乾清宫为内廷后三宫之一宫，明至清初，为皇帝平日的寝宫。明代时有著名的“三案”：壬寅宫变、红丸案、移宫案。有关这“三案”的情形，《中国历史丑闻录》一书作了详细的描写：
壬寅宫变 嘉靖壬寅年（1542年）的一天，世宗正在乾清宫熟睡，以杨金英为首的十几个宫女密谋趁机把他勒死。她们商量好之后，一个以黄绫抹布把世宗的脸一蒙，就拼死地掐住他的脖子，其余的一拥而上，一个按住他的胸，一个按住他的腹部，两个把住他的手，两个按住他的双腿，然后，杨金英把绳套套上他的脖子，由两个宫女每人各执一端，使劲地拉套绳。杨金英在结绳套时拴成死结，未能将皇帝立即勒死。孝烈皇后（世宗皇后）发现后，率众人将世宗救了过来，并立即把这些谋反的宫女抓了起来，她趁世宗绳索刚被解下，未省人事之时，就把平日所憎恨、嫉妒的一些嫔妃宫女都算成行弑者按拿，端妃曹氏和宁嫔王氏就是其中之人。世宗下令，把杨金英等十几个宫女押赴曹市，凌迟处死，斩尸枭首示众。端妃曹氏和宁嫔王氏也在宫中被凌迟处死。各犯族属被处斩，家产抄没入宫，据史书记载，曹氏当时并未参与任何谋划和行动，只是她历来为世宗皇帝所宠爱，孝烈皇后对她嫉妒如仇。趁机硬给她加上罪名除掉的。
红丸案 万历四十八年（1620年）七月，明神宗病死，太子朱常洛于八月初一嗣位，是为光宗。光宗做太子时，就已经有妃子、宫女多人，其中有两个姓李的选侍最得宠，称东、西李，而西李之宠又在东李之上。朱常洛当皇帝后，郑贵妃怕他记前恨，又选了四个关女进献，以此来讨好他。这下子，美女们便要了他的命。光宗起居无节，溺于女色，不久患了痢疾，内医太监崔文升开了一服泻药，光宗服后，腹泻不止，病情更为加重，光宗召阁臣方从哲、韩□等商量后事。这时，鸿胪寺官李可灼献上一颗红药丸，自称仙丹，光宗服后顿觉暖润畅舒，连称可灼忠臣，于是再进一粒服下。第二天凌晨，光宗即死了。东林党人、给事中杨涟、光禄少卿高攀龙先后上疏弹劾崔文升、李可灼。后崔发遣南京，李遣戍。以魏忠贤为首的阉党得势后，于天启五年（1625年）免李可灼戍边，命崔文升督漕运。
移宫案 明光宗朱常洛一即位，郑贵妃因以前福王之事，恐不利己，所以请求立李选侍（光宗宠妃）为皇后，李选侍也为郑贵妃求封皇太后，群臣力争才停止此事。光宗只好册封李选侍为贵妃了事。第二年（1620年），光宗死，李选侍仍居乾清宫，皇长子（熹宗朱由校）初立为太子，大臣刘一燝、周嘉谟及言官杨涟、左光斗等害怕李选侍挟帝以干政，于是奉召太子暂居慈庆宫，强迫李选侍移宫。到熹宗即位的前一日，刘一燝、韩□、方从哲等站在宫门力请，李选侍才从乾清宫移居哕鸾宫。
乾清宫基本情形《今日北京》一书里作了详细的描述：
紫禁城内廷后三宫之第一宫，在乾清门内，居全城中轴线，明永乐十八年（1420）年建成，屡毁屡建，今殿为清嘉庆二年（1797年）重修，布局仍依明初状。殿南向，宽九间，进深五间，重檐庑殿顶，高约24米，面积约1000平方米。须弥座崇基，丹陛露台宽阔，白石雕栏、望柱环绕，前列铜鼎、龟、鹤及日圭、嘉量等。前丹陛中设浮雕纹锦百花底龙凤御路，左右石阶各一。丹陛下设地道，名“老虎洞”，侍从由此左右往来。殿内朱红立柱，正中设金銮漆雕龙宝座，置于金漆龙纹座基之上。座前立案，座旁设景泰蓝香筒、仙鹤、宝鼎等，座后立金漆云龙雕铭文屏风。殿内居中向南上额，明代悬“敬天法祖”匾，清代悬“正大光明”匾。宫周围有门庑四十间，自明至清初，为皇帝寝宫和日常生活场所。明代“壬寅宫变”及“红丸案”、“移宫案”均发生于此。清代顺治、康熙帝居此，雍正帝始移居西宫养心殿。嗣后，内廷典礼，接见外国使者于此，每年元旦、灯节、端午、中秋、冬至、万寿等节日在此行内朝礼，赐皇族家宴。康熙六十一年（1722年）和乾隆五十年（1785年）两次赏千叟宴于此，分别有京城千余、三千余老叟入宴。雍正帝始行秘密立储，继位人名密书封存于建储匣，置匣于此宫“正大光明”匾后。清制，皇帝死后停灵于此。