种呈递四部。
这份读书单它多少告诉我们光绪帝死前的精神状态以及尚未泯灭的政治抱负，其中有大量书籍是关于立宪方面的，足见他仍在积极自我准备，从一个侧面展现出一个心存希望的皇帝的形象。被长期软禁的光绪帝，所以还在埋头攻读、密切注视外洋动向、关心国家的危亡，仍在不断的追求，其原动力，无非是来自他的忧国之忱和从未动摇的复兴祖国之志。
4．猝死之谜
光绪帝在瀛台的10年，虽然经历了曲曲折折、起起伏伏，但他的心中似乎始终不灭东山再起的愿望，可惜他终于没有能斗过慈禧，一辈子都生活在她的阴影之下。
光绪三十四年十月二十一日酉正二刻三分（1908年11月14日下午5时33分），光绪帝在孤独与痛苦中走完了他38岁的人生。他也许知道，也许不知道，慈禧只比他多活了1天！但就算他能多活几年，大清江山就能在他手里益寿延年吗？第2天，也就是十月二十二日未时（下午1时至3时），慈禧在仪鸾殿撒手人寰。
大清朝在位皇帝与掌握近代中国近半个世纪的真正统治者慈禧，在不到二十四个小时的时间里相继去世，这事太巧，巧得让人生疑，这不能不让人们对这母子死亡时间如此巧合的背后原因产生种种猜测和议论，加之光绪帝与慈禧之间的政治矛盾与由此引发的政见分歧和冲突，更加使人觉得在光绪帝死因背后，蕴含着惊天阴谋。于是，种种议论在雅室高堂、乡间里坊不胫而走，成为清末重大疑案。
不过，无论光绪帝究竟死于何因，他在清廷遭受的控制与打击；在精神与志向上受到的压抑与摧残；在身心上经受的折磨，甚至其骨肉亲情也被人拆毁，无不令人感慨万分。正如朱金甫、周文泉两位先生指出的：“综观光绪帝～生，乃在疾病与政治及生活上的失意中度过，疾病与失意两者互相影响，尤其是失意促使其病情日益加重……迨至戊戌事败，身遭软禁，精神几近崩溃，而病状纷来沓至，斯时精神痛苦更促使病情加剧。其后虽经御医多方调治，病情仍时轻时重，缠绵不已。”
他的帝位是老佛爷赏给的，就算是老佛爷始终不肯放手也情有可原。但是，爱新觉罗的子孙，不可能心甘情愿听凭一个妇人控制。所以，从亲政开始，他一直想做个真正的皇帝。但是，与手腕高强的圣母皇太后相比，他太稚嫩了，一次一次地碰得头破血流。甲午战败，戊戌变法失败，直到北京被洋人攻破，他成了有清200多年来第一个“蒙尘”之主。