高拱非常欣赏这个小老弟，在工作接触过程中，高拱如此评价张居正“年少聪明，孜孜向学”。对于如此好学之人，高拱将自己在官场积累的经验毫无保留地倾囊相授。用高拱的话说，他和张居正的关系“在乎师友之间”。直到徐阶将高拱排挤出内阁，下野回老家赋闲，两个人还书信往来不断。很显然高拱并没有因为张居正作为好朋友没有替他说情而产生怨气。随着高拱的复出，事实上是主持中央全面工作。他的复出其实是张居正从中斡旋的结果，由此高拱对张居正就更加高看一眼。
复出后的高拱，当涉及到帝国的大政方针和干部任用等大事，他都会和张居正商量着来。两人携手，开启了为时十多年的隆（庆）万（历）新政。但是这种来自于表面的琴瑟和弦，却无法掩盖权力阴影下的暗流涌动。从高拱复出之日起，张居正就已经在为自己留后路。
要知道在那个时候，内阁是没有人事任免的职责和权力的。帝国重要官员的任免，按照制度是不允许内阁干预的。但是高拱作为帝国权力集团的核心人物，又是吏部部长。双重权力赋予一个人的身上，可见高拱的权限有多大。
张居正并不是真的盼望高拱复出，这只是没有办法的办法。他早就想成为内阁的一把手了，而且这种争先进位的信念从来就不曾动摇过。两个人的蜜月期虽然很长，但还是迎来了分崩离析的那一刻。
高拱在一些官员的任命上，充分征求张居正的意见。在这些任命的官员当中，其中也有张居正推荐的人选。高拱在人事任免上征求张居正的意见，这等于是赋予了张居正一定的人事权力。如此一来，那些想要提拔重用的官员就会跑到张居正那里活动活动，大家都知道高拱是个不容易变通之人，很难做通工作。而张居正作为高拱的政治盟友，是个懂得攻守进退之人。
当时帝国的官场上流传着一些话，某某人得到职位，那是张居正向高拱推荐的结果。还有某某人为什么丢了职位，是因为高拱不满意，而张居正再三求情，可是高拱就是不听。无风不起浪，有传言的地方就有人心向背。
这个传言真真假假，那些受到提拔的人觉得张居正才是他们恩人；而遭到撤职或者降级的人，也对张居正心存感激。也就是说，好人都让张居正当了，恶人都让高拱当了。
张居正和高拱的分歧也正是在这时候出现的，官场内部开始流传张居正接受跑官人的贿赂的言论，高拱也是从别人口里听到的。其实这不难理解。即使都是权力高层，谁没有一些耳目啊？况且在那个时候，像高拱、张居正这种级别的官员，都当过科举考试的主考、副主考。既然如此，谁没有几个门生？
高拱虽然没有就这些传言作出针对性的措施，但是在态度上却发生了明显的变化。从此以后，高拱也就很少再与张居正共同研究干部问题了。张居正是一位精算得失而后才肯出手的人，在他与高拱之间，他做过一个衡量。想轻易取代他的生死之交兼领导高拱，几乎是不可能完成的任务。
在这一点上，张居正非常清楚，而且他比任何人都更清楚。张居正不是没有考虑过这个问题，可高拱能够抓住的把柄实在是少之又少。
高拱是个才干超群的官员，在任期间政绩斐然。准确地说，明朝中期的改革实际上是从隆庆三年（1569）高拱复出，其后任内阁首辅，张居正任重要阁员时期开始的。换句话说，隆庆时期实为大改革的始创期，也为万历时期的改革奠立基础和确定政策走向的关键性时期。由张居正总揽大权以主持的万历十年改革，基本上是高拱在隆庆时期推行改革方案的合理延续和发展。帝国官员中喜欢不喜欢高拱的人，也不得不承认高拱的执政能力。还有就是高拱的意志力非一般人可比，金钱美女糖衣炮弹是很难将其打垮的。当然更为重要的一点就是高拱和隆庆皇帝的私人感情，皇帝对他的信任完全是一种无条件的信任。
事实证明，君臣之间建立起来的私人感情，既成就了高拱，也同样害了高拱。但是在高拱发迹之初，这种勾连关系是高拱的一笔雄厚的政治资本。不管官员如何看待，至少在隆庆皇帝眼里，高拱是个集人品、学识、能力、功勋于一身的文官楷模，是帝国百年不遇的大才之人。这是隆庆皇帝在公开场合说的话。以一国之君的身份如此公开褒扬一个官员。可以说，这是帝国建制以来，绝无仅有的。由此可见，在隆庆皇帝的心目中，高拱作为一个帝国官员是无可挑剔的。
在皇帝心目中的高拱，与在百官心目中的高拱是截然不同的。高拱同时期的史学家王世贞在其所著的《高拱传》中如此评价道，“高公持正，而暗于事几”；“性刚而机浅”。也就是说高拱身上所表现出来刚性过头，柔性不足的个性让人不容易接近。
在与阁臣同僚相处的过程中，高拱锋芒毕露的傲慢常常会让人陷入难堪的境地。尽管他并无半点恶意，但这种性格还是会让人感觉到不快。这是一名成熟的政治家不应该具备的性格缺陷，也可以说是大忌。
高拱这一秉性的延伸便是其没有城府、不谙权术的表现。这样的人在激烈的权力角逐中很容易就会落入别人的圈套，遭人暗算。与性直坦率的高拱相比，张居正可谓擅于心计，老谋深算。
高拱既然是隆庆皇帝心目中的一哥，那么张居正就是其心目中那个最佳的副手人选。隆庆皇帝希望张居正能够做好高拱的助手，最好不要有其他非分之想。可张居正偏偏不是一个安于现状的人，他有自己的政治理想要去实现。
如果我们非要找出高拱和张居正有什么志同道合的地方，那就是他们都有着强烈的事业心。在张居正看来，高拱走得未免太远了。高拱要开海运，那闭关锁国的国策还要吗？一旦国门洞开，那帝国的权力系统就乱了套。张居正持强烈的反对意见，但是他表面上又不能公开反对。在张居正看来，高拱所采取的战略属于软弱政策，如果任其推行下去，必是养虎为患。而张居正本人却是真正的强硬派，他主张在帝国的权力系统内实行铁血政策来实现政治的稳定。
至于其他方面，比如高拱的施政纲领是把除弊放在第一位的，而除弊的方略，就是推行改革。推行改革的结果就是常常忽略“祖制”，这也是张居正所不能认同的。
基于以上因素，张居正下决心要整垮高拱，并且能够取而代之。唯有如此，他才能让自己的政治蓝图在帝国的版图上得到实现。