杀了那么多官员，几乎将整个帝国所有的“中产阶级”家庭都给整破产了。朱元璋借着郭桓案，将自己的帝国来了一次上上下下的大清洗。在他看来，制度这种东西要保持它的新鲜度，越洗越健康。尽管每一次清洗，朱元璋都要打着维护老百姓利益的金字招牌，可这些案子也确确实实损害到了帝国的统治基础，也同时伤害到了全国士子阶层们的心。辛辛苦苦捞个一官半职，最后还是受到牵连身首异处。
他们虽然不敢说朱元璋的不是，但对告发此案的御史，和审理此案的审判官们，却表现得群情汹涌，议论鼎沸。朱元璋也发觉到了这个案子所带来的负面效应，于是赶紧出来收拾残局。
第一步就是下手诏列举郭桓等人的罪状。这其实是朱元璋在强行给案件定性，最高领袖定了性，下面的人就不敢再乱嚼嘴皮子。郭桓案确实存在贪污，但若说金额巨大到可以地抵得上国家一年的收入，规模巨大到牵涉全国部级以下所有官员，牵涉全国所有“中产阶级”，那绝对是不可能的。
郭桓只是户部的一个副部长，在朱元璋刚刚处理完胡惟庸，刚刚增设了锦衣卫的背景下，竟敢贪污如此巨额的国家收入，本身就很让人匪夷所思；朱元璋的特务网络遍 及全国，许多官员白天贪污，晚上就被揭发，郭桓却能在朱元璋眼皮子底下私吞几个省的公粮，这也不正常；更何况朱元璋自废除丞相之后，大事小事都事必躬亲， 成百上千万石的粮食没有按期入库，难道朱元璋自己竟会没发现，还需要等着御史来揭发？
再者，这种贪污大案参与的人是越少越好，如此既能保证安全，也能确保收益集中。郭桓贪污国家的公粮，却居然放肆无忌地和礼部、刑部、兵部、吏部、工部各个部门一起分工合作，这根本就不符合常理。所以这绝对是一桩经不起深究的案件。虽非冤案，但其中必有许多朱元璋不希望被抖露出来的内幕。
所以朱元璋赶紧下达手令，及时宣布自己对这个案件的终审定性。他说，郭桓等人总共贪污了2400多万石粮食，我现在追赃，只要求追出来700万就算了。追700万，有中产阶级破产，你们就这样议论纷纷，真要认真起来，我其实还该追赃2400万呢。
话虽然这么说，但是朱元璋终归觉得一定程度的妥协还是必要的。所以他又做了第二步处理：进一步扩充自己那份巨大的人头订单。这次进入朱元璋黑名单的，是负责审理此案的一批审判官们。
于是负责此案的国家最高检察院副院长吴庸，就成了最后一个因郭桓案被杀的官员，而且死得极惨，是磔刑——所谓“磔”，就是把肉一片片地割下来。吴庸先生的名字取得不好，他其实很有用，连死都极为有用，朱元璋可以用它来平息众怒。
办完了这两件事，朱元璋随即下旨，大赦天下，宣布郭桓案到这里已经结束，以后不再追究。
朱元璋觉得事情已经结束了，可事情还远没到它应该结束的时候。
在郭桓案中，龙江卫的几个仓官，因为参与盗卖官仓里的粮食，被处以墨面、文身之刑。就是在他们脸上、身上刺上耻辱的印记，挑断脚筋、割去膝盖后，仍旧留在仓库里看管粮食。然而，还不到半年，一个进士到仓库里去放粮，早晨发出200根放粮的筹码，到晚上竟然收到203根。进士责问之下，发觉是上次受了刑的仓官 康名远不思悔改，私自偷出放粮的筹码，转卖给几个同样受过刑的小仓官，用来盗支官仓里的粮食。
朱元璋听说了这个事情后极为感慨，他说：“朕以为那些挑脚筋、挖膝盖的刑罚已经够残酷了，享受过个中滋味的人应当永远引以为戒。哪里想得到，康名远这帮人，尽管肢体已经残破，命也只剩下半条，却仍然作恶不止，还在私自盗卖我的官粮！”
连朱元璋自己也纳闷，他说，这等凶恶顽固之徒，“果将何法以治之乎？”我究竟该用什么刑罚来惩治他们呢？
当然诸如此类需要承担责任的问题，朱元璋最后还是会归结到官吏们、百姓们的思想觉悟太低这个结论上去。作为一个性格刚强、自信力极强的人，朱元璋平生极少怀疑问题的根源是出在自己身上。能力超强的自己怎么会有错？
对于做官不要贪污，朱元璋有一套自己的理论。他经常对那些即将走上工作岗位的官员们唠叨：“老老实实地守着自己的薪俸过日子，就像是守着井底之泉。井虽不满，可却能每天汲水，长久不断。若是四处搜刮百姓，你就是手段再高明，也难免东窗事发。一旦事发，你就要受牢狱之灾。这时候，你的那些赃款又还有什么意义 呢？这时候，你想用钱，能拿到手吗？你都家破人亡了，赃物都成别人的了！”这段话被记录在朱元璋亲自编写的《大诰》系列丛书里，后来被好事的史学家们美其 名曰“守井哲学”。
“守井哲学”本身是没有错。问题在于：这口井的流量必须要足够大，再怎么着，也得能够保证守在井边的人不至于渴死才行。
朱元璋的“井”，说实在话，流量小得有点离谱。例如：按照朱元璋制定的工资标准，一位县太爷每年的年薪是90石大米，平均到现在，大约每个月也有 2000-3000块钱的样子。朱元璋是不承认一切官场潜规则的，他觉得这个工资水平，县太爷一家吃喝，应该是不成问题的。但县太爷到地方上去做事——那年头不比现在，县太爷不光是县长、县委书记那么简单，同时他还是县法院院长，县检察院检察长，县财政局长，县税务局长，县工商局长……这么多事情要找人做，少不了要打点下面的小吏们，不打点，谁会卖力给你做事呢？县太爷还得聘请跟班、聘请师爷等等，这些开支国家都不报销，都得从县太爷的工资里扣；此外， 上级路过，逢年过节什么的，招待、送礼都是少不了的，少了就没法在官场混，这些也都得从县太爷的工资里扣。
这样一路算下来，两、三千块钱的月工资，等同于让县太爷去喝西北风。
此外，还有一笔重要的“损耗”没算进来。当时朝廷发的都是实物工资，官员领回家的不是大米，就是布匹，甚至还有胡椒，偶尔才发银子。官员们的工资多少，是用 大米来衡量的，所以这所有的东西，都要折算成大米。朝廷就经常在折算率上跟下面的官员们玩猫腻。《典故记闻》里有记载：户部曾将市价不过三四钱银子一匹的 粗布，折算成30石大米，而30石大米在当时的市场上，至少可以卖20两银子。这就等于是说，如果拿布匹当工资发给县太爷，一位县太爷每年只能领到3匹粗 布。这样的粗布拿到市场上只能换2石大米，县太爷全家这一年，就只能出去挖野菜，就着野菜喝稀粥。
朱元璋总是不断地在抱怨，官员们今天早上上任，晚上就开始贪污。他杀了一批又一批，结果还是没能阻止官吏们贪污，是因为官吏们没法不贪污。当年因为吃不上反而起来造反的朱元璋，对于人民群众痛恨贪官污吏、土豪劣绅之情深有体会。可是作为帝王的朱元璋在频出重拳惩治贪官污吏、打击地主豪强时，往往打出为小民解除疾苦的旗号。他痛斥腐败官吏和作恶豪强“靠损小民”，标榜自己的所作所为都是“便于细民”。这使得自己的政权看起来好像是凌驾于两大对抗阶级之上的起着仲裁作用的机关，很容易对被剥削阶级产生麻痹作用，使他们把解除痛苦的希望全部寄托在自己这个皇帝身上，不要动不动就要反抗斗争，或者在斗争中只反贪官、不反皇帝。