除了股权问题，还有另外一个事情，也让事后的宗庆后感觉到达能当初为他设了一个圈套。这个事情就是关于商标的所有权和使用权问题。
1996年，在娃哈哈与达能建立那五家合资公司的时候，达能方面提出要与娃哈哈集团签署一份《商标转让协议》，把“娃哈哈”商标转让给合资公司，代价是1亿人民币，其中5000万元由达能控股的金加公司出资向娃哈哈集团购买，另5000万元以无形资产的方式作为娃哈哈集团向合资公司注册资本金的投入。想到美加净等民族品牌合资之后被外方“打入冷宫”的遭遇，为了免遭同样的命运，激励合资公司继续对娃哈哈品牌投入宣传经费，确保合资公司保护和发展好娃哈哈商标，宗庆后答应了达能提出的要求。
况且，这份《商标转让协议》还规定了，只要是娃哈哈合资公司、为合资公司加工产品的公司、生产和经营与合资公司不形成竞争的公司，都可以使用娃哈哈商标。而当时娃哈哈集团除了合资公司，就是为合资公司加工产品的非合资公司，宗庆后觉得这样的商标转让方式对娃哈哈集团的利益并不会有什么大的影响。再说了，通过商标转让还能得到一笔可观的资金，这样的好事何乐而不为呢？
可是这份《商标转让协议》最终在国家商标局报批的时候卡了壳。毕竟是见多识广的专门管理部门，国家商标局显然预见到了这份协议可能带来的一系列后患，为了保护知名民族品牌，他们既不予批准，也未予备案公告。因此这份协议实际上是未能得到法律保护的。
达能方面似乎也看到了《商标转让协议》未获国家商标局备案这一情况的严重性，便于1999年5月18日，又与娃哈哈集团签署了一份《商标使用许可合同》，在这份合同中，达能加注了要求“不管国家商标主管机关是否同意商标转让，合资公司董事会都获得类似于商标转让的使用许可权利”。这种将商标许可使用权利变相为商标转让的协议，不知当时宗庆后是怎么考虑的，竟然也签了下来。
就这样，宗庆后在上世纪九十年代的最后那两年时间里，一方面彻底巩固了自己在娃哈哈集团中的主宰地位，另一方面却骤然失去了在合资公司中的控制权，甚至连“十年磨一剑”苦心经营起来的娃哈哈商标，都变得危在旦夕。
凡此种种，都让宗庆后对达能越来越失望。
到了2005年，当负责中国市场的达能亚太区总裁更换了人选之后，随着娃哈哈事业不断壮大而日渐突出的双方利益矛盾，又变得进一步激化起来。
2005年7月，原达能亚太区总裁易生门退休后，由年富力强的达能集团首席财务官范易谋继任。此时的宗庆后，抓住合资方人员变动的契机，进一步加大了对合资企业的控制。范易谋到任的第二个月，当他还未熟悉“水性”的时候，娃哈哈保健食品有限公司销售分公司宣告成立。
这个销售公司的成立具有非常重要的意义，一方面，今后无论是娃哈哈合资公司还是非合资公司，所有的产品都必须经过该公司的统一销售和走账，然后再由娃哈哈集团财务统一处理，通过这种“大一统”的做法，宗庆后等于彻底掌握了娃哈哈的全部经营活动；另一方面，因为非合资公司的产品也通过这个合资公司来销售和报账，人们便理所当然地认为，非合资公司是合资公司的附属企业、代工企业。
刚刚走马上任的范易谋显然也是这么认为的，所以起先他是默认了这种运作模式的。因为他很清楚，要想在这个新岗位上拿出漂亮的业绩，宗庆后的积极性是一定要保护好的。对他来讲，舍掉那些本来达能就看不上眼的非合资代加工企业利润，是确保合资企业利益的必要牺牲。
但是这位年仅41岁的“新官”绝对不是什么混日子的角色，他对达能与娃哈哈的合作情况展开了深入的调查和了解，并且很快发现了一些令他极度不快的情况：首先是达能虽然在合资公司中控股，却没有实际的经营管理权；其次是他认为娃哈哈商标应该已属于合资公司，而大量的非合资公司却在毫无顾忌地使用这一商标；另外，他还发现，娃哈哈存在大量“体外公司”，有“另搞一套”的嫌疑。
于是，范易谋烧起了上任后的“三把火”。
第一把火，他在董事会上提出，鉴于娃哈哈合资公司的快速发展，希望进行更多的投入。显然，他已经感觉到了合资公司完全掌控在宗庆后手中，因而希望通过追加投资扩大达能在娃哈哈的利益和实际控制力；第二把火，他提出要修正商标使用合同，以规范加工企业的商标授权；第三把火，开始着手调查娃哈哈的“体外公司”。
危情当前，宗庆后感觉到了来者不善。他当然不会允许任何削弱自己势力的事情在娃哈哈内部发生，于是他态度十分沉着地坚拒了范易谋关于增加达能在合资公司投入的提议。范易谋的第一把火，最终悄无声息地熄灭。
第二个回合，范易谋扳回了面子。2005年10月12日，经过反复磋商，双方签署了《商标使用许可合同第一号修订协议》，进一步明确只有在“与合资公司签订有产品加工协议的娃哈哈公司”和“经合资公司董事会确认与合资公司生产经营不同产品的娃哈哈公司”方可使用娃哈哈商标。
所谓哪壶不开提哪壶。达能对娃哈哈商标的觊觎，早已是宗庆后心头的一块病痛，范易谋意欲规范娃哈哈商标的行为，自然令宗庆后特别恼火。在他的意识深处，娃哈哈是自己一手缔造和培育起来的品牌，你个外人凭什么老三老四来指手划脚？所以协议签归签，宗庆后根本就不把它当回事儿，该怎么做照旧怎么做。
更叫宗庆后浑身不爽的是，范易谋居然还在背后雇人调查他的离岸公司。总之，范易谋的出现，让宗庆后感到了一种咄咄逼人的危机。
在这种形势下，如再把非合资公司与合资公司搅和在一块，不仅不利于扩大势力，弄得不好反而会被对方吃掉，还不如趁早划清界限，保存好自己的胜利果实。于是，一个分设帐户的行动开始悄悄实施。
2006年11月8日，遍布全国各地的上万家娃哈哈经销商都收到了两份由娃哈哈集团总部发来的新合同和两个新帐户，两份合同分别是需要经销商与杭州娃哈哈保健食品有限公司销售公司（即原先所有账款统一走账的那家达娃合资公司）和杭州娃哈哈食品饮料营销有限公司（非达娃合资公司）重新签订的。
经销商们一时搞不懂，为什么原先操作得好好的走账方式，突然之间要搞得这么复杂。而且大家之前也从来没有听说过娃哈哈有这么一家食品饮料营销公司。不过，并没有经销商对此提出疑问，在娃哈哈王国中，宗庆后就是最高领袖，他的指示从来都不会有人怀疑或反对。于是合同很快都重新签订完毕，并且全部被娃哈哈集团总部收回保存，经销商手中甚至都没有留下备份。
其实大家对这家娃哈哈食品饮料营销公司感到陌生是一点都不奇怪的，因为这正是宗庆后为了将合资公司与非合资公司的帐户分立清楚而新近成立起来的。据悉这家注册资金为500万元的营销公司由宗馥荔任法人代表，控股方正是娃哈哈非合资企业阵营中的杭州萧山宏胜饮料有限公司。
在重签了那两份合同的同时，经销商们还被告知，从今往后，娃哈哈产品的所有货款不能再混在一起走账，而要将合资公司和非合资公司的帐目分割清楚，并且将两部分货款分别打入销售公司和营销公司的两个不同帐户。
针对有些客户既经销合资公司的产品，又经销非合资公司产品的实际情况，集团总部还要求所有的经销商要认真分析客户的主发货对象，并且据此将这些客户分别划入合资公司或非合资公司两大阵营，以便于结算帐目，做到销售公司与营销公司的资金完全独立。
为了便于经销商尽快按要求操作到位，娃哈哈食品饮料营销公司还与工行杭州某支行及部分重点经销商签订了代扣款协议，并陆续为1069位经销商办理了娃哈哈营销公司的联名卡。
在娃哈哈集团总部的强势推进下，这项分立帐户的行动得到了迅速而扎实的贯彻落实，仅仅过了几个月，便有30多亿元的销售收入通过娃哈哈食品饮料营销公司入帐。
就是宗庆后的本事，无论面临多么计谋多端的对手布设的种种迷障，他都能万分沉着地想出应对的妙招，采取措施争取占据有利位置。