嘉靖十八年（1539），皇太子出阁挑选属官。在这次全国性的海选中，徐阶有幸被选为司经局洗马兼翰林院侍讲，这对他来说无异于人生中的一次重大转折。没过不久，他再度被提拔为国家最高学府的主管官——国子监祭酒。
随后，徐阶的仕途进入一个顺畅时期，先是礼部右侍郎，两年后改吏部右侍郎，相当于今天的副部级官员。这时候徐阶刚刚进入自己的盛年期，时年四十三岁。
时隔不久，徐阶受命兼翰林院学士，教习庶吉士。翰林庶吉士，品级虽然不高，却拥有实实在在的权力。翰林院是帝国高官的培养基地，朝廷遴选阁臣的重要场所。也就是说徐阶在这个位置上，担负着培养选拔国家高级官员的重要职责。张居正就是徐阶在这一时期遴选出来的储相人选，二人因此结下师生之谊。
嘉靖三十一年（1552年），徐阶以少保兼礼部尚书的身份进入内阁，参预机务。
徐阶是个悟性极高，极富韬略之人。嘉靖皇帝修玄崇道，帝国权力高层的文官们为了迎合皇帝的癖好，将大量的时间用于“青词”写作。徐阶能够回到权力的核心地带，也与自己在“青词”写作方面所表现出来的天赋有着很大的关系。
虽然严嵩也是“青词”妙手，但怎奈年事已高。很多时候，他都是让自己的儿子严世蕃为其捉刀。发展到后来，离开严世蕃，严嵩就无法与嘉靖皇帝进行“青词”交流。这时候的嘉靖皇帝沉迷修道，根本就没有心思打理朝政。他下的手诏，一些官员读来如破解天书密码，摸不清状况。只有严世蕃一览之下就能够破解其中玄机，猜中皇帝的真实意图（答语无不中）。
通常情况下，严嵩接到嘉靖皇帝手诏后，要做的第一件事就是赶忙派人往家里送，以期从严世蕃那里能够找到正确答案。
可是有一段时间，严嵩的夫人欧阳氏去世，其子严世蕃在家居丧，不能再跟在父亲身后帮着破解皇帝的“青词密码”。嘉靖皇帝为了修道方便，就在西苑为阁臣专门设立一个办公室，叫“直庐”。这里就成了皇帝与官员交流“青词”写作，探讨道学的场所。严世蕃不能陪伴在侧，严嵩就完全失去了主心骨。
严世蕃在居丧期间沉迷女色，根本无法腾出时间替自己的父亲分忧。严嵩派人来询问对策，他只管自己逍遥快活，并不按时回话。这种做法完全没有顾及到自己父亲的尴尬处境，嘉靖皇帝是个性急之人，他无法容忍老迈的严嵩在那里一道命题拖上半天时间。严嵩磨磨唧唧又无法如实相告，以前所写的“青词”都是自己儿子的作品。没有办法，只好自己硬着头皮去应付，可往往是词不达意（往往失旨）。严嵩突然大失水准，这让嘉靖皇帝在疑惑的同时大为不满。
这时候的严嵩已经进入人生的古稀之年，而徐阶只有49岁，年龄上的差距让他们分出了高低。徐阶作为“青词”写作的后起之秀，大有取代严嵩之势。徐阶的异军突起，难免会引起严嵩的警觉，帝国的新一轮博弈也就此拉开帷幕。
其实，严嵩与徐阶的矛盾并非一朝一夕形成的。当初夏言任内阁首辅当政期间，曾经推荐过徐阶。按照帝国官场的圈子定律，徐阶应该算是“夏言的人”。严嵩当初殚精竭虑除掉夏言，如今就不能不提防徐阶的报复。
其实在这一点上，徐阶心知肚明。他知道自己早晚要与严嵩上演一场权力龙虎斗，可眼前他还没有能力与对方掰手腕。更为重要的是，徐阶在很多事情并没有完全赢得嘉靖皇帝的信任。比如说世宗的方皇后去世，世宗打破成规，欲令皇后先入太庙供奉。作为礼部尚书的徐阶强烈反对，反对的理由是皇后没有先入太庙的先例。
嘉靖皇帝与方皇后的感情甚笃，嘉靖二十一年（1542），宫女杨金英等谋逆，刺杀嘉靖皇帝，全赖方皇后才没有受害。皇后去世，嘉靖皇帝很悲伤，要按照元配皇后的礼仪把方皇后安葬在永陵，追谥为孝烈皇后，并且入太庙供奉。结果却遭到了徐阶的强烈反对。
嘉靖皇帝半辈子都在与帝国的礼法制度较劲，其实他的所作所为，作为一个有感情的正常人都是可以理解的。刚即位时，为了父母的名分，与文官们斗得血染宫阶。如今为了自己的知心爱人又与官员较劲，他不明白，人的感情为什么总要被那些冰冷的礼仪制度所制约？直到晚年，嘉靖皇帝仍不死心，还反复要求，要把皇后跟自己百年以后的神位并列在一起。令人遗憾的是，就算是皇帝，他的感情仍旧无法僭越无情的规定。
嘉靖皇帝对待徐阶的态度，严嵩看在眼里。有一次，嘉靖皇帝与严嵩聊到朝廷官员孰优孰劣。当谈到徐阶的时候，严嵩给出的评价是：“徐阶这个人不缺才华，却多二心。”由此可见，严嵩这时候对徐阶已经暗藏杀机。“二心”说白了就是喂不熟的狗，一旦皇帝认可了某个官员具有“二心”，不打入死囚牢就算客气了，更谈不上重用。这话后来传到徐阶耳朵里，他行事更加小心谨慎。严嵩在时刻盯着他，步步惊心。
徐阶需要做的就是先麻痹对手，做好决战前的蓄势准备。为此他把自己的孙女许配给严嵩的孙子做妾；在内阁事务中，他也是一切唯严嵩马首是瞻；借躲避倭冠之名，他把自己的上海户籍转到江西，就这样与严嵩攀上乡情。
面对如此听话乖顺的下属，严嵩一度放松警惕。就连那些官僚们都在私下里议论，徐阶不过是严嵩的一个小妾而已。
徐阶在稳住严嵩的同时，也在尽可能地讨好嘉靖皇帝。稳住严嵩是为了保住自己在帝国权力高层的席位，稳住皇帝是为了图谋更大的发展。徐阶示好皇帝的方法很简单，就是在“青词”写作上多下些功夫。
虽然徐阶的谋略在不动声色中显露，可是一招一式中暗藏的杀机并不能迷惑老于仕途的严嵩。不久，咸宁侯仇鸾因为边关之事获罪。徐阶与仇鸾本是死党，严嵩想借此机会将徐阶一并除掉。
可令他始料未及的是告发仇鸾之人竟是徐阶，这件事让严嵩大为震惊。徐阶竟然不顾老友之情，抢先告状，以使自己摆脱干系，其政治手段之老辣狠毒，让官场老手严嵩也自叹弗如：“我比徐阶年长二十余，智略却不及他啊……”
严嵩和徐阶争权夺利，幕后的真正操纵者是嘉靖皇帝。严、徐二人有共同之处：那就是全力博取皇帝的宠信，只有能够抓住皇帝的心，就等于抓住了权力。严嵩位极人臣，虽然时时处处谨小慎微，但也难免会怠慢皇帝。
比如说嘉靖二十一年（1542），因为宫婢之变差点丢了性命的嘉靖皇帝不敢再居住在大内，移居西苑。可移驾不久，西苑的居所永寿宫又发生了火灾，这场大火是皇帝和宫姬在貂帐里玩火引发的。嘉靖皇帝有心重新修缮，但却遭到了严嵩的反对。严嵩的意思是让皇帝移驾重华宫，那里既不需要维修，并且居住条件也不错。嘉靖皇帝大为不满，因为重华宫是当年景帝软禁英宗的地方。
在严嵩这里碰了钉子，嘉靖皇帝转而征询徐阶的意见。徐阶不但没有反对，还提出了具体的实施方案。嘉靖皇帝自然高兴，就顺势任命徐阶之子尚宝丞徐璠任工部主事，专门负责营建事宜。徐璠不负圣望，百日完工。公平地说，严嵩的反对是出于公心，因为这时候正在维修奉天、华盖、谨身三大殿，国家财政相当吃紧。
徐阶顺应圣意完全是谄媚之举，连时人也认为“颇善嵩对，而微谓阶之臾旨”。这件事让徐阶捞到了实实在在的政治资本，不仅皇帝给他加官少师，其子徐璠也由尚宝丞（正六品）破格晋升为太常少卿（正四品）。与此相反，同样是这件事却让严嵩在皇帝心目中的印象分大打折扣。
老迈的严嵩已经意识到，自己的仕途如同渐渐老去的生命已经进入倒计时阶段。
在与徐阶的权力斗法中，他始终不肯承认是对方战胜了自己，只承认打败自己的是时间。严嵩最担心的是等到徐阶得势之后会报复自己及子女，他到了该示弱的时候。于是他摆酒设宴款待徐阶，老头领着自己的满堂儿孙跪拜在徐阶面前，举杯托孤：我命不久矣，希望徐公将来能够放过他们（嵩旦夕且死，此曹惟公哺之）。