儒家思想自汉代以来便被历代统治者奉为一尊，然而，到了蒙元时代，由于北狄入主中国，汉人受其奴役，人伦冠履倒置，社会纲常废坏，儒家道德规范受到严重摧残。作为大明王朝的开国帝王，朱元璋此间重新尊崇儒家思想，实际上也是兑现其当年在《讨蒙元檄》中所提出的承诺——“恢复中华，立纲陈纪”。为此，洪武元年（1368年）二月，他在国子学以太牢之礼祭祀孔子，并遣使至曲阜孔庙致祭。临行前，他对使者说：“仲尼之道，广大悠久，与天地相并，故后世有天下者莫不致敬尽礼，脩其祀事。朕今为天下主，期在明教化以行先圣之道，今既释奠国学，仍遣尔脩祀事于阙里，尔其敬之。”明确表示将沿袭华夏传统，把儒家思想确定为国家意识形态，以充当维系整个社会的精神支柱。
孔子的第五十五代嫡孙孔克坚，时年五十三岁，曾任元朝国子监祭酒，是元朝所封的最后一位衍圣公。当初，徐达兵临济宁之际，孔克坚托病为名，遣其子孔希学前往军中求见，被徐达转送于应天。朱元璋一眼识破孔克坚装病的把戏，心中有些不快，便遣使送去一份警告意味颇浓的诏书：“朕闻尔祖孔子垂教于世，扶植纲常，子孙非常人等也，故历数十代，往往作宾王家，岂独今日哉？胡元入主中国，蔑弃礼教，彝伦攸斁，天实厌之，以丧其师。朕率中土之士，奉天逐胡，以安中夏，以复先王之旧。虽起自布衣，实承古先帝王之统，且古人起布衣而称帝者，汉之高祖也。天命所在，人孰违之？闻尔抱风疾，果然否，若无疾而称疾，则不可，谕至思之。”
孔克坚接诏后惶恐不安，日夜兼程，入京朝觐。四月，孔克坚赶到应天，朱元璋在谨身殿接见他，嘉勉道：“尔祖明先王之道，立教经世，万世之下，君君、臣臣、父父、子子，实有赖焉。”当场赐宅一区、马一匹，月给米二十石，另赐田两千大顷——折合民间官田约六千顷。然而，却不授予其任何实官之职，这是朱元璋针对孔克坚此前称病而采用的借坡下驴之策，他对群臣解释说：“朕不授孔克坚以官者，以其先圣之后，特优礼之，故养之以禄而不任之事也。”
不过，由于要借用“孔孟”这块招牌，洪武一朝，国家给予这些所谓“圣人之后”的待遇还是相当不错的，这年十一月，朱元璋下诏袭封孔子第五十六世孙孔希学为衍圣公，其品秩由元朝时的三品升为二品，赐银印，置衍圣公官属，同时诏令免除孔、颜、孟三氏子孙的徭役。孔希学每次入京朝觐，皆受到“会班亚丞相”的极高礼遇。孔希学死后，其子孔纳袭封衍圣公，皇帝每次召见时，他都位列文臣之首。朱元璋对孔子后人的礼遇，旨在向臣民们释放出尊崇儒家思想的相关信号。在皇帝的大力推崇之下，尊孔崇儒之风很快在社会的各个阶层盛行起来。
所谓的儒家思想，是指以孔孟学说为基础，以尊卑等级的仁为核心的一套思想体系。简而言之，它以“亲亲”和“尊尊”为立法原则，维护“礼治”，提倡“德治”，重视“人治”。长期以来，这套思想理论被封建统治者奉为社会的正统思想。
儒家思想在被封建统治阶级利用的过程中，曾经有过两次大的进化和发展：其一，西汉时期的大学问家董仲舒以儒家伦理道德为中心，以法家的严刑峻法为辅助，以道家权术政治为手段，发展出了一套符合中国古代国情的治国理论；其二，宋代的朱程理学将儒家的“三纲五常”推及为“天理”在世间的流行，劝诫人们应当“去人欲，存天理”，因为按照其学说，人们自觉遵守三纲五常的封建道德规范乃是一种天理和本份。
朱元璋在倡导儒家思想的过程中，他对上述二者理论的传承和发挥，可谓不遗余力。纵观他的执政生涯，其教化臣民、辣手治国和以权术驾驭群臣……无不带着董仲舒思想理论的鲜明印迹，另外，他对朱程理学更是推崇备至，这是因为朱程理学中的“敬天”、“忠君”和“孝亲”等三项主旨，符合帝王对加强君主专制、巩固封建统治的需要。
先看“敬天”。中国自古就有“君权神授”的封建统治思想，儒家学派借助上天来神化君主的地位，论证君权的神圣性，宣称“三纲五常”是上天的意志，是天理的具体表现。作为皇帝，朱元璋一方面自然而然需要这套理论为自己的封建统治张目；另一方面，朱元璋起身于草莽之中，一旦风云际会，仅仅十余年时间便奄有四方，如获神助，这使得他发自内心地认为自己乃天命神授的华夏之主，故尔，他认为自己打下天下是“荷上天眷顾”，多次宣称“帝王奉天以君临兆民”，声称自己“言动皆奉天而行，非敢自专也”。作为皇帝，朱元璋自己带头敬畏上天，自然也就会要求臣民也去敬畏上天。
再看“忠君”。刚才说过，在封建统治思想中，君主乃是作为上天在人间的代理人而存在，在家国同构的封建社会，君主就是这个大家庭的最大家长，是国家社稷的最高代表。故广大臣民的所谓忠君，就不仅仅只是忠于皇帝这个某姓之人，其引申出来的意义是忠于自己所生存的这个国家——即不忠君，就是不爱国。不爱国的人，则是要被国民唾弃并人人得而诛之的。因此，朱元璋在推崇“敬天”理论的同时，又把忠君思想作为最高的道德标准去衡量臣民的一切行为。他的逻辑思维方式是：既然臣民们敬畏上天，就理当敬畏他这位上天在人间的代理人；既然臣民热爱国家，就理当热爱他这位国家的最高代表。否则，这种人不仅违背天意，大逆不道，而且也失去在这个国家中生存的资格。
最后来看“孝亲”。孝亲思想与刚才所讲的忠君思想一脉相承，是忠君思想在社会生活中的细致化和具体化。国是由家庭单元构成，家长在家庭中的地位等同于君主在国家中的地位，这就是古人所谓的“君父”概念。因此，儒家思想认为，“君子之事亲孝，故忠可移于君”， 《国语·晋语》说得更明白——“孝、敬、忠、贞，君父之所安也”，也就是所谓的“家齐而后国治”。基于这种理论，中国封建时代的君主们都积极向臣民灌输这种孝亲思想，实行“以孝治天下”的政策。
朱元璋对此更是心领神会，洪武十九年（1386年）九月，他在华盖殿听文渊阁大学士朱善讲《周易》时发表自己的观点，说道：“齐家、治国，其理无二，使一家之间长幼、内外各尽其分，事事循理，则一家治矣。一家既治，达之一国，以至天下，亦举而措之耳。朕观其要，只在诚实而有威严，诚则笃亲爱之恩，严则无闺门之失。”为在整个社会深入贯彻这一道德理论，朱元璋想出了许多办法，他让户部下令，每个乡里安排一名老人或盲人，每月六次在本乡里巡回敲击木铎，沿途高呼：“孝顺父母，尊敬长上，和睦乡里，教训子孙，各安生理，毋作非为！”另外，他还在全国各地推行古代的“乡饮酒礼”，规定所有的儒学每年正月十五和十月初一必须举行该仪式，大力弘扬“为臣竭忠，为子尽孝，长幼有序，兄弟友恭”等伦理道德。这些办法虽然原始老土，但是效果却出奇地好，全国各地涌现许多恪守孔孟之道的典型案例，凡达圣听者，朱元璋一一给予表彰和奖赏。
洪武十一年（1378年），延安府洛川县民张敏道病死，其二十一岁的妻子赵氏日夜号哭，自缢殉夫，朱元璋闻奏，下诏表彰曰：“夫妇，人之大伦，三纲五常，风化所系。有能志不二天，与夫同死，可谓难矣！”令有关部门免除赵氏娘家的杂役，并提拔其娘家兄弟出来做官。江宁人周琬十六岁时，其担任滁州牧的父亲坐罪论死，周琬请求代父受死。朱元璋疑其受人指使，下令斩之。刑场之上，周琬面不改色，朱元璋闻报，始信周琬代父受死之诚，下令将周琬无罪释放，其父免死戍边。没料到周琬再次请愿，说：“戍与斩，均死尔。父死，子安用生为？愿就死以赎父戍。”朱元璋勃然大怒，令立即将周琬斩首。周琬见父亲可以免除戍边之苦，由衷兴奋。至此，朱元璋不再怀疑周琬的一片赤诚孝心，不仅赦其无罪，还授予他兵科给事中一职。
类似的案例不胜枚举，总之，在朱元璋的大力倡导之下，被元朝统治者摧残殆尽的儒家思想重新恢复了生机，以“三纲五常”为主要架构的儒家道德规范在全国范围之内被树立起来。
朱元璋生活的时代，科学技术尚不先进，人们的思想观念相对蒙昧，各类宗教对人们的社会生活具有重大影响。朱元璋自己做过和尚，又曾亲眼目睹全国各地人民在各种宗教掩护之下所掀起的那声场波澜壮阔的反元斗争，因此，一旦等到他黄袍加身成为华夏之主，民众的宗教信仰问题自然会被他格外看重并加强利用。
先说佛教。朱元璋从十七岁开始出家，到二十四岁那年投身于红巾军，中间有过六七年的僧人生涯，其对佛教的感情自不待言。洪武元年（1368年）正月，朱元璋登基伊始，他便下令在应天（今南京）的天界善世禅寺，开设全国佛教事务最高管理机构“善世院”，令僧人慧昙总领全国佛教事务，并先后数次颁诏全国臣民，“毋得轻慢佛教，骂詈僧人，非礼搅扰”，僧人除“犯奸盗非为”及“与军民相涉”等罪行之外，“有司不许干预”，为佛教营造出一个很大的独立于世的空间。
洪武四年（1371年），朱元璋下诏撤销善世院，佛教改由礼部管理。到了洪武十五年（1382年）四月，应僧人金碧峰之奏，朱元璋设置了一个专门管理佛教僧侣的机构“僧录司”，其首任最高长官为戒资和尚。该机构设置左、右善世，左、右阐教，左、右讲经以及左、右觉义等官职，官秩为正六品到从八品，以僧人充任，国家不支付俸禄。此外，僧录司在全国各府、州、县分设僧纲司、僧正司和僧会司等分支机构，用以管理当地寺院，其职守同样以僧人充任。
除了注重佛教管理机构等软件的建设以外，朱元璋同时也重视佛教的硬件建设。明朝开国之后，他下诏在应天修缮或新建了天界寺、灵谷寺、天禧寺、能仁寺、栖霞寺、鸡鸣寺等一批国家寺院，同时赐给这些寺院大量土地作为寺院的僧田，并免除这些土地的税赋和徭役。洪武二十一年（1388年）四月，朱元璋下诏规定，上述京刹大寺，“今后缺大住持，务要丛林中选有德行僧人，考试各通本教，方许着他主持，毋得滥举。”以此办法掌控佛教，使其在引导民众的信仰方面，为国家出力。
软件和硬件皆完备之后，朱元璋亲自点将，安排僧人注释、刊布佛教经典，以期扩大佛教的影响。洪武五年（1372年），他组织僧人点校了《藏经》，即所谓《洪武藏经》；洪武十年（1377年），他又令僧人重新笺释了《心经》、《金刚经》和《楞伽经》等佛教经典，并曾亲笔为新笺释的《心经》作序。洪武五年正月，朱元璋诏令江南十名高僧在钟山太平兴国寺举行为期三天的广荐法会，一千多名僧侣参加该活动，朱元璋则头戴皮弁，腰插玉圭，亲率群臣前往顶礼膜拜。朝廷如此高的规格和礼遇，使得该活动成为明初臣民一时热议的焦点。
在大力弘扬佛教期间，朱元璋还不时提拔自己所赏识的僧人，对其委以重任。例如，天界寺僧人宗泐和蒋山寺僧人智光，曾被任命为朝廷使臣出使西藏和西域等地；灵谷寺僧人吴印受命还俗，官至山东布政使；瓦官寺僧人华克勤受命还俗，官至山西布政使。此外，由于出家之人四海漂零，无所系累，朱元璋觉得这种人没有私心，比较可靠，便对其寄以腹心，充作检校耳目，用以监视和掌控官吏的活动情况。朱元璋的这个做法还被他的子孙所模仿袭用，后来，燕王朱棣起兵造建文帝朱允炆的反，其始作俑者便是僧人道衍。此乃后话，这里暂且略过。
舶来品的佛教受到朱元璋的厚爱，中国土生土长的道教也同样得到这位明朝开国皇帝的尊崇。洪武元年（1368年）正月，朱元璋在开设佛教“善世院”的同时，下令设立道教“玄教院”。所谓玄教院，乃是全国道教事务的最高管理机构，皇帝令道士经善悦为“真人”，总领全国道教事务；将应天（今南京）冶城山西麓的永寿观改名为“朝天宫”，作为玄教院的办事处所。
其实，早在朱元璋登基称帝之前，便和道教人士多有联系。如前文第六章中曾给读者讲过铁冠子张中和疯道人周颠跟随朱元璋西征陈友谅的事迹；另外，至正二十一年（1361年），朱元璋兵略江西之际，曾派人前往道教胜地龙虎山（今江西贵溪境内）寻访正一道的第四十二代天师张正常。元朝时期，正一道被皇帝封为天师道，朝廷待其不薄，然而时过境迁，张正常眼见元朝行将灭亡，便立即改换门庭，上表表示归顺朱元璋。洪武元年（1368年）八月，张正常特地到应天朝贺朱元璋即皇帝位，朱元璋对群臣说：“至尊惟天，岂有师也？以此为号，亵渎甚矣。”遂令去掉正一教主的“天师”名号，改天师为真人，秩正二品，置赞教、掌书为僚佐，授予张正常“正一嗣教护国阐祖通诚崇道弘德大真人”名号，诏令其“领天下道教事”。从此，江西龙虎山正一道教主便跃升为全国道教教主。
洪武四年（1371年），朱元璋在下诏撤销佛教“善世院”的同时，也撤销了道教的“玄教院”，一并改由礼部管理。洪武十一年（1378年），朱元璋下诏在京师郊祀坛兴建神乐观，设提点和知观，专事管理乐舞生（祭祀礼仪的演职人员）。神乐观隶属于专管礼乐的太常寺管辖，其设置目的是“以备大祀天地、神祇及宗庙、社稷之祭”。此间，又在道教名山——太和山（即武当山，在今湖北丹江口市境内）设立提点，管辖当地的宫观；另在阁皂山（今江西樟树市境内）和三茅山（今江苏句容市与金坛市交界处）设立灵宫。
洪武十五年（1382年）四月，国家在设置佛教僧侣管理机构“僧录司”的同时，也设置了一个专事管理道教道士的机构“道录司”，其首任最高长官乃张正常之长子——即正一道第四十三代天师张宇初。道录司设左、右正一，左、右演法，左、右至灵和左、右玄义等官，与佛教管理机构一样，秩正为正六品至从八品，也是隶属礼部，设官而不给俸。道录司的职责相当于洪武四年所撤销的玄教院，当时的天下名观除神乐观属礼部直辖以外，龙虎山、太和山、阁皂山、三茅山等皆属其直接管辖。此外，道录司在全国各府、州、县分别设置道纪司、道正司和道会司，用以管理宫观，约束道士，同样是设官而不支俸。
从上述事例来看，朱元璋在对待佛、道二教上，可谓一碗水端得很平。朱元璋之所以厚爱佛教，一是因为佛教能在引导民众的信仰等方面为国家出力；二是因为元璋自己早年做过和尚，对佛教有一种天然的怀旧之情。至于道教，按照《皇明恩命世录·道藏》的说法，是朱皇帝认为这门教派可以“辅国济民，除其妖孽，援其水旱”。