国家危在旦夕，这些帝国的台柱将领们却为了一己之私利，彼此战争、相互内耗着。朱元璋一边捂嘴偷笑，一边针对眼下的天赐良机，迅速制订出战略方案，决定南征北伐，一举推翻这个已从头烂到底的元王朝。
至正二十七年（1367年）十月，它注定是朱元璋生命中又一个重要的时间段——因为在这一个月之内，朱元璋接连派出了四路南征北伐的大军：十一日，令中书平章汤和为征南将军、都督府佥事吴桢为副将军，南下讨伐盘踞于浙东的方国珍；二十一日这一天，又同时派出了三路大军进行南征北伐——一路由中书右相国徐达为征虏大将军、中书平章常遇春为征虏副将军率领，北伐中原；一路由中书平章胡美为征南将军、江西行省左丞何文辉为征南副将军率领，攻略福建；一路由湖广行省平章杨璟、湖广行省左丞周德兴、湖广行省参政张彬等人率领，攻略广西。
一场声势浩大的灭元战争就此打响。
§§§第二节 方国珍黯然退场
先说方国珍。盘踞于浙江东部沿海地域的方国珍在本书前面已经出场：当初，朱元璋打下婺州、诸暨等地，兵锋直指方国珍所占据的温州、台州、庆元等地。迫于时势，此前已投降元朝的方国珍，于至正十九年（1359年）三月又向朱元璋请降，但他并不立即献地，也不按照朱元璋的要求去奉宋政权小明王的龙凤正朔，只是私下接受朱元璋授予的福建行省平章政事的印诰，按岁输贡而已。与此同时，方国珍又继续以臣属的身份为元朝服务。
朱元璋十分生气，于至正二十年（1360年）春，派都事杨宪为使致书警告方国珍道：“吾始以汝为豪杰，识时务，不待征讨，幡然归命。嘉汝之意，命以高官，兄弟显荣，自制一面。岂效他人，阳交阴备，徒为羁縻之国而已！诚欲汝为吾腹心，效股肱之力，共立大功，以垂后世，为方氏子孙之福。岂意汝自迷惑，昧远大之图，为覆灭之计，外虽纳降，内实反覆。欲观我虚实，则遣质子；欲却我官爵，则称老病死，何为者？夫以蕞尔之地，而忽事大之礼；舍其垂成之功，更造无穷之祸。此岂汝之得计也？吾宁不能遣一偏禆，将十万众直穷海岛，以取汝耶？顾以汝率先来归，姑忍须臾，待汝自改耳。汝及今能涤心改过，不负初心，则三郡之地庶几可全，福禄庶几可保。不然，吾恐汝兄弟败亡，妻子为戮，徒为人所指笑。夫智者转败为功，因祸成福，汝其图之！”
方国珍得书后置之罔闻，依旧每年都用海船向元朝京师输运由张士诚贡纳的漕粮，元政府还因此于至正二十五年（1365年）九月提升他为淮南行省左丞，次年九月元政府再授予他江浙行省左丞之职。
不仅脚踏两只船，方国珍还与朱元璋在军事上发生冲突：至正二十三年（1363年），方国珍之子方明善攻打占据温州平阳县的土豪周宗道，周宗道向朱元璋的部将胡深求救，胡深击败方明善，乘势攻下瑞安，接着进兵温州。方国珍再次求饶，答应每年向应天政权进贡白银二万两充作军费，并承诺，一旦朱元璋攻破杭州，便立即献出温州、台州、庆元三郡入朝归顺。
朱元璋对方国珍这种“阴持两端”的行为早就恼恨不已，及至攻下杭州以后，此人依旧“据境自若”，非但不履行诺言，献地入朝，而且北通元朝的王保保，南交福建的陈友定，妄图互为犄角，继续与朱元璋周旋。朱元璋更加恼怒，遣人致书列举方国珍十二大罪状，令其贡粮二十三万石，并以最后通牒式的语气警告道：“汝初纳款，谓杭州克，即献土来归。此汝左右之士，共保富贵之良谋也。岂意汝怀奸挟诈，阳降阴叛，数相愚弄。张士诚与尔坏地相接，取尔甚易，然所以不敢加兵于尔者，诚以吾力能制之。尔故得以安处海隅，坐享三郡之富，是吾大庇于尔也。尔乃自为不祥，背弃信义，时遣奸细觇我动静，潜结陈友定以图相援。彼自救不暇，何暇救人？尔何惑之甚也！今明以告尔，吾师下姑苏，南取温、台、庆元，水陆并进，无能御也。尔早于此时改过效顺，能尽以小事大之义，犹可保其富贵，以诒子孙，以及下人。如其不然，集三郡之兵，与我较一胜负，亦大丈夫之所为。更不然，舍三郡之民，为偷生之计，扬帆乘舟，窜入海岛。然吾恐子女玉帛，反为尔累，舟中自生敌国，徒为豪杰所笑也。非分之恩，不可数得。尔宜慎思之！”
方国珍阅毕书信，感到害怕，召集弟侄及诸将商议对策。郎中张本仁说：“江左之兵方围姑苏，姑苏劲敌也，国富兵强，高城深池，怀必死之志，胜负难必。彼安能轻越千里而取我？”谋士刘庸认为：“江左兵多步骑，步骑平地用也。施诸海滨，其如吾海舟何？”方国珍的弟侄多以为然，唯有谋士邱楠持相反意见，他说：“此二者皆非所以为公福也。惟智可以决事，惟信可以守国，惟直可以用兵。江左一下姑苏，出兵南向，乘胜而驱，责吾背叛之罪，辞直而师壮，吾谁与为援者？将一败涂地矣。莫若遣使奉书，明示不敢背德，庶几可以解纷息兵，而公得以常保富贵，福及子孙。不然，祸至无日矣！”真正是公说公有理，婆说婆有理。方国珍一时也没了主意，只是日夜往巨舰上装运珍宝，做好逃亡大海的准备。
朱元璋见方国珍执迷不悟，遂于至正二十七年（吴元年，1367年）九月初一，亦即攻克平江（苏州）前夕，令参政朱亮祖统率浙江衢州、金华等地的驻军，出浙西东向讨伐方国珍。临行之前，朱元璋特地告诫朱亮祖道：“方国珍鱼盐负贩，呰窳偷生，观望从违，志怀首鼠。今出师讨之，势当必克。彼无长策，惟有泛海遁耳。三州之民，疲困已甚，城下之日，毋杀一人！”
正如朱元璋所说，方氏所部，不堪一击。九月二十八日，朱亮祖轻松攻克台州，方国珍部将严德中箭身亡，方国珍之弟方国瑛用巨舰载着妻儿连夜逃奔黄岩，投靠元将哈尔鲁。朱亮祖追至黄岩，方国瑛又亡命大海，黄岩守将哈尔鲁投降。
至正二十七年（吴元年，1367年）九月初八，徐达攻陷平江，张士诚灭亡。待部队稍做休整，朱元璋于十月十一日派汤和为征南将军、吴桢为副将军，南下攻略方国珍的老巢庆元（今浙江宁波），配合朱亮祖形成对方国珍的南北夹攻之势。此间，朱亮祖已由台州、黄岩南下，进逼温州。十一月初，朱亮祖克复温州之后，再与吴桢会师，于乐清县的盘屿大败方明善的海上水师。与此同时，汤和于十一月初九攻克庆元，方国珍率部扬帆出海，遭到汤和追击，国珍麾下的副枢方惟益、元帅戴廷芳被俘；接着，吴桢率水师出海追击，方国珍还师拒战，又遭败绩，最后弃师携妻儿遁入海岛。
十一月十七日，朱元璋再令廖永忠为征南副将军，率水师前往沿海协同汤和追剿方国珍。所谓树倒猢狲散，眼见大势已去，其部属李佥院、徐元帅乃至其弟方国瑛、其子方明善等，先后投降。此间恰逢汤和遣人前来招降，方国珍借坡下驴，派另一个儿子方关（又名方明完）奉表前往应天谢罪乞降。值得说道的是，这份降表乃方国珍幕下的儒士詹鼎所撰，文辞恭敬而机辩，是一份十分精彩的外交文书，其辞曰：
“臣闻，天无所不覆，地无所不载。王者体天法地，于人无所不容。臣荷主上覆载之德久矣，安敢自绝于天地。敢一陈愚衷，知必有以容臣者，惟陛下垂鉴。臣本庸才，处于季世，保境安民，非有黄屋左纛之念。囊者，陛下霆击雷掣之师至于婺州，臣愚以为天命有在，遣子入侍，于时固已知陛下有今日矣。所谓依日月之末光，望雨露之余泽者也。而陛下开诚布公，赐手书，归质子，俾守郡县如钱镠故事。十年之间，与中吴角立，皆陛下之赐戢也。逮天兵下临吴、会，臣尝上书谓：朝廷朝定杭、越，则暮归田里。不意今年以来，老病交攻，顿成昏昧，而弟兄子侄，志意不齐，致烦陛下兴问罪之师。方怀忧惧，未能自明，而大军已至台、温，令臣计无所出，虽遣使再三，而承诏之师势不容已。是以封府库，开城郭，以俟王师之至。然犹未免为泛海之计者，昔有孝子于其亲也，遇小杖则受，大杖则走。臣之事适与相类。虽然，臣一介草莽，亦安敢自绝于天地，故每自思欲面缚待罪阙庭，复恐陛下万一雷霆之怒，天下后世议者不谓臣得罪之深，将谓陛下不能容臣，岂不累天地之大德哉。谨冒死奉表以闻，俯伏俟命。”
不仅这份降表写得机辩巧妙，而且，方国珍老于世故，提前也为此事打了埋伏：当初汤和进军庆元时，他虽然带着许多财宝亡命海上，可是并未破坏城池，并令留守部将封存府库，虽然做了抵抗，但最终也算是把一座完整的城池交给了西吴。
朱元璋原本恼恨此人的反复多变，及至看到这份降表，怒气消了大半，感慨地对左右说：“孰谓方氏无人耶！”他换位思考，也体谅方国珍的做法，再加上自己即将位登九五，为显示自己具有对方所说的那种“体天法地”的王者气量，于是亲笔回书一封：“汝违吾谕，不即敛手归命，次且海外，负恩实多。今者穷蹙无聊，情辞哀恳，吾当以汝此诚为诚，不以前过为过，汝勿自疑。”催促他赶紧来应天入朝。
这年十二月，方国珍一行来到应天，等到接受朱元璋召见时已是洪武元年（1368年）正月上旬。方国珍匍伏在地，朱元璋笑问道：“汝献款已久，何为反侧，复劳征伐？”方国珍顿首回答：“臣遭时多艰，逃死海上，终期归附圣明，以全首领。不意又劳王师，然此非出臣心，实群小所误，是以至此，惟陛下哀其愚昧，赦其死罪。”刚刚位登九五的朱元璋为了显示自己心怀天下的帝王气概，用理解的口吻大度地说：“草昧之时，英雄角逐，人孰不欲有为，亦谁能识帝王之有真者？其为去就，不能无所龃龉，尔之所为，亦何足责？朕推赤心待人，汝其自安，勿用怀疑。”遂对过去的仇怨一笑而过，并在应天盖了一所拥有百余间房屋的宅第赐给方国珍，后来还授予他广西行省左丞一职。方国珍食禄而不之官，于洪武七年（1374年）以病善终。
公道地说，方国珍是元朝末年率先举起反元大旗的汉族英雄之一，他于至正八年（1348年）起兵，比刘福通、徐寿辉、张士诚等人都要早好几年，为后来的人们起到了很好的垂范作用，这是他的历史功绩。然而，起于盐贩的方国珍胸无大志，小富即安，在打下温州、台州、庆元三地之后，便失去进取精神，满足于已有的一亩三分地，并为此而扮演骑墙派角色，在元政府及其他军阀之间阴持两端，以求渔人之利。正所谓“心有多远，人就能走多远”，胸无大志的方国珍以失败的结局在历史舞台上黯然退场是一种必然。不过，能够善终却是他的幸运，这应归功于儒士詹鼎的好文笔，同时他也应庆幸遇到了宽宏大量的朱元璋。
§§§第三节 南征福建和两广地区
骑墙派高手方国珍被降伏了，与此同时，攻略福建和两广地区的大军进展得也不错。
新上任的又一位征南将军胡美，就是献洪都归降的原陈友谅旧臣胡廷瑞，他把女儿嫁给了朱元璋，此间因避朱元璋字国瑞之讳而改名为胡美。副将军何文辉系朱元璋的养子，本姓何，曾一度改名为朱文辉，现因功而被朱元璋赐还本姓。出征之际，朱元璋特意对自己的这位岳父交待：“汝以陈氏丞相来归，事吾多年，忠实无过，故命汝总兵，往取福建。何文辉为尔之副，湖广参政戴德从汝调发，二人皆吾亲近之人，勿以此故废军政，凡号令征战，一以军法从事。”胡美诺诺受命。
胡美、何文辉等率大军从江西进发，入杉关，克光泽，下邵武，取建阳，收降邵武守将李宗茂、建阳守将曹复畴等人，进展颇为顺利，到十二月间，兵锋已达建宁（今福建建瓯）。此时，另一位征南将军汤和已降伏了方国珍，朱元璋命其率舟师走海路自明州进攻福州，与胡美大军共同对盘踞福建的陈友定形成东西夹击之势。
陈友定在元末群雄中也算得一位人物，他原籍福建福清，其父母参加罗天麟、陈积万起义失败被杀，陈友定成了孤儿，流浪到清流避祸，给盐商帮佣为生。因其为人沉勇，十七岁时被邻舍王氏招为上门女婿，并资助他学习经商。但陈友定不是块经商材料，便投至明溪驿当差，不久升任兵牌。
至正十二年（1352年），徐寿辉的天完红巾军进入福建，宁化县民曹柳顺起兵响应，攻打明溪驿。陈友定招募了赖政、孙通、胡璃等500余人进行抵抗，击败并生俘曹柳顺，被汀州院判蔡公安任命为黄土寨巡检，后因镇压农民起义有功，不断升迁。陈友谅弑主篡位后，曾令邓克明、胡廷瑞（即胡美）、康泰等人三次攻打福建，均被其击退。到至正二十二年（1362年）五月为止，陈友定已官至元朝福建行省参政。对于元朝的恩遇，陈友定心怀感激，除积极镇压农民起义之外，他还不辞艰辛，“岁运粮数十万至大都”，元惠宗为此下诏嘉勉，并于至正二十六年（1366年）升任他为福建行省平章政事。
功高位尊令陈友定日益骄横，他私置幕府，独断专行。当时的漳州守将罗良看不下去，写信指责：“足下视郡县如家室，驱官僚如圉仆，擅隄廪如私藏，名虽报国，实有鹰扬跋扈之心！”陈友定大怒，竟发兵诛杀罗良。此外，福清宣慰使陈瑞孙、崇安县令孔楷等人，因抗拒陈友定，皆被杀死。于是，陈友定威震八闽，俨然是福建的土皇帝。
至正二十五年（1365年），陈友定开始与朱元璋发生冲突。当年二月，他进攻处州，被处州守将胡深击败，胡深乘胜追击，攻下浦城、松溪。五月，朱元璋令广信指挥使朱亮祖、建昌左丞王溥，分别由铅山、杉关出兵，攻取陈友定的老巢延平（今福建南平）。六月，朱亮祖到达福建，会同胡深一并攻克崇安、建阳，然后兵临建宁城下。建宁守将阮德柔极会用兵，他一面坚城固守，一面分兵四万绕至胡深背后安营扎寨。两军交战，胡深兵败被俘，解送延平之后，陈友定下令将他捆在铜制的驴子上用火烤烙而死，首次平闽战役因此夭折。
至正二十七年（1367年）五月，当时西吴徐达正率兵围困张士诚的老巢平江，诸将再度请缨发兵攻打陈友定。素来精细的朱元璋认为当下平江未克，张氏降卒新附，“且陈友定据闽已久，积粮负险，以逸待劳，若我师深入，主客势殊，万一不利，进退两难。兵法贵知己知彼，用力不分，此万全之策。”因此否决了诸将的意见，直到当年十月攻下平江之后，他才下令再征八闽。
在大军征讨之前，朱元璋按照惯例遣使至福建省城延平，尝试招降陈友定。陈友定设宴置酒招待诸将及宾客，当场杀掉来使，将其血倒入酒缸，与众人共饮，并宣誓道：“吾曹并受朝廷厚恩，有不以死拒者，身磔，妻子戮！”然后，亲自巡视福建的海上门户福州，令环城另筑围墙，每五十步修筑一个高台，严兵把守，并留下同佥赖正孙、副枢谢英辅、院判邓益及二万精兵协守福州，陈友定则自率精锐驻守延平，以使两城互为掎角之势。