乾隆三十六年（1771）元月，风尘仆仆的纪晓岚回到北京。他立刻递上谢恩折子，等待朝廷的重新任命。但乾隆皇帝在承德避暑，并没有立即召见他，纪晓岚只好闲居待命。
纪晓岚在埋头读书之余，时刻关注着朝廷的动向。“功夫不负苦心人”，纪晓岚终于等来了觐见乾隆皇帝的机会。乾隆三十六年(1771年)十月，乾隆从避暑山庄起驾回朝，纪晓岚马上赶往密云顺天府行宫迎接皇上。此时的乾隆正沉浸在土尔扈特部回归的巨大喜悦之中。
土尔扈特部原本是漠西厄鲁特蒙古四部之一。早在十七世纪二十年代末，他们因不堪忍受准噶尔部落的欺凌，从天山以北迁移到了伏尔加河下游地区游牧，开创了自己的家园。好景不长，不久俄国的势力也到达了他们的北边，并力图把土尔扈特变成他们的附庸。土尔扈特极力维护自己的独立，继续保持和蒙古其他各部的联系，互通婚姻，参加集会，不断向清朝进奉表贡，与沙俄的奴役与压迫进行着不屈不挠的斗争。沙俄政府为了对外扩张，加强了对土尔扈特部的控制，向他们征收苛重的赋税，不断地征发兵员。
乾隆二十六年(1761年)，年轻的首领渥巴锡继承汗位。他清醒地认识到：土尔扈特部如果继续生活在沙俄的魔掌下，除了整个部族趋向覆灭的命运之外，是没有别的出路的。为了挽救民族危亡，他决定发动武装起义，摆脱俄国的羁绊，重返同宗同教的故土，归顺大清。
乾隆三十六年(1771年)正月，也就是纪晓岚从新疆返回京师时，土尔扈特人开始了全部回归的重大行动。在经过周密的谋划之后，渥巴锡率领三万二千帐十七万人组成的浩荡大军，消灭了数千沙俄官兵，烧掉了帐篷、带不走的东西和渥巴锡的木制宫殿，拔营起寨，惊天动地踏上了万里归途。成千上万的妇孺和老人乘着马车、骆驼和雪橇，在跃马横刀的勇士们的护卫下，离开了白雪皑皑的伏尔加河草原，一队接一队地迤逦前进。一路上，他们遇到了各种艰难险阻，但向着太阳升起的地方——祖国前进的愿望始终激励着他们。他们摆脱了沙俄军队的追袭，战胜了风雪、严寒、劳累和饥饿，行程万余里，跋涉半年多，终于于六月到达伊犁河畔。
对于土尔扈特的回归，乾隆皇帝给予满腔热情的欢迎，并对接待、救济和安置工作进行周密细致的安排。九月中旬，渥巴锡和另外几位首领被接到承德，在木兰围场随围观猎，在避暑山庄里盛会赐宴。所有土尔扈特的各级头领都封了官爵。乾隆帝十分高兴，当即赋诗一首：
通使曾经丙子年，兹徕统部不期望。
名编典属非招致，礼肄鸿胪合惠宣。
类已全归众蒙古，峪征嘉兆信伊绵。
无心蜀望犹初志，天与钦承益巩虔。
这首诗歌表达了乾隆皇帝作为大国君主，欢心喜悦、踌躇满志的心情。
土尔扈特的回归，标志着蒙古族全部归属大清。这件事生动地昭示出大清朝皇恩浩荡，威加四海的盛世气象，是乾隆皇帝文治武功的又一大功绩。乾隆帝为此亲自撰写了《土尔扈特全部归顺记》和《优恤土尔扈特部众记》，镌刻成两块巨大的碑石，永至纪念。
俗话说：“来得早，不如来得巧。”纪晓岚算是赶上了好时机。就在乾隆皇帝心情最佳的时候，纪晓岚在密云行宫朝拜了皇上。乾隆帝一见到纪晓岚，不由想起十五年前君臣唱和《宴土尔扈特使臣》的事，高兴地说：“土尔扈特已全部归顺了，你应该作诗纪念才是。”纪晓岚不愧是大才子，他一气呵成写下了五言三十六韵进呈御览。诗中写到：
醲化超三古，元功被八紘。圣朝能格远，绝域尽输诚。
往者星弧指，俄然月窟平。威棱震潆汜，兵气扫欃枪。
赤坂骁腾度，黄云指顾清。峰开回乐雪，迹陋受降城。
别部留余种，当年早远行。慕容随马徙，蛮氏怯蜗争。
杳隔罗叉地，空传赞普名。冰霜途久阻，葵藿意常倾。
贡篚先遥至，宸章忆载赓。初来瞻禁御，早已仰天声。
迩日乌孙部，全归定远营。随阳都似雁，出谷尽如莺。
喜近层霄路，无辞八月程。自歌唐莋曲，不假贰师征。
东道艰难达，西琛拜跪擎。露章飞入告，星使远相迎。
绥辑劳都护，金银发水衡。流离怜琐尾，奔走悯孤茕。
汤纲原常祝，尧天许再生。寒岩俱变暖，枯卉忽含萌。
踊跃瞻风意，殷勤献曝情。黄龙何用约，白马不须盟。
恰值慈云普，方恢寿宇宏。感恩齐挟纩，效祝愿称觥。
紫塞沿冰谷，丹梯觐玉京。省方随日驭，大狞侍霓旌。
益地图新启，钧天乐正鸣。殽蒸雕俎列，酒醴羽觞盈。
带砺崇封锡，衣冠异数荣。试看歌舞乐，真觉畏怀并。
从此皇风畅，弥彰帝道亨。梯航遍陬瀣，寅赆集寰瀛。
清宴三灵叶，升恒两曜贞。铭功葱岭石，万古峙峥嵘。
这首诗中除了对土尔扈特部回归情况的基本记述外，更多的是对乾隆统治德被化外、功勋超越三代的歌颂。特别是“汤纲原常祝，尧天许再生。寒岩俱变暖，枯卉忽含萌”，更是对乾隆皇帝“仁慈高厚”的颂扬。它写的虽是乾隆对待土尔扈特部的厚待，但也反映了纪晓岚自己受乾隆召回京都的感激之情。这种表现形式，字里行间洋溢出的真挚情感，很合乎乾隆皇帝树立“仁慈君主”形象的心理。所以乾隆看了后非常高兴，颁旨嘉奖，复授纪晓岚翰林院编修。
上天跟纪晓岚开了一个天大的玩笑。他34岁时初入翰林就已经取得了这个职位。经历了宦海浮沉的颠簸，14年后的他又回到了原点，一切都要从头开始。
再入翰林院的纪晓岚，经历了远戍边疆的挫折后，对人生有了更加深刻的认识，体会到了君主的无常、官场的险恶与世态的炎凉。他的心情是矛盾和忐忑不安的。他在一方玉井砚背戏书一绝以自嘲：
万里从军鬓欲斑，归来重复上蓬山。
自怜诗思如枯井，犹自崎岖一砚间。
诗中既有对自己年近50顺利返回京城以及重新获得皇上的认可、重入翰林工作的喜悦，也有对自己近年来文字荒疏的担忧，更有对自己再次从编修做起、仕途渺茫的惆怅，总之是悲喜交加。
面对友人送来的一幅《八仙对弈图》，他感慨万千。画上，韩湘子、何仙姑对弈，五仙旁观，只有铁拐李酣然大睡。纪晓岚在这张画上题了两首诗。诗中写到：
十八年来阅宦途，此心早似水中凫。
如何才踏春明路，又看仙人对弈图。
局中局外两沉吟，犹是人间胜负心。
那似顽仙痴不省，春风蝴蝶睡乡深。
这两首诗，可以说把他此时此刻的心境烘托得十分恰当。纪晓岚在诗中对“世事如棋”发出了感慨，向往“春风蝴蝶睡乡深”的境界。但这只不过是一种心灵的安慰和憧憬而已，功名的诱惑使他难以放弃一切。
此时的纪晓岚陷入了仕与隐的两难抉择之中。如果像古代隐士那样归隐山林，过着“采菊东篱下，悠然见南山”的自在闲适生活，对于个人来说不失为一条好的选择。但是那样的话，报国济世的志向，国家兴盛繁荣的大环境、个人及家族荣耀的社会地位就都无从谈起了。而如果留在朝廷，“伴君如伴虎”，尤其是遇到乾隆这样精明的“老虎”，一个不小心，轻则丢官，重则失了卿卿性命。纪晓岚在人生的十字路口，苦苦思索，徘徊不前。火热的经世情怀终于战胜了退隐的念头，他最终还是选择了继续过那种“水中凫”的生活。
在一首题为《己卯秋，钱塘沈生写余照，先师董文恪公为补幽篁独坐图，今四十年矣，偶取展观，感怀今昔，因题长句》的长诗中，纪晓岚对这一时期的思想历程做了淋漓尽致的描写。
当年，阅历丰富的老师董邦达为他补作《幽篁独坐图》，旨在劝诫他不要律津玩味宦途生涯。聪明的纪晓岚当然明白老师意在规劝，要他隐身山林。可是，人不摔跤是不会接受教训的。那时纪晓岚仕途上正春风得意、事事顺心，他不愿意放弃拥有的一切，“拈花微旨虽默解，拂衣未忍犹留连”。
不久，他遭受了谪戍西域的劫难，“人生快意果有失，一蹶万里随戎旃。孤城独上望大漠，泱漭沙气黄无边。慨然念此画中景，犹如缥缈三神仙。枯鱼书札寄鲂，风波一失何时还？玉门谁料竟生入，鸣珂又许趋仙班”。
归来以后，“少年意气已萧索，伤禽宁望高飞翻。但思臣罪当废弃，骖鸾忽蹑蓬莱巅。友朋知己尚必报，况乃圣主恩如天。文章虽愧日荒落，江淹才尽非从前。石渠天禄勤校录，尚冀勉涤平生愆。以此踌躇未能去，故人空寄归来篇。湖州妙迹挂素壁，风枝露叶横苍烟。弹琴长啸悬日月，相从但恐终无缘”。
受过一次大的挫折之后，少年意气已经消退，受过伤的飞禽哪里还敢指望凌云高飞！但是圣上恩宠，让自己重进翰林院，又不得不尽心竭力地在内廷文馆为朝廷效力。这首诗清晰地反映了纪晓岚心理的矛盾以及抉择的过程。他之所以没有选择归隐的生活，除了他难以抛弃的功名以外，更重要的原因还在于乾隆对他的知遇之恩。圣主的青目促使他坚定了“以文章报国”的信念。
一个人要想成功，固然离不开坚韧和努力，但也同样离不开时代赋予个人的机遇。试想想，假如没有随之而来的《四库全书》的编纂，纵使纪晓岚才华横溢，学富五车，胸藏三坟五典，他的人生宦迹或许也只是平平常常，黯淡无光。然而，上天眷顾了这位才子，一项重大的历史使命很快就落到了纪晓岚的肩上。天降大任于斯人，纪晓岚受命总纂《四库全书》，他一生的荣耀与辉煌，在此达到了巅峰。
《四库全书》的纂修不是一个偶然的文化现象。它既包含有整理古代典籍、总结传统学术的时代要求，又蕴藏着封建帝王标榜文治、强化专制统治的私意。
到了乾隆中期，政治、经济、军事都发展到中国封建社会的顶峰，国家呈现出一片欣欣向荣的局面，文化事业的勃兴成了历史的必然和时代的要求。学术界出现了收集整理贮藏古代典籍的呼声。早在乾隆初年，山东学者周永年着《儒藏说》，大声疾呼收藏儒家经典的必要性和迫切性。他指出要想让古代儒家经典得到保存，必须利用朝廷的大力，建立“儒藏”，把天下书籍征集到一起，妥善保管，使古人着述中可以传世者，从今以后永无散失，天下万世都能读到它们。周永年的建议，得到学术界的广泛响应。
朝廷方面，从康熙年间，就有了博采群书之议。康雍两朝编辑刊印了一些规模较大的类书，如《康熙字典》、《佩文韵府》、《古今图书集成》等。乾隆皇帝也懂得思想统治的重要性。早在继位之初，他就开博学鸿词科，扩充科举录取名额，搜罗天下人才，为他的统治效劳。同时他还开馆修书，先后完成《皇朝文献考》、《续文献通考》等一大批史籍的编纂。到了他继位30年以后，在武功显赫的基础上，他更要通过文化事业来标榜文治，体现和张扬祖国大一统的气象。
纪晓岚的一生心血都交给了这项旷世工程。个人的事业如果能与兴趣结合起来，会感到乐此不疲，也会使事业如日中天，获得巨大成就。但如此幸运的人不多，纪晓岚编纂《四库全书》，按说是一个苦差事，但这是他的兴趣和长处，因而能在繁忙中得到乐趣。
乾隆知道这一副担子不轻，擢升纪晓岚为翰林院侍读，并把陆锡熊同时诏命为侍读充任纪晓岚的副手，职务为四库全书副总纂官，同事们口头习惯称呼为“副宪”。
陆锡熊，字健男，号耳山，“耳山”之号比“健男”之字名气更大。他是上海人，比纪晓岚小十岁，且比纪晓岚晚七年登进士金榜。但他博闻强记，资禀绝人，又没有遭受纪晓岚贬戍新疆那样的挫折，所以一直留存朝中编辑史书，如《通鉴辑览》、《契丹国志》等。当时他的职务是内阁中书。
自纪晓岚从新疆还朝之后，乾隆认为其聪明才智超过了陆耳山，所以诏命陆耳山当了纪晓岚的副手。
对于这一点，陆耳山心里颇为不服，认为自己的才气并不比纪晓岚差，而自己又一直留朝任职，万没想到纪晓岚作为一个罪人从新疆刚刚进朝就爬到自己头上去了。陆锡熊心里打定主意总要当着众人的面羞辱一下纪晓岚。
陆耳山走马上任副总纂官是中秋节后的八月十六，他早听说纪晓岚最善于快捷联对，便想在这方面压一压他。
一天，陆耳山走进《四库全书》馆署，陆耳山便来了一个先发制人，老远便喊：
“晓岚！昨晚中秋好月亮，赏月中我突然得一句下联，再找不出好的上句，今天倒要请教于你。我这下联是……
中秋八月中”
纪晓岚佯装懵懂说：“哦？竟有这等巧事，我昨晚赏月刚好找到一句上联……
半夜二更半”
陆耳山一听对得天衣无缝，岂肯罢休，马上又说：“刚才来时我路过药店，看见门上贴着五个大字，晓岚你看，是不是一句好下联……
祖传狗皮膏”
纪晓岚一听，陆耳山在联句中暗暗地将自己骂了，骂自己卖“狗皮膏药”，于是爽口接话说：“耳山这又巧了，我们家正有一个祖传秘方，你看做不做得你那个上句——
秘制乌头药”
陆耳山一听纪晓岚又骂回来，骂自己是“秘制乌头药”的里手，这还了得？马上又反击过去。他说：“晓岚，刚才我骑马来的路上，马口渴了，我让马在一个叫做四眼井的地方饮了水，你看这是不是一句上联——
适饮马四眼井”
纪晓岚说：“耳山，你自己就对好下联了，还要我对什么？”
陆耳山说：“我没有对啊！”
纪晓岚眨巴着眼睛问：“你的马为什么口渴要饮水？”
陆耳山说，“当然是我把它骑累了。”
纪晓岚说：“这就对了！马何以饮水……
盖驮人陆耳山。”
“哈哈哈哈！”一听这话，纪晓岚的知心朋友一齐大笑起来随即就你一言，我一语地说起风凉话来：“今天我们可知道成语‘班门弄斧’是怎么回事了。世间万事万物都可以作假，唯有肚子里的才学是真的……”
纪晓岚却板起脸，说：“你们胡说什么？不是莫逆之交的朋友，耳山会和我斗嘴谐趣？”
陆耳山对纪晓岚的才学佩服得五体投地，对他的为人和品质有了了解以后，两人之间再也没有闹过隔阂。共同为《四库全书》的正副总纂官。
也许是命运不好，陆锡熊与纪晓岚同为总纂官，虽然没有取得纪晓岚那样大的成就，但受到的处分却不比纪晓岚轻。乾隆因为《四库全书》里面诸多错识，大为震怒，谕命将《四库全书》“重为校对”，此番的缮写之费，“责锡熊与昀分任”，陆锡熊掏了大部分，纪晓岚拿小部分。又诏令陆锡熊去奉天，校正文溯阁藏书，没等校书完工，陆锡熊便命归黄泉，死在了奉天。
总纂、总校几人中，最幸运的还数纪晓岚。承上诏谕特准免议，但他身为总纂，在责难逃，就让他出点钱了事。直到七阁《四库全书》全部告竣时，纪晓岚的官职已升至礼部尚书。这当然是因为与他受命篡改遗诏有关。但皇上深知他勤勉于事，编纂、校正不辞劳苦。那年夏天，乾隆到总纂处巡视，看到纪晓岚脱光膀子苦干的情景，心中颇为感动。