朱元璋历尽艰险，消灭了陈友谅、张士诚两大劲敌，他终于可以长出一口气。眼下，他已经拥有长江中下游地区这一大片当时全国经济最发达、人口最稠密的地区。然而，天下并未完全平定：北方的元朝政府大本营，南方的方国珍、陈友定、何真等军阀，这些都是横亘在自己霸业之路上的主要障碍。
面对这种局势，朱元璋审时度势，决定南征北伐并举，以主力部队北伐元朝，以偏师荡平长江以南尚未降伏的割据势力。为实现上述战略目标，至正二十七年（1367年，吴元年）十月，朱元璋共派出四路大军南征北伐。
§§§第一节 南征北伐的时势背景
早在至正二十三年（1363年）春天，宋政权的实权派人物刘福通兵败被张士诚部将吕珍所杀，朱元璋率兵勤王，将皇帝小明王韩林儿迎奉到滁州安置，从此，宋政权名存实亡，小明王沦为朱元璋的傀儡。
消灭陈友谅之后，朱元璋在没有知会小明王的情况下，于至正二十四年（1364年）正月在应天自称吴王。此前，朱元璋还曾于至正十六年（1356年）在应天自称吴国公，直到五年后的至正二十一年正月，才得到小明王的正式册封和确认。由此可见，靠自己实力起家的朱元璋，其骨子里压根儿也不曾真正把宋政权及小明王当回事儿。他之所以尊小明王为皇帝、奉龙凤正朔，不过是根据自身处境的需要，把对方当作一块遮挡刀箭和兵锋的盾牌而已。一旦这块盾牌失去利用价值，则势必如同弊帚一般丢弃。
当初，朱元璋将小明王迎奉到滁州之际，应天政权西有陈友谅、东有张士诚，北有元政府，南有多个割据势力，朱元璋被包裹于中间，形势极不明朗，前程未卜，故奉置小明王于滁州。因为小明王固然不能再当盾牌，但仍可充作招牌，转移公众视线，万一败亡，罪责尽可往宋政权那里倾推。在剿灭陈友谅之后，朱元璋虽自称吴王，却依旧奉宋政权的龙凤正朔，这是朱元璋处事的稳重和谨慎之处，同时也折射出他对未来局势怀有一种难测的心态。
至正二十五年（1365年）十月，朱元璋首次发动大规模征伐东吴张士诚的战争，到次年四月止，张士诚的江北版图（即淮东、淮西地区）被朱元璋悉数收入囊中；至正二十六年（1366年）八月，剿灭张士诚的战役正式打响，十一月，湖州、杭州相继被克，徐达率大军进围张士诚的巢穴平江……前方战事的胜利不仅在客观上解除了应天西吴政权最初所面临的威胁，也在主观上鼓舞了朱元璋的雄心壮志，加之身边诸将臣僚的鼓动请愿，于是，登基称帝这一重大政治议题便摆在了朱元璋的面前。
天下大乱之际，割据一方的军阀们只要胆大缺智，登基称帝并非难事，韩林儿、徐寿辉、张士诚、陈友谅、明玉珍，这些人都曾经急不可耐地建国称帝，又都昙花一现般迅速败亡。朱元璋在群雄中称帝最晚，却是硕果仅存的一位。之所以能有这个结果，是因为他在智谋方面比上述众人更胜一筹。论实力，如今朱元璋建国称帝已绰绰有余，但若要在法理上站得住脚，就得先解决自己与宋皇帝小明王韩林儿的臣属关系问题。所谓一国不容二主，现在天下人都知道朱元璋是小明王的臣子，若不移除这个障碍，你让他朱元璋如何登基？
当初小明王被困安丰，危在旦夕，刘福通遣人前来求救，刘基主张不救，其用意便在于借敌之手一举解决这个日后可能出现的麻烦。朱元璋从君臣大义出发，当然也还有因时局不明朗而为自己留后路的角度考虑，坚持出兵救下了小明王。世事如棋，一晃数年过去，当年刘基担心的麻烦果然摆在了眼前。通常来讲，眼下朱元璋可以有三种办法解决小明王这个麻烦：其一，直接找借口杀掉；其二，逼其禅位；其三，堂而皇之地让他自己消亡。第一种办法过于残暴，会授予天下“得位不正”的口实，背负千古骂名，并为臣下树立弑主篡位的榜样；第二种办法虽富人情味，但小明王未必会积极配合，照样会埋下不安定的因子；唯有第三种办法，可顺理成章地抛弃旧主，实现帝位转移。
至正二十六年（龙凤十二年，1366年）十二月，朱元璋从平江（苏州）前线调回廖永忠，交给他一项政治性任务：令他前往滁州迎取小明王来应天。临行之前，朱元璋着意交待：长江天险，风急浪高，让廖永忠接到小明王后渡江时务必小心！廖永忠领命而去，当他率领部队护卫着小明王全家及一班文武官员，在瓜步（今江苏六合东南）这段水域渡江时，朱元璋千交待万嘱咐不要出现的事情却发生了：小明王韩林儿的座船翻沉江中，韩林儿被江水卷走，尸身全无。
浩浩荡荡的一支船队，偏偏唯有皇帝的座船翻沉了，这显然不是什么意外事故。但究竟是受朱元璋的指示，还是廖永忠自作聪明，以此献媚，却是一段历史谜案。据《明史·廖永忠传》等史料记载，朱元璋原本很欣赏廖永忠，但此事发生之后，朱元璋十分生气，严厉斥责一番之后，打发他重返江浙前线戴罪立功。
小明王韩林儿之死，宣告了宋政权至此正式覆亡，横亘在朱元璋称帝路上的名分障碍也随之消失，他立即弃用宋政权的龙凤年号，又因为自己“吴王”缘故，于是将至正二十七年（1367年）定为吴元年。
自攻占应天以来，朱元璋一直将元朝江南行御史台府作为自己的办公处所。眼前天下即将平定，登基称帝已指日可待，旧有的办公处所显然不合时宜，于是，朱元璋决定建造宫殿，作为未来的皇宫。新宫的地址同刘基等一干精通天文数理的文臣卜地选定，其址位于应天城之东、钟山之南。因为按照《周易》理论，东方乃属震卦方位，将皇宫置于国都之东，符合“帝出乎震”之意。至正二十六年（1356）十二月十七日，朱元璋祭祀了山川之神，皇宫建设正式启动；同时应天城池也开始扩建。
至正二十七年（吴元年，1367年）二月，应天都城扩建完成；八月，圜丘、方丘以及社稷坛等建筑相继竣工；九月，太庙及宫殿等建筑也先后落成。新宫整体上又名皇城，这一处址原为燕雀湖，系填湖而建。皇城呈正方形，设有四门，“南曰午门，东曰东华，西曰西华，北曰玄武”。从午门进入，首先是奉天门和奉天殿，奉天殿为正殿，其左右各建一楼，左曰文楼，右曰武楼；奉天殿之后依次是华盖殿和谨身殿；这三大殿就是所谓的前朝。谨身殿之后为内廷，前面是乾清宫，后面是坤宁宫，再后面依次排列六宫。
这座新皇宫有几个特色：殿壁之上书写有博士熊鼎摘编的古人懿言警句，以作为戒鉴之用；殿堂两庑则书写宋人真德秀论述修身、齐家、治国之道的《大学衍义》，以此取代壁画，有孜孜求治之意；凡皇帝及家人使用的宫殿皆建筑在从午门到玄武门这条中轴线上，而臣属使用的建筑如文楼、武楼又都对称地分列于两侧；另外，整个建筑群“制皆朴素，不为雕饰”。如此布局和装饰，既突出了皇权的威严，又彰显了新皇帝朱元璋简朴务实的品质和励精图治的进取精神。
名分障碍清除了，都城和皇宫这些硬件也准备好了，接下来要做的就是政权机构、法律法规以及历法礼仪这些软件的设置和创建工作。应天吴政权在初创之际，其政权机构、法律法规以及历法礼仪大多照搬元朝，而元朝统治者来自塞外游牧民族，他们的风俗习惯与华夏汉族格格不入，故须参照唐宋旧制，重新规划设置。
在行政机构改革中，过去沿袭元朝制度，百官礼仪尚右，即以右为尊，至正二十七年（吴元年，1367年）十月，朱元璋下令，百官礼仪改为尚左，凡涉及于此的官秩都相应变更。中书省第一相国李善长由右相国改为左相国，第二相国徐达则由左相国改为右相国，官阶为正一品。
新设御史台及各道按察司，任命汤和为左御史大夫，邓愈为右御史大夫，官阶为从一品；任命刘基、章溢为御史中丞，官阶为正二品；都督府原设大都督，官阶为从一品，朱元璋之侄朱文正曾任此职，至正二十五年以后不设大都督，而以左右都督为最高长高，官阶于至正二十七年被调改为正一品。中书省、都督府和御史台并称三府，中书省执掌行政，都督府掌军事；御史台掌监察。新设翰林院、太常寺、太史院等衙门，任命陶安等为翰林院学士；任命精通音律的道士冷谦为太常寺协律郎；任命刘基为太史院使，制定新朝“皇历”。
此外，另外任命左相国李善长为律令总裁官，参知政事杨宪、御史中丞刘基、翰林学士陶安等为议律官，共同编制法律。朱元璋为人精细，凡事事必躬亲，具体过问。他对律令制定尤为关心，要求法律务必明白简当，其观点是：“立法贵在简当，使言直理明，人人易晓。若条绪繁多，或一事而两端，可轻可重，使贪猾之吏得以因缘为奸，则所以禁残暴者，反以贼善良，非良法也，务求适中以去繁弊。夫网密则水无大鱼，法密则国无全民。”要求李善长把拟好的法律条文逐一上报，君臣共同斟酌商议，然后裁定。
总之，在朱元璋的亲自布置和指挥下，事无巨细，有关新朝建立的一切工作都在有序进行之中。
当朱元璋率领一干文臣在应天城中紧锣密鼓地进行建立新朝的所有相关工作时，前线的战事也丝毫没有放松。至正二十七年（吴元年，1367年）九月，徐达攻破平江，俘虏张士诚，东吴灭亡，应天吴政权的版图面积及军事实力再度扩大。朱元璋审时度势，决定加快扫平天下的步伐。
当时全国的局势是：朱元璋大体占据着今天的江苏、安徽、江西、湖北、湖南、浙江以及河南东南部这片物产最丰富、经济最发达、人口最集中的地区；他的北方是元朝政府的大本营，西方是徐寿辉部将明玉珍在四川地区建立的夏国，云南由元朝宗室梁王把匝剌瓦尔密镇守，两广由东莞籍军阀何真盘踞，福建由当地军阀陈友定掌握，浙东三郡由方国珍把持。
夏国的创建者明玉珍已于一年前去世，其子明升继承帝位，主幼国弱，无甚作为，可以暂时放置一边，不予理会。陈友定、何真、把匝剌瓦尔密以及方国珍，这些人虽属元朝势力，但他们与元朝大本营山水阻隔，势孤力弱，其中方国珍既效忠元朝，又向朱元璋奉有投降书，属于骑墙派人物，上述势力都容易被各个击破。
至于北方的元朝大本营，其主要的带兵将领在乱世征战中已经蜕变成军阀，各自有其势力范围，彼此间大搞窝内斗，乱得一塌糊涂。眼下其军事分布格局是：山东由王宣、王信父子驻防；河南由王保保（即扩廓帖木儿）驻防；关中一带由李思齐、张良弼、脱列伯、孔兴等四军驻防。其中，王保保与关中的李思齐等人不和，双方相互攻伐，彼此内耗。下面说一下他们内斗的缘由。
红巾军起事之初，元朝正规军百战百败，真正作为栋梁而支撑起元朝帝国大厦的几支军队全部来自民间，即由各地富户豪绅自己组织起来的所谓“义兵”队伍。其中，察罕帖木儿与李思齐两人合作，共同以“义兵”崛起于河南罗山，答失八都鲁以“义兵”崛起于襄阳，以这两支最为强大。
当时，元军与宋政权刘福通的军队激战正酣，答失八都鲁于至正十八年（1358年）死于前线军中，其子孛罗帖木儿继承兵权，移师山西大同。临近大同的晋冀之地本由察罕帖木儿平定收复，然而此间，察罕帖木儿正在山东前线征伐宋政权的红巾军，孛罗帖木儿乘虚抢占晋冀之地，与察罕帖木儿的守军大打出手，经元廷调解，双方于至正二十年（1360年）停战。至正二十二年（1362年），察罕帖木儿在山东前线被田丰刺死，其养子王保保继承兵权，他在稍事平定山东红巾军之后，便回师与孛罗帖木儿重新争夺晋冀之地。
二者相斗，除势力范围之争外，后来又掺和进了元廷高层政治斗争的因素。原来，脱脱丞相遭贬死后，新任丞相哈麻与奇洛皇后密谋废黜元惠宗而立皇太子爱猷识理达腊为帝。事泄之后，哈麻被惠宗杖杀，另任命由权倾朝野的大太监朴不花所推荐的搠思监为右丞相。朴不花与奇洛皇后都是高丽人，两人自幼青梅竹马，关系密切，他推荐的丞相自然便站在了皇太子一边。另外，皇太子这边又发展了新兴军事巨头王保保作为外援。元惠宗无奈，只得依赖御史大夫老的沙等一干贵族老臣，并将另一位新兴军事巨头孛罗帖木儿拉拢过去。双方矛盾日益尖锐，老的沙怕遭太子暗害，投奔于孛罗帖木儿的军中。皇太子以孛罗帖木儿图谋不轨为由，于至正二十四年（1364年）四月，诏令王保保出兵征讨。孛罗帖木儿却抢先下手，率大军杀进京师，协助皇帝执杀了丞相搠思监及太监朴不花，皇太子逃到王保保军中，孛罗帖木儿也回师大同。皇太子诏令王保保攻打太同，被孛罗帖木儿杀败，太子逃到太原。孛罗帖木儿故伎重演，再度杀进京师，这次他不走了，被惠宗任命为中书右丞相。至正二十五年（1365年），皇太子诏令王保保并会其他诸路兵马杀进京师，孛罗帖木儿战败，被刺死于宫中，王保保被任命为中书左丞相。
早在皇太子爱猷识理达腊逃奔太原之际，他便欲效仿唐肃宗李亨于灵武登基的典故，自立为帝，遭到王保保的反对。等到王保保领兵入京杀死了对手，奇洛皇后再度遣人前来要求王保保带兵入宫逼迫惠宗让位，再度遭到他的拒绝。如此一来，王保保便与奇洛皇后母子结怨，加之不习惯在京师中做丞相，他主动请求外出带兵。于是，惠宗封王保保为河南王，总制天下兵马，代皇太子征讨江南朱元璋等反叛势力。
至正二十六年（1366年），王保保回到河南，以檄文调集关中四军会师。檄文发到关中，李思齐大怒，骂道：“乳臭小儿，黄发犹未退，而反调我！我与汝父同乡里，汝父进酒，犹三拜而后饮，汝于我前无立地，而今日公然称总兵调我耶？”拒不听令；其他张良弼、脱列伯、孔兴等三军也不听从调遣。王保保见军令不行，勃然大怒，暂且放下南征之事，挥师进兵关中问罪。李思齐等四人也合兵盟誓，全力抵抗。一晃经年，双方累战百余次，不分胜负。惠宗再三诏令双方停战，南下征讨叛逆，王保保不听，执意先安内再攘外。
至正二十七年（1367年），王保保令部将貊高率兵奔袭李思齐的老巢凤翔，行至卫辉，貊高的部将相互议论，说我等身为官军，若令攻打南军尚可，而李思齐也是官军，以官军杀官军是何道理？于是部队哗变，逼迫貊高倒戈讨伐王保保。此间，应天的朱元璋已经消灭了陈友谅，张士诚的老巢平也破城在即，元廷已嗅到严重的危险气息，于是，惠宗下诏削夺王保保的兵权，另设立大抚军院，让太子总制天下兵马，督令王保保、李思齐、张良弼等分道出兵南征。孰料诸将接诏后拒不听令——王保保驱使河、洛的军民北渡怀庆；王保保之弟脱因帖木儿尽劫山东以西的人畜西趋卫辉；貊高怕王保保兄弟报复，也尽驱卫辉的民畜北归彰德；李思齐见自家东线的压力解除，也引兵西还……