表面上看，纪昀豁达、乐观，应付周围，能够左右逢源。但实际上他的处境仍然是非常艰难的。在四库全书馆编纂处，纪昀虽然名誉上是第一位的总纂官，但是在他之上还有二十几名正副总裁官，乾隆还亲自干预，不断地谕示，要“朕亲批阅厘正”。一部书辑录完稿，待逐层交皇帝御览时，编纂人等便是提心吊胆，以待御批示下。据云，一部书写好进呈时，往往还要在开卷首页故意留下一两处比较明显的错误，以便御览时易于发现改正。这样做是为了满足皇上比人高一等的心理，这就是所谓的“钦定”。然而皇帝又哪里有那么多工夫用在书本上，于是来不及一一御览的错误之处，就在“钦定”的招牌下，“合法”地留下来了。也难怪事与愿违，拍马屁拍得太不是地方了。皇上发现伪谬如此众多，龙颜火怒，责令重为校正，因此负责校勘的官员，受到处分的人次，为数众多，也是罪有应得。
乾隆对《四库全书》的评论也有该书“草率讹谬，比比皆是”的话。作为总纂官，对于此类情况，怎能不因左右为难而头痛呢？
乾隆于四十二年十月二十九日，命以哈密瓜颁赐四库全书馆诸臣，全馆一百五十四臣，联句讴颂，视为无上荣光。纪昀为《恩赐四库全书馆哈密瓜联句恭纪一百五十四韵》作序说：“此日分尝，真作逢春之草，恩逾常格。”但就在赏瓜后没几天的十一月间，新昌举人王锡候，因考证《康熙字典》，另着《字贯》，以“有辱圣祖”罪而被诛。总之，乾隆对待当时知识分子的方法，就是恩威兼施，把许多人撵到四库全书馆，做编纂，搞“学问”，发扬汉族传统文化，使之在书海中消磨终身。如稍有逾越者，便采取杀一儆百手段，示意尔辈须俯首帖耳，做御用文人。
至于陆锡熊、陆费墀以下的校勘人员，有很多人所受的处分是很严厉的。翰林蔡葛山就是其中一员，他与纪晓岚交情很深，曾向纪晓岚发牢骚说：“我校四库书，因为讹字夺俸，实在觉得冤枉。但又有什么办法呢？这些年，白白辛苦了一场，不但得不到升迁，还把这些年积存，全搭进去了。”纪晓岚劝慰道：“事已至此，先生何必太认真？因此事受罚之多，多至几百人。您与他们相比，境况尚属不错。您不见总校陆费犀，新近郁郁而死，落得倾家荡产，人亡家败吗？先生何不想想，若非此事，那些遗书秘籍，一生还会有读到的机会吗！”“要说也是。”蔡葛山点点头，“我确有一事，深得校书之力。”
“是哪件事？”
“我的一位幼孙，偶然吞下一枚铁钉，郎中以朴硝等药，攻之不下。幼孙日渐弱，就在这时，校《苏沈良方》，见有小儿吞铁物方写道：‘剥新炭皮研为末，调粥三碗，与小儿食，其铁自下’。依方试之，果然炭屑裹铁钉而出。我这才知道杂书也有用啊！”说完蔡葛山欣慰地笑了。
纪晓岚在编着《四库全书》的时候，有个戏班进京演戏，听说纪晓岚滑稽有才，而且有求必应，就托人求他为戏台题对，纪晓岚沉思半晌，欣然命笔，写了一个七十六字的长联：
二帝生，三王净，五伯七雄丑末耳。汉祖唐宗，也称一时名角。其余拜将封侯，不过掮旗打伞跑龙套；
四书白，六经引，诸子百家杂曲也。李白杜甫，能唱几句乱弹，此外咬文嚼字，总是沿衔乞讨耍猴儿。
对联一贴，立刻轰动一些本来无心看戏的人，也纷纷前来观赏，很为这台戏壮了门面。时过境迁，戏为哪家所演，所演又为何戏，早已不为人们记忆，而纪晓岚为戏台所题的这副对联，却在民间一直流传了下来。
在纪哓岚看来，戏演历史，历史演戏，中华民族几千年的历史本身，就是一台好戏。在这台戏中，炎黄二帝为生角，夏禹、商汤、周文武三王算净角，春秋战国的五霸七雄，只能是丑角、末角的行当。汉高祖刘邦、唐太宗李世民，搞得不错，也称得上一时名角。其余那些封侯拜将的，不过为扎旗、打伞、跑龙套的角色而已；儒家经典四书六经是这史剧的念白和引子，先秦诸子百家之说，是戏中之杂曲。唐代大诗人李白、杜甫，应说能唱几句乱弹，此外，历代咬文嚼字，大多称不上真正的艺术，总是把它作为向帝王讨生活的一种手段，就如同那些耍着猴儿沿街乞讨的一样。
此联上句从人物谈历史。下句从文化谈历史，句句以戏剧作比，形式新颖，别开生面，生动含蓄。耐人咀嚼，艺术上很有特色，从内容看，全联都渗透着作者的历史观和人生观。乍看起来，好像表现的是历史虚无主义，实际包含的是纪晓岚细微复杂的切身经验之谈。在他看来，历史上真正有作为、有贡献的帝王将相空空可数，多数是历史舞台上的匆匆过客；浩如烟海的诗书文字，真正经世致用，有历史价值的，其实并没有多少。多数是粉饰太平，向帝王邀功请赏的平庸之作，与耍猴儿要饭并无本质的不同。纪晓岚涉足宦海，亲眼看到帝王将相的腐败无为，亲身感到文化统治之苦，如临深渊，如履薄冰，说话、办事、写诗文，处处加着小心。很多情况下不得不迎合“圣意”，委曲求全。但他自恃满腹才华，不甘于碌碌无为，把才华作为向皇帝乞讨的资本。他心里是矛盾而痛苦的。由这种亲身感受而纵观历史，他才写出了副别有点玩世不恭的对联。今日读来。仍令人感慨。
纪晓岚编撰《四库全书》时，前后十余年，由编修升至礼部尚书，文人的习惯始终保留。为编《四库全书》查找秘籍，他曾四进承德避暑山庄查点文津阁秘籍。
有一次，在承德避暑山庄检点自己编纂过的书稿，忽然从书中掉出一张纸条，他捡起来一看，不由得高兴地大叫起来：“找到了，找到了。沉没数百年，终见于世，岂非贞魂怨魄，精贯三光，有不可磨灭者乎？”陆锡熊等同僚见他这样高兴，不知何故，都奇怪地望着他。
原来，他见到的是几年前从《永乐大典》中抄录出的一首不见传本的佚诗。此诗抄后夹入书中，后来书被人搬动，竟忘记夹在哪一本，多次查找，均无所获。现偶然得到，岂不令他高兴异常！
这首诗题名《李芳树刺血诗》，没有注明朝代，也未说明李芳树是什么人，更未注明为何而作。当时陆锡熊为它作了一次小小的考证。根据诗在诸诗中的排列次序，断定李芳树为宋人。即使是宋人，到清乾隆间也已几百年了。诗作缠绵悱恻，婉转哀怨，与汉乐府《孔雀东南飞》颇为类似。纪晓岚本是个多情种子，见此绵绵情诗，怎不珍爱非常？诗云：
去去复去去，凄恻门前路。
行行重行行，辗转犹含惰。
含情一回首，见我窗前柳；
柳北是高楼，珠帘半上钧。
昨为楼上女，帘下调鹦鹉；
今为墙外人，红泪沾罗巾。
南外与楼上，相去无十丈；
云何咫尺间，如隔千重山？
悲哉两决绝，从此终天别。
别鹤空徘徊，谁念鸣声哀！
徘徊日欲晚，决意投身返。
手裂湘裙裾，位寄稿砧书。
可怜帛一尺，字字血痕赤。
一字一酸吟，旧爱牵人心。
君如收覆水，妾罪甘鞭捶。
不然死君前，终胜生弃捐。
死亦无别语，愿葬君家土。
倘化断肠花，犹得生君家。
这首诗写得何等凄怨，难怪纪晓岚爱不释手了。由此也可见纪晓岚的文人纯真气息，以及对人间挚爱真情的歌颂与向往。
本来，在宋明理学的体系中，只有“天理”才是唯一的、实在的，人的感性自然欲求则被绝对加以排斥，所谓“天理存则人欲亡，人欲胜则天理灭”，乃是中国传统道德可怕的变态和扭曲。
但是，压抑从来不是万能的。理学家们消灭欲念的强力主张，自晚明以来便不断地受到来自各方面的反击。纪晓岚在写作《四库全书》提要时，也站在这一阵线之中向理学出击。他叙述了如下两则抉择于“欲”与“理”之间的故事，它们的主人公分别是北宋陈烈与南宋胡铨。
陈烈一次出席宴饮，东道主请来官妓于席间助兴，“烈闻妓唱歌，才一发声，即越墙攀树遁去，讲学家以为美谈。”对于理学道德准则来说，陈烈确是严守名教大防、坚守纯正“天理”的典范。
胡铨是南宋名臣。绍兴年间，秦桧主和，金使南下诏谕江南，他上疏请杀秦桧和使臣王伦，被谪吉阳军(今广东崖县)十年，直到孝宗即位，才被序用。在从贬地北归的途中，胡铨饮于湘潭胡氏园，题诗曰：“君恩许归此一醉，旁有梨颊生微涡。”所谓“梨颊生微涡”者，即“侍妓黎倩也”。胡铨之诗后为朱熹所见，于是朱文公题诗曰：“十年浮海一身轻，归见梨涡却有情，世上无如人欲险，几人到此误平生。”在这位理学大师看来，胡铨虽气骨铮铮，却因把持不住“方寸之间”的自我，从而在一念之差中堕入险恶的“人欲”陷阱。系于人生全副身心和性命之上的伦理道德这把达摩克利斯剑，终于无情坠落，胡铨由此而被判定，“自误平生”，此番情形正如乾隆帝所声言的：“天理与人欲，只争一线多。”“出此入乎彼”，其间绝无调和余地。纪晓岚却不然，他针对朱子对胡铨的斥责而发出这样的议论：
铨孤忠劲节，照映千秋，乃以偶遇歌筵，不能作陈烈逾墙之遁，遂坐以自误平生，其操之为已蹙矣。平心而论，是固不足以为铨病也。
在这里，纪晓岚以一种现实的富于人情的态度来解说胡铨“归见梨涡却有情”的“失误”，其批判锋芒所及则是理学扼杀人的情感欲望的禁欲主义以及道德神圣、道德至上的泛道德主义。其立场和志趣大不同于宋明理学家。
纪晓岚为编写《四库全书总目》，将从各地搜集到的逾万部书籍，以及宫中秘籍，一一细细审阅，披览无余。但起初，明代的《永乐大典》藏置何处，一时寻求未获，使他为此事十分焦急。
后来有一个老太监说他幼年进宫后，有一回打扫敬一亭，曾见过《永乐大典》。
这让纪晓岚大为兴奋，因为范围就缩小在皇宫中，他立即派人到敬一亭寻找，却找不到，纪晓岚为此苦恼不已。这时同为编修的朱筠便说道：“晓岚，我想这是上天要考验你的诚心与耐心，你身为总纂，要编修的可是要流传百世的巨着，不如你斋戒沐浴三天看看，也许感动了上天，有奇迹也不一定。”
对一般人而言，斋戒三天，并不是什么了不得的大事。可是对纪晓岚而言，这真是天大的难题。纪晓岚自小到大，三餐无肉不食，现在叫他茹素三日，简直是要他的老命，可是纪晓岚竟然答应了。当真是心诚则灵，斋戒后三天不到，几个太监踏着梯子在搬动敬一亭的书籍要找《永乐大典》时候，一个重心不稳，连人带梯撞上柱子，结果柱子上掉下一件物事，太监们一看，不禁大声叫道：“找着了，找着《永乐大典》了！”原来掉下的东西正是《永乐大典》的其中一册，纪晓岚闻讯立即跑到敬一亭，看到太监从柱子上一本一本地将《永乐大典》传下来，高兴得眼泪不停落下。
各省进呈的书也陆陆续续地送进宫中，纪晓岚认为各省送来的书籍，大小不一，编成后，若用木刻则太过费时，不如改用抄写，可以随时订正改错，书本规格也可以统一，便呈奏朝廷恭请圣裁，乾隆立即照准。纪晓岚便将书籍分发到各部门的校官手上，集“总阅”、“总纂”、“总校”、“提调”、“缮书”等处，动用文臣两百四十九人、抄录员一千余人，总人数超过四千余人，动员人数之多，规模之庞大，创了当时的世界纪录。
能编辑《四库全书》是纪晓岚最感光荣的事，却也是纪晓岚最惶恐的时候。因为乾隆在编辑《四库全书》时，挑剔万分，其用意就是要控制全国的思想，所以只要是出现忌讳之书，如果作者在，必定下狱；与作者有关系，下狱。所搜集的书经统一整理后，供全国士子阅读。
如此，全国只有朝廷规定的书可读，集权统一思想的目的也就达成。为此，乾隆下一道谕旨，要求所有校正官员，严格执行检查之责，不得留存忌讳之书，日后若有讳碍书籍或文字存留，一经发现，罪不可赦，监督者亦难辞其咎。乾隆三十八年，文字狱大开，月月皆有狱案发生，读书分子人人自危，身为总纂官的纪晓岚更是战战兢兢。
因为虽然是说监督者自行斟酌，但是忌不忌讳根本没有一定标准，唯一的标准是在乾隆的心里，忌讳与否，全凭乾隆意思。纪晓岚编辑《四库全书》十几年，简直如履薄冰，好像脖子后头摆着一把大刀，随时都有人头落地的可能。虽然纪晓岚这么小心谨慎，三十九年九月，仍被“王殉遣兄投递字帖”案牵连，险遭下狱。
王珣是直隶省盐山县回民，他派遣其兄王琦进京，向户部侍郎金简进呈字帖，没想到其中诗文三本内文多狂悖，又语多涉及纪晓岚。当时因为文字狱已起，金简觉得事关重大，立即呈报朝廷并将王珣兄弟逮捕，王殉押解京师问讯。王珣供词中提到扶乩者说他和纪翰林同为圣人子弟，王珣是颜回，纪昀是子贡转世等语。纪昀自恃是圣贤转世，讽刺朝政，要挟圣上，平时更搜集鬼神精怪故事，大有蛊惑人心之嫌。乾隆一看奏章，顿时大怒，便速召纪晓岚问个究竟。
纪晓岚一到宫中，乾隆便问：“纪昀，直隶盐山县回民王珣，你可认识吗？”
“回皇上，臣不认识这人。”
“哦！王珣诗文中许多提及你的地方，你知晓否？”
“回皇上，臣实不知啊！”
“那他曾送两次仙笔仙诗去你家，你知道吗？”
“王珣确实有送诗文到臣家中，不过都是由下人传话，而臣一概拒绝接见，东西也没有收下。”
“嗯！”乾隆听到这也就稍稍放心下来，可是不一会儿又沉下脸来说道，“那你自以为是圣贤转世，所以才胆敢讽刺朝政、顶撞朕？”
纪晓岚非常镇定地说道：“绝没有此事，臣被人说是圣贤转世，乃乡野无知之人所言。至于对朝政的批评，臣承认难免为之，毕竟臣自己在朝为官，自然对有些政策会有些质疑，但臣绝对是忠心为国，决不曾也不敢对皇上有任何批评，请皇上明察。”
乾隆听完又更放心，他当然知道朝中所做的决策，无法做到让每个人都认同，纪昀能承认更显他的诚实与正直，而且君臣在一起多年，纪昀对他的忠心，他怎么会不知晓？转而一想，这金简必是假公济私，利用无知乡人之言来对付纪昀，自己一定是被最近的狱案搞得心神不宁，竟然相信金简低级下流的奏本内容。
这时乾隆对纪昀是完全信任，但是他还是有些不放心，又问：“听说你在搜集鬼怪仙狐故事，借以蛊惑人心，有这种事情吗？”纪昀虽然跪在地上，看不到皇上的脸色，但是听声音知道乾隆已经不怪罪他了，心里一放松，说话时更稳定，他大胆地说道：“回皇上，臣的确有在整理一些乡间传闻故事，但是臣以为百姓识字不多，不能写书，但是他们仍知道什么是善恶，何谓是非，便将抑恶扬善、明辨是非的道理寄存于故事中，只是故事太过粗鄙，所以臣想将这些故事整理润饰，将来可公诸于世，让世人知道扶正抑邪是天理所在，臣虽力微，然意志坚定，恳请皇上答应让臣继续此事。”“好！哈哈！平身吧！纪卿你这件事做得好，朕知道了。”便不再追究纪晓岚，不过王珣仍被判处斩，王琦充军发配边疆。纪晓岚这次虽然逃过一劫，但是已经让他惊吓一场。
经过这么一回的折腾，纪晓岚编书更是小心谨慎，校阅订正不敢掉以轻心，尤其是乾隆对于校阅要求极为严苛，只要不合意就得小心脑袋。有一次编辑宋朝人李荐《济南集》，有一首《咏凤凰台》的诗中有句“汉彻方秦政”，直呼汉武帝刘彻及秦始皇嬴政之名，乾隆为之恼火，立即颁旨：